دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 8 29 2019 03 21 Evaluation of Methyl Red and Lactate as a Mediator and a Simple Carbon Source on Electrochemical Performance of Urmia lake Sediment Microbial Fuel Cell ارزیابی اثر متیل رد و لاکتات به عنوان واسطه انتقال الکترون و منبع کربن ساده بر عملکرد الکتروشیمیایی پیل سوختی میکروبی رسوب دریاچه ارومیه 1 10 23094 10.22108/bjm.2018.104406.1061 FA شهناز محمدی کارشناس ارشد گروه زیست‌شناسی، دانشکدۀ علوم طبیعی، دانشگاه تبریز، ایران غلامرضا زرینی دانشیار گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم طبیعی، دانشگاه تبریز، ایران ایرج احدزاده استادیار گروه شیمی‌فیزیک، دانشکده شیمی، دانشگاه تبریز، ‌‌ایران Journal Article 2017 05 29 Introduction: The energy crisis is an urgent issue due to the increased consumption of fossil fuels. Therefor alternative energy sources are, of critical importance. Sediment Microbial fuel cells (SMFCs) are more important among other renewable energy sources in which chemical energy in organic compounds is converted to electrical energy due to proper bacteria (exoelectrogens) catalytic activity. Materials and methods: In this study, one liter glassy reactor was used, half of it was filled with Urmia lake sediment, where microbial consortium are present, as anodic part and upper half was filled with lake water as cathodic part. Copper wires attached to graphite electrodes 4×4 cm² (choice electrode) and via an external resistance 2/2 kΩ two sections related to each other. Electrochemical performance was evaluated by a digital voltimeter. The effectiveness of methyl red as mediator and lactate after determination of optimum concentration which is added every 15 days was evaluated. All fuel cells were studied for over 45 days of experiment. Results: The results demonstrated the mediator SMFC with power density of 7/54 mW/m² has a distinct difference with mediator-less SMFC with power density of 0.46 mW/m². The recorded power density of SMFC with lactate and mediator was 4/44 ± 1/44 mW/m². Discussion and conclusion: Sediment microbial consortia degrade available organic compounds and transfer to the anode electrode by using synthetic mediators. The results showed, in addition to external synthetic mediator, methyl red increases fuel cell electrochemical performance. While it was expected that fuel cell performs well in the presence of mediator and external carbon source, we witnessed better electrochemical performance in the absence of lactate. مقدمه: بحران انرژی به‌علت مصرف روزافزون سوخت‌های فسیلی موضوع بسیار مهمی است؛ ازاین‌رو، منابع انرژی جایگزین دارای اهمیت فوق‌العاده‌ای هستند. از میان منابع انرژی تجدیدپذیر، فناوری پیل‌های سوختی میکروبی رسوبی بسیار مهم است؛ در این پیل‌ها با عملکرد کاتالیزوری باکتری‌های مناسب (اگزوالکتروژن[i]) انرژی شیمیایی مواد آلی به انرژی الکتریکی تبدیل می‌شود. مواد و روش‏‏ها: در مطالعۀ حاضر، از ظروف شیشه‌ای یک لیتری به‌عنوان راکتور استفاده شد. نصف ظرف با لجن دریاچۀ ارومیه (بخش آندی) و بخش بالایی ظرف با آب دریاچۀ ارومیه (بخش کاتدی) تعبیه شد. صفحه‌های گرافیتی با مساحت سطح کاربردی 4×4 سانتی‌مترمربع (الکترود انتخابی) به سیم‌های مسی اتصال یافتند و دو بخش متأثر از مقاومت بیرونی 2/2 کیلواهم به‌ هم متصل شدند. عملکرد الکتروشیمیایی پیل‌های سوختی با استفاده از ولت‌‌متر دیجیتالی ارزیابی شد. تأثیر متیل‌رد (واسطۀ انتقال الکترون) و لاکتات (منبع سادۀ کربنی) پس‌از تعیین غلظت بهینه در سه بازۀ 15‌روزه بررسی شد. نتایج: نتایج نشان دادند عملکرد الکتروشیمیایی پیل سوختی میکروبی رسوبی دارای متیل‌رد با دانسیتۀ توان[ii] 54/7 میلی‌وات بر متر‌مربع سطح کاربردی الکترود آندی اختلاف معناداری با پیل سوختی بدون واسطه با دانسیتۀ توان 46/0 میلی‌وات بر متر‌مربع دارد. در مقابل، پیل حاوی متیل‌رد و لاکتات دانسیتۀ توان 41/1±44/4 میلی‌وات بر متر‌مربع را نشان داد. بحث و نتیجه‏گیری: کنسرسیوم میکروبی رسوبات الکترون‌های تولیدشده از تجزیۀ منابع آلی را به‌طور مستقیم در قالب تشکیل بیوفیلم روی الکترود آندی و یا به کمک واسطه‌های سنتتیک به الکترود آندی منتقل می‌کنند. نتایج نشان دادند افزودن واسطۀ سنتتیک خارجی متیل‌رد باعث افزایش عملکرد الکتروشیمیایی پیل سوختی می‌شود. انتظار می‌رفت پیل سوختی عملکرد بهتری در حضور منبع کربن خارجی و متیل‌رد داشته باشد، اما پیل سوختی در نبود لاکتات عملکرد بهتری نشان داد. [i]- Exoelectrogen [ii]- Power density

https://bjm.ui.ac.ir/article_23094_f3c46eba9789e74245ef5a9dd33da9b1.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 8 29 2019 03 21 Investigating Synergistic Effect of Silver Nanoparticles and Nisin on Escherichia coli Genome بررسی آثار سینرژیستی نانوذرات نقره و نایسین روی ژنوم باکتری اشریشیا کلی 11 23 23095 10.22108/bjm.2018.110498.1126 FA سامرند کارکن کارشناس ارشد گروه زیست شناسی، واحد ارومیه، دانشگاه آزاد اسلامی، ارومیه، ایران بهرام گلستانی ایمانی استادیار گروه زیست شناسی، واحد ارومیه، دانشگاه آزاد اسلامی، ارومیه، ایران 0000-0002-9134-2422 Journal Article 2018 04 28 Introduction: Considering increasing concern about the resistance of microbial infections to antibiotics and nisin peptide reducing effect (AMP) due to resistance growth in bacterial strains; extensive researches were implemented based on nanotechnology. The aim of current research was to investigate synergistic effect of silver nanoparticles conjugated with nisin on genome of Escherichia coli as a gram negative bacteria model. Materials and method: After culturing the bacteria in a Nutrient Broth medium; treatments were performed at concentrations of 50, 75, 100, 125 μg/ml of silver nanoparticles; concentrations of 25, 50, 75, 100 ,150, 200μg/ml of nisin and concentrations of 30, 50, 75 μg/ml of silver nanoparticles conjugated with nisin solution. After reading the optical density at 600 nm of control samples and treated at concentrations of 50 and 75 μg/ml of silver nanoparticles; 50 and 75 μg/ml of nisin, 50 and 75 μg/ml of silver nanoparticles conjugated with nisin, DNA was extracted and RAPD-PCR was used to investigate genomic effect. Analysis of the results of RAPD-PCR was performed by NTSYS-PC software based on Dice coefficient to calculate the similarity matrix and UPGMA. Results: The results showed that the growth inhibitory effect of silver nanoparticles conjugated with nisin was higher than of individual application of nisin and silvernanoparticles and the genomic effect of the above mentioned conjugates was higher and lower than nisin and silver nanoparticles, respectively. Therefore, the mentioned conjugated nanoparticles and nisin had no synergistic effect on the bacterial genome. Discussion and conclusion: these conjugated nanoparticles with nisin can be used as proper and strong antibacterial with the least genomic and mutation effect. مقدمه: باتوجه‌به نگرانی روزافزون مقاومت عفونت‌های میکروبی به آنتی‌بیوتیک‌ها و کاهش اثر پپتید (AMP)نایسین به علت افزایش مقاومت سویه‌های باکتریایی، پژوهش‌های گسترده‌ای طی سال‌های اخیر با محوریت نانوفناوری انجام شده است. هدف پژوهش حاضر، بررسی آثار سینرژیستی نانوذرات نقرة متصل به نایسین روی ژنوم باکتری اشریشیا کلی (مدلی از باکتری‌های گرم منفی) است. مواد و روش‏‏ها: پس‌از کشت باکتری در محیط مایع NutrientBroth، تیمار با غلظت‌های50، 75 ،100 و 125 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نانو‌ذرات نقره، غلظت‌های 25، 50، 75، 100، 150 و 200 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نایسین و غلظت‌های 30،50 و 75 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نانوذرات نقرة متصل به نایسین انجام شد. پس‌از خواندن جذب نوری در طول موج 600 نانومتر، DNA نمونه‌های شاهد و تیمارشده با غلظت‌های 50 و 75 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نانوذرات نقره، نایسین، نانوذرات نقرة متصل به نایسین استخراج و از RAPD-PCR برای بررسی اثر ژنومی استفاده شد. نتایج RAPD-PCR با نرم‌افزار NTSYS-PC بر مبنای ضریب Dice برای محاسبة ماتریکس تشابه و UPGMA تجزیه‌و‌تحلیل شد. نتایج: نتایجنشان دادند اثر مهارکنندگی رشد نانوذرات نقرة متصل به نایسین بیشتر از کاربرد انفرادی نایسین و نانوذرات نقره و اثر ژنومی اتصالات یادشده نسبت به نایسین و نانوذرات نقره به‌ترتیب بیشتر و کمتر است؛ بنابراین نانوذرات یادشده و نایسین به‌طور متصل باهم اثر سینرژیستی روی ژنوم باکتری ندارند. بحث و نتیجه‏گیری: امکان استفاده از نانوذرات نقره در حالت متصل به نایسین به‌عنوان مادة ضدباکتری مناسب و قوی با کمترین اثر ژنومی و جهش‌زایی وجود دارد.

https://bjm.ui.ac.ir/article_23095_628178c80079fe90a7fd47fd2596fe70.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 8 29 2019 03 21 Biocomputational Investigations of Structural and Functional Properties of Cry Proteins for ‎Malaria Biocontrol بررسی‌های زیست‌محاسباتی ویژگی‌های ساختاری و عملکردی پروتئین‌های Cry با هدف کنترل زیستی مالاریا 25 40 23096 10.22108/bjm.2018.106941.1088 FA مهسا جلیلی منش کارشناس ارشد گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه فردوسی، مشهد، ‌‌ایران علی اکبر حداد مشهد ریزه استادیار گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه فردوسی، مشهد، ‌‌ایران 0000-0002-4597-4103 علی مخدومی استادیار گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه فردوسی، مشهد، ‌‌ایران محمد رضا حسین دخت استاد گروه شیمی، دانشکده علوم، دانشگاه فردوسی، مشهد، ‌‌ایران Journal Article 2017 10 09 Introduction: Nowadays, climate changes and wide usage of chemical insecticides cause the emergence of Anopheles mosquito resistant species and environmental hazards. Therefore, biocontrol as an alternative approach provides the vivid outlook for combating these risks. Hereupon, the special attention is paid to insecticides bacteria especially Bacillus thuringiensis and protein derived from it as Cry toxins. However, scrutinizing the structural and functional characteristics of these toxins have not been much attended, so it is aimed in this study by in silico investigations. Materials and methods: For this purpose Cry4, Cry11, Cry19, Cry24 and Cry39 protein sequences were extracted from NCBIdatabase, monitoring structural and functional, physicochemical, topological features, prediction of secondary and three-dimensional modelling were carried out with programs like Interproscan, Protparam, TMHMM, Psipred and modeller9.15. Finally, their binding affinity with relevant receptors was assessed by PatchDock molecular docking program. Results: The results indicate various features of physicochemical, non-secretory and toxin accumulation. Functional monitoring has traced domains with similar functions of other Cry toxin family members. Secondary structure prediction shows the existence of helixes and sheets in similar distribution pattern with each other. In addition, the design and quality evaluation of 3D structure of all toxins were obtained in desirable level. The binding affinity assessment represents stronger binding of Cry11 and Cry24 to most of the receptors. Discussion and conclusion: In general, the results of this study, in addition to provision functional data related to Cry toxin, provide optimum practical model of capable toxins production based on multimodal protein design for biocontrol of Malaria mosquitos. مقدمه: امروزه تغییرات اقلیمی و کاربرد گستردۀ حشره‌کش‌های شیمیایی ظهور گونه‌های مقاوم پشۀ آنوفل و مخاطرات زیست‌محیطی فراوانی را در پی داشته است؛ ازاین‌رو، ارائۀ راهکارهای جایگزین ازجمله روش‌های کنترل زیستی چشم‌انداز روشنی برای مبارزه با این مخاطرات فراهم کرده است و در این میان، به باکتری‌های دارای قابلیت پشه‌کشی به‌ویژه Bacillus thuringiensisو پروتئین‌های اشتقاق‌یافته از آن نظیر پروتئین‌های سمی Cry توجه ویژه شده است؛ هرچند‌ به بررسی ویژگی‌های ساختاری و عملکردی این سموم که در پژوهش حاضر با بررسی‌های in silico هدف‌گذاری شده چندان توجه نشده است. مواد و روش‏‏ها: توالی پروتئینی Cry4، Cry11، Cry19، Cry24 و Cry 39از پایگاه داده NCBI دریافت و پایش ویژگی‌های ساختاری، عملکردی، فیزیکوشیمیایی، توپولوژیکی، ساختارهای ثانویه و الگو‌سازی سه‌بعدی آنها با برنامه‌هایی نظیر Interproscan، Protparam، TMHMM، Psipredو Modeller 9.15 انجام شد و درنهایت با تعیین گیرنده‌های مرتبط قابلیت عملکردی آنها با داکینگ مولکولی با نرم‌افزار Patchdock سنجیده شد. نتایج: نتایج ویژگی‌های متنوع فیزیکوشیمیایی، غیرترشحی و تجمعی‌بودن سموم را نشان دادند. پایش عملکردی به ردیابی دمین‌هایی با عملکرد مشابه با سایر اعضای پروتئین‌های خانوادۀ Cry منجر شد. پیش‌بینی ساختار ثانویه وجود مارپیچ‌ها و صفحات را طبق الگوی توزیع مشابه با یکدیگر نشان داد؛ همچنین طراحی و ارزیابی کیفیت ساختار در تمام پروتئین‌های سمی در حد مطلوب حاصل شد و ارزیابی میل اتصالی مبین اتصال تمام پروتئین‌های Cry به گیرنده‌های مربوطه و اتصال قوی‌تر Cry11 و Cry24 به بیشتر گیرنده‌ها بود. بحث و نتیجه‏ گیری: نتایج پژوهش حاضر ضمن فراهم‌آوری داده‌های عملکردی مرتبط با سموم پروتئینی Cry، الگوی عملی استفادۀ بهینه از آنها مبتنی بر تولید سموم توانا بر اساس طراحی پروتئین‌های چندعملکردی در راستای کنترل زیستی پشه‌های مالاریا را فراهم کرد.

https://bjm.ui.ac.ir/article_23096_57a74ff2d0c20c00a9d56c3a089e6669.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 8 29 2019 03 21 Using PCR-DGGE and Soil Respiration to Characterize Bacterial Changes in Heavy Metal Contaminated Soils بهره‌گیری از انگشت‌نگاری PCR-DGGE و تنفس خاک برای شناخت دگرگونی‌های باکتریایی در خاک‌های آلوده به فلزهای سنگین 41 56 23180 10.22108/bjm.2018.111786.1142 FA محمدحسین همت جو گروه آموزشی علوم خاک، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی سینا، همدان، ایران 0000-0003-1317-829X علی اکبر صفری سنجانی گروه آموزشی علوم خاک، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی سینا، همدان، ایران اصغر میرزایی اصل گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی سینا، همذان، ایران آرزو طهمورث پور گروه آموزشی علوم پایه پزشکی، دانشکده پزشکی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد اصفهان (خوراسگان)، ایران Journal Article 2018 06 25 Introduction:Soil contamination to heavy metals such as lead and zinc in and around mines causes a change in structure, complexity, diversity and activity of soil microbial communities like bacteria. Materials and methods: In the present research, PCR-DGGE approach was used to investigate the effects of Pb and Zn-contamination in Bama mine near Isfahan city on bacterial diversity, structure and complexity. Basal Respiration (BR) and Substrate Induced Respiration (SIR) was also used to assess microbial activities. Nine samples from three locations (3 for each) with different levels of heavy metal contamination were taken (from low to high), then their DNA were directly extracted. Also a 468 base pair of their 16S rRNA genes were amplified using specific primers, and their fingerprints were obtained by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). BR and SIR were measured, and metabolic quotient was calculated. Finally, soil microbial activity in polluted conditions was achieved. Results: Our findings illustrate that heavy metal contamination has negative effects on bacterial diversity. By increasing the bioavailability of Pb and Zn, the complexity and diversity of bacterial communities decreased and the frequency of resistant bacteria increased. By increasing Pb and Cd contamination, SIR reduced and this shows the reduction in microbial biomass. In these conditions, SIR and metabolic quotient was more sensitive than BR, so they are better ecological indicators in polluted soils. Discussion and conclusion: Although bacterial diversity showed reduction in polluted soils, diversity is still relatively high. Bacterial ability to adapt in heavy metal contamination, bacterial resistance and their important functional roles in such conditions are valuable in soil ecosystem suggesting further researches on them. مقدمه: آلودگی خاک به فلزهای سنگین سرب و روی پیرامون کانسارهای این فلزها باعث دگرگونی ساختار، پیچیدگی، گوناگونی و کارکرد ریزجانداران خاک مانند باکتری‌ها می‌شود.‏‏ مواد و روش‏‏ها: برای بررسی پیامد آلودگی معدن سرب و روی باما در اصفهان بر گوناگونی ریزجانداران خاک‌های پیرامون خود از روش نشانگر مولکولی موسوم به انگشت‌نگاری PCR-DGGE بهره‌گیری شد. 9 نمونه از خاک‌های معدن باما با میزان آلودگی‌های کم تا زیاد برداشت شدند و پس‌از استخراج DNA هریک از خاک‌ها، ناحیۀ 468 جفت بازی درون ژن 16SrRNA با PCR تکثیر شد. سپس الکتروفورز DGGE انجام شد و اثر انگشت‌های باکتریایی روی ژل به دست آمدند و برای برآورد گوناگونی ریزجانداران بهره‌برداری شدند. همچنین با اندازه‌گیری تنفس پایه (BR) و برانگیختۀ (SIR) خاک و محاسبۀ بهرۀ متابولیک، تغییرات کارکرد ریزجانداران خاک بررسی شد. نتایج: پیچیدگی و گوناگونی باکتری‌های خاک با افزایش مقدار در دسترس فلزهای سنگین سرب و روی کاهش می‌یابد و ساختار و گوناگونی آنها دگرگون‌ می‌شود. فراوانی نسبی باکتری‌های پایدارتر با افزایش آلودگی خاک به فلزهای یادشده افزایش می‌یابد. آلودگی خاک کارکرد باکتری‌ها را کاهش می‌دهد؛ به‌طوری‌که تنفس برانگیختۀ خاک کاهش می‌یابد. تنفس برانگیخته و بهرۀ متابولیک پاسخ نمایان‌تری به آلودگی خاک می‌دهند و برای سنجش چگونگی خاک بهتر از تنفس پایه هستند. بحث و نتیجه‏گیری: اگرچه گوناگونی باکتریایی با افزایش آلودگی کاهش معناداری نشان می‌‌دهد در خاک‌های بسیار آلوده شاهد گوناگونی به‌‌نسبت زیادی هستیم و علت آن احتمالاً مدت زمان زیاد آلودگی خاک است؛ زیرا فرصت کافی برای باکتری‌ها وجود داشته است تا به این آلودگی سازگار شوند و باکتری‌های پایدار در خاک‌های آلوده تکثیر شوند. این توانایی سازگاری باکتری‌ها و کارکردهای مهم بوم‌شناختی که در تنش فلزهای سنگین ایفای نقش می‌کنند بسیار ارزشمند هستند و انجام پژوهش‌های بیشتر دربارۀ آنها را پیشنهاد می‌کنند.

https://bjm.ui.ac.ir/article_23180_b3e2e2495f613b6036f3cb9f7a21184f.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 8 29 2019 03 21 Frequency of Mycoplasma genitalium among Patients with Bacterial Vaginosis by PCR in comparison with Culturing Method بررسی فراوانی مایکوپلاسما ژنیتالیوم در زنان مبتلا به عفونت واژینال با استفاده از روش PCR در مقایسه با کشت 57 64 23181 10.22108/bjm.2018.108794.1100 FA خدیجه عنصری استادیار، گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، واحد پرند، دانشگاه آزاد اسلامی، پرند، ایران حسین شهبانی ظهیری استادیار، گروه زیست فناوری انرژی و محیط زیست، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران منا عبداللهی دانشجوی دکترا، گروه سلولی-مولکولی، دانشکده زیست شناسی، پردیس علوم، دانشگاه تهران، تهران، ایران زهرا حاجی مهدی نوری دانشجوی دکترا، گروه سلولی-مولکولی، دانشکده زیست شناسی، واحد سیرجان، دانشگاه آزاد، سیرجان، ایران Journal Article 2018 01 02 Introduction: Mycoplasma genitalium is a vaginosis pathogen bacterium to which conventional clinical microbiology techniques cannot be applied due to difficulties in cultivation and slow growth incubation. The aim of this study was to detect the frequency of this bacteriaamong vaginosis infected women and compare it with healthy individuals using PCR and culture methods. Materials and Methods: For this purpose, we conducted a study among 150 patients with bacterial vaginosis and compared the frequency with 45 healthy women with no vaginal infections collected from Imam Zaman Hospital, Robat karim city in May up to September, 1392 (2013). To detect the cases infected with Mycoplasma genitalium, we used culture technique and Polymerase Chain Reaction (PCR) as well. Then, the sensitivity and specificity were calculated. The data was analyzed using the computer software SPSS for windows (version 19), using Cross Tab and Chi square. PResults: The results indicated that among the infected cases, 107%) 71.8) samples were positive using PCR but only 73(49.3) of samples were growing in culture. The sensitivity for culture method was reported to be 49% only while, using PCR method came to 71%. In healthy individuals, 100% of samples were negative in culture which shows specify of 100% of this technique. The specificity of PCR method was 89%. Discussion and conclusion: The findings showed that PCR is a more reliable technique to detect Mycoplasma genitalium compared to culturing method. It is also suggested that presence of this organism is strongly associated with bacterial vaginosis in female. مقدمه: مایکوپلاسما ژنیتالیوم از باکتری‌های بیماری‌زای واژن محسوب می‌شود که استفاده از روش‌های سنتی میکروبی برای تشخیص آن دقت کمی دارد. هدف مطالعۀ حاضر شناسایی و تعیین فراوانی این باکتری در زنان مبتلا به عفونت واژینال و مقایسۀ آن با افراد سالم به روش واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR)و کشت است. مواد و روش‏‏ها: شرکت‌کنندگان شامل 150 فرد مبتلا به عفونت واژن و 45 فرد سالم (بدون هیچ‌گونه عفونت واژینال) مراجعه‌کننده به بیمارستان امام زمان در رباط کریم طی اردیبهشت تا آبان سال 1392 بودند. به‌منظور بررسی و شناسایی نمونه‌های آلوده به مایکوپلاسما ژنیتالیوم از دو روش کشت و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز استفاده شد. سپس میزان حساسیت و ویژگی هریک از روش‌های یادشده محاسبه شد. داده‌ها با نرم‌افزار SPSS نسخۀ 19 بررسی شدند و مقادیر P کمتر از 05/0 معنادار تلقی شد. نتایج: نتایج نشان می‌دهند از میان 150 نمونۀ عفونی، 107 نمونه (8/71 درصد) در روش PCR و فقط 73 نمونه (3/49 درصد) در روش کشت مثبت گزارش شدند. میزان حساسیت برای PCR 71 درصد و برای روش کشت 49 درصد بود. در گروه افراد سالم، 100 درصد نمونه‌های کشت‌شده منفی بودند که بیان‌کنندۀ ویژگی اختصاصی (Specificity) 100 درصدی این روش است؛ درحالی‌که ویژگی اختصاصی‌بودن محاسبه‌شده در روش PCR 90 درصد است. بحث و نتیجه‏گیری: یافته‌های پژوهش حاضر حساسیت بیشتر روش PCR در مقایسه با روش کشت برای شناسایی مایکوپلاسما ژنیتالیوم و ارتباط قوی بین ابتلا به واژینوز باکتریایی و حضور این باکتری را نشان می‌دهند.

https://bjm.ui.ac.ir/article_23181_19f52aaf0ae4709d9b0785258b5c4b03.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 8 29 2019 03 21 Evaluating the Potential of Alkalophilic Bacteria to Enhance Concrete Durability ارزیابی توان باکتری‌های قلیادوست در بهبود پایایی بتن 65 81 23182 10.22108/bjm.2018.110446.1124 FA جواد حامدی ‌‌بخش زیست‌فناوری میکروبی، ‌‌دانشکده زیست‌شناسی و قطب تبارزایی موجودات زنده، ‌‌دانشگاه تهران، ایران 0000-0002-0491-2205 صدیقه کوچک زاده ‌‌بخش زیست‌فناوری میکروبی، ‌‌دانشکده زیست‌شناسی و قطب تبارزایی موجودات زنده، ‌‌دانشگاه تهران، ایران محمد صالح لباف زاده دانشکده و پژوهشکده پدافند غیر عامل، دانشگاه جامع امام حسین(ع)، تهران، ایران حمید مقیمی ‌‌بخش زیست‌فناوری میکروبی، ‌‌دانشکده زیست‌شناسی، دانشگاه تهران، ایران Journal Article 2018 04 15 Introduction: Nowadays, concrete has been widely used as one of the best and most practical building materials in various types of structures. Concrete permeability is a factor that reduces its stability and decreases the service life of concrete structures. This study has been conducted with the aim of finding bacteria able to repair concrete surface in order to reduce its permeability. Materials and Methods: Isolated bacteria from alkaline soils of north and center of Iran were subjected to primary and secondary screening for producing urease enzyme and calcium carbonate precipitation. Selected isolates were cultured in specific broth medium for calcium carbonate precipitation. Then, the rate of their growth and calcium carbonate production were compared. Produced calcium carbonate, by the premier isolate, was verified using XRD. The ability of this isolate was evaluated in the repair of the concrete surface porosity and the reduction of its permeability by Scanning Electron Microscopy (SEM). Results: The results of primary and secondary screening showed that Bacillus sp. UTMC 2623 produces the highest amount of calcium carbonate precipitation (8.8 g/L) in three days. Its XRD analysis confirmed the presence of crystalline calcium carbonate in dried bacterial precipitate. SEM analysis showed that this bacterium creates the best coating on the concrete surface along with the calcium source. Discussion and conclusion: The present study is a report on the repairing activity of Bacillus sp. UTMC 2623 which can be used to find other native and promising microorganisms in concrete surface repair. مقدمه: بتن، یکی از بهترین و کاربردی‌ترین مصالح ساختمانی در انواع سازه‌ها، امروزه استفادۀ‌ فراگیری یافته است. نفوذپذیری بتن عاملی است که پایایی بتن را کاهش می‌دهد و از عمر مفید سازۀ بتنی می‌کاهد. هدف پژوهش حاضر، یافتن باکتری‌هایی با توانمندی ترمیم سطح بتن به‌منظور کاهش نفوذپذیری آن است. مواد و روش‏‏ها: باکتری‌های جدا‌شده از خاک‌های قلیایی شمال و مرکز ایران ازنظر توان تولید آنزیم اوره‌آز و رسوب کلسیم‌کربنات غربال‌گری اولیه و ثانویه شدند. جدایه‌های منتخب در محیط مایع مخصوص تولید رسوب کلسیم‌کربنات کشت شدند و میزان رشد و تولید محصول آنها با یکدیگر مقایسه شد. کلسیم‌کربنات تولیدی جدایۀ برتر با مشخصه‌یابی XRD تأیید شد. توانمندی جدایۀ برتر در ترمیم خلل‌وفرج سطحی بتن و کاهش نفوذپذیری آن با میکروسکوپ الکترونی روبشی ارزیابی شد. نتایج: پس‌از انجام غربال‌گری اولیه و ثانویه مشخص شد جدایۀ Bacillus sp. UTMC 2623 بیشترین مقدار رسوب کلسیم‌کربنات (5/8 گرم‌در‌لیتر در مدت سه) را تولید می‌کند. مشخصه‌یابی XRD این جدایه وجود بلور کلسیم‌کربنات را در رسوب خشک‌شدۀ باکتری تأیید کرد. نتایج میکروسکوپ الکترونی روبشی نشان دادند باکتری در کنار منبع کلسیمی بهترین پوشش را بر سطح بتن ایجاد می‌کند. بحث و نتیجه‏گیری: پژوهش حاضر گزارشی از عملکرد ترمیمی باکتری Bacillus sp. UTMC 2623است که در یافتن سایر ریزموجودات بومی ترمیم‌کنندۀ سطح بتن استفاده می‌شود.

https://bjm.ui.ac.ir/article_23182_2d4f2ec7d28536bd34739243efde6378.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 8 29 2019 03 21 Isolation and Identification of an Alkaliplilic Thermo-tolerant Protease producing Bacillus sp. from Dehloran Hot Spring: Production Optimization and Investigation of the Activity and Stability of the Enzyme جداسازی و شناسایی یک گونه باسیلوس قلیادوست مقاوم به حرارت تولیدکنندۀ پروتئاز از دریاچۀ آب گرم دهلران: بهینه‌سازی تولید و بررسی فعالیت و پایداری دمایی 83 96 23216 10.22108/bjm.2018.112351.1151 FA مریم مهرابی استادیار، گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران لاله نظری کارشناس ارشد گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران ژیلا رستمی کارشناس ارشد گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران Journal Article 2018 08 11 Introduction:Thermophilic proteases can be used in various industries, including detergents, pharmaceuticals, food, etc. These enzymes are produced by thermophilic microorganisms, includingbacteria. Materials and methods: Sampling was carried out from Dehloran hot springs in Ilam province in the west of Iran to find new protease producing bacteria. Then, the effect of pH, temperature and finally the effect of different heating time on the production of protease enzyme were evaluated. Then, Polymerase Chain Reaction (PCR) was performed to detect the strain. Protease was purified through anion exchange using DEAE-sepharose column and its molecular weight was estimated using SDS-PAGE technique. Then, activity and stability of the enzyme were investigated in temperature and pH range. Results: Among isolated strains, bacteria Bacillus sp. DEM07 (registered in the World Gene Bank with access number KY392988) with the highest diameter of the protease clear zone, was selected to produce thermo tolerant alkaline protease. The maximum production of the alkaline protease enzyme was observed at 50 ° C, pH 7 and 48 hours after culture. The protease enzyme was purified by anionic chromatography and its molecular weight was estimated to be about 27.5 kDa after purification. The enzyme was active and stable at the temperature range of 30 to 55 ° C and the optimum temperature of the enzyme activity was observed at 50 ° C. The pH range for activity and its stability was from 4 to 11, and the optimum activity of the enzyme was observed at pH 10. Discussion and conclusion: In this study, the protease enzyme purified from Bacillus sp. DEM07 is a thermo tolerant alkalophilic protease. On the other hand, by creating the optimal conditions for achieving high production of thermo-tolerant alkalophilic protease, this enzyme has a high potential for use in various industries. مقدمه: پروتئازهای ﮔﺮﻣﺎدوﺳﺖ در صنایع مختلف ازجمله شوینده، دارویی، غذایی و ... استفاده می‌شوند و ریزموجودات ﮔﺮﻣﺎدوﺳﺖ ازﺟﻤﻠﻪ ﺑﺎﮐﺘﺮیﻫﺎ آﻧﺰﯾﻢﻫﺎی یادشده را ﺗﻮﻟﯿﺪ ﻣﯽکنند. مواد و روش‏‏ها: نمونه‌گیری از چشمۀ آب گرم دهلران واقع در استان‌ ایلام در غرب ایران به‌منظور یافتن باکتری‌های جدید تولید‌کنندۀ پروتئاز انجام شد. اثر اسیدیته، دما و درنهایت زمان گرماگذاری بر تولید آنزیم پروتئاز بررسی و سنجیده شد. واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) برای شناسایی مولکولی سویۀ مدنظر انجام شد. آنزیم پروتئاز با کروماتوگرافی تعویض آنیونی DEAE-Sephrose خالص‌سازی شد و وزن مولکولی آن به روش SDS-PAGE تخمین زده شد. فعالیت و پایداری آنزیم در گستره‌های دما و اسیدیته بررسی شد. نتایج: از میان سویه‌های جداسازی‌شده، باکتری باسیلوس DEM07 (ثبت‌شده در بانک جهانی ژن با شماره دسترسیKY392988) با بیشترین قطر هالۀ پروتئازی برای تولید آلکالین‌پروتئاز گرمادوست انتخاب شد. حداکثر تولید آنزیم آلکالین‌پروتئاز در دمای 50 درجۀ سانتی‌گراد، اسیدیتۀ 7 و پس‌از 48 ساعت کشت مشاهده شد. آنزیم پروتئاز با استفاده از کروماتوگرافی تعویض آنیونی خالص‌سازی شد و وزن مولکولی آن پس‌از خالص‌سازی حدود 5/27 کیلودالتون تخمین زده شد. آنزیم در محدودۀ دمایی 30 تا 55 درجۀ سانتی‌گراد فعال و پایدار بود و دمای بهینۀ فعالیت آن در 50 درجۀ سانتی‌گراد مشاهده شد. گسترۀ اسیدیته برای فعالیت و پایداری آنزیم 4 تا 11 بود و فعالیت بهینۀ آنزیم در اسیدیتۀ 10 مشاهده شد. بحث و نتیجه‏گیری: آنزیم پروتئاز خالص‌شده از باسیلوس DEM07 در مطالعۀ حاضر پروتئاز قلیادوست مقاوم به حرارت است. ایجاد شرایط بهینه برای دستیابی به تولید زیاد آلکالین‌پروتئاز مقاوم به حرارت پیشنهاد می‌کند این آﻧﺰﯾﻢ قابلیت زﯾﺎدی ﺑﺮای اﺳﺘﻔﺎده در صنایع مختلف دارد.

https://bjm.ui.ac.ir/article_23216_369e2f9a6543dfdf9beb2cd968b853f6.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 8 29 2019 03 21 Isolation and Identification of Fungal Endophytes of the Cowpea in Khuzestan Province جداسازی و شناسایی اندوفیت‏های قارچی لوبیا چشم‏ بلبلی در استان خوزستان 97 115 23253 10.22108/bjm.2018.113754.1167 FA سحر جانبزرگی دانشجوی کارشناسی ارشد گروه گیاهپزشکی، دانشکدۀ کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، ‌‌ایران مهدی مهرابی کوشکی استادیار گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی و علوم زیستیدانشگاه شهید چمران اهواز، ایران رضا فرخی نژاد استاد گروه گیاهپزشکی، دانشکدۀ کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، ‌‌ایران Journal Article 2018 11 01 Introduction: Endophytes are microorganisms that colonize internal tissues of plants without causing obvious symptoms. This study was conducted to isolate and identify endophytic fungi of the cowpea in Khuzestan province. Materials and methods: During 2016, eight healthy samples of the cowpea plants were collected from the important areas under cultivation in the northern Khuzestan province. The small parts of the roots, stems, leaves and pods were deeply surface sterilized for each samples and plated on Potato-Dextrose-Agar. Sixty fungal isolates obtained in this study were purified by single spore method. Based on morphological characteristics, 21 out of 60 isolates were selected for molecular study. The isolates were grown in Potato-Dextrose-Broth and mycelial biomass was recovered by passing through filter paper. DNA extraction was performed using a phenol- and chloroform- based organic method. The parts of the nrRNA gene (ITS and 28S-D1/D2 regions) were amplified using appropriate primer pair and then sequenced. Results: The isolates were analyzedon the basis of morphological characteristics in combination with BlASTn search algorithm and ITS sequence-based phylogeny. Accordingly, the isolates were identified as follows: Alternaria destruens, Alternaria sp., Curvularia mosaddeghii, Curvularia sp., Fusarium chlamydosporum, F. nygamai, F. falciforme, F. proliferatum, Fusarium sp. Macrophomina phaseolina and Penicillium oxalicum. Discussion and conclusion: Alternaria, Fusarium and Curvularia genera were the most abundant fungal endophytes into cowpea plants, growing in warm climate of the Khuzestan Province. To the best of our knowledge, this is the first study to report endophytic growth of A. destruens, Alternaria sp., M. phaseolina, F. chlamydosporum, F. nygamai, F. falciforme, F. proliferatum and P. oxalicum within cowpea plants. مقدمه: اندوفیت‌ها ریزجاندارانی هستند که بدون هیچ‌گونه نشانۀ آشکاری در بافت‌های داخلی گیاهان ساکن می‏شوند. مطالعۀ حاضر با هدف شناسایی و جداسازی قارچ‌های اندوفیت لوبیا چشم‌بلبلی (Vigna unguiculata (L.) Walp.) در استان خوزستان انجام شد. مواد و روش‏‏ها: در سال 1395، هشت نمونۀ گیاهی سالم از مناطق مهم زیرکشت لوبیا چشم‏بلبلی در شمال استان خوزستان جمع‌آوری شدند. قطعه‌های کوچکی از ریشه، ساقه، برگ و غلاف هر نمونه ضدعفونی سطحی عمیق و روی محیط‌غذایی سیب‌زمینی‌دکستروز‌آگار کشت شدند. 60 جدایۀ قارچی حاصل به روش تک‏اسپور خالص‏سازی و 21 جدایه بر اساس ویژگی‌های ریخت‏شناسی برای بررسی‏های مولکولی انتخاب شدند. جدایه‏ها در محیط سیب‌زمینی‌دکستروز‌براث رشد کردند و زیست‏تودۀ میسیلیومی با کاغذ صافی جمع‏آوری شد. استخراج DNA با استفاده از روش ارگانیک مبتنی بر فنل و کلروفرم انجام شد. بخش‏هایی از ژن nrRNA (نواحی ITS و 28S-D1/D2) با استفاده از آغازگرهای مناسب تکثیر و سپس توالی‌یابی شدند. نتایج: جدایه‏های بررسی‌شده بر اساس ویژگی‌های ریخت‏شناسی، نتایج جستجوی BLASTn و فیلوژنی مبتنی بر ناحیۀ ITS تجزیه‌وتحلیل شدند و بر اساس آن گونه‏های Alternaria destruens،Alternaria sp.،Curvularia mosaddeghii،Curvularia sp.، Fusarium chlamydosporum،F. nygamai، F. falciforme،F. proliferatum،Fusarium sp.،Macrophomina phaseolinaوPenicillium oxalicum شناسایی شدند. بحث و نتیجه‏گیری: جنس‏های Alternaria، Fusarium و Curvularia فراوان‏ترین اندوفیت‏های قارچی در گیاه لوبیاچشم‏بلبلی در زیست‏بوم گرم استان خوزستان هستند. بر اساس دانش ما، این نخستین مطالعه‏ای است که حضور اندوفیتی قارچ‏های Alternaria destruens،Alternaria sp.، M. phaseolina، Fusarium chlamydosporum،F. nygamai،F. falciforme،F. proliferatumوPenicillium oxalicum رادر گیاه لوبیا‏چشم بلبلی گزارش می‏کند.

https://bjm.ui.ac.ir/article_23253_862d576acef6af9b414f27782b0469bf.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 8 29 2019 03 21 Isolation and Identification of a Myxobacterium Producing Myxovirescins, Myxalamides and Myxochromids from Intestinal Tract of earth Worm of Ghaemshahr County جداسازی و شناسایی میکسوباکتر تولیدکنندۀ Myxovirescins،Myxalamides و Myxochromids از دستگاه گوارش کرم خاکی منطقۀ قائم‌شهر 117 129 23281 10.22108/bjm.2018.112287.1146 FA زهرا خسروی بابادی دانشجوی دکتری، گروه میکروبیولوژی و زیست فناوری میکروبی، دانشکده علوم وفناوری زیستی ، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران غلامحسین ابراهیمی پور دانشیار گروه میکروبیولوژی و زیست‌فناوری میکروبی، دانشکده علوم وفناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران یواخیم وینک کلکسیون میکروبی مرکز هلم هولتز، برانشویگ، آلمان Journal Article 2018 08 05 Introduction: Myxobacteria are Gram-negative Deltaproteobacteria with rod-shaped vegetative cells, aerobic organotrophs that exhibit unique group behavior. Materials and Methods:The myxobacterial strain Mx18Zk was isolated from intestinal tract of earth worm of GhaemshahrCounty in Mazandaranprovince and the extraction of the fermented broth culture was prepared with organic solvent extraction method. Methanol extract tested for potential antimicrobial activity against11 various human pathogens. Finally the rest of methanol extract fractionated by HPLC and tested again against sensitive pathogens. Results: Strain Mx18Zk significantly inhibited growth of Escherichia coli, Staphylococcus aureus and Chromobacterium violaceum, therefore was used for further characterization. Analysis of morphological, biochemical, 16S rRNA gene sequence and phylogenetic tree indicated that this strain with 100 % homology belongs to the genus Corallococcus macrosporus . The methanol extract was subjected to HPLC fractionation against sensitive pathogens. The active extracts studied by LC-MS and its results compared by previously identified myxobacterial secondary metabolites deposited in Myxobase database of HZI. LC/MS analysis resulted in the identification of Myxochromids and unknown Myxovirescins, Myxalamides antibiotics in methanol extract of the strain Mx18Zk. Discussion and conclusion: On the basis of results, isolated strain was active against Escherichia coli, Staphylococcus aureus and Chromobacterium violaceum and100 % homology was belong to the genus Corallococcus macrosporus. LC/MS analysis resulted in the identification of Myxochromids and unknown Myxovirescins, Myxalamides antibiotics in methanol extract of the strain Mx18Zk. مقدمه: میکسوباکترها باکتری‌های گرم منفی متعلق به گروه دلتا‌پروتئوباکترها با سلول‌های رویشی میله‌ای‌شکل و ارگانوتروف هستند که رفتار گروهی منحصر‌به‌فردی را نشان می‌دهند و در دستۀ باکتری‌های خاک قرار می‌گیرند. مواد و روش‏‏ها: جدایۀ میکسوباکتریایی Mx18Zk از اندام گوارشی کرم خاکی منطقۀ قائم‌شهر مازندران جداسازی شد. به‌منظور بررسی فعالیت زیستی باکتری استخراج حلالی محیط‌کشت انجام و عصارۀ متانولی حاصل برای بررسی فعالیت زیستی علیه یازده نوع بیماری‌زای مختلف انسانی به روش رقت‌سازی در میکروپلیت بررسی شد. درنهایت، باقیماندۀ عصارۀ متانولی به‌وسیلۀ HPLC فراکسیون‌گیری و دوباره علیه بیماری‌زاهای حساس آزمون شد. نتایج: جدایۀ Mx18Zk فعالیت ضد‌میکروبی درخور توجهی علیه باکتری‌های شاخص Staphylococcus aureus، Escherichia coliوChromobacterium violaceum نشان داد. بررسی ویژگی‌های ریخت‌شناسی، بیوشیمیایی، توالی ژن 16S rDNA و درخت فیلوژنی باکتری نشان داد این جدایه با 100 درصد همولوژی به گونۀ Corallococcus macrosporus تعلق دارد. عصاره‌های فعال با دستگاه LC/MSمطالعه شدند و نتایج آنها با متابولیت‌های ثانویۀ میکسوباکتریایی شناخته‌شدۀ موجود در بانک اطلاعاتی Myxobase مرکز HZI مقایسه شدند. تجزیه‌وتحلیل LC/MSعصارۀ متانولی محیط‌کشت نشان‌دهندۀ حضور یون مولکولی آنتی‌بیوتیک‌های میکسوکرومید و همچنین میکسوویریسین و میکسالامید گزارش‌نشده در این گونه بود. بحث و نتیجه‏گیری: بر اساس نتایج مشاهده‌شده سویۀ جداسازی‌شدهفعالیت ضدمیکروبی علیه باکتری‌های شاخص Staphylococcus aureus، Escherichia coliو Chromobacterium violaceum نشان داد و با 100 درصد همولوژی به گونۀ macrosporusCorallococcus تعلق داشت. تجزیه‌وتحلیل LC/MSنشان‌دهندۀ حضور آنتی‌بیوتیک‌های گزارش‌نشدۀ میکسوویریسین و میکسالامید و همچنین میکسوکرومید شناخته‌شده در این گونه بود.

https://bjm.ui.ac.ir/article_23281_4dc86266ad3f894f86fd4f3cc3955416.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 8 29 2019 03 21 Molecular Identification of Native Strain of Thraustochytrium 71-1 and Qualitative and Quantitative Determination of Produced Total Oil and its Squalene شناسایی مولکولی سویۀ بومی ترائوستوکیتریوم 1-71 و تعیین کمی و کیفی تولید روغن و اسکوالن در آن 131 140 23546 10.22108/bjm.2018.110288.1119 FA فرشاد خوش بصیرت بیوتکنولوژی کشاورزی، علوم و فناوری های نوین، تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران شهریار شاکری گروه بیوتکنولوژی، دانشده علوم و فناوری های نوین، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران محمود ملکی گروه بیوتکنولوژی کشاورزی،دانشکده علوم و فناوری های نوین، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران Journal Article 2018 04 03 Introduction:Squalene is a polyunsaturated hydrocarbon with six double bonds. Squalene has many applications in biofuel, cosmetic, medical and pharmaceutical industries. The common source of Squalene is shark liver oil that its consumption is limited. Thraustochytrium a genus of unicellular marine protist belong to the thraustochytrids family which is capable of producing high Squalene. Materials and methods: In this study, the qualitative and quantitative production of Squalene, oil and biomass was investigated in the native strain of Thraustochytrium 71-1 by TLC and HPLC. Molecular characterization of this strain was analyzed by 18srDNA gene analysis. Results: Results showed that the strain 71-1 belongs to the family of Thraustochytrids and the genus of Thraustochytrium. The results showed that the strain of Thraustochytrium 71-1 produced 4.12 and 1.25 gr/L, biomass and oil, respectively. Also, Squalene was produced as 74.6 mg/L in 4 days of incubation in GYP medium. Discussion and conclusion: In this research, the production of Squalene has been reported in the strain of the thraustochytrium marine for the first time in the Middle East. It is hoped that in future, the production of this substance could be increased by optimizing the culture medium and culture conditions of this strain to produce Squalene. مقدمه: اسکوالن، هیدروکربن غیراشباع با شش پیوند دوگانه است. این اسید چرب زنجیره‌بلند کاربردهای بسیاری در صنایع آرایشی‌- بهداشتی، پزشکی، داروسازی و تولید سوخت‌های زیستی دارد. روغن کبد کوسۀ ماهیان منبع معمول تولید اسکوالن است که در‌حال‌حاضر، استفاده از آن با محدودیت‌هایی مواجه است. ترائوستوکیتریوم جنسی از آغازیان تک‌سلولی دریازی متعلق به خانوادۀ ترائوستوکیتریدها است که توانایی تولید مقدار زیاد اسکوالن را دارد. مواد و روش‏‏ها: در پژوهش حاضر، میزان کیفی و کمی تولید اسکوالن، روغن و زیست‌توده در سویۀ بومی ترائوستوکیتریوم 1-71 جداسازی‌شده از سواحل جنوبی ایران از طریق TLC و HPLC بررسی شد؛ همچنین بررسی مولکولی این سویه با تجزیه‌وتحلیل و توالی‌یابی ژن 18S rDNA انجام شد. نتایج: نتایج نشان دادند سویۀ ترائوستوکیتریوم 1-71 متعلق به خانوادۀ ترائوستوکیتریدها و جنس ترائوستوکیتریوم به‌ترتیب میزان 12/4 و 25/1 گرم‌برلیتر زیست‌توده و روغن تولید می‌کند و 6/74 میلی‌گرم‌برلیتر اسکوالن در روز چهارم پس‌از کشت در محیط‌کشت GYP تولید می‌شود. بحث و نتیجه‏گیری: در پژوهش حاضر برای نخستین‌بار در خاورمیانه، تولید اسکوالن در سویۀ آغازی دریایی ترائوستوکیتریوم گزارش شد. امید است در آینده بتوان تولید این ماده را با بهینه‌کردن محیط‌کشت و شرایط کشت سویۀ یادشده در راستای تولید اسکوالن افزایش داد.

https://bjm.ui.ac.ir/article_23546_5c6a82e725480900a68fc7e6d6401cc6.pdf