زیست شناسی میکروارگانیسم ها

1. اثر عصاره سلولی باکتری(بومی) پروبیوتیک لاکتوباسیلوس پاراکازئی بر روی مرگ سلول های آدنوکارسینومای پانکراس(AsPC-1) وبیان ژنهای آپپتوزی bax، Bcl2 و DPC4

ریحانه یگانه؛ مریم تاج آبادی ابراهیمی؛ مینا رمضانی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 15 دی 1399

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2020.120382.1251

چکیده

مقدمه :امروزه باکتری های پروبیوتیک مانند لاکتو باسیل ها به عنوان یکی از عوامل پیشگیری کننده ابتلا به بسیاری از بیماری ها از جمله سرطان شناخته شده ا ند.هدف از این مطالعه بررسی اثرات سمیت سلولی محلول رویی ... بیشتر مقدمه :امروزه باکتری های پروبیوتیک مانند لاکتو باسیل ها به عنوان یکی از عوامل پیشگیری کننده ابتلا به بسیاری از بیماری ها از جمله سرطان شناخته شده ا ند.هدف از این مطالعه بررسی اثرات سمیت سلولی محلول رویی باکتری پروبیوتیک لاکتوباسیلوس پاراکازئی (IBRC_10784) بر روی رده سلولی سرطان پانکراس (ASPc-1) و آنالیز بیان ژن های آپپتوزی bax، Bcl2 و DPC4 بود.مواد و روش‌ها :این مطالعه بر رده سلولی سرطانی پانکراس انجام شد و اثرات محیط کشت و فراورده لاکتوباسیلوس پاراکازئی بر روی بیان ژن‌های دخیل در آپوپتوز و همچنین ژن DPC4 مطالعه شد. باکتری در محیط کشت اختصاصی MSR broth کشت داده و در انکوباتور co2دار به مدت 48 ساعت گرماگذاری شد. پس از مشاهدة رشد باکتری، محیط کشت در شرایط 9000 rpm به مدت 5 دقیقه سانتریفیوژ و محلول رویی جدا گردید. سپس با استفاده از فیلتر سرنگی، این محلول استریل و در مراحل بعدی استفاده شد. در ادامه، سلول‌های AsPC-1 با محلول رویی کشت باکتری تیمار 24 ساعته شده و پس از آن استخراج RNA و ساخت cDNA انجام شد. سپس واکنش Q-PCR صورت پذیرفت.نتایج: نتایج نشان داد محلول رویی کشت باکتری لاکتوباسیلوس پاراکازئی توانسته میزان بیان ژن‌های مورد مطالعه را تغییر دهد به طوری که بیان ژن bax را 86/1 برابر نسبت به ژن رفرنس افزایش داد. همچنین، بیان ژن bcl-2 را نسبت به ژن رفرنس 56/4 برابر کاهش داد. نکته قابل توجه در تغییر بیان ژن DPC4 بوده است به طوری که بیان این ژن را نسبت به ژن رفرنس به مقدار 67/2 برابر افزایش داده و این مقدار تغیر بیان، معنی‌دار ( ( P< 0.005) بوده است.

مشاهده مقاله

2. بهینه‌کردن تولید شکل محلول آنزیم ال-آسپاراژیناز باکتری نمک‌دوست به‌طور نوترکیب در اشریشیا کلی

یاسمن اسعدی؛ ریحانه خالقی؛ صدیقه اسد

دوره 9، شماره 35 ، پاییز 1399، ، صفحه 59-70

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2020.121684.1278

چکیده

مقدمه: آنزیم ال-آسپاراژیناز (EC 3.5.1.1) نقش مهمی در درمان سرطان و به‌ویژه لوسمی حاد لنفوئیدی دارد. حذف سریع آنزیم‌ از جریان خون، فعالیت گلوتامینازی و همچنین ایجاد واکنش ایمنی در بدن از معایب آنزیم‌های تجاری ... بیشتر مقدمه: آنزیم ال-آسپاراژیناز (EC 3.5.1.1) نقش مهمی در درمان سرطان و به‌ویژه لوسمی حاد لنفوئیدی دارد. حذف سریع آنزیم‌ از جریان خون، فعالیت گلوتامینازی و همچنین ایجاد واکنش ایمنی در بدن از معایب آنزیم‌های تجاری است و ازاین‌رو، شناسایی ال-آسپاراژینازهای جدید با ویژگی‌های مطلوب ضروری است. ژن بیان‌کنندۀ ال-آسپاراژیناز مشتق‌شده از باکتری نمک‌دوست هالوموناس الانگاتا که پیش‌تر ویژگی‌های مطلوب آن به‌منظور درمان سرطان گزارش شده به‌شکل نوترکیب در اشریشیا کلی تولید شده است؛ اما بخش اعظم پروتئین نوترکیب به‌شکل نامحلول در سلول باقی می‌ماند. مواد و روش‏‏ها: در مطالعۀ حاضر، ابتدا دو میزبان اشریشیا کلی BL21 (DE3) و ArcticExpress (DE3) برای بیان پروتئین به‌شکل محلول مقایسه شدند. پس‌از انتخاب میزبان، اثر عوامل مختلف ازجمله محیط‌کشت، غلظت القاکننده، میزان مایۀ تلقیح، زمان و دمای القا و میزان هوادهی به روش یک فاکتور در زمان بهینه شد. نتایج: بر اساس یافته‌ها، بیشترین مقدار تولید ال-آسپاراژیناز فعال مربوط به میزبان اشریشیا کلی BL21 (DE3) در محیط کشت LB با افزودن 1 درصد مایۀ تلقیح، 5/0 میلی‌مولار IPTG و سرعت برهم‌زدن 150 دور‌بردقیقه حاصل شد؛ همچنین بیشترین فعالیت ویژۀ ال-آسپاراژیناز به بیان در دمای 37 درجه سانتی‌گراد و برای مدت زمان 9 ساعت تعلق داشت. در مرحله بعد، اثر افزودنی‌های مختلف به محیط‌کشت بررسی و مشاهده شد افزودن 2 درصد اتانول و 200 میلی‌مولار آرژینین تأثیر چشمگیری بر افزایش فعالیت ویژۀ آنزیم دارد. بحث و نتیجه‏گیری: درنهایت، اِعمال شرایط بهینه سبب افزایش مقدار فعالیت ویژه از حالت پایۀ تقریباً 1000 واحد‌بر‌میلی‌گرم به حدود 3500 واحد‌بر‌میلی‌گرم (بیش از سه برابر) شد.

3. مطالعۀ فنوتیپی و ژنوتیپی کلاس‌های ژن تنظیم‌گر مقاومت به کولیستین (arn) در اسینتوباکتر بومانی جداشده از موارد بالینی به روش PCR چندگانه

فرنوش کریمی؛ کیومرث امینی؛ غلامرضا جوادی

دوره 9، شماره 34 ، تابستان 1399، ، صفحه 13-21

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2020.120342.1248

چکیده

مقدمه: کولیستین آخرین خط درمان در عفونت‌های بیمارستانی ناشی از اسینتوباکتر بومانی به شمار می‌آید. امروزه با روشن‌شدن سازوکار انتقال مقاومت از طریق ژن‌های arn، بروز الگوی مقاومت دارویی جدید در جدایه‌‏های ... بیشتر مقدمه: کولیستین آخرین خط درمان در عفونت‌های بیمارستانی ناشی از اسینتوباکتر بومانی به شمار می‌آید. امروزه با روشن‌شدن سازوکار انتقال مقاومت از طریق ژن‌های arn، بروز الگوی مقاومت دارویی جدید در جدایه‌‏های اسینتوباکتر بومانی مشاهده شده است. در مطالعۀ حاضر سعی شد به بررسی فنوتیپی و ژنوتیپی کلاس‌های ژن تنظیم‌گر مقاومت به کولیستین (arn) در گونه‌های جدا‌شده از موارد بالینی پرداخته شود. مواد و روش‏‏ها: به‌منظور انجام این مطالعۀ توصیفی، پس‌از دریافت رضایت کتبی، تعداد 400 نمونۀ بالینی از بیماران بستری در بیمارستان حضرت رسول تهران جمع‌آوری شد. پس‌از شناسایی جدایه‌‏ها با استفاده از روش‌های بیوشیمیایی و بررسی 16S rDNA، الگوی مقاومت آنتی‏بیوتیکی جدایه‌‏ها به دو روش انتشار دیسک و روش مولکولی (برای ردیابی ژن‏های arnBوarnT) تعیین شد. نتایج: تعداد 60 سویۀ اسینتوباکتر بومانی از 400 نمونۀ گرفته‌شده جدا شد. مطابق نتایج بررسی الگوی مقاومت آنتی‌بیوتیکی، در بیشترین حالت، بیش از 38 درصد نمونه‌های خون دارای گونۀ اسینتوباکتر بومانی بودند و در هیچ نمونۀ مغزی‌نخاعی، اسینتوباکتر بومانی یافت نشد و کمترین نسبت آلودگی را نشان داد (p <0.05)؛ همچنین اختلاف آماری معناداری بین حساسیت آنتی‌بیوتیکی جدایه‌های اسینتوباکتر بومانی به کولیستین و سایر آنتی‌بیوتیک‌ها مشاهده شد (p <0.05)؛ علاوه‌بر‌این، سویه‌های مقاوم به کولیستین دارای ژن‌های arnB و arnT بودند که در مقایسه با سایر سویه‌ها ازنظر آماری معنادار بود (p <0.05). بحث و نتیجه‏گیری: باتوجه‌به اینکه کولیستین آخرین خط درمان است، افزایش مقاومت به آن می‌تواند به افزایش مرگ‌و‌میر و هزینه‌های بیمارستانی منجر شود؛ از‌این‌رو، به‌کارگیری رژیم‌های درمانی جدید و حساسیت بیشتر در تشخیص به‌موقع و کنترل عفونت‌های بیمارستانی امری ضروری به نظر می‌رسد.

4. ژنوتایپینگ جدایه های استرپتوکوکوس پیوژنز با استفاده از پروتکل بهینه RAPD-PCR

اکرم رحیمی مقدم؛ سیاوش سلمانزاده-اهرابی؛ طاهره فلسفی؛ مهوش سیفعلی؛ زهرا پور رمضان

دوره 8، شماره 32 ، زمستان 1398، ، صفحه 131-138

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2019.114256.1173

چکیده

مقدمه: استرپتوکوکوس پیوژنز بیماری‌های عفونی و غیرعفونی متنوعی را ایجاد می‌کند. تایپینگ جدایه‌های استرپتوکوکوس پیوژنز یکی از ابزارهای ضروری در مطالعات اپیدمیولوژی مربوط به این باکتری هستند. RAPD-PCR یک ... بیشتر مقدمه: استرپتوکوکوس پیوژنز بیماری‌های عفونی و غیرعفونی متنوعی را ایجاد می‌کند. تایپینگ جدایه‌های استرپتوکوکوس پیوژنز یکی از ابزارهای ضروری در مطالعات اپیدمیولوژی مربوط به این باکتری هستند. RAPD-PCR یک تکنیک تایپینگ بر اساس PCR و روشی سریع، ارزان، آسان است. مشکل اصلی این روش تکرارپذیری کم نتایج است که با بهینه سازی پروتکل RAPD حل خواهد شد.مواد و روش‌ها: در این مطالعه بهینه‌سازی پروتکل RAPD-PCR شامل روش استخراج DNA، نوع پرایمر، غلظت ترکیبات PCR و برنامه PCR با استفاده از طراحی فاکتوریال آزمایش‌ها برای استرپتوکوکوس پیوژنز ATCC 19615 به عنوان سویه استاندارد انجام شد. سپس 16 جدایه استرپتوکوکوس پیوژنز با استفاده از پروتکل بهینه ژنوتایپ شدند. تایپ‌پذیری، تکرارپذیری و قدرت افتراق پروتکل بهینه تعیین شد.نتایج: از سه روش استخراج DNA، روش ست بافر تغییر یافته و از هفت پرایمر، پرایمر P14 انتخاب شدند. غلظت‌های بهینه ترکیبات PCR، 3 mM MgCl2، 150 pmol primer P14، 0.2 mM dNTPs، 10 ng template DNA و 2 U Taq DNA polymerase بودند. برنامه بهینه PCR از دناتوراسیون اولیه min 4 در C°94 و 45 چرخه شامل min 1 در C°94، min 2 در 31، min 2 در C°72 و min 10 در C°72 برای تکثیر پایانی تشکیل شد. استرپتوکوکوس پیوژنز ATCC 19615 و همه جدایه‌های استرپتوکوکوس پیوژنز با استفاده از پروتکل بهینه تایپ‌پذیر بودند و نتایج RAP-PCR آن‌ها تکرارپذیر بود. قدرت افتراق محاسبه شده بسیار مطلوب بود (DI = 1). 16 جدایه استرپتوکوکوس پیوژنز متعلق به 16 سویه بودند که در سه کلاستر اصلی با سطح تشابه 14 درصد طبقه‌بندی شدند.بحث و نتیجه‌گیری: با بهینه‌سازی صحیح شرایط RAPD-PCR، یک پروتکل مناسب و تکرارپذیر برای ژنوتایپینگ جدایه‌های استرپتوکوکوس پیوژنز به دست آمد. پروتکل بهینه به دست آمده در این پژوهش را می‌توان برای انجام RAPD-PCR در مطالعات اپیدمیولوژی جدایه‌های استرپتوکوکوس پیوژنز استفاده نمود.

5. آنالیز ژنتیکی ژنهای پپتید سنتتاز (‏NRPSs‏) در بیوسنتز محصولات طبیعی سیانوباکتری های دریاچه ‏لواسان

بهاره نوروزی؛ عباس اخوان؛ غزاله سلطانی

دوره 8، شماره 30 ، تابستان 1398، ، صفحه 27-54

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2019.113241.1161

چکیده

مقدمه‎:‎‏ سیانوباکتری ها، کاندیدای خوبی برای کشف محصولات طبیعی با کاربرد در صنایع داروسازی هستند. امروزه، عمده ‏متابولیتهای بیواکتیو جدا شده از سیانوباکتری ها به صورت پلی کتیدی ، پپتیدهای ... بیشتر مقدمه‎:‎‏ سیانوباکتری ها، کاندیدای خوبی برای کشف محصولات طبیعی با کاربرد در صنایع داروسازی هستند. امروزه، عمده ‏متابولیتهای بیواکتیو جدا شده از سیانوباکتری ها به صورت پلی کتیدی ، پپتیدهای غیر ریبوزومی و یا هیبریدی از این دو ‏هستند. به رغم مطالعات بسیار در زمینه پراکنش ژنهای ‏NRPS، هیچکدام از آنها در زمینه سویه های سیانوباکتریایی دریاچه ‏لواسان نبوده است. بنابراین، هدف از این مطالعه بررسی همبستگی بین حضور این ژنها با سنتز ترکیبات طبیعی است.‏مواد و روش ها: در این مطالعه، ده سیانوباکتری آب شیرین از دریاچه لواسان بر اساس توالی ژن ‏‎16SrRNA‎‏ شناسایی شدند. ‏PCR‏ ژن ‏NRPS‏ با استفاده از تکنیکهای مولکولی به منظور آنالیز فیلوژنتیک ژنهای مسئول برای تولید متابولیتهای ثانویه انجام ‏شد. به منظور پیشگویی ترکیب پپتیدی، اسید آمینه فعال شده و توالی های امضای مودول آدنیلیشن ‏NRPS‏ از نرم افزارهای ‏بیوانفورماتیک استفاده گردید. آزمایشات غربال گری آنتی بیوگرام با استفاده از روش دیسک انجام گردید. نتایج: نتایج نشان داد که ژنهای ‏NRPS‏ در همه سویه های مطالعه شده موجودند. به علاوه، نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل های ‏بیوانفورماتیک، نوع ترکیب طبیعی، توالی های امضا و پیشگویی اسید آمینه فعال شده را نشان داد. خوشه بندی توالی های ‏پروتئینی ‏NRPS‏ نشان داد که هیچ همبستگی فیلوژنتیکی مشخصی بین دمین های آدنیلیشن و نوع اسید آمینه فعال شده وجود ‏ندارد و این نشان از تنوع بالا درون دمین های آدنیلیشن است. علاوه بر آن، نتایج حاصل از آزمایشات آنتی بیوگرام، همبستگی ‏مثبتی بین حضور این ژنها و فعالیت آنتی میکروبی را نشان داد. ‏بحث‎ ‎و‎ ‎نتیجه‎ ‎گیری‎:‎‏ آنالیز توالی ها نشان داد که آنزیم های رمزگزاری کننده این ژن ها احتمالا مسئول تولید متالبولیتهای ثانویه ‏جدید مانند آنتی بیوتیکها هستند. نتایج حاصل از مطالعه حاضر نشان می دهد که سیانوباکتری های آب شیرین ایران، منبع ‏قابل قبولی برای تولید ترکیبات دارویی هستند. ‏

6. بررسی‌های زیست‌محاسباتی ویژگی‌های ساختاری و عملکردی پروتئین‌های Cry با هدف کنترل زیستی مالاریا

مهسا جلیلی منش؛ علی اکبر حداد مشهد ریزه؛ علی مخدومی؛ محمد رضا حسین دخت

دوره 8، شماره 29 ، بهار 1398، ، صفحه 25-40

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2018.106941.1088

چکیده

مقدمه: امروزه تغییرات اقلیمی و کاربرد گستردۀ حشره‌کش‌های شیمیایی ظهور گونه‌های مقاوم پشۀ آنوفل و مخاطرات زیست‌محیطی فراوانی را در پی داشته است؛ ازاین‌رو، ارائۀ راهکارهای جایگزین ازجمله روش‌های ... بیشتر مقدمه: امروزه تغییرات اقلیمی و کاربرد گستردۀ حشره‌کش‌های شیمیایی ظهور گونه‌های مقاوم پشۀ آنوفل و مخاطرات زیست‌محیطی فراوانی را در پی داشته است؛ ازاین‌رو، ارائۀ راهکارهای جایگزین ازجمله روش‌های کنترل زیستی چشم‌انداز روشنی برای مبارزه با این مخاطرات فراهم کرده است و در این میان، به باکتری‌های دارای قابلیت پشه‌کشی به‌ویژه Bacillus thuringiensisو پروتئین‌های اشتقاق‌یافته از آن نظیر پروتئین‌های سمی Cry توجه ویژه شده است؛ هرچند‌ به بررسی ویژگی‌های ساختاری و عملکردی این سموم که در پژوهش حاضر با بررسی‌های in silico هدف‌گذاری شده چندان توجه نشده است. مواد و روش‏‏ها: توالی پروتئینی Cry4، Cry11، Cry19، Cry24 و Cry 39از پایگاه داده NCBI دریافت و پایش ویژگی‌های ساختاری، عملکردی، فیزیکوشیمیایی، توپولوژیکی، ساختارهای ثانویه و الگو‌سازی سه‌بعدی آنها با برنامه‌هایی نظیر Interproscan، Protparam، TMHMM، Psipredو Modeller 9.15 انجام شد و درنهایت با تعیین گیرنده‌های مرتبط قابلیت عملکردی آنها با داکینگ مولکولی با نرم‌افزار Patchdock سنجیده شد. نتایج: نتایج ویژگی‌های متنوع فیزیکوشیمیایی، غیرترشحی و تجمعی‌بودن سموم را نشان دادند. پایش عملکردی به ردیابی دمین‌هایی با عملکرد مشابه با سایر اعضای پروتئین‌های خانوادۀ Cry منجر شد. پیش‌بینی ساختار ثانویه وجود مارپیچ‌ها و صفحات را طبق الگوی توزیع مشابه با یکدیگر نشان داد؛ همچنین طراحی و ارزیابی کیفیت ساختار در تمام پروتئین‌های سمی در حد مطلوب حاصل شد و ارزیابی میل اتصالی مبین اتصال تمام پروتئین‌های Cry به گیرنده‌های مربوطه و اتصال قوی‌تر Cry11 و Cry24 به بیشتر گیرنده‌ها بود. بحث و نتیجه‏ گیری: نتایج پژوهش حاضر ضمن فراهم‌آوری داده‌های عملکردی مرتبط با سموم پروتئینی Cry، الگوی عملی استفادۀ بهینه از آنها مبتنی بر تولید سموم توانا بر اساس طراحی پروتئین‌های چندعملکردی در راستای کنترل زیستی پشه‌های مالاریا را فراهم کرد.

7. بررسی فراوانی مایکوپلاسما ژنیتالیوم در زنان مبتلا به عفونت واژینال با استفاده از روش PCR در مقایسه با کشت

خدیجه عنصری؛ حسین شهبانی ظهیری؛ منا عبداللهی؛ زهرا حاجی مهدی نوری

دوره 8، شماره 29 ، بهار 1398، ، صفحه 57-64

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2018.108794.1100

چکیده

مقدمه: مایکوپلاسما ژنیتالیوم از باکتری‌های بیماری‌زای واژن محسوب می‌شود که استفاده از روش‌های سنتی میکروبی برای تشخیص آن دقت کمی دارد. هدف مطالعۀ حاضر شناسایی و تعیین فراوانی این باکتری در زنان مبتلا ... بیشتر مقدمه: مایکوپلاسما ژنیتالیوم از باکتری‌های بیماری‌زای واژن محسوب می‌شود که استفاده از روش‌های سنتی میکروبی برای تشخیص آن دقت کمی دارد. هدف مطالعۀ حاضر شناسایی و تعیین فراوانی این باکتری در زنان مبتلا به عفونت واژینال و مقایسۀ آن با افراد سالم به روش واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR)و کشت است. مواد و روش‏‏ها: شرکت‌کنندگان شامل 150 فرد مبتلا به عفونت واژن و 45 فرد سالم (بدون هیچ‌گونه عفونت واژینال) مراجعه‌کننده به بیمارستان امام زمان در رباط کریم طی اردیبهشت تا آبان سال 1392 بودند. به‌منظور بررسی و شناسایی نمونه‌های آلوده به مایکوپلاسما ژنیتالیوم از دو روش کشت و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز استفاده شد. سپس میزان حساسیت و ویژگی هریک از روش‌های یادشده محاسبه شد. داده‌ها با نرم‌افزار SPSS نسخۀ 19 بررسی شدند و مقادیر P کمتر از 05/0 معنادار تلقی شد. نتایج: نتایج نشان می‌دهند از میان 150 نمونۀ عفونی، 107 نمونه (8/71 درصد) در روش PCR و فقط 73 نمونه (3/49 درصد) در روش کشت مثبت گزارش شدند. میزان حساسیت برای PCR 71 درصد و برای روش کشت 49 درصد بود. در گروه افراد سالم، 100 درصد نمونه‌های کشت‌شده منفی بودند که بیان‌کنندۀ ویژگی اختصاصی (Specificity) 100 درصدی این روش است؛ درحالی‌که ویژگی اختصاصی‌بودن محاسبه‌شده در روش PCR 90 درصد است. بحث و نتیجه‏گیری: یافته‌های پژوهش حاضر حساسیت بیشتر روش PCR در مقایسه با روش کشت برای شناسایی مایکوپلاسما ژنیتالیوم و ارتباط قوی بین ابتلا به واژینوز باکتریایی و حضور این باکتری را نشان می‌دهند.

8. بررسی آثار سینرژیستی نانوذرات نقره و نایسین روی ژنوم باکتری اشریشیا کلی

سامرند کارکن؛ بهرام گلستانی ایمانی

دوره 8، شماره 29 ، بهار 1398، ، صفحه 11-23

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2018.110498.1126

چکیده

مقدمه: باتوجه‌به نگرانی روزافزون مقاومت عفونت‌های میکروبی به آنتی‌بیوتیک‌ها و کاهش اثر پپتید (AMP)نایسین به علت افزایش مقاومت سویه‌های باکتریایی، پژوهش‌های گسترده‌ای طی سال‌های اخیر با محوریت نانوفناوری ... بیشتر مقدمه: باتوجه‌به نگرانی روزافزون مقاومت عفونت‌های میکروبی به آنتی‌بیوتیک‌ها و کاهش اثر پپتید (AMP)نایسین به علت افزایش مقاومت سویه‌های باکتریایی، پژوهش‌های گسترده‌ای طی سال‌های اخیر با محوریت نانوفناوری انجام شده است. هدف پژوهش حاضر، بررسی آثار سینرژیستی نانوذرات نقرة متصل به نایسین روی ژنوم باکتری اشریشیا کلی (مدلی از باکتری‌های گرم منفی) است. مواد و روش‏‏ها: پس‌از کشت باکتری در محیط مایع NutrientBroth، تیمار با غلظت‌های50، 75 ،100 و 125 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نانو‌ذرات نقره، غلظت‌های 25، 50، 75، 100، 150 و 200 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نایسین و غلظت‌های 30،50 و 75 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نانوذرات نقرة متصل به نایسین انجام شد. پس‌از خواندن جذب نوری در طول موج 600 نانومتر، DNA نمونه‌های شاهد و تیمارشده با غلظت‌های 50 و 75 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نانوذرات نقره، نایسین، نانوذرات نقرة متصل به نایسین استخراج و از RAPD-PCR برای بررسی اثر ژنومی استفاده شد. نتایج RAPD-PCR با نرم‌افزار NTSYS-PC بر مبنای ضریب Dice برای محاسبة ماتریکس تشابه و UPGMA تجزیه‌و‌تحلیل شد. نتایج: نتایجنشان دادند اثر مهارکنندگی رشد نانوذرات نقرة متصل به نایسین بیشتر از کاربرد انفرادی نایسین و نانوذرات نقره و اثر ژنومی اتصالات یادشده نسبت به نایسین و نانوذرات نقره به‌ترتیب بیشتر و کمتر است؛ بنابراین نانوذرات یادشده و نایسین به‌طور متصل باهم اثر سینرژیستی روی ژنوم باکتری ندارند. بحث و نتیجه‏گیری: امکان استفاده از نانوذرات نقره در حالت متصل به نایسین به‌عنوان مادة ضدباکتری مناسب و قوی با کمترین اثر ژنومی و جهش‌زایی وجود دارد.

9. تغییر در بیان ژن‌های ‏ahpF‏ و ‏tviA‏ در ‏Salmonella enterica PTCC 1230‎‏ ناشی از تنش‌های ‏اسمزی و اکسیداتیو با روش ‏Real-Time PCR

محمد فائزی قاسمی؛ حسین زحمتکش زکریایی

دوره 7، شماره 27 ، پاییز 1397، ، صفحه 13-23

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2018.108142.1097

چکیده

مقدمه: سالمونلا یکی از اعضای خانوادۀ انتروباکتریاسه است که باعث ایجاد بیماری‌های عفونی در انسان و حیوانات می‌شود. این باکتری بیماری‌هایی نظیر تب روده‌ای (تیفوئید)، باکتریمی، انتروکولیت و سالمونلوز ... بیشتر مقدمه: سالمونلا یکی از اعضای خانوادۀ انتروباکتریاسه است که باعث ایجاد بیماری‌های عفونی در انسان و حیوانات می‌شود. این باکتری بیماری‌هایی نظیر تب روده‌ای (تیفوئید)، باکتریمی، انتروکولیت و سالمونلوز ایجاد می‌کند که امروزه معضل بهداشتی در جهان محسوب می‌شوند. هدف بررسی و مطالعۀ حاضر، ارزیابی تغییرات ناشی از تنش‌های اسمزی و اکسیداتیو بر بیان ژن‌های tviAو ahpF در سالمونلا انتریکا PTCC 1230 است. مواد و روش‏‏ها: برای اعمال تنش اسمزی، باکتری در معرض غلظت‌های 6، 8، 10، 12 و 14 درصد وزنی/حجمی سدیم‌کلراید قرار گرفت و برای اعمال تنش اکسیداتیو از غلظت‌های 1200، 2400، 4800، 6000 و 7200 پی‌پی‌ام آب‌اکسیژنه استفاده شد. میزان کمّی تغییر بیان ژن‌های tviAو ahpFبا Real-Time PCR اندازه‌گیری شد. نتایج: غلظت‌های 14 و 10 درصد سدیم‌کلراید و غلظت‌های 7200 و 6000 پی‌پی‌ام آب‌اکسیژنه بیشترین اثر را روی رشد سالمونلا انتریکا PTCC 1230 داشتند. میزان بیان ژن ahpFدر غلظت 7200 پی‌پی‌ام آب‌اکسیژنه نسبت به شرایط 6000 پی‌پی‌ام و ژن مرجع (16S rRNA) به‌ترتیب 8/1 و 5/2 برابر افزایش یافت. همچنین بیان ژن tviA در غلظت 14 درصد سدیم‌کلراید نسبت به غلظت 10 درصد و ژن مرجع (16S rRNA) به‌ترتیب 3/1 و 5/1 برابر افزایش یافت. بحث و نتیجه‏گیری: در پژوهش حاضر، میزان تغییر بیان ژن‌های tviA و ahpF در شرایط تنش‌های اسمزی و اکسیداتیو در باکتری سالمونلا انتریکا PTCC 1230 با روش Real-Time PCR بررسی شد. با‌توجه‌به نتایج، مشخص شد بیان ژن‌هایahpF و tviA در شرایط تنش افزایش می‌یابد و بررسی پاسخ سایر ژن‌ها به تنش‌های محیطی پیشنهاد می‌شود.

10. بیان ژن‌های ‏recF‏ و ‏gyrB‏ در جهش‌یافتۀ اشریشیا‌کلی با مقاومت کم به سیپروفلوکساسین

مرضیه سادات موسوی؛ راضیه پوراحمد؛ محمدرضا محزونیه

دوره 7، شماره 27 ، پاییز 1397، ، صفحه 53-60

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2018.109936.1115

چکیده

مقدمه: همانند‌سازی و نوترکیبی دو فرایند اساسی سلولی هستند و GyrB و RecF دو پروتئین هستند که به‌ترتیب در فرایندهای یادشده شرکت می‌کنند. GyrB زیرواحد آنزیم DNAجیراز است؛ آنزیمی که ابرپیچش منفی در DNA ژنومی را ... بیشتر مقدمه: همانند‌سازی و نوترکیبی دو فرایند اساسی سلولی هستند و GyrB و RecF دو پروتئین هستند که به‌ترتیب در فرایندهای یادشده شرکت می‌کنند. GyrB زیرواحد آنزیم DNAجیراز است؛ آنزیمی که ابرپیچش منفی در DNA ژنومی را حفظ می‌کند. RecF به سوار‌شدن RecA در شکاف تک‌رشته کمک می‌کند و بعداً RecA تک‌رشته را ترمیم می‌کند. ژن‌های کد‌کنندۀ این پروتئین‌ها در یک اپرون قرار دارند. علاوه‌بر پروموتر عمومی که در فاز نمایی استفاده می‌شود، RecF دارای پروموتر خودی است که در فاز رکود فعال می‌شود. هدف مطالعۀ حاضر بررسی بیان این ژن‌ها و پیشگویی الگوی بیان RecF در حضور سیپروفلوکساسین است. مواد و روش‏‏ها: ابتدا RNA سلول‌ها در فاز نمایی استخراج و پس‌از سنتز cDNA، بیان نسبی ژن‌های recF و gyrB در جهش‌یافتۀ اشریشیا کلی دارای مقاومت کم به سیپروفلوکساسین به روش Real Time PCR ارزیابی شد. نتایج: نتایجنشان دادند هر دو ژن یادشده به‌طور مشابه در فاز نمایی سلول جهش‌یافتۀ تیمار‌شده با مقدار کم سیپروفلوکساسین بیش‌بیان می‌شوند. بحث و نتیجه‏گیری: طبق نتایج، سیپروفلوکساسین بیش‌بیان ژن‌های یادشده را القا می‌کند؛ هرچند سطح مشابه بیان ممکن است رونویسی RecF توسط پروموتر خودی را پیشنهاد نکند و در نتیجه RecF برای ترمیم آسیب ناشی از سیپروفلوکساسین لازم است؛ هرچند حیات سلول به‌طور کامل وابسته به این پروتئین نیست.

11. سنجش زیستی و غربال‌گری مولکولی آنزیم پکتیناز در باکتری‌های نمک‌دوست جداشده از دریاچه‌های نمکی ایران

زهره نصرالله زاده؛ انسیه صالح قمری؛ محمد طهماسب؛ محمد علی آزموزگار

دوره 7، شماره 26 ، تابستان 1397، ، صفحه 115-122

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2017.77717.0

چکیده

مقدمه: پکتیناز یا آنزیم‌های پکتینولاتیکی، کمپلکس آنزیمی شامل سه آنزیم پکتین‌متیل‌استراز (EC.3.1.1.11)، پکتین‌لیاز (EC.4.2.2.2) و پلی‌گالاکتوروناز (EC.3.2.1.15) هستند که باعث تجزیه پکتین موجود در دیواره سلول‌های ... بیشتر مقدمه: پکتیناز یا آنزیم‌های پکتینولاتیکی، کمپلکس آنزیمی شامل سه آنزیم پکتین‌متیل‌استراز (EC.3.1.1.11)، پکتین‌لیاز (EC.4.2.2.2) و پلی‌گالاکتوروناز (EC.3.2.1.15) هستند که باعث تجزیه پکتین موجود در دیواره سلول‌های گیاهی می‌شوند. این آنزیم‌ها مصرف‌های صنعتی بسیاری دارند که تعدادی از آنها در شرایط حاد از نظر دما، اسیدیته و غظت نمک فعال هستند. در پژوهش حاضر، به بررسی و شناسایی باکتری‌هایی پرداخته شد که آنزیم پکتیناز را در شرایط حاد غلظت نمک تولید می‌کنند و سپس ژن مولد این آنزیم در باکتری‌ها بررسی و شناسایی شد. مواد و روش‏‏ها: سویه‌های جمع‌آوری‌شده از دریاچه‌های ارومیه، گمیشان و اینچه‎برون‎ روی محیط حاوی پیش‌ماده پکتین کشت داده شدند و سویه‌های مثبت با معرف یدید/یدیدپتاسیم و با توجه به هاله‌های شفاف ایجادشده انتخاب شدند و سنجش کمی فعالیت آنزیم روی هر سه آنزیم مجموعه پکتینازی به روش اسپکتروفوتومتری انجام شد. برای غربال مولکولی ژن پکتیناز، پرایمرهای مربوطه طراحی شدند و ژن مدنظر تکثیر شد. نتایج: از بین 130 سویه بررسی‌شده، 17 سویه برای این آنزیم مثبت بودند که 10 سویه از دریاچه گمیشان (59 درصد)، 6 سویه از دریاچه اینچه‌برون (35 درصد) و 1 سویه از دریاچه ارومیه (6 درصد) جداسازی شده بود. با توجه به قطر هاله فعالیت آنزیم در آزمون کیفی، میزان فعالیت هر سه آنزیم پکتینازی در سویه R2S25 از دریاچه اینچه‌برون اندازه‌گیری و منحنی رشد ترسیم شد. در بررسی مولکولی، تمام سویه‌ها حاوی قطعه ژنی مدنظر بودند. بحث و نتیجه‏گیری: بررسی‌های کمی نشان دادند در سویه R2S25، تولید و فعالیت آنزیم‌های پکتینازی هم‌زمان با افزایش رشد سویه منتخب در فاز لگاریتمی انجام می‌شود. بررسی‌های مولکولی، حضور ژن این آنزیم را در جنس‌‌های مارتللا، آئروموکروبیوم، پلنوکوکوس، مارینوباکتر، ویرجی‌باسیلوس، کوکوریا و میکروکوکوس تأیید می‌کنند.

12. ردیابی ژن بتالاکتاماز در باکتری‌های جداشده از خاک‌های کشاورزی، چراگاه و معدن پیرامون معادن استان همدان، ایران

نیره یونسی؛ علی اکبر صفری سنجانی؛ غلام خداکرمیان

دوره 6، شماره 23 ، پاییز 1396، ، صفحه 35-48

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2017.21660

چکیده

مقدمه: فعالیت‌های کشاورزی یکی از راه‌های افزایش و پراکنش مقاومت پادزیستی در باکتری‌های بیماری‌زای انسانی هستند. از آنجا که پادزیست‌های گروه بتالاکتام بیشترین درصد پادزیست‌های استفاده‌شده در اکثر ... بیشتر مقدمه: فعالیت‌های کشاورزی یکی از راه‌های افزایش و پراکنش مقاومت پادزیستی در باکتری‌های بیماری‌زای انسانی هستند. از آنجا که پادزیست‌های گروه بتالاکتام بیشترین درصد پادزیست‌های استفاده‌شده در اکثر کشورها هستند، سنجش فراوانی ژن‌های بتالاکتاماز یکی از ملاک‌های بررسی گسترش مقاومت پادزیستی باکتری‌ها است. بنابراین در پژوهش حاضر، فراوانی باکتری‌های کشت‌پذیر دارای ژن bla-TEMدر خاک‌های با کاربری گوناگون آزمون شد. مواد و روش‏‏ها: تعداد 44 باکتری گرم مثبت و 34 باکتری گرم منفی از خاک‌های کشاورزی، چراگاه و معدن روی کشتگاه آگار مغذی جدا و برای ردیابی ژن bla-TEM با PCR بررسی شدند. سپس، توان مقاومت باکتری‌‌های bla+ به پادزیست‌ها با روش پخشیدگی دیسک با 7 دیسک آموکسی‌سیلین، آمپی‌سیلین، استرپتومایسین، ونکومایسین، تتراسایکلین، داکسی‌سایکلین و جنتامایسین بررسی شد. در پایان، 5 جدایه bla+ شناسایی شدند که به بیش از یک پادزیست مقاوم بودند. ‏‏ نتایج: بیشترین فراوانی ژن‌های بتالاکتاماز در باکتری‌های گرم منفی و گرم مثبت چراگاه‌ها دیده شد. در کاربری‌های کشاورزی و معدن نیز درصد زیادی جدایه bla+ یافت شد که بسیاری از آنها از دید فنوتیپی نیز به آموکسی‌سیلین و آمپی‌سیلین مقاوم بودند. تعداد 5 جدایه دارای ژن بتالاکتاماز با مقاومت چندگانه به پادزیست‌ها شناسایی شدند که باکتری‌های جنس آمینوباکتر، اکروموباکتر، باسیلوس، بروی‌باسیلوس و برووندیموناس بودند. بحث و نتیجه‏گیری: زیادبودن شمار باکتری‌های دارای ژن‌های بتالاکتاماز در همه کاربری‌ها ممکن است به ‌دلیل کارکردهای دیگر این ژن‌ها مانند دفع ترکیبات سمی نظیر فلزهای سنگین از زیستگاه آلوده باشد. حساسیت فنوتیپی برخی جدایه‌ها که ژن‌های مقاومت به آموکسی‌سیلین کلاولانیک‌اسید در آنها شناسایی شد، به درجه‌های گوناگون مقاومت ژن‌ها در برابر پادزیست‌ها وابسته است. برخی باکتری‌های شناسایی‌شده از جنس‌های بیماری‌زا بودند و وجود این باکتری‌ها در خاک‌ها و سرایت آنها به گیاه موجب آسیب به سلامت گیاه می‌شود. همچنین فراوانی باکتری‌های دارای ژن‌های بتالاکتاماز در خاک‌های کشاوررزی، ناکارامدی روزافزون پادزیست‌های بتالاکتام را نشان داد.

13. شناسایی سریع و اختصاصی سرووار بیماری‌زای سالمونلا تیفی‌موریوم با استفاده از روش تکثیر هم‌دمای به‌واسطه حلقه (LAMP)

هادی روان؛ مژده اماندادی

دوره 6، شماره 23 ، پاییز 1396، ، صفحه 85-94

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2017.21665

چکیده

مقدمه: باکتری سالمونلا تیفی‌موریوم یکی از بیماری‌زاهای غذایی مهم و از علل شایع سالمونلوزیس است که گاهی به عفونت خون یا حتی مرگ منجر می‌شود. در مطالعه حاضر، این سرووار بیماری‌زا با روش تکثیر هم‌دمای ... بیشتر مقدمه: باکتری سالمونلا تیفی‌موریوم یکی از بیماری‌زاهای غذایی مهم و از علل شایع سالمونلوزیس است که گاهی به عفونت خون یا حتی مرگ منجر می‌شود. در مطالعه حاضر، این سرووار بیماری‌زا با روش تکثیر هم‌دمای به‌واسطه حلقه (LAMP) شناسایی شد. مواد و روش‏‏ها: از 6 پرایمر اختصاصی برای تکثیر ژن STM4497 و شناسایی سویه‌های سالمونلا تیفی‌موریوم و از روش‌های کدورت‌سنجی و ژل-‌الکتروفورز برای آشکارسازی محصول‌های واکنش استفاده شد. همچنین، کارایی روش LAMP برای شناسایی سویه‌های سالمونلا تیفی‌موریوم در نمونه‌های گوشت مرغ آلوده‌شده به‌شکل مصنوعی به این باکتری بررسی شد. نتایج: اختصاصیت این روش روی جدایه‌های مختلف سالمونلا و غیر سالمونلا ارزیابی و نتایج مثبت تنها برای جدایه‌های سالمونلا تیفی‌موریوم حاصل شدند. حساسیت این روش برای سویه‌های یادشده، 10 کلنی در هر تیوب واکنش بود که نسبت به روش‌های ارائه‌شده پیشین برای شناسایی این سرووار بیشتر است. ارزیابی این روش روی نمونه‌های گوشت آلوده‌شده به‌شکل مصنوعی با سالمونلا تیفی‌موریوم نشان داد که روش حاضر، این باکتری را با حساسیت 103 کلنی در آغاز انکوباسیون و 10 کلنی پس از 4 ساعت انکوباسیون شناسایی می‌کند. بحث و نتیجه‏گیری: با توجه به اختصاصیت و حساسیت زیاد روش حاضر و ارزان‌قیمت‌بودن آن به دلیل ‌نیازنبودن استفاده از دستگاه‌ گران‌قیمت ترموسیکلر و ژل-الکتروفورز نتیجه‌گیری می‌شود که این روش ابزاری قدرتمند، دقیق و ارزان برای شناسایی سرووار بیماری‌زای سالمونلا تیفی‌موریوم در آزمایشگاه‌های کنترل کیفی مواد غذایی و آزمایشگاه‌های تشخیصی با تجهیزات اندک است.

14. وقوع سویه‌های وروتوکسیژن باکتری اشریشیا کلی در مدفوع گاو⁭ و مقاومت آنتی‌بیوتیکی آنها در گاوداری‌های اطراف شهرکرد

مجتبی بنیادیان؛ حمداله مشتاقی؛ پروین بهروزی

دوره 6، شماره 23 ، پاییز 1396، ، صفحه 75-84

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2017.21664

چکیده

مقدمه: رنگ‌های به‌طور معمول اشریشیا کلی در فلور میکروبی روده حیوانات خونگرم وجود دارد و از راه مدفوع در محیط پراکنده و موجب آلودگی آب، خاک و در نتیجه میوه و سبزیجات می⁭شود .سویه‌های اشریشیا کلی انتروهموراژیک، ... بیشتر مقدمه: رنگ‌های به‌طور معمول اشریشیا کلی در فلور میکروبی روده حیوانات خونگرم وجود دارد و از راه مدفوع در محیط پراکنده و موجب آلودگی آب، خاک و در نتیجه میوه و سبزیجات می⁭شود .سویه‌های اشریشیا کلی انتروهموراژیک، گروهی از بیماری‌زاهای غذازاد و تهدیدی برای سلامت عمومی هستند و باعث بروز اسهال خونی و سندروم اورمیک همولیتیک (HUS) می‌شوند. هدف مطالعه حاضر، جداسازی و شناسایی سروتیپ O157: H7 و سایر سویه‌های وروتوکسیژن و جستجوی ژن⁭های حدت (stx2، stx1، eaeAو rfbE) در کشت سوآب مدفوعی گاو با استفاده از آزمون واکنش زنجیره⁭ای پلیمراز در منطقه شهرکرد است.‏‏ مواد و روش‏‏ها: در بهار و تابستان 1394، 400 نمونه سوآب مدفوعی از گاو⁭های منطقه شهرکرد جمع⁭آوری و به آزمایشگاه میکروب‌شناسی دانشکده دامپزشکی دانشگاه شهرکرد منتقل شدند. پس از انجام مراحل کشت، آزمون‌های میکروبی و بیوشیمیایی برای جداسازی باکتری E.coli انجام شدند. از آزمون PCR برای تشخیص سروتیپ O157: H7 و جدایه‌های وروتوکسیژنیک با شناسایی ژن های rfbE، stx1، stx2 و eaeA استفاده شد. برای تعیین الگوی مقاومت آنتی‌بیوتیکی جدایه‌های وروتوکسیژن، آزمون آنتی‌بیوگرام برای برخی آنتی‌بیوتیک‌های رایج انجام شد. نتایج: سروتیپ O157:H7 از هیچ⁭یک از نمونه⁭های آزمون‌شده جدا نشد، اگرچه نتایج PCR نشان دادند که از تعداد 384 سویه جداشده، 104 جدایه (27 درصد) حاوی ژن stx1، 36 جدایه (37/9 درصد) حاوی ژن stx2 و 16 جدایه (16/4 درصد) حاوی هر دو ژن بودند و ژن eaeAدر 280 جدایه (91/72 درصد) وجود داشت. از میان سویه‌های وروتوکسیژنیک، مقاومت آنتی⁭بیوتیکی نسبت به آنتی⁭بیوتیک⁭های تتراسایکلین (1/87 درصد)، آمپی‌سیلین (62/51 درصد)، سفتاکسیم (38/48 درصد)، جنتامایسین (81/25 درصد)، سیپروفلوکساسین(22/3 درصد) و سولفامتوکسازول (22/3 درصد) مشاهده شد. بحث و نتیجه‏گیری: اگرچه سروتیپ O157:H7 در مدفوع گاو⁭ها وجود نداشت، سایر جدایه⁭های وروتوکسیژن از مدفوع گاو در محیط پراکنده می‌شوند و نسبت به برخی از آنتی⁭بیوتیک⁭های رایج مقاومت زیادی نشان می‌دهند و بنابراین خطر جدی برای بهداشت انسان محسوب می‌شوند.

15. بررسی مقایسه‌ای ویژگی‌های ساختاری، عملکردی و دامنۀ میزبانی آنزیم‌ها و پروتئین‌های مؤثر در تولید و تجمع لیپید در منابع بیودیزلی

نجمه فرمانبر؛ علی اکبر حداد مشهدریزه؛ جعفر همت

دوره 6، شماره 22 ، تابستان 1396، ، صفحه 59-76

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2017.21569

چکیده

مقدمه: بیودیزل، سوختی زیستی با قابلیت اشتقاق از اسیدهای چرب انباشته‌شده در سلول‌های جانوری، گیاهی، جلبک‌ها، قارچ‌ها و باکتری‌ها، ضمن تجدیدپذیری، زیست‌تخریب‌پذیر است که گوگرد و ترکیبات آروماتیک ... بیشتر مقدمه: بیودیزل، سوختی زیستی با قابلیت اشتقاق از اسیدهای چرب انباشته‌شده در سلول‌های جانوری، گیاهی، جلبک‌ها، قارچ‌ها و باکتری‌ها، ضمن تجدیدپذیری، زیست‌تخریب‌پذیر است که گوگرد و ترکیبات آروماتیک ندارد. بنابراین راهکارهای گسترده‌ای به‌منظور توسعه و افزایش راندمان تولید چربی در منابع بیودیزلی در دستور کار است که در این میان فناوری‌های نوین زیستی مبتنی بر کاربری مکانیسم‌های مولکولی مرتبط می‌تواند راهگشا باشد.‏‏ مواد و روش‏‏ها: در این پژوهش بررسی مکانیسم‌های مولکولی و آنزیم‌های کلیدی دخیل در تولید و تجمع لیپید در منابع بیودیزلی مبتنی بر مرور منابع و داده‌پردازی‌های رایانه‌ای در دستور کار قرار گرفت. بررسی ویژگی‌های ساختاری، عملکردی و دامنۀ میزبانی با استفاده از برنامه‌های InterProScan 5، Motif scan،Conserved Domain، ProtParam،TMHMM،GC content calculator،NetNGlyc، NetPhos،Sulfinator، Protein Blast و MEGA6 انجام شد.‏‏ نتایج: تجزیه و تحلیل مکانیسم‌های مولکولی مرتبط منجر به آشکارسازی دی‌آسیل‌گلیسرول‌آسیل‌ترانسفراز (DGAT)، واکس‌استرسنتتاز/ دی‌آسیل‌گلیسرول‌آسیل‌ترانسفراز (WS/DGAT)، اولئوسین، MLDP و TadA به‌عنوان آنزیم‌ها و پروتئین‌های مؤثر در تولید و تجمع لیپید در جانداران مطرح بیودیزلی شد. بررسی ویژگی‌های ساختاری ژن‌های مسئول، ضمن آشکارسازی طول و محتوی CG متفاوت، پیوسته‌بودن ساختاری برخی از آنها را نشان داد؛ از سوی دیگر بررسی ویژگی‌های ساختاری آنزیم‌ها و پروتئین‌های ذکرشده با تعیین موقعیت سلولی آنها، حضور دمین‌های عملکردی Oleosin، UPF0089، DAGAT،MBOAT و آپولیپوپروتئین را در این آنزیم‌ها نشان داد. همچنین، قابلیت تأثیرپذیری تمامی آنزیم‌های انتخابی از تغییرات پس از ترجمه در این پژوهش مشخص شد؛ علاوه بر این، آشکارسازی دامنۀ میزبانی آنزیم‌ها و پروتئین‌های ذکرشده، منجر به معرفی گونه‌هایVernicia fordii،Ricinus communis،Dunaliella parva، Thalassiosira pseudonana، Saitoella complicata، Rhodococcus imtechensis و Rhodococcus wratislaviensis با قابلیت احتمالی تولید بالای چربی، به‌عنوان منابع نوین بیودیزلی شد. بحث و نتیجه‏گیری: نتایج حاصل از این پژوهش ضمن معرفی دمین‌ها و موتیف‌های عملکردی مؤثر در مسیر سنتز بیودیزل، منجر به آشکارسازی جانداران توانا با قابلیت احتمالی تولید این نوع از سوخت زیستی شد که باید در شرایط آزمایشگاهی مورد آزمون‌های بیشتری قرار گیرند.‏‏

16. تشخیص مولکولی سریع بیماری لکه قهوه‌ای مرکبات با استفاده از ژن ACT در Alternaria alternata

حمید مقیمی؛ امیر مرادی؛ جواد حامدی

دوره 6، شماره 22 ، تابستان 1396، ، صفحه 89-99

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2017.21559

چکیده

مقدمه: امروزه استفاده از روش‌های شناسایی سریع عوامل بیماری‌زای گیاهی در پیشگیری از شیوع آفت‌ها در کشاورزی اهمیت بسیاری دارد. بیماری لکه قهوه‌ای از رایج‌ترین بیماری‌های مرکبات در کشور است که جدایه‌های ... بیشتر مقدمه: امروزه استفاده از روش‌های شناسایی سریع عوامل بیماری‌زای گیاهی در پیشگیری از شیوع آفت‌ها در کشاورزی اهمیت بسیاری دارد. بیماری لکه قهوه‌ای از رایج‌ترین بیماری‌های مرکبات در کشور است که جدایه‌های بیماری‌زای Alternaria alternataآن را ایجاد می‌کنند.‏‏ مواد و روش‏‏ها: در پژوهش حاضر، برای نخستین بار روش مولکولی مبتنی بر PCR برای تشخیص سریع بیماری لکه قهوه‌ای ارائه شده است. به این منظور، از باغ‌های مرکبات کشور نمونه‌گیری و 9 جدایه A. alternata در محیط PDA حاصل شدند. بررسی فعالیت بیماری‌زایی گیاهی جدایه‌های حاصل روی برگ‌های نارنگی نشان داد که این جدایه‌ها عامل ایجاد بیماری لکه قهوه‌ای هستند. واکنش PCR برای ژن توکسین اختصاصی ACT روی DNA استخراج‌شده جدایه‌های A. alternate همراه با 11 نمونه قارچ غیر از A. alternata (شاهد منفی) و 5 نمونه DNA استخراج‌شده از خاک انجام شد. نتایج: نتایج پژوهش حاضر نشان داد که با پرایمرهای طراحی‌شده و انجام PCR اختصاصی روی ژن ACT توکسین، A. alternata عامل بیماری لکه قهوه‌ای با‌دقت زیادی نسبت به انواع غیربیماری‌زا شناسایی می‌شود. نتایج روش PCR آشیانه‌ای نیز تأییدکنندۀ واکنش اولیه و اختصاصی‌بودن واکنش برای A. alternata عامل لکه قهوه‌ای بود. براساس نتایج PCR، برای نمونه شاهد هیچ‌یک از جدایه‌های استاندارد قارچی بجز A. alternata باند تکثیری مشاهده نشد. همچنین نمونه DNA استخراج‌شده از خاک باغ‌های آلوده حضور توکسین ACT را تأیید کرد.‏ بحث و نتیجه‏گیری: روش مولکولی ارائه‌شده در این پژوهش در تشخیص سریع و پیشگیری از عفونت لکه قهوه‌ای در باغ‌های مرکبات کشور استفاده می‌شود.

17. جداسازی، تعیین هویت وتهیۀ الگوی ژنومی باکتری‌های عضوکمپلکس مایکوباکتریوم‌توبرکولوزیس از گاو های توبرکولین مثبت استان قم با روش PGRS RFLP

سینا نیمروز؛ نادر مصوری؛ تقی زهرایی صالحی

دوره 6، شماره 21 ، بهار 1396، ، صفحه 47-52

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2017.21311

چکیده

مقدمه: مایکوباکتریوم‌بویس عامل اصلی ایجاد سل در گاوها است. در مطالعۀ حاضر یافته‌های مربوط به جداسازی، تعیین هویت وتهیۀ الگوی ژنومی باکتری‌های عضوکمپلکس مایکوباکتریوم‌توبرکولوزیس (MTbC) از گاوهای توبرکولین ... بیشتر مقدمه: مایکوباکتریوم‌بویس عامل اصلی ایجاد سل در گاوها است. در مطالعۀ حاضر یافته‌های مربوط به جداسازی، تعیین هویت وتهیۀ الگوی ژنومی باکتری‌های عضوکمپلکس مایکوباکتریوم‌توبرکولوزیس (MTbC) از گاوهای توبرکولین مثبت استان قمباروشRFLPبااستفادهازپروبPGRSبررسیشدهاست. ‏‏ مواد و روش‏‏ها: از دی 1391 تا بهمن 1392 غدد لنفاوی اصلی سر و تنه لاشۀ 30 رأس گاو توبرکولین مثبت استان قم بر روی محیط لونشتاین ـ جانسون گلیسرینه و پیروات‌دار کشت و 8 تا 12 هفته در C° 37 نگهداری شدند. بر تمام لوله‌های کشت دارای رشد باکتریایی اسید فست، PCR-IS6110اجرا شد و جدایه‌های عضو MTbC به‌روشRFLP-PGRSژنوتایپ شدند. نتایج: در 21 نمونه در آزمایش PCR-IS6110 وجود MTbC تأیید شد و در RFLP-PGRS در مجموع سه تیپ ژنتیکی شناسایی شد. بحث و نتیجه‏گیری: آلودگی گله‌های گاو در استان قم به MTbC اهمیت خطر احتمالی انتقال بیماری به میزبان‌های انسانی را نشان می‌دهد. شناسایی سه تیپ ژنتیکی در میان 21 جدایۀ استان قم ضمن نشان‌دادن فعالیت سویه‌های مختلف MTbC در منطقه، وجود تنوع ژنتیکی این باکتری‌ها را در استان قم نشان می‌دهد که تعیین میزان گستردگی آن نیازمند به انجام پژوهش‌های تکمیلی خواهد بود. با درنظرگرفتن تنوع ژنتیکی حاضر در جمعیت MTbC در استان قم، به نظر می‌رسد برنامۀ در حال اجرای تست و کشتار در این استان نیازمند بازنگری و تقویت مبانی راهبردی در اجرا باشد.‏‏

18. مقاومت آنتی‌بیوتیکی سویه‌های وروتوکسیژن باکتری اشریشیا کلی جدا شده از سبزیجات

مجتبی بنیادیان؛ حمدالله مشتاقی؛ لعیا محمد تقی‌پور

دوره 5، شماره 20 ، زمستان 1395، ، صفحه 9-16

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2017.21142

چکیده

مقدمه: عفونت‌های گوارشی ناشی از سویه‌های وروتوکسینزای باکتری اشریشیا کلی در دهه‌های اخیر شناسایی شده است. اشریشیا کلیO157:H7 مهمترین سروتیپ از این گروه است که موجب اسهال خونی و سندرم همولیتک اورمیک در ... بیشتر مقدمه: عفونت‌های گوارشی ناشی از سویه‌های وروتوکسینزای باکتری اشریشیا کلی در دهه‌های اخیر شناسایی شده است. اشریشیا کلیO157:H7 مهمترین سروتیپ از این گروه است که موجب اسهال خونی و سندرم همولیتک اورمیک در انسان می‌شود. این مطالعه به منظور شناسایی سویه‌های وروتوسینزای باکتری اشریشیا کلی جداشده از سبزیجات و مقاومت آنتی بیوتیکی آنها طراحی و اجرا شد. مواد و روش‏‏ها: 500 نمونه سبزیجات عرضه شده در شهرکرد به طور تصادفی از مغازه‌های خرده فروشی سطح شهر جمع آوری شد. آزمون‌های میکروبیولوژی و بیوشیمیایی به منظور جداسازی باکتری اشریشیا کلی روی نمونه‌ها انجام شد. آزمون زنجیره‌ای پلیمراز برای شناسایی ژن‌های stx1, stx2, eaeو rbfE روی جدایه‌ها انجام و همچنین مقاومت آنتی‌بیوتیکی جدایه‌ها نسبت به آنتی‌بیوتیک‌ها به روش دیسک انتشاری ارزیابی شد. نتایج: نتایج نشان داد که از میان 25 باکتری اشرشیا کلی جدا شده 40 درصد واجد ژن eaeA ، 12 درصد واجد ژن STx2 و 4 درصد واجد هر دو ژن بودند. هیچیک از جدایه‌ها واجد ژن‌های rfbE، H7 و Stx1نبودند. آزمون‌های آنتی‌بیوگرام نشانگر مقاومت بالای جدایه‌ها در برابر جنتامایسین و سفوتوکسیم بود. بحث و نتیجه‏گیری: حضور سویه‌های وروتوکسینزای باکتری اشریشیا کلی در سبزیجاتو مقاومت بالای جدایه‌ها در برابر آنتی‌بیوتیک‌ها می‌تواند یک خطر بالقوه برای بهداشت انسان باشد.

19. توالی نوکلئوتیدی و آنالیز فیلوژنتیکی ژن گلیکوپروتئینی ویروس سپتی سمی هموراژیک ویروسی (VHS) جداشده از ماهیان قزل‌آلای رنگین‌کمان استان چهار محال و بختیاری

حسین مومنی؛ فیروز فدایی فرد؛ حسن ممتاز؛ منوچهر مومنی

دوره 5، شماره 19 ، پاییز 1395، ، صفحه 1-10

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2016.21006

چکیده

مقدمه: سپتی سمی هموراژیک ویروسی به‌عنوان جدی‌ترین بیماری ماهی قزل‌آلای رنگین‌کمان درصنعت آبزی‌پروری شناخته شده است. در مطالعۀ حاضر ژن گلیکوپروتئینی ویروس سپتی سمی هموراژیک ویروسی (VHS) شناسایی شد، ... بیشتر مقدمه: سپتی سمی هموراژیک ویروسی به‌عنوان جدی‌ترین بیماری ماهی قزل‌آلای رنگین‌کمان درصنعت آبزی‌پروری شناخته شده است. در مطالعۀ حاضر ژن گلیکوپروتئینی ویروس سپتی سمی هموراژیک ویروسی (VHS) شناسایی شد، و تعیین توالی و آنالیز فیلوژنتیکی برخی ویروس‌های جداشده از ماهیان قزل‌آلای رنگین‌کمان کشور انجام شد‏. ‏‏ مواد و روش ‏‏ها: نمونه‌های مشکوک به بیماری VHS که از مزارع پرورش قزل‌آلای رنگین‌کمان استان چهارمحال و بختیاری جمع‌آوری شده بود با استفاده از آزمون (RT- PCR) Reverse transcriptase PCR سنجش شد. در این میان هشت نمونه به‌عنوان سویۀ مثبت شناسایی شد. در این تست، ژن گلیکوپروتئینی (G) ویروس ردیابی گردید و جهت تعیین ردیف نوکلئوتیدی تعیین توالی شد. نتایج حاصل از مقایسۀ ردیف نوکلئوتیدی تعیین‌شده در این مطالعه با توالی شناخته‌شدۀ ژن گلیکوپرتئینی سایر ویروس‌ها مطالعۀ فیلوژنتیکی شد. ‏‏ نتایج: نتایج حاصل از مطالعۀ حاضر نشان داد که بین صفر تا 4/7 درصد تنوع ژنتیکی در ژن گلیکوپروتئینی وجود دارد و در این میان بیشترین قرابت با ردیف نوکلئوتیدی ژن گلیکوپروتئینی درآلمان (توالی EU708818) با 100درصد تشابه و کمترین قرابت مربوط به جدایه‌های این ویروس در ژاپن (توالی AB672616) و ترکیه (توالیJF415091) هر کدام با 60/92 درصد قرابت مشاهده شد. ‏ بحث و نتیجه ‏گیری: با توجه به قرابت ژنتیکی ویروس‌های VHS جداشده از ایران با سویه‌های اروپائی به‌ویژه آلمان و فرانسه احتمال وجود ارتباط بین شیوع بیماری VHS ایران و تخم‌های چشم‌زدۀ وارداتی از کشورهای ذکرشده وجود دارد‏. ‏‏

20. تراریختی ریسه‌های قارچ چربی‌ساز alpina Mortierella با استفاده از سیستم تراریختی AMT (Agrobacterium Mediated Transformation)

آیدا جوانمرد؛ فروغ سنجریان؛ زهره حمیدی

دوره 5، شماره 18 ، تابستان 1395، ، صفحه 1-10

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2016.20379

چکیده

مقدمه: قارچ رشته‌ای Mortierella alpina منبع غنی از اسیدهای چرب غیراشباع به‌خصوص آراشیدونیک اسید است. این ماده پیش‌ساز تولید تعدادی از ایکوزانوئید‌هاست که در رئولوژی خون، فعال‌سازی پلاکت‌ها و عملکرد لوکوسیت‌ها ... بیشتر مقدمه: قارچ رشته‌ای Mortierella alpina منبع غنی از اسیدهای چرب غیراشباع به‌خصوص آراشیدونیک اسید است. این ماده پیش‌ساز تولید تعدادی از ایکوزانوئید‌هاست که در رئولوژی خون، فعال‌سازی پلاکت‌ها و عملکرد لوکوسیت‌ها و ویژگی‌های عملکردی غشای سلولی نقش دارد. ‏‏ مواد و روش‏‏ ها: در این مطالعه انتقال ژن بتا گلوکورونیداز به قارچ M. alpina CBS754/68 با استفاده از باکتری‌های Agrobacterium rhizogenes و Agrobacterium tumefaciens بررسی شد. باکتری‌های حاوی ناقلpBI121 برای تراریختی ریسه‌های قارچ استفاده شد. ریسه‌های سه روزه با سه تیمار یک، دو و سه ساعت در معرض قرارگیری سلول‌های باکتری در حضور استوسیرینگون به‌عنوان بافت هدف استفاده شد. پایداری میتوزی تراژن تا نسل سوم (T2) در قارچ‌های تراریخت با استفاده از رنگ‌آمیزی هیستوشیمیایی GUS و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز بررسی شد. ‏‏ نتایج: نتایج نشان داد بیشترین درصد تراریختی مربوط به باکتری A. tumefaciens و بیشترین پایداری میتوزی در تراریخت‌های حاصل از کاربرد A. rhizogenes است. ‏ بحث و نتیجه‏ گیری: نتایج به‌دست‌آمده نشان داد که برای حصول نتیجه با بازده تراریختی بیشتر و پایدارتر استفاده از گونه مناسب Agrobacterium فاکتوری اساسی است. نوع گونه و سویه قارچ و شرایط آزمایش در انتقال ژن به این روش بسیار مؤثر است. این اولین گزارش برای تراریختی قارچ اتوتروف M. alpina با استفاده از Agrobacterium است. ‏‏

21. همسانه‌سازی ژن پیروات دکربوکسیلاز مؤثر در تولید بیواتانول در باکتری اشرشیا کلای

معصومه زینالی؛ بهمن حسینی؛ سدابه جهانبخش؛ محمود رضا زاد باری؛ میثم طباطبایی

دوره 5، شماره 18 ، تابستان 1395، ، صفحه 11-28

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2016.20380

چکیده

مقدمه: اتانول ساخته‌شده از زیست‌توده یکی از راهبردهای بی‌نظیر و سودمند از لحاظ اقتصادی و محیطی است و می‌تواند به‌عنوان یک سوخت پاک و ایمن، جایگزین سوخت‌های فسیلی شود‏. ‏‏ مواد و روش‏ ‏ها: ... بیشتر مقدمه: اتانول ساخته‌شده از زیست‌توده یکی از راهبردهای بی‌نظیر و سودمند از لحاظ اقتصادی و محیطی است و می‌تواند به‌عنوان یک سوخت پاک و ایمن، جایگزین سوخت‌های فسیلی شود‏. ‏‏ مواد و روش‏ ‏ها: در این پژوهش کلیدی‌ترین آنزیم مؤثر در مسیر تولید اتانول زیستی (پیروات دکربوکسیلاز) از زایموموناس موبیلیس انتخاب و در اشرشیا کلای به‌روش ذوب-انجماد همسانه‌سازی شد. برای همسانه‌سازی ژن مدِنظر از آغازگرهای اختصاصی ژن پیروات دکربوکسیلاز و واکنش پی‌سی‌آر استفاده شد. سپس ژن پیروات دکربوکسیلاز و پلاسمید pET 28a را آنزیم‌های محدودکننده Sal I و Xho I برش دادند؛ محصولاتی که آنزیم لیگاز برش دادند در دمای ۱۶ درجه سانتی‌گراد و در مدت ۱۶ ساعت به همدیگر متصل شدند. ‏‏ نتایج: کشت باکتری‌ها در محیط کشت LB انتخابی نشان داد که تنها کلونی‌های حاوی پلاسمید pET 28a قادر به رشد هستند. نتایج کلونی پی‌سی‌آر با آغازگرهای اختصاصی باندهایی در اندازه تقریبی ۱۷۰۰ جفت باز را نشان داد. نتایج مربوط به پی‌سی‌آر پلاسمیدهای نوترکیب توسط آغازگر رفت راه‌انداز T7 و آغازگر برگشت ژن پیروات دکربوکسیلاز، جهت صحیح درج ژن در داخل پلاسمید را ثابت کرد و باندی به‌اندازه ۱۸۸۵ جفت باز را نشان داد و نتایج هضم آنزیمی پلاسمیدpET 28a pdc نوترکیب توسط آنزیم‌های Sal I و Xho I باندهای مشابهی را آشکار کرد. درنهایت واکنش RT باند مورد انتظار ۱۷۰۰ جفت باز را نشان داد که حاکی از بیان ژن مورد نظر در این نمونه‌ها بود. ‏ بحث و نتیجه‏ گیری: از مهم‌ترین مشکلات در بیوسنتز اتانول، محدودیت عملکرد آنزیم‌های درگیر در مسیر بیوسنتز اتانول از مواد اولیه نظیر ضایعات کشاورزی است؛ این آنزیم‌ها در تبدیل مواد اولیه پلی‌مری به مواد اولیه با ساختار ساده و قابل تخمیر نقش اساسی دارند. به نظر می‌رسد افزایش بیان ژن پیروات دکربوکسیلاز تحت کنترل پروموتور قوی T7 منجر به افزایش تولید محصول نهایی خواهد شد‏. ‏‏

22. تولید بیوفیلم در میان سویه‌های استافیلوکوکوس اپیدرمایدیس جداسازی‏شده از افراد سالم

فاتح رحیمی؛ محمد رضا عربستانی

دوره 5، شماره 18 ، تابستان 1395، ، صفحه 107-116

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2016.20387

چکیده

مقدمه: استافیلوکوکوس اپیدرمایدیس به‌عنوان باکتری بیماری‌زای بیمارستانی شناخته می‌شود که به‌علت تشکیل بیوفیلم در بیماران و افراد سالم مهم است. این مطالعه با هدف بررسی تولید بیوفیلم در میان سویه‌های ... بیشتر مقدمه: استافیلوکوکوس اپیدرمایدیس به‌عنوان باکتری بیماری‌زای بیمارستانی شناخته می‌شود که به‌علت تشکیل بیوفیلم در بیماران و افراد سالم مهم است. این مطالعه با هدف بررسی تولید بیوفیلم در میان سویه‌های استافیلوکوکوس اپیدرمایدیس جداسازی‌شده از افراد سالم در طی سال‌های 1393-1392 به انجام رسیده است‏. ‏‏ مواد و روش‏‏ها: در این مطالعه در مجموع 200 فرد سالم انتخاب شدند. با استفاده از سوآب استریل، نمونه‌گیری از ناحیۀ بازو، ساعد و زیربغل این افراد انجام گرفت و سوآب‌ها به محیط آبگوشت تایوگلیکولات انتقال داده شدند. سپس نمونه‌ها بر روی محیط ژلوز مانیتول نمک کشت شدند و شناسایی سویه‌ها تا حد گونه با استفاده از آزمون‌های بیوشیمیایی انجام گرفت. برای تعیین تولید بیوفیلم از روش کیفی ژلوز قرمز کنگو و کمی میکروتیتر پلیت استفاده شد و حضور ژن‌های icaA و icaD با استفاده از آزمون واکنش زنجیره‌ای آنزیم پلیمراز مشخص شد. ‏‏ نتایج: در مجموع 104 سویۀ استافیلوکوکوس اپیدرمایدیس از افراد سالم جداسازی شد که 66 (63درصد) سویه به‌عنوان سویه‌های مولد بیوفیلم و 38 (37درصد) سویه نیز به عنوان بیوفیلم منفی شناسایی شدند. در تمامی 66 سویۀ مدنظر، هر دو ژن icaA و icaD شناسایی شدند. ‏ بحث و نتیجه‏گیری: شیوع سویه‌های استافیلوکوکوس اپیدرمایدیس مولد بیوفیلم در میان افراد سالم نشان‌دهندۀ کلونیزه‌شدن این افراد با سویه‌های بیمارستانی است. شیوع چنین سویه‌هایی خطری جدی برای سلامت جامعه است‏. ‏‏

23. تأثیر یون‌های فلزی بر فعالیت و پایداری آنزیم‌های پیرازین‌آمیداز نوع وحشی و جهش‌یافته

مهرنوش صفرزاده؛ محمد پاژنگ؛ فرامرز مهرنژاد؛ فرحنوش دوستدار؛ نادر چاپارزاده؛ داود ربیعی فرادنبه

دوره 5، شماره 18 ، تابستان 1395، ، صفحه 169-182

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2016.20391

چکیده

مقدمه: پیرازین‌آمیداز یک متالوآنزیم مونومری با فعالیت هیدرولازی است و مسئول تبدیل داروی ضدسل پیرازین‌آمید به شکل فعالش یعنی پیرازینوئیک اسید است. جایگاه اتصال به فلز در آنزیم پیرازین‌آمیداز مایکوباکتریوم ... بیشتر مقدمه: پیرازین‌آمیداز یک متالوآنزیم مونومری با فعالیت هیدرولازی است و مسئول تبدیل داروی ضدسل پیرازین‌آمید به شکل فعالش یعنی پیرازینوئیک اسید است. جایگاه اتصال به فلز در آنزیم پیرازین‌آمیداز مایکوباکتریوم توبرکلوزیس حاوی یک آسپارتیک اسید (آسپارتیک اسید49) و سه هیستیدین (هیستیدین 51، هیستیدین57 و هیستیدین71) است. بروز جهش در ژن پیرازین‌آمیداز (pncA) مسؤول اصلی مقاومت پیرازین‌آمیدی است و می‌تواند جایگاه اتصال به فلز را تغییر دهد. ازاین‌جهت، بررسی تأثیر یون‌های فلزی مختلف بر فعالیت و پایداری آنزیم پیرازین‌آمیداز نوع وحشی و جهش‌یافته می‌تواند مهم باشد.‏‏ مواد و روش‏‏ها: در این مطالعه ناقل بیانی حاوی ژن پیرازین‌آمیدازهای نوع وحشی و جهش‌یافته به اشرشیا کلی سویۀ BL21 منتقل شد سپس پروتئین‌های نوترکیب بیان و تخلیص شدند. میزان تخلیص با روش الکتروفورزSDS-PAGE ارزیابی شد؛ سپس فعالیت و پایداری آنزیم‌های خالص‌شده در حضور غلظت یک میلی‌مولار از یون‌های دوظرفیتی نیکل (Ni2+)، آهن (Fe2+) و منگنز (Mn2+) بررسی شد.‏‏ نتایج: بررسی ژل حاصل از الکتروفورز SDS-PAGE نشان داد که آنزیم‌های بیان‌شده، خالص شده‌اند. بررسی فعالیت و پایداری در حضور فلزات نشان داد که نیکل باعث افزایش فعالیت و پایداری آنزیم‌های نوع وحشی و جهش‌یافته‌ها (جهش‌یافته ۱: L151S و جهش یافته 2 (سه‌گانه): A143T/T168A/E173K) شد. آهن باعث کاهش فعالیت و پایداری جهش‌یافتۀ 1 شد؛ اما بر سایر آنزیم‌ها تأثیر چشمگیری نداشت. منگنز باعث کاهش فعالیت و پایداری آنزیم‌ها شد.‏ بحث و نتیجه‏ گیری: یون نیکل نسبت به یون‌های آهن و منگنز میان‌کنش‌های مساعدتری با جایگاه اتصال به فلز در پیرازین‌آمیداز نوع وحشی و جهش‌یافته‌ها برقرار کرد و بنابراین باعث افزایش فعالیت و پایداری آنزیم‌ها شد.‏‏

24. شناسایی، همسانه‌سازی و بررسی ویژگی‌های ژن انتقال‌دهنده هگزوز 6 (HXT6) مخمر ساکارومیسس سرویزیه سویه بومی IBRC-M30069

سولماز عزیزی؛ علیرضا تاری نژاد؛ محمد پاژنگ

دوره 5، شماره 18 ، تابستان 1395، ، صفحه 29-40

http://dx.doi.org/10.22108/bjm.2016.20381

چکیده

مقدمه: مخمر ساکارومایسس سروزیه از جمله مهم‌ترین میکروارگانیسم‌ها برای تولید اتانول است که به‌دلیل کارایی بالای این موجود در جذب و تخمیر قندهای هگزوز است. این گونه مخمر دارای 20 ژن کدکننده پروتئین‌های ... بیشتر مقدمه: مخمر ساکارومایسس سروزیه از جمله مهم‌ترین میکروارگانیسم‌ها برای تولید اتانول است که به‌دلیل کارایی بالای این موجود در جذب و تخمیر قندهای هگزوز است. این گونه مخمر دارای 20 ژن کدکننده پروتئین‌های انتقال‌دهنده هگزوز است. از میان این خانواده ژنی، هفت ژن HXT1-HXT7 نقش مهمی در فرایند تولید الکل دارند. پژوهشگران ثابت کردند که با افزایش میزان بیان این ژن‌ها سرعت تخمیر الکلی افزایش و در نتیجه آن میزان تولید اتانول افزایش می‌یابد.‏‏ مواد و روش ‏‏ها: جداسازی ژن HXT6 با پرایمرهای اختصاصی ژن از طریق PCR از ساکارومیسس سرویزیه سویه بومی IBRC-M30069 انجام شد. با انجام لیگاسیون قطعه تکثیریافته به پلاسمید pGEM-T کلون و به باکتری اشرشیا کلای ترانسفرم شد و تحلیل توالی انجام شد. نتایج: توالی نوکلئوتیدی چارچوب بازخوانی این ژن به‌طول 1713 جفت باز است و یک پروتئین با 570 اسیدآمینه را رمز می‌کند. براساس تجزیه و تحلیل‌های نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی، وزن مولکولی تخمین‌زد‌ه‌شده و نقطه ایزوالکتریک پیش‌بینی‌شده پروتئین به‌ترتیب 68/62 کیلودالتون و 89/7 بود.‏ بحث و نتیجه‏ گیری: توالی پروتئینی به‌دست‌آمده شباهت زیادی با Hxt6p VL31(EGA76254.1) سویه دیگر ساکارومیسس سرویزیه موجود در NCBI دارد و از بین ژن‌های انتقال‌دهنده هگزوز، بیشترین شباهت و ارتباط را با HXT7 دارد و به نظر می‌رسد این‌ها از یک ژن اجدادی در اثر موتاسیون در طی زمان با تغییر کارکرد دومین‌شان حاصل شده‌اند.

25. تعیین توالی ژن، کلونینگ و بیان آل- آسپاراژیناز نوترکیب از سودوموناس آیروجینوزا سویه SN4 در اشریشیاکلی

ارسطو بدویی دلفارد؛ زهرا کرمی؛ نرجس رمضانی پور

دوره 4، شماره 16 ، زمستان 1394، ، صفحه 11-20

چکیده

مقدمه: ال- آسپاراژیناز جایگاه با ارزشی از جنبه کاربردهای پزشکی و صنایع غذایی دارد. تقاضا برای این آنزیم دارویی هرساله چندین برابر می‏شود. مواد و روش‏‏ها: در این پژوهش، یک آسپاراژیناز از سودوموناس ... بیشتر مقدمه: ال- آسپاراژیناز جایگاه با ارزشی از جنبه کاربردهای پزشکی و صنایع غذایی دارد. تقاضا برای این آنزیم دارویی هرساله چندین برابر می‏شود. مواد و روش‏‏ها: در این پژوهش، یک آسپاراژیناز از سودوموناس ایروجینوزا سویه SN4، تعیین توالی و در اشریشیاکلی کلون شد. پرایمر‏ها بر اساس آل- آسپاراژیناز از سودوموناس ایروجینوزا سویه DSM50071 طراحی شدند که بر اساس توالی ژن 16S rRNA شباهت بالایی را نسبت به سویه SN4 نشان می‏داد. ژن آسپاراژیناز در معرض هضم آنزیمی توسط آنزیم‏های برشی NdeI و XhoI قرار گرفت و سپس، به داخل پلاسمید pET21a الحاق شد. محصول الحاق به درون سلول‏های مستعد E. coli (DE3) pLysS DH5a با روش CaCl2 ترانسفورم شد. سلول‏های E. coli ترانسفورم شده در محیط LB آگار حاوی 100 میکروگرم/ میلی‏لیتر آمپیسیلین و IPTG (1mM) رشد داده شدند. نتایج: ال-‏آسپاراژیناز نوترکیب در باکتری BL21 E. coli پس از 9 ساعت انکوباسیون، به میزان بالایی القا شد و فعالیت آسپاراژینازی بالایی به میزان 4/93 واحد در میلی‏لیتر را نشان داد. ال- آسپاراژیناز نوترکیب تعیین توالی شد و نتایج همردیفی نشان داد که توالی پیشنهادی اسید آمینه‏ایی آن از 350 اسید آمینه تشکیل شده که شباهت بالایی با ال- آسپاراژیناز‏های سایر سودوموناس ایروجینوز‏ها در حدود 99 درصد را نشان می‏دهد. نتایج نشان می‏دهد که آل- آسپاراژیناز SN4، باقی‏مانده‏های کاتالیزی و نواحی حفظ شده مشابه با سایر آسپاراژینازها را داراست. بحث و نتیجه‏ گیری: پژوهش حاضر نخستین گزارش در مورد کلونینگ و بیان آل- آسپاراژیناز نوترکیب از سودوموناس آایروجینوزا در اشریشیاکلی است که منبع بالقوه‏ایی از ال- آسپاراژیناز را برای بررسی اثر ضدسرطانی آن هم در شرایط آزمایشگاه و هم در موجود زنده فراهم می‏کند.

مقالات آماده انتشار

شماره جاری

دوره 9 (1399)

دوره 8 (1398)

دوره 7 (1397)

دوره 6 (1396)

دوره 5 (1395)

دوره 4 (1394)

دوره 3 (1393)

دوره 2 (1392)

دوره 1 (1391)

موضوعات = ژنتیک و زیست شناسی مولکولی میکروارگانیسم ها تعداد مقالات: 59

1. اثر عصاره سلولی باکتری(بومی) پروبیوتیک لاکتوباسیلوس پاراکازئی بر روی مرگ سلول های آدنوکارسینومای پانکراس(AsPC-1) وبیان ژنهای آپپتوزی bax، Bcl2 و DPC4

چکیده

2. بهینه‌کردن تولید شکل محلول آنزیم ال-آسپاراژیناز باکتری نمک‌دوست به‌طور نوترکیب در اشریشیا کلی

چکیده

3. مطالعۀ فنوتیپی و ژنوتیپی کلاس‌های ژن تنظیم‌گر مقاومت به کولیستین (arn) در اسینتوباکتر بومانی جداشده از موارد بالینی به روش PCR چندگانه

چکیده

4. ژنوتایپینگ جدایه های استرپتوکوکوس پیوژنز با استفاده از پروتکل بهینه RAPD-PCR

چکیده

5. آنالیز ژنتیکی ژنهای پپتید سنتتاز (‏NRPSs‏) در بیوسنتز محصولات طبیعی سیانوباکتری های دریاچه ‏لواسان

چکیده

6. بررسی‌های زیست‌محاسباتی ویژگی‌های ساختاری و عملکردی پروتئین‌های Cry با هدف کنترل زیستی مالاریا

چکیده

7. بررسی فراوانی مایکوپلاسما ژنیتالیوم در زنان مبتلا به عفونت واژینال با استفاده از روش PCR در مقایسه با کشت

چکیده

8. بررسی آثار سینرژیستی نانوذرات نقره و نایسین روی ژنوم باکتری اشریشیا کلی

چکیده

9. تغییر در بیان ژن‌های ‏ahpF‏ و ‏tviA‏ در ‏Salmonella enterica PTCC 1230‎‏ ناشی از تنش‌های ‏اسمزی و اکسیداتیو با روش ‏Real-Time PCR

چکیده

10. بیان ژن‌های ‏recF‏ و ‏gyrB‏ در جهش‌یافتۀ اشریشیا‌کلی با مقاومت کم به سیپروفلوکساسین

چکیده

11. سنجش زیستی و غربال‌گری مولکولی آنزیم پکتیناز در باکتری‌های نمک‌دوست جداشده از دریاچه‌های نمکی ایران

چکیده

12. ردیابی ژن بتالاکتاماز در باکتری‌های جداشده از خاک‌های کشاورزی، چراگاه و معدن پیرامون معادن استان همدان، ایران

چکیده

13. شناسایی سریع و اختصاصی سرووار بیماری‌زای سالمونلا تیفی‌موریوم با استفاده از روش تکثیر هم‌دمای به‌واسطه حلقه (LAMP)

چکیده

14. وقوع سویه‌های وروتوکسیژن باکتری اشریشیا کلی در مدفوع گاو⁭ و مقاومت آنتی‌بیوتیکی آنها در گاوداری‌های اطراف شهرکرد

چکیده

15. بررسی مقایسه‌ای ویژگی‌های ساختاری، عملکردی و دامنۀ میزبانی آنزیم‌ها و پروتئین‌های مؤثر در تولید و تجمع لیپید در منابع بیودیزلی

چکیده

16. تشخیص مولکولی سریع بیماری لکه قهوه‌ای مرکبات با استفاده از ژن ACT در Alternaria alternata

چکیده

17. جداسازی، تعیین هویت وتهیۀ الگوی ژنومی باکتری‌های عضوکمپلکس مایکوباکتریوم‌توبرکولوزیس از گاو های توبرکولین مثبت استان قم با روش PGRS RFLP

چکیده

18. مقاومت آنتی‌بیوتیکی سویه‌های وروتوکسیژن باکتری اشریشیا کلی جدا شده از سبزیجات

چکیده

19. توالی نوکلئوتیدی و آنالیز فیلوژنتیکی ژن گلیکوپروتئینی ویروس سپتی سمی هموراژیک ویروسی (VHS) جداشده از ماهیان قزل‌آلای رنگین‌کمان استان چهار محال و بختیاری

چکیده

20. تراریختی ریسه‌های قارچ چربی‌ساز alpina Mortierella با استفاده از سیستم تراریختی AMT (Agrobacterium Mediated Transformation)

چکیده

21. همسانه‌سازی ژن پیروات دکربوکسیلاز مؤثر در تولید بیواتانول در باکتری اشرشیا کلای

چکیده

22. تولید بیوفیلم در میان سویه‌های استافیلوکوکوس اپیدرمایدیس جداسازی‏شده از افراد سالم

چکیده

23. تأثیر یون‌های فلزی بر فعالیت و پایداری آنزیم‌های پیرازین‌آمیداز نوع وحشی و جهش‌یافته

چکیده

24. شناسایی، همسانه‌سازی و بررسی ویژگی‌های ژن انتقال‌دهنده هگزوز 6 (HXT6) مخمر ساکارومیسس سرویزیه سویه بومی IBRC-M30069

چکیده

25. تعیین توالی ژن، کلونینگ و بیان آل- آسپاراژیناز نوترکیب از سودوموناس آیروجینوزا سویه SN4 در اشریشیاکلی

چکیده

موضوعات = ژنتیک و زیست شناسی مولکولی میکروارگانیسم ها
تعداد مقالات: 59