دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 7 26 2018 06 22 Vol.7, No.26, Summer 2018 سال هفتم، شماره 26، تابستان 1397 23324 FA Journal Article 2019 02 18 https://bjm.ui.ac.ir/article_23324_6845291a0e63ec6dc9adfa5204776f08.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 7 26 2018 06 22 A comparison between molecular and morphological methods in evaluation of vesicular-arbuscularmycorrhizal fungi colonization with Crocus sativus L (saffron) مقایسه روش‌های مولکولی و ریخت‌شناسی در مطالعه همزیستی قارچ‌های میکوریزی آربوسکولار گیاه زعفران (Crocus sativus L.) 1 10 22275 10.22108/bjm.2017.105754.1074 FA حمزه پوریوسف کارشناسی ارشد میکروبیولوژی، علوم و تحقیقات خراسان رضوی، دانشگاه آزاد اسلامی، نیشابور، ایران جعفر همت استادیار ژنتیک مولکولی، پژوهشکده زیست‌فناوری- سازمان پژوهش‌های علمی و صنعتی ایران، تهران، ایران محسن واعظ استادیار ژنتیک مولکولی، پژوهشکده زیست‌فناوری- سازمان پژوهش‌های علمی و صنعتی ایران، تهران، ایران Journal Article 2017 08 06 Introduction: Evaluation of symbiosis between Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) and Saffron (Crocus Sativus L.) is important because this strategic plant encounters with many environmental stresses such as climatic and edaphic stresses during seasons and the AMF can let the crops increase their productivity along with the improvement of their resistance to stress factors and pathogens Materials and methods: The spores of AMF around rhizosphere of saffron were studied in three fields of Gonabad, Khorasan province, Iran (2013-14). Moreover, the colonization of mycorrhizal fungi with saffron and sorghum trap were studied in three regions using morphologic and molecular methods by nested PCR and amplification of small subunit of rRNA gene fragments. Results: Three species of arbuscular mycorrhizal fungi, Scutellospora dipurpurescens, Funneliformis caledonius and Rhizophagus aggregatus were identified in the soil around rhizosphere of the saffron of three regions. The colonization of sorghum trap in the soil of saffron cultivation areas was among 21 -41%, while the colonization in the natural Saffron field was 1.5% and just in one area. However, the nested PCR results revealed the colonization of Saffron in all 3 regions. These results showed the colonization of Saffron by Rhizophagus iranicus and F. caledonius. Discussion and conclusion: The genus and species diversity of AMF Saffron and Sorghum are different. Moreover, the hereby proposed molecular method is a more precise approach to identify AMF colonization with Saffron while classical methods may provide different and misleading results. مقدمه: شناسایی قارچ‌های همزیست میکوریزا آربوسکولار گیاه زعفران که در فصل‌های سال با تنش‌های محیطی فراوان اعم از اقلیمی و خاکی مواجه است، جهت کاربرد، افزایش رشد و تولید گیاه و مقاومت به عوامل بیماری‌زا اهمیت ویژه‌ای دارد. مواد و روش‏‏ها: وجود اسپور قارچ‌های همزیست میکوریزا آربوسکولار در خاک ریزوسفر گیاه زعفران سه منطقه از مزارع شهرستان گناباد بررسی شد. همچنین کلنیزاسیون ریشه و تنوع قارچ‌های همزیست با زعفران طی دو سال متوالی 93-1392 مبتنی بر روش‌های ریخت‌شناسی و مولکولی انجام شد. علاوه بر این، کشت تله‌ای با استفاده از گیاه سورگوم و خاک سه منطقه کشت زعفران انجام شد. روش مولکولی با استفاده از PCR آشیانه‌ای حاصل از تکثیر ژن زیرواحد کوچک ژن rRNA قارچ‌های کلنیزه انجام شد. نتایج: طی بررسی اسپورهای موجود در اطراف خاک ریزوسفر، سه گونه اسکوتلوسپورا دیپورپورسنس، ریزوفاگوس اگرگاتوس و فونیلیفورمیس کالدونیوم شناسایی شدند. کلنیزه‌شدن میکوریزها در ریشه زعفران در فیلد طبیعی تنها در یک منطقه مشاهده شد؛ درحالی که کلنیزه‌شدن میکوریزها در گیاه تله سورگوم در خاک مناطق کشت زعفران بین 21 تا 24 درصد متغیر بود، در مزرعه زعفران بیش از 5/1 درصد مشاهده نشد. با وجود این، نتایج مولکولی همزیستی آنها را درتمام مناطق مطالعه‌شده زعفران و گیاه سورگوم نشان داد. این نتایج کلنیزاسیون زعفران را با ریزوفاگوس ایرانیکوس و ف. کالدونیم نشان دادند. پیش از این، به روش مولکولی تعیین همزیستی در زعفران گزارش نشده است. بحث و نتیجه‏گیری: تنوع گونه‌ای قارچ‌های همزیست در سورگوم و زعفران متفاوت بود و بر اساس مقایسه نتایج همزیستی مبتنی بر ریخت‌شناسی و مولکولی، به نظر می رسد که روش مولکولی ارائه‌شده شاخص مناسب‌تری برای وجود همزیستی است در حالی که روش‌های کلاسیک نتایج متفاوت و گاه گمراه‌کننده‌ای ارائه می‌کنند.

https://bjm.ui.ac.ir/article_22275_26cb6f78357fa60712dac175b84fbd0e.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 7 26 2018 06 22 Preparation of PLGA (poly lactic-co-glycolic acid) nanoparticles Containing Pseudomonas aeruginosa Alginate, LPS and Exotoxin A as a Nano-vaccine تهیه نانوذره‌های poly lactic-co-glycolic acid (PLGA) حاوی آلژینات، لیپوپلی‌ساکارید و اگزوتوکسین A سودوموناس آئروژینوزا به‌عنوان نانو‌واکسن 11 27 22276 10.22108/bjm.2017.104468.1064 FA لیلا صفری زنجانی دانشجوی دکتری تخصصی میکروبیولوژی، واحد کرج، دانشگاه آزاد اسلامی، کرج، ایران رضا شاپوری استادیار باکتری‌شناسی پزشکی، واحد زنجان، دانشگاه آزاد اسلامی، زنجان، ایران مهروز دزفولیان استادیار ژنتیک مولکولی، واحد کرج، دانشگاه آزاد اسلامی، کرج، ایران مهدی مهدوی استادیار ایمونولوژی، انسیتو پاستور، تهران، ایران مهدی شفیعی اردستانی استادیار داروسازی، دانشگاه علوم پزشکی، تهران، ایران Journal Article 2017 05 30 Introduction: Pseudomonas aeruginosa is a particular importance due to the numerous factors of pathogenicity and the prevalence of multi-resistance strains throughout the world. Therefore, the need to prevent and produce an effective vaccine seems necessary. The aim of this study was to use PLGA nanoparticles in the design of vaccine with alginate antigens, lipopolysaccharide, and exotoxin, A Pseudomonas aeruginosa. In this study, strain PAO1 of Pseudomonas aeruginosa is used. Then, antigens including, alginate, lipopolysaccharide, and exotoxin A were extracted. Then, lipopolysaccharide was detoxified by hot phenol method. Exotoxin A was purified by chromatography and detoxified with formalin. Then, antigens separately conjugated to PLGA. FT-IR and AFM methods were usedto confirm conjugation with nanoparticles. A rabbit model was used to study the pyrogenic effects of conjugates. The mortality effect of conjugates on mouse model was tested. Materials and methods: The success of conjugation based on the size and charge of the nanoparticle was confirmed. The presence of antigenic functional groups in the structure of the nanoparticle and the formation of a steric bond confirmed with FT-IR results and the corresponding courier form. Results: The 3D conjugate images of nanoparticles before and after conjugation showed an increase in the height of nanoparticle binding sites. The change from initial sharpness to puff after the conjugation confirmed the success of conjugation. Failure to observe the pyrogenic effects in the rabbit and no mortality observed in mice was proved. Discussion and conclusion: All of the results showed that conjugates were effective in immunization. Therefore, it can be a candidate vaccine with a great potential against Pseudomonas causing diseases. مقدمه: باکتری سودوموناس آئروژینوزا به علت داشتن عوامل متعدد بیماری‌زایی و شیوع سویه‌های چند مقاومتی آن در سراسر دنیا اهمیت ویژه‌ای دارد و از این رو، نیاز به پیشگیری و تولید واکسن کارآمد برای آن ضروری است. هدف مطالعه حاضر، استفاده از نانوذره‌های poly lactic-co-glycolic acid (PLGA)در طراحی واکسن با آنتی‌ژن‌های‌آلژینات،‌ لیپوپلی‌ساکارید و اگزوتوکسین A سودوموناس آئروژینوزا است. مواد و روش‏‏ها: در مطالعه حاضر، آلژینات، لیپوپلی‌ساکارید و اگزوتوکسین A از سویه PAO1 استخراج شدند. لیپوپلی‌ساکارید به روش فنل داغ تخلیص و سم‌زدایی شد. اگزوتوکسین A به روش کروماتوگرافی خالص‌سازی و با فرمالین سم‌زدایی شد. سپس آنتی‌ژن‌های تهیه‌ شده به‌شکل جداگانه با PLGA کونژوگه شدند. روش‌های FT-IR و AFM برای تأیید انجام کونژوگاسیون با نانوذره‌ها استفاده شدند. برای بررسی تب‌زایی کونژوگه‌ها از الگوی خرگوش استفاده و مرگ‌ومیر ناشی از کونژوگه‌ها روی الگوی موشی آزمایش شد. موفقیت کونژوگاسیون بر اساس اندازه و شارژ نانوذره حاصل تأیید شد. نتایج: نتایج FT-IR و شکل پیک‌های مربوطه، حضور گروه‌های عاملی آنتی‌ژن در ساختار نانوذره و تشکیل پیوند استری را تأیید کردند. تصاویر سه بعدی کونژوگه‌ها با نانوذره‌ها پیش و پس از کونژوگاسیون، افزایش ارتفاع سایت‌های اتصالی نانوذره را نشان دادند. تغییر از حالت تیزی اولیه به پفکی پس از انجام کونژوگاسیون، موفقیت کونژوگاسیون را تأیید کرد. مشاهده‌نشدن تب در خرگوش و مرگ‌ومیر در موش‌ها اثبات شد. بحث و نتیجه‏گیری: تمام نتایج، کارآمدبودن واکسن در ایمنی‌زایی را نشان دادند و بنابراین به‌عنوان نامزدی برای واکسنی با پتانسیل قوی علیه بیماری‌های ناشی از سودوموناس پیشنهاد می‌شود.

https://bjm.ui.ac.ir/article_22276_437bed11ab6feaef1e66414f1c320404.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 7 26 2018 06 22 Evaluation the effect of uranium ore concentrations on the cyc2 gene expression in the mutated Acidithiobacillus sp. FJ2 بررسی اثر غلظت‌های مختلف سنگ اورانیوم روی بیان ژن cyc2 در باکتری جهش‌یافته Acidithiobacillus sp. FJ2 29 41 22277 10.22108/bjm.2017.103895.1054 FA فائزه فاطمی استادیار بیوشیمی بالینی، پژوهشکده مواد و سوخت هسته ای، پژوهشگاه علوم و فنون هسته‌ای، سازمان انرژی اتمی، تهران، ایران ملوس شیدایی دانشجوی دکتری بیوشیمی، دانشگاه پیام نور، واحد تهران شرق، ایران رضا حاجی حسینی استاد بیوشیمی، گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه پیام نور، تهران، ایران Journal Article 2017 05 05 Introduction: The uranium bioleaching process is performed using Acidithiobacillus ferrooxidans. This bacterium is capable of iron oxidation by an electron transport chain. One of the most important components of this chain is the cyc2 gene product that involved in the oxidation process of iron. Materials and methods: Evaluation of UV mutated (60, 120 and 180s) Acidithiobacillus sp. FJ2 cyc2gene in the presence of uranium ore concentrations, has been implemented in this project. For this purpose, the original and mutated bacteria were cultivated in the presence of uranium ore concentrations (5, 10, 15, 25 and 50%). Uranium extraction, variation of pH and Eh values were measured at 24 h intervals. Then, when the uranium extraction yield reached to 100%, gene expressions of cyc2 original and mutatedAcidithiobacillus sp. FJ2 were analyzed using Real-time PCR method. Results: The results of the experiments showed that, with increasing pulp density, the uranium extraction rate and oxidation activity of bacteria were reduced. In addition, the result of cyc2 gene expression showed that the target gene expression increases in the presence of uranium ore compared to sample with absence of uranium ore, andwith further increase of pulp density, due to the toxicity of uranium, shows a decreasing trend. Discussion and conclusion: The results of this study indicated that the mutation in the bacterium has a positive effect on the uranium bioleaching process, which can play an important role in the process of uranium bioleaching at high concentrations. In addition, with increasing pulp density due to uranium toxicity, there is a decreasing trend in the process of uranium extraction, which indicates the important role of this factor in the uranium bioleaching process. مقدمه: فرآیند بیولیچینگ اورانیوم با استفاده از باکتری Acidithiobacillus sp. FJ2انجام می‌شود. این باکتری، آهن را از طریق زنجیره انتقال الکترون اکسید می‌کند و محصولات ژن cyc2، از مهم‌ترین اجزای این زنجیره و دخیل در فرایند اکسیداسیون آهن هستند. مواد و روش‏‏ها: در پژوهش حاضر، بیان ژن cyc2 در باکتری Acidithiobacillus sp. FJ2جهش‌یافته با اشعهUV (60، 120 و 180 ثانیه) در حضور غلظت‌های مختلف سنگ معدن اورانیوم بررسی شد. به این منظور، باکتری‌های جهش‌یافته و وحشی در محیط‌کشت اختصاصی و در حضور غلظت‌های مختلف سنگ معدن اورانیوم کشت شدند. میزان استخراج اورانیوم، تغییرات اسیدیته (pH) و فعالیت اکسیداسیون و احیای (Eh) آنها در توالی‌های 24 ساعته اندازه‌گیری شد. زمانی که بازده استخراج اورانیوم به 100 درصد رسید، بیان ژن cyc2 باکتری جهش‌یافته و وحشی با روش Real-time PCR بررسی شد. نتایج: نتایج آزمایش‌ها نشان دادند که با افزایش میزان غلظت سنگ، سرعت استخراج اورانیوم و فعالیت اکسیداسیونی باکتری کاهش می‌یابد. همچنین، بیان ژن cyc2 در حضور سنگ معدن اورانیوم نسبت به نمونه عاری از سنگ معدن افزایش می‌یابد و با افزایش بیشتر غلظت سنگ، به علت سمیت فلز سنگین اورانیوم، روند کاهشی نشان می‌دهد. بحث و نتیجه‏گیری: نتایج پژوهش حاضر نشان می‌دهند که ایجاد جهش در باکتری مدنظر، تأثیر مثبتی بر فرآیند بیولیچینگ اورانیوم و نقش مهمی در فرآیند بیولیچینگ غلظت‌های زیاد سنگ معدن اورانیوم دارد. به علاوه، با افزایش چگالی پالپ به علت سمیت اورانیوم، روند کاهشی در فرآیند استخراج اورانیوم مشاهده می‌شود که نقش مهم این عامل بر فرآیند بیولیچینگ اورانیوم را نشان می‌دهد.

https://bjm.ui.ac.ir/article_22277_287c2e48bf900eb9cd9c1384184a2113.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 7 26 2018 06 22 Comparison of different methods of osmotic shocks for extraction of Human Granulocyte Colony Stimulating Factor produced in periplasm مقایسه روش‌های مختلف شوک اسمزی در استحصال فاکتور محرک رشد کلونی گرانولوسیت انسانی تولیدشده در پری‌پلاسم 43 50 22278 10.22108/bjm.2017.103550.1048 FA شراره پیمانفر دانشجوی دکتری میکروبیولوژی، دانشگاه اصفهان، ایران رسول روغنیان دانشیار ایمنولوژی، گروه زیست‌شناسی، دانشگاه اصفهان، ایران کامران قائدی دانشیار ژنتیک و پسا دکترای بیولوژی مولکولی، دانشگاه اصفهان، ایران Journal Article 2017 04 19 Introduction:In the recent years, a growing interest for the production of secretary recombinant proteins is seen. This is due to the advantages of recombinant protein production in the periplasm compared to the cytoplasm. However, signal peptides have a critical role in protein secretion as well as the applied technique for the extraction of the protein. Granulocyte colony stimulating factor (GCSF) is a type of colony stimulating factor that causes motivating of proliferation, differentiation and survival of neutrophiles and progenitor cells of these cells and are used to promote decreased neutrophils in some cancers after chemotherapy. The aim of this study was to evaluate the usage of different osmotic shock assays in order to achieve the highest amount of granulocyte colony stimulating factor (GCSF) in BL21 strain of E.coli. Materials and methods: The E.coli which contained pET22b- GCSF2- Intein2 expression vector was cultured in 4YT medium and was induced with IPTG 1Mm for protein production. It is necessary to mention that the pET22b has a pelB signal peptide that directs proteins to the periplasmic space. In the next step, three different methods of osmotic shocks were applied for the extraction of the obtained human recombinant protein. Finally, the isolated proteins were analyzed by SDS-PAGE and western blot techniques. Results: The results of this investigation indicated that GCSF was produced in both of the cytoplasmic and periplasmic spaces and the best method of osmotic shock for protein extraction is using Tris buffer and MgSO4. Discussion and conclusion: Regarding the results, it is concluded that the MgSO4 with Tris buffer create a good osmotic pressure and accordingly is a more effective way for G-CSF protein extraction. As a result, this method could be used for production and simple separation of recombinant drug proteins. مقدمه: در سال‌های اخیر، علاقه به تولید پروتئین‌های ترشحی به علت فواید گوناگون تولید پروتئین نوترکیب در فضای پری‌پلاسمی نسبت به سیتوپلاسم افزایش یافته است. در این میان، پپتیدهای نشانه نقش حیاتی در ترشح پروتئین دارند و نوع روش استفاده‌شده در میزان پروتئین ترشحی استخراج‌شده مهم است. فاکتور محرک رشد کلونی گرانولوسیتی (GCSF) نوعی سیتوکین، هورمون و فاکتور محرک کلونی است که باعث تحریک تکثیر، تمایز و تداوم بقای نوتروفیل‌ها و پیش‌سازهای این سلول‌ها می‌شود و در برخی سرطان‌ها، برای بهبود تعداد نوتروفیل‌های کاهش‌یافته پس از شیمی‌درمانی استفاده می‌شود. هدف مطالعه حاضر، ارزیابی روش‌‌های مختلف شوک اسمزی برای دستیابی به بیشترین میزان پروتئین GCSF تولیدی در باکتری E.coli سویه BL21 است. مواد و روش‏‏ها: باکتری E.coli دارای وکتور بیانی pET22b–GCSF2–Intein2 در محیط‌کشت 4YT کشت و سپس، بیان پروتئین با کمک IPTG 1 میلی‌مولار القا شد. وکتور pET22b دارای توالی پپتید نشانه pelB برای جهت‌دهی پروتئین‌ها به فضای پری‌پلاسمی است. در مرحله بعد، از سه روش متفاوت شوک اسمزی برای جداسازی پروتئین نوترکیب انسانی تولید‌شده استفاده شد. سپس پروتئین‌های جداسازی‌شده با ‌روش‌های SDS Page و وسترن بلات تحلیل شد. نتایج: نتایج بررسی حاضر نشان دادند که پروتئین GCSF در هر دو فضای سیتوپلاسمی و پری‌پلاسمی تولید می‌شود و استفاده از بافر تریس و سولفات‌منیزیم، بهترین روش شوک اسمزی برای استخراج پروتئین است. بحث و نتیجه‏گیری: با توجه به یافته‌های پژوهش حاضر، استفاده از سولفات‌منیزیم در کنار بافر تریس فشار اسمزی بیشتری ایجاد می‌کند و روش مؤثرتری برای استحصال پروتئین GCSF است. در نتیجه، این روش برای تولید و جداسازی آسان محصولات دارویی نوترکیب استفاده می‌شود.

https://bjm.ui.ac.ir/article_22278_b12b45edcb33c08fd5f53a91d280af2d.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 7 26 2018 06 22 Study of the dynamic of Bacillus species during of oil contaminated soil by PCR-DGGE مطالعه دینامیک گونه‌های باسیلوس طی حذف آلودگی‌های نفتی با روش PCR-DGGE 51 63 22283 10.22108/bjm.2017.103062.1042 FA محمود شوندی استادیار ژنتیک مولکولی، پژوهشکده محیط‌‌زیست و بیوتکنولوژی، پژوهشگاه صنعت نفت، تهران، ایران نیما زمانیان کارشناس ارشد میکروبیولوژی، واحد کرج، دانشگاه آزاد اسلامی، کرج، ایران اعظم حدادی استادیار میکروبیولوژی، واحد کرج، دانشگاه آزاد اسلامی، کرج، ایران Journal Article 2017 03 15 Introduction: Bioremediation is an effective, inexpensive and environmental friendly manner for removing oil pollutions. Studding the biodiversity of indigenous microorganisms and their function is very important for bioremediation strategy selection and performance. This study was aimed to investigate the rule of Bacillus species in bioremediation of diesel contaminated soil. Materials and Methods: Soil microcosms were prepared by adding 2 and 4% (W/W) of diesel to the soil. A control microcosm without diesel contamination was also set up. Microcosms were amended with nitrogen and phosphate sources and water (20%) and in a six month study period and parameters includingdiesel degradation, heterotrophic bacterial count and Bacillus spp. diversity by 16S rRNA PCR-DGGE were studied. Results: The results showed that in 2% microcosm up to 50% and in 4% microcosm up to 44.44% of diesel were degraded after six months. The increase of bacterial count was completely coincided with the highest diesel removal rate. The count of heterotrophic bacteria in 2 and 4% microcosms was elevated from 2Í108 to 2Í1011 and 2Í1012 at the highest point, respectively. Accordingly, introduction of the diesel stimulated the native soil bacteria and the amount of pollution was determinative in bioremediation efficiency. Discussion and conclusion: Comparison of the pattern of DGGE bands variation between the microcosms showed that by entry of the contaminant into the soil, the diversity of Bacillus species was increased, indicating that Bacillus species has a particular role in diesel degradation. Simultaneous with decline of the pollution and microbial count of the soil, diversity of DGGE bands was decreased. Out of these findings we may conclude that addition of diesel as a carbon source to the soil increases the Bacillus spp. diversity at the beginning of bioremediation and afterwards by elimination of the pollutant, the diversity decreases gradually and shifts back to its original structure. مقدمه: پاکسازی زیستی راهی مؤثر، ارزان و سازگار با محیط‌زیست برای حذف آلودگی خاک و آب است و بررسی تنوع ریزموجودات بومی و تعیین نقش آنها اهمیت بسیاری در موفقیت این روش دارد. هدف پژوهش حاضر، بررسی نقش گونه‌های باسیلوس در پاکسازی زیستی نمونه خاک آلوده به گازوئیل است. مواد و روش‏‏ها: دو میکروکازم با افزودن میزان 2 و 4 درصد گازوئیل به خاک تهیه شدند و یک میکروکازم، شاهد و بدون آلودگی در نظر گرفته شد. میزان تجزیه گازوئیل، تغییرات جمعیت باکتری‌های هتروتروف و تغییرات تنوع باسیلوس‌ها پس از افزودن منابع کربن، نیتروژن و فسفات با نسبت 100:10:1 و آب به میزان 20 درصد با روش 16S rRNA PCR-DGGE طی دوره شش‌ماهه بررسی شد. نتایج: در میکروکازم‌های 2 و 4 درصد به‌ترتیب 50 و 44/44 درصد گازوئیل اولیه طی دوره شش‌ماهه تجزیه شد. روند افزایش تعداد باکتری‌های هتروتروف و بیشترین تعداد باکتری‌ها با سرعت تجزیه گازوئیل منطبق بود و تعداد باکتری‌ها در میکروکازم‌های 2 و 4 درصد از 108×2 باکتری در هر گرم خاک به‌ترتیب به 1011×2 و 1012×2 باکتری در هر گرم خاک در بیشترین میزان رسید. بنابراین، ورود آلودگی سبب تحریک جمعیت میکروبی خاک می‌شود و میزان آلودگی در کارآیی پاکسازی زیستی مؤثر است بحث و نتیجه‏گیری: مقایسه تنوع باندهای DGGE نشان داد که با واردشدن آلاینده به خاک، تنوع گونه‌های باسیلوس افزایش می‌یابد و نقش مؤثر گونه‌های باسیلوس در پاکسازی زیستی خاک‌های آلوده به هیدروکربن‌های نفتی را نشان می‌دهد. هم‌زمان با کاهش میزان گازوئیل و تعداد باکتری‌ها، تنوع باندها در ژل DGGE نیز کمتر می‌شود. بنابراین، با ورود آلاینده به‌عنوان منبع کربن، تنوع گونه‌های باسیلوس در ابتدای فرآیند تجزیه افزایش و به‌تدریج با حذف ترکیب هیدروکربنی دوباره کاهش می‌یابد و ترکیب جمعیت به شرایط پیش از حضور آلاینده نزدیک می‌شود.

https://bjm.ui.ac.ir/article_22283_15ba690385cb9141742e07a579516d11.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 7 26 2018 06 22 recA gene expression in ciprofloxacin resistant Escherichia coli dinI- mutant بیان ژن recA درموتانdinI- مقاوم به سیپروفلوکسازین اشریشیا کلی 65 72 22279 10.22108/bjm.2017.102689.1034 FA ساره محمدی دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک، دانشکده علوم، دانشگاه شهرکرد، ‌‌ایران راضیه پوراحمد دانشیار ژنتیک، دانشکده علوم، دانشگاه شهرکرد، ‌‌ایران محمد رضا محزونیه استاد میکروبیولوژی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شهرکرد، ایران Journal Article 2017 02 23 Introduction: Microorganisms in response to drug development, acquire resistance through a variety of mechanisms. The prevalence of resistance to fluoroquinolones (FQ), such as ciprofluxacin in Escherichia coli has increased markedly in recent years. Mutagenesis induced by SOS catalyzes the evolution of resistance to fluoroquinolones. A member of the SOS regulon is the dinI gene. Protein encoded by the gene DinI acts as positive and negative modulator of RecA performance. Previous studies showedrecA gene expression in ciprofloxacin resistant Escherichia coli dinI+ in which mutants increased. The aim of this study was to investigate recA gene expression in dinI-mutant resistant to ciprofloxacin Materials and Methods: For this purpose, dinI- mutant became ciprofloxacin resistant by encountering to increase amount of ciprofloxacin via stepwise method and be evaluated for MIC. Then, the expression of recA gene was determined in wild type, dinI- and a dinI+ mutants by real time PCR. Results: The results showed that a dinI- mutant acquired low level of resistance to ciprofloxacin and its MIC was 0.3 µg/ml. recA gene expression in the dinI- mutant was increased in comparison with wild type strain. However, the amount of increase was about one fourth of increase in dinI+ mutant. Discussion and conclusion: In conclusion, inactivation of dinI gene does not inhibit increase in recA gene expression and regulation of RecA activity is possibly complex and could be conducted in the absence of dinI by other regulatory proteins. مقدمه: در پاسخ به توسعه داروها، ریزموجودات با سازوکارهای متنوعی به آنها مقاوم می‌شوند. در سال‌های اخیر، شیوع مقاومت به فلوروکینولون‌ها مانند سیپروفلوکساسین در اشریشیا کلی به‌طور چشمگیری افزایش یافته است. موتان‌زایی ناشی از SOS، مقاومت به فلوروکینولون‌ها را القا می‌کند. ژن dinI، عضو تنظیمی پاسخ SOS است و پروتئین DinI را کد می‌کند که تعدیل‌کننده مثبت و منفی عملکرد RecA است. در بررسی‌های پیشین مشخص شده است که با بیان ژن recA در موتان‌های dinI+ اشریشیا کلی،مقاوم به سیپروفلوکساسین افزایش می‌یابد. هدف پژوهش حاضر، بررسی بیان ژن recA در موتان -dinI مقاوم به سیپروفلوکساسین است. مواد و روش‏‏ها: موتان باکتریایی -dinI در معرض غلظت‌های افزایشی سیپروفلوکساسین به روش پلکانی مقاوم و MIC تعیین شد. سپس بیان ژن recA در سویه تیپ وحشی و موتان‌های مقاوم -dinI و +dinI با روش Real time PCR بررسی شد. نتایج: نتایج نشان دادند که مقاومت سویه -dinI به سیپروفلوکساسین کم و MIC آن 3/0 میکروگرم در میلی‌لیتر است. میزان بیان ژن recA در موتان-dinI مقاوم به سیپروفلوکساسین نسبت به سویه تیپ وحشی افزایش یافت، هرچند میزان افزایش بیان حدود یک‌چهارم سویه +dinI بود. بحث و نتیجه‏گیری: غیرفعال‌سازی dinI مانع افزایش بیان ژن recA نمی‌شود و تنظیم فعالیت RecA احتمالاً پیچیده است و در نبود dinI، توسط پروتئین‌های تنظیمی دیگر انجام شود.

https://bjm.ui.ac.ir/article_22279_c97402413e1e405f518c6f3837ced481.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 7 26 2018 06 22 Evaluation of diazinon pesticide biodegradation by isolated indigenous bacteria from contaminated soil ارزیابی تجزیه زیستی آفت‌کش دیازینون توسط باکتری‌های بومی جداشده از خاک‌های آلوده 73 86 22281 10.22108/bjm.2017.101617.1025 FA آرزو علیپور دانشجوی کارشناسی ارشد حشره‌شناسی گیاهی، دانشگاه ولی‌عصر(عج) رفسنجان، ایران علی علیزاده استادیار حشره‌شناسی گیاهی، دانشگاه ولی‌عصر (عج) رفسنجان، ایران پژمان خدایگان دانشیار بیماری‌شناسی گیاهی، دانشگاه ولی‌عصر(عج) رفسنجان، ایران Journal Article 2017 01 08 Introduction:Pesticides have been developed as powerful tools that apply for population feeding needs, all over the world. Pesticides’ overuse has become a serious issue about the environment. Among pesticides, diazinon is one of the organophosphorus inceticides that is used to control many different kinds of pests. There are a lot of researches about the toxicity effects of pesticides on the environment. However, one of the strategies to remove them from different environments is using degradation bacteria. Materials and methods: For screening vernacular bacterium that are able to degrade the pesticide the sampling has been done from different soils of agriculture and industrial places, and the mineral salt medium was used for extvation of bacteria. After enrichment of samples in the mineral salt media, the isolation was done in the soild medium and 10 different sterains were based on morphology characters extracted and were identified to species level. The concentration of diazinon in the presence of bacteria was determined as a high performance liquid chromatography (HPLC). Results: Among diazinon degradetion isolates S1 and S2 reduced the concentration of diazinon from 50 mg.l to 3.18 mg.l and 5.21 mg.l after 15 days, respectivly. The results indicated that S1 and S2 have higher efficiency to decreasing the amount of pesticide. Based on growing bacteria in the poor medium it’s shown that bacteria used diazinon as an energy source. Results indicated that amplification and sequencing of 16S rDNA of S1 and S2 isolated have the highest similarity with Paenibacillus and Pseudomonas, respectively. Discussion and conclusion: Results of this study revealed that degradation bacteria of diazinon exist in the places that used this insecticide and in the waste of industrial zone. It is expected that using these bacteria and biological resuscitation, it is possible to reduce some environmental hazardus issues of diazinon and also field application and determining the best formulation for bioramidation are essential in the future. مقدمه: آفت‌کش‌ها، ابزار قدرتمندی هستند که برای تأمین نیاز‌های غذایی جمعیت در حال رشد جهان، توسعه و کاربرد فراوانی یافته‌اند. مصرف بی‌رویه، این مواد را به تهدیدی جدی برای محیط‌‌زیست تبدیل کرده است دیازینون یکی از آفت‌کش‌های فسفره آلی است که برای کنترل طیف وسیعی از آفت‌ها استفاده می‌شود. بررسی‌های بسیاری درباره آثار سمیت این آفت‌کش در محیط‌زیست انجام شده است. استفاده از باکتری‌های تجزیه‌کننده یکی از راهکارهای حذف آفت‌کش‌ها از محیط‌های مختلف است. مواد و روش‏‏ها: برای غربال‌گری باکتری‌های بومی تجزیه‌کننده این آفت‌کش از خاک‌های مناطق مختلف صنعتی و کشاورزی نمونه‌برداری و جداسازی باکتری‌ها در محیط پایه معدنی انجام شد. پس از غنی‌سازی نمونه‌ها در محیط‌کشت پایه معدنی، 10 جدایه متفاوت از نظر شکل ظاهری با کشت روی محیط‌کشت جامد جداسازی، خالص‌سازی و در حد جنس شناسایی شدند. میزان غلظت آفت‌کش دیازینون در حضور این جدایه‌ها در محیط‌کشت با دستگاه کروماتوگرافی مایع با کارایی زیاد تعیین شد. نتایج: در پژوهش حاضر، جدایه‌ها‌ی S1 و S2 از بین 10 جدایه تجزیه‌کننده دیازینون، ، غلظت آفت‌کش دیازینون را از غلظت اولیه 50 میلی‌گرم بر لیتر طی 15 روز پس از کشت به‌ترتیب به 18/3 و 21/5 میلی‌گرم بر لیتر رساندند؛ جدایه‌های یادشده نسبت به سایر جدایه‌ها بیشترین توان کاهش غلظت را داشتند. با توجه به رشد باکتری‌ها در محیط‌های‌کشت‌ فقیر استنباط می‌شود این جدایه‌ها از آفت‌کش دیازینون به‌عنوان منبع انرژی برای رشد خود استفاده می‌کنند. بر اساس نتایج تکثیر و تعیین توالی 16SrDNA، جدایه‌های S1 و S2 به‌ترتیب بیشترین شباهت را به جنس‌های Paenibacillus و Pseudomonas داشتند. بحث و نتیجه‏گیری: نتایج پژوهش حاضر نشان دادند باکتری‌های تجزیه‌کننده آفت‌کش دیازینون در مناطق آلوده به این آفت‌کش و در فاضلاب‌های مناطق صنعتی وجود دارند. انتظار می‌رود با استفاده از این باکتری‌ها و روش‌های احیای زیستی، مشکلات زیست‌محیطی ناشی از آثار این آفت‌کش کاهش یابند و پس از بررسی در سطح میدانی و تعیین فرمولاسیون، از این جدایه‌ها برای پاکسازی زیستی استفاده شود.

https://bjm.ui.ac.ir/article_22281_0b23bcd88d23e75cff2d17b85c97750e.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 7 26 2018 06 22 Cloning and bioinformatics analyses of the coding DNA sequence (CDS) of Delta 6 Desaturase gene from Mortierella alpina (CBS 754.68) همسانه‌سازی و بررسی بیوانفورماتیکی توالی رمزگردان (CDS) ژن دلتا 6 دسچوراز از قارچ مورتیرلا آلپینا سویه CBS 754.68 87 99 22282 10.22108/bjm.2017.101401.1023 FA عصمت اشعارقدیم کارشناس ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشگاه صنعتی شاهرود، شاهرود، ایران شاهرخ قرنجیک استادیار ژنتیک مولکولی و مهندسی ژنتیک، دانشگاه صنعتی شاهرود، شاهرود، ایران Journal Article 2016 12 30 Introduction: Membrane-bound desaturases and related enzymes play a pivotal role in the biosynthesis of unsaturated fatty acids. Delta6 desaturase is a key enzyme in the biosynthesis of the unsaturated fatty acids. Mortierella alpina is an oleaginous fungus with active Delta 6 desaturase which hasbeengreatly considered recently. Materials and methods: In order to isolate and clone Δ6D gene from Mortierella alpina, after extraction of total RNA and synthesis cDNA, PCR amplification has been done using gene specific primers. The amplified fragment was cloned into the pBlueScriptSK+ containing seed specific promoter napin. Then the recombinant plasmid was transformed into E.coli DH5a by freezing and thawing method. The confirmed gene construct was cloned into the binary vector pBI121 and transformed into Agrobacterium LBA4404 in order to transform canola plants. Bioinformatics characterization of target gene was investigated by servers TMHMM, ProtParam and Psipred. Results: Correctness of cloning was confirmed by PCR with specific primers, enzymatic digestion and sequencing. The proliferation of a fragment with 830 bp using internal primer of napin promoter and Delta6 desaturase primer confirmed insertion of the gene along with napin promoter. Nucleotide sequencing results showed that cloned CDS includes 1374 nucleotides that will translate to a protein with 448 amino acids. Using bioinformatics analysis, presence of cytochrome b5 domain, three His-box, secondary and spatial structures, transmembrane and conserved domains were confirmed. Discussion and conclusion: Based on the results of BLAST analysis using nucleotide and protein sequences, and also presence of functional domains in the protein, it can be predicted that cloned CDS will show proper enzyme activity after transformation into plants. Confirming these results requires expression analysis of the gene in appropriate plant system and studying its function in the enzyme level. مقدمه: دسچورازهای غشایی و آنزیم‌های وابسته به آنها نقشی اساسی در بیوسنتز اسیدهای چرب غیراشباع ایفا می‌کنند. دلتا 6 دسچوراز، آنزیمی کلیدی در بیوسنتز اسیدهای چرب غیراشباع است. قارچ مورتیرلا آلپینا، گونه‌ای روغنی و دارای دلتا 6 دسچوراز فعال است و در سال‌های اخیر مورد توجه پژوهشگران قرارگرفته است. مواد و روش‏‏ها: پس از استخراج RNA و سنتز cDNA از قارچ مورتیرلا آلپینا سویه CBS 754.68، ژن دلتا 6 دسچوراز توسط آغازگرهای اختصاصی حاوی توالی کوزاک تکثیر و قطعه تکثیرشده در ناقل همسانه‌سازی pBlueScriptSK+ حاوی پروموتور اختصاصی بذر ناپین درج شد. پلاسمید نوترکیب با استفاده از روش شیمیایی به باکتری اشریشیا کلی سویه DH5α ترانسفورم شد. سازه حاصل در ناقل دوگانه pBI121 همسانه‌سازی و برای انتقال به گیاه، به آگروباکتریوم سویه LBA4404 ترانسفورم شد. ویژگی‌های بیوانفورماتیکی ژن موردنظر با سرورهای TMHMM، ProtParam و Psipred بررسی شد. نتایج: درستی همسانه‌سازی با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز توسط آغازگرهای اختصاصی، هضم آنزیمی و توالی‌یابی تأیید شد. تکثیر قطعه 830 جفت نوکلئوتیدی با استفاده از آغازگر داخلی پروموتور ناپین و ژن دلتا 6 دسچوراز، الحاق ژن در امتداد پروموتور ناپین را تأیید کرد. نتایج توالی‌یابی نوکلئوتیدی نشان دادند که توالی نوکلئوتیدی این ژن، 1374 جفت باز است و پروتئینی با 457 آمینواسید را رمز می‌کند. وجود دمین سیتوکروم b5، سه موتیف جعبه هیستیدین، دمین‌های تراغشایی و حفاظت‌شده از طریق بررسی بیوانفورماتیک تأیید شدند. بحث و نتیجه‏گیری: با استناد به نتایج بلاست پروتئینی و تأیید حضور دمین‌های کارکردی، پیش‌بینی می‌شود که توالی همسانه‌سازی‌شده از این قارچ دارای فعالیت آنزیمی مدنظر است. تأیید این نتایج به بررسی بیان این ژن در سیستم گیاهی مناسب و بررسی کارکرد آن در سطح آنزیمی نیازمند است.

https://bjm.ui.ac.ir/article_22282_0a1188920ef1f8a97e349da18bd7c7ab.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 7 26 2018 06 22 Comparison of growth factors, chemical composition, fatty acid profiles, chlorophyll content and total carotene of Scenedesmus obliqus and Hematococcus pluvialis مقایسه عوامل رشد، ترکیب شیمیایی، پروفایل اسیدهای چرب، مقدار کلروفیل و کاروتن کل دو گونه جلبکی سندسموس آبلیکوس و هماتوکوکوس پلوویالیس 101 113 22286 10.22108/bjm.2017.104661.1066 FA بهروز آتشبار استادیار اکولوژی آبزیان، پژوهشکده مطالعه‌های دریاچه ارومیه، دانشگاه ارومیه، ایران سعید وحدت دانشجوی دکتری تکثیر و پرورش آبزیان، پژوهشکده آرتمیا و آبزی‌پروری، دانشگاه ارومیه، ایران Journal Article 2017 06 09 Introduction:The algae are rich in minerals, vitamins, and in other nutrients and they are cultivated in order to produce valuable raw materials. Materials and methods: In this regard, the effect of 10% carbon dioxide concentration on growth factors, chemical composition, fatty acids profile, chlorophyll and carotene of two species Scenedesmus oblique and Haematocuccus pluvialis were studied. Results: Based on the results, the protein content was significantly higher in the S. oblique compared to the H. pluvialis (16.79% and 9.16%, respectively) (P<0.05). In contrast, the total lipid production was significantly higher in the H. pluvialis compared to the S. oblique (P<0.05). The saturated fatty acids percentage was significantly higher in the H. pluvialis in comparison to S. oblique (30.93% and 23.51%, respectively) (P<0.05). Also, the amount of chlorophyll a and total carotene was measured in the H. pluvialis significantly higher than the S. oblique (P<0.05). At the end of 20 days of the cultivation, the amount of biomass in the H. pluvialis was significantly higher than that produced at S. oblique (P<0.05). Discussion and conclusion: Although the presence of CO2 caused S.obliquus use the conditions for more production of biomass (0.18 g.L-1 DW), significant difference in biomass with H.pluvialis (0.17 g.L-1 DW) was not observed. مقدمه: جلبک‌ها سرشار از مواد معدنی، ویتامین و دیگر مواد مغذی هستند و برای تولید انواع مختلف مواد خام مفید استفاده می‌شوند. از این رو، روش‌های مختلفی برای افزایش تولید به کار برده می‌شوند. مواد و روش‏‏ها: تـأثیر دی‌اکسید‌کربن با غلظت 10 درصد بر عوامل رشد، ترکیب شیمیایی، پروفایل اسیدهای چرب، مقدار کلروفیل و کاروتن کل دو گونه جلبکی سندسموس آبلیکوس (Scenedesmus obliquus)و هماتوکوکوس پلوویالیس (Haematocuccus pluvialis) بررسی و مقایسه شد. نتایج: بر اساس نتایج، مقدار پروتئین تولیدشده در جلبک سندسموس به‌مراتب بیشتر از هماتوکوکوس پلوویالیس و به‌ترتیب برابر 79/16 و 16/9 درصد بود (05/0P<). بر عکس، میزان چربی کل تولیدشده در هماتوکوکوس پلوویالیس نسبت به سندسموس آبلیکوس بیشتر بود (05/0>P). همچنین مقادیر اسیدهای چرب اشباع تولیدشده در هماتوکوکوس پلوویالیس به‌طور معناداری بیشتر از سندسموس آبلیکوس بودند و به‌ترتیب 93/30 و 51/23 درصد اندازه‌گیری شدند (05/0>P). مقدار کلروفیل a و کاروتن کل در جلبک هماتوکوکوس پلوویالیس به‌طور معناداری بیشتر از سندسموس آبلیکوس اندازه‌گیری شد (05/0>P). در انتهای روز 20 پرورش، مقدار توده زیستی بیشتری در جلبک سندسموس آبلیکوس نسبت به هماتوکوکوس پلوویالیس تولید شده بود (05/0>P). بحث و نتیجه‏گیری: وجود گاز دی‌اکسید‌کربن در محیط سبب شد سندسموس آبلیکوس از این شرایط برای تولید توده زیستی کل بیشتر (18/0 گرم بر لیتر وزن خشک) استفاده کند، هرچند تفاوت معناداری در مقدار توده زیستی کل با جلبک هماتوکوکوس پلوویالیس (17/0 گرم بر لیتر وزن خشک) مشاهده نشد.

https://bjm.ui.ac.ir/article_22286_bcd5d664643eaf1419727f455db8e2df.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 7 26 2018 06 22 Bioassay and Molecular Screening of Pectinase Enzyme in halophilic bacteria from Salt Lake, Iran سنجش زیستی و غربال‌گری مولکولی آنزیم پکتیناز در باکتری‌های نمک‌دوست جداشده از دریاچه‌های نمکی ایران 115 122 22300 10.22108/bjm.2017.77717.0 FA زهره نصرالله زاده کارشناسی ارشد ژنتیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران انسیه صالح قمری استادیار میکروبیولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران محمد طهماسب استادیار ژنتیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران محمد علی آزموزگار دانشیار میکروبیولوژی، دانشکده علوم، دانشگاه تهران، ایران Journal Article 2016 07 24 Introduction:Pectinase or pectinolytic enzymes are complex enzymes which include pectin methyl esterase (EC.3.1.1.11), pectin lyase (EC.4.2.2.2) and polygalacturonase (EC.3.3.1.15) which degrade pectin in the cell wall of plant cells. These enzymes have many industrial applications that some of them are active in extreme condition regarding to temperature, pH and salt concentration. In this study, the bacteria with an ability to produce pectinase enzyme in salty condition were identified and the corresponding gene was analyzed. Materials and methods: Strains from Urmia, Inche boron and Gomeshan Ponds were inoculated in the media containing pectin precursors. By analyzing the clear zones around the colonies based on I2/KI indicator, the positive strains were selected. Quantification of enzyme activity on all three types of pectinase was carried out by spectrophotometry. In order to molecularly screen the bacterium contained pectinase gene, the bacterium genome was amplified using appropriate primers. Results: Seventeen positive strains for pectinase (10 from Gomeshan Lake, 6 from Inche Boron Lake and 1 from where Urmia Lake) were identified among 130 studied samples. According to size of clear zone of enzyme activity in the qualitative test, activity level of all three pectinase enzymes in R2S25 strain of Inche Boron Lake was measured and the growth curve was obtained. Molecular study showed that all strains contain desired gene segment. Discussion and conclusion: Quantitative evaluation showed that production and activity of pectinase enzyme in R2S25 strain increased simultaneously with increasing the growth of selected strain in logarithmic phase. Molecular study also showed that the genuses of Martelella, Aeromocrobium, Planococcus, Marinobacter, Virgibacillus, Kocuria and Micrococcus contain the pectinase gene. مقدمه: پکتیناز یا آنزیم‌های پکتینولاتیکی، کمپلکس آنزیمی شامل سه آنزیم پکتین‌متیل‌استراز (EC.3.1.1.11)، پکتین‌لیاز (EC.4.2.2.2) و پلی‌گالاکتوروناز (EC.3.2.1.15) هستند که باعث تجزیه پکتین موجود در دیواره سلول‌های گیاهی می‌شوند. این آنزیم‌ها مصرف‌های صنعتی بسیاری دارند که تعدادی از آنها در شرایط حاد از نظر دما، اسیدیته و غظت نمک فعال هستند. در پژوهش حاضر، به بررسی و شناسایی باکتری‌هایی پرداخته شد که آنزیم پکتیناز را در شرایط حاد غلظت نمک تولید می‌کنند و سپس ژن مولد این آنزیم در باکتری‌ها بررسی و شناسایی شد. مواد و روش‏‏ها: سویه‌های جمع‌آوری‌شده از دریاچه‌های ارومیه، گمیشان و اینچه‎برون‎ روی محیط حاوی پیش‌ماده پکتین کشت داده شدند و سویه‌های مثبت با معرف یدید/یدیدپتاسیم و با توجه به هاله‌های شفاف ایجادشده انتخاب شدند و سنجش کمی فعالیت آنزیم روی هر سه آنزیم مجموعه پکتینازی به روش اسپکتروفوتومتری انجام شد. برای غربال مولکولی ژن پکتیناز، پرایمرهای مربوطه طراحی شدند و ژن مدنظر تکثیر شد. نتایج: از بین 130 سویه بررسی‌شده، 17 سویه برای این آنزیم مثبت بودند که 10 سویه از دریاچه گمیشان (59 درصد)، 6 سویه از دریاچه اینچه‌برون (35 درصد) و 1 سویه از دریاچه ارومیه (6 درصد) جداسازی شده بود. با توجه به قطر هاله فعالیت آنزیم در آزمون کیفی، میزان فعالیت هر سه آنزیم پکتینازی در سویه R2S25 از دریاچه اینچه‌برون اندازه‌گیری و منحنی رشد ترسیم شد. در بررسی مولکولی، تمام سویه‌ها حاوی قطعه ژنی مدنظر بودند. بحث و نتیجه‏گیری: بررسی‌های کمی نشان دادند در سویه R2S25، تولید و فعالیت آنزیم‌های پکتینازی هم‌زمان با افزایش رشد سویه منتخب در فاز لگاریتمی انجام می‌شود. بررسی‌های مولکولی، حضور ژن این آنزیم را در جنس‌‌های مارتللا، آئروموکروبیوم، پلنوکوکوس، مارینوباکتر، ویرجی‌باسیلوس، کوکوریا و میکروکوکوس تأیید می‌کنند.

https://bjm.ui.ac.ir/article_22300_0e7a5768e40e85fd9e36361895849738.pdf