<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE ArticleSet PUBLIC "-//NLM//DTD PubMed 2.7//EN" "https://dtd.nlm.nih.gov/ncbi/pubmed/in/PubMed.dtd">
<ArticleSet>
<Article>
<Journal>
				<PublisherName>دانشگاه اصفهان</PublisherName>
				<JournalTitle>زیست شناسی میکروبی</JournalTitle>
				<Issn>3060-7647</Issn>
				<Volume>6</Volume>
				<Issue>24</Issue>
				<PubDate PubStatus="epublish">
					<Year>2017</Year>
					<Month>12</Month>
					<Day>22</Day>
				</PubDate>
			</Journal>
<ArticleTitle>Novel strains of Bacillus cereus Wah1 and Enterobacter cloacae Wkh with high potential for production of siderophores</ArticleTitle>
<VernacularTitle>سویه‌های جدید Bacillus cereus Wah1 وEnterobacter cloacae Wkh با پتانسیل بالا برای تولید سیدروفورها</VernacularTitle>
			<FirstPage>1</FirstPage>
			<LastPage>11</LastPage>
			<ELocationID EIdType="pii">21696</ELocationID>
			
<ELocationID EIdType="doi">10.22108/bjm.2017.21696</ELocationID>
			
			<Language>FA</Language>
<AuthorList>
<Author>
					<FirstName>محمود</FirstName>
					<LastName>ملکی</LastName>
<Affiliation>استادیار اصلاح نباتات، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران</Affiliation>

</Author>
<Author>
					<FirstName>صدیقه</FirstName>
					<LastName>نوروزپور</LastName>
<Affiliation>استادیار علوم دامی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران</Affiliation>

</Author>
<Author>
					<FirstName>الهام</FirstName>
					<LastName>رضوان نژاد</LastName>
<Affiliation>دانشیار بیوتکنولوژی، دانشگاه اصفهان، ایران</Affiliation>

</Author>
<Author>
					<FirstName>شهریار</FirstName>
					<LastName>شاکری</LastName>
<Affiliation>استادیار اصلاح نباتات، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران</Affiliation>

</Author>
</AuthorList>
				<PublicationType>Journal Article</PublicationType>
			<History>
				<PubDate PubStatus="received">
					<Year>2016</Year>
					<Month>10</Month>
					<Day>28</Day>
				</PubDate>
			</History>
		<Abstract>&lt;strong&gt;Introduction:&lt;/strong&gt; Siderophores are relatively low-weight molecules (500 to 1000 Dalton), which are produced by many microorganisms as the chelating ligands of iron under iron deficiency. Plants can absorb the siderophore-iron complex to meet their needs for iron. The aim of this study was isolation and identification of siderophore producing bacteria. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Materials and methods:&lt;/strong&gt; In this study, we used liquid chrome azurol S (CAS) assay for the isolation of siderophore producing plant growth promoting rhizobacteria (PGPRs). Then, different kinds of the produced siderophores by the best strains were determined using overlaid chrome azurol S (O-CAS) assay. Finally, two best siderophores producing strains were identified using the 16S rDNA gene sequencing analysis. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Results:&lt;/strong&gt; The results showed that 69.3 percent of the isolated bacteria could produce siderophores. The lowest and highst levels of siderophores belonged to the strains Cke1 (17.58 percent siderophore unit) and Wah1 (97.76 percent siderophore unit) respectively. Based on the O-CAS assay method, these strains produced catchol and hydroxamat types of siderophores. Two strains Wah1 and Wkh were identified using 16S rDNA gene sequencing analysis as &lt;em&gt;Bacillus cereus &lt;/em&gt;and&lt;em&gt; Enterobacter cloacae, &lt;/em&gt;respectively. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Discussion and conclusion:&lt;/strong&gt; Wah1 and Wkh produced more siderophores (as siderophore unit) than other strains, which were studied using the same method until now. Therefore, they could be valuable strains to study their potential as biological fertilizers and plant protection against the soil born pathogens.</Abstract>
			<OtherAbstract Language="FA">&lt;strong&gt;مقدمه:&lt;/strong&gt; سیدروفورها مولکول‌هایی با وزن مولکولی نسبتا پایین (500 تا 1000 دالتون) هستند که به عنوان لیگاندهای کلاته کننده آهن در شرایط کمبود آهن توسط بسیاری از میکروارگانیزم‌ها تولید می شوند. گیاهان می‌توانند ترکیب آهن-سیدروفور را به منظور رفع نیازشان به آهن جذب کنند. هدف از پژوهش حاضر جداسازی و شناسایی باکتری‌های تولید کننده سیدروفور است.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;مواد و روش&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;‏‏&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;ها:&lt;/strong&gt; در این پژوهش از روش سنجش مایع CAS، برای جداسازی باکتری‌های محرک رشد گیاهی (PGPR) تولید کننده سیدروفوراستفاده شد. سپس، انواع مختلف سیدروفورهای تولید شده توسط بهترین سویه‌ها، با استفاده از روش سنجش O-CAS تعیین شدند. سرانجام دو سویه برتر تولید کننده سیدروفور با استفاده از آنالیز توالی ژن &lt;em&gt;16S rDNA&lt;/em&gt;شناسایی شدند.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;نتایج:&lt;/strong&gt; نتایج نشان داد که 3/69 درصد از باکتری‌های جداسازی شده توانایی تولید سیدروفور را دارند. پایین‌ترین و بالاترین میزان سیدروفورها به ترتیب به سویه های Cke1 (58/17 درصد واحد سیدروفوری) و Wah1 (76/97 درصد واحد سیدروفوری) تعلق داشتند. بر پایه روش سنجش O-CAS این سویه‌ها سیدروفورهایی از نوع کاتکول و هیدروکسامات را تولید کردند. دو سویه Wah1 و Wkh با استفاده از آنالیز توالی‌یابی ژن &lt;em&gt;16S rDNA&lt;/em&gt; به ترتیب به عنوان &lt;em&gt;Bacillus cereus&lt;/em&gt; و &lt;em&gt;Enterobacter cloacae&lt;/em&gt; شناسایی شدند.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;بحث و نتیجه&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;‏&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;گیری:&lt;/strong&gt; Wah1 و Wkh سیدروفورهای بیشتری (به صورت واحد سیدروفوری) نسبت به سایر سویه‌هایی که تا کنون با روش مشابهی مطالعه شده بودند، تولید کردند. بنابراین، آن‌ها سویه‌های با ارزشی برای مطالعه پتانسیل‌شان به عنوان کودهای زیستی و حفاظت گیاه در برابر پاتوژن‌های خاکزاد خواهند بود.</OtherAbstract>
		<ObjectList>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">باکتری</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">سنجش مایع CAS</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">سنجش O-CAS</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">سیدروفور</Param>
			</Object>
		</ObjectList>
<ArchiveCopySource DocType="pdf">https://bjm.ui.ac.ir/article_21696_79f83503fb8a32b4cec90c43deec8da5.pdf</ArchiveCopySource>
</Article>

<Article>
<Journal>
				<PublisherName>دانشگاه اصفهان</PublisherName>
				<JournalTitle>زیست شناسی میکروبی</JournalTitle>
				<Issn>3060-7647</Issn>
				<Volume>6</Volume>
				<Issue>24</Issue>
				<PubDate PubStatus="epublish">
					<Year>2017</Year>
					<Month>12</Month>
					<Day>22</Day>
				</PubDate>
			</Journal>
<ArticleTitle>Bacillus thuringiensis strain NG, a Novel Isolated Strain for production of Various Polyhydroxyalkanoates</ArticleTitle>
<VernacularTitle>سویه NG باسیلوس تورینجینسیس، یک سویه جدا شده جدید برای تولید انواعی از پلی هیدروکسی آلکانوات‌ها</VernacularTitle>
			<FirstPage>13</FirstPage>
			<LastPage>20</LastPage>
			<ELocationID EIdType="pii">21697</ELocationID>
			
<ELocationID EIdType="doi">10.22108/bjm.2017.21697</ELocationID>
			
			<Language>FA</Language>
<AuthorList>
<Author>
					<FirstName>نازیلا</FirstName>
					<LastName>غلام ویسی</LastName>
<Affiliation>دانشجوی میکروبیولوژی، گروه زیست شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد سنندج، سنندج، ایران</Affiliation>

</Author>
<Author>
					<FirstName>سیروان</FirstName>
					<LastName>محمدی آذر</LastName>
<Affiliation>استادیار شیمی، گروه شیمی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد سنندج، سنندج، ایران</Affiliation>

</Author>
<Author>
					<FirstName>رویا</FirstName>
					<LastName>مروج</LastName>
<Affiliation>مربی میکروبیولوژی، گروه زیست شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد سنندج، سنندج، ایران</Affiliation>

</Author>
</AuthorList>
				<PublicationType>Journal Article</PublicationType>
			<History>
				<PubDate PubStatus="received">
					<Year>2017</Year>
					<Month>04</Month>
					<Day>11</Day>
				</PubDate>
			</History>
		<Abstract>&lt;strong&gt;Introduction&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;:&lt;/strong&gt; Microbial biopolymers such as polyhydroxyalkanoates (PHA) are proper alternatives for petroleum-derived plastics. These biopolymers have many advantages over conventional plastics such as biodegradability, environmental friendly and infinite as a renewable resource. Therefore, our study was aimed to isolate a bacterial strain capable of producing polyhydroxybutyrate (PHB; a highly applicable type of PHA). &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Materials and method&lt;/strong&gt;s&lt;strong&gt;:&lt;/strong&gt; To this aim, a total of 6 PHA-producing bacteria were isolated from waste water exit site of a brewery factory. The 6 isolates were studied by Sudan black-staining technique and the most stained isolate was selected for further studies. Next, the selected isolate was identified based on morphological, biochemical and phylogenetic analyses. Finally, the ability of strain in producing PHB as well as other PHAs was analyzed via GC-MS technique&lt;em&gt;.&lt;/em&gt; &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Results&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;:&lt;/strong&gt; Strain NG had the highest yield of PHB, according to Sudan black-staining technique and it was selected for further studies. The strain NG was identified as a new strain of &lt;em&gt;Bacillus&lt;/em&gt; &lt;em&gt;thuringiensis&lt;/em&gt;. According to GC-MS results, this strain was able to produce PHB as well as 4 other PHAs including hexadecanoic acid methyl ester, octadecanoic acid methyl ester, tetradecanoic acid methyl ester, 8-octadecenoic acid methyl ester. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Discussion and conclusion&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;: &lt;/strong&gt;It was the first report on producing various PHAs at the same time by a strain of &lt;em&gt;Bacillus&lt;/em&gt; &lt;em&gt;thuringiensis&lt;/em&gt;.</Abstract>
			<OtherAbstract Language="FA">&lt;strong&gt;مقدمه:&lt;/strong&gt; بیوپلیمرهای میکروبی مانند پلی‌هیدروکسی‌آلکانوات‌ها جایگزین‌های مناسب پلاستیک‌های مشتق از مواد نفتی هستند. این بیوپلیمرها مزایای بسیاری نسبت به پلاستیک‌های معمولی دارند، ازجمله زیست‌تجزیه‌پذیری، سازگاری با محیط‌زیست و تجدیدپذیر‌بودن منابع آنها. از این رو، مطالعه حاضر با هدف جداسازی سویه باکتریایی دارای قابلیت تولید پلی‌هیدروکسی‌بوتیرات، یکی از پلی ‌هیدروکسی ‌آلکانوات‌های پرکاربرد، انجام شد.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;مواد و روش&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;‏‏&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;ها:&lt;/strong&gt; 6 سویه باکتریایی تولیدکننده پلی‌هیدروکسی‌آلکانوات از محل خروجی پساب کارخانه تولید نوشیدنی جداسازی و با روش سودان بلاک مطالعه شدند. رنگ‌پذیرترین سویه برای مطالعه‌های بعدی انتخاب، بر اساس بررسی‌های مورفولوژیکی، بیوشیمیایی و فیلوژنتیکی شناسایی و توانایی آن در تولید پلی‌هیدروکسی‌بوتیرات و دیگر پلی‌هیدروکسی‌آلکانوات‌ها با روش GC-MS ارزیابی شد.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;نتایج:&lt;/strong&gt; بر اساس نتایج روش سودان بلاک، سویه NG بیشترین میزان PHB را تولید کرد و برای مطالعه‌های بعدی انتخاب شد. سویه NG، سویه جدیدی از &lt;em&gt;باسیلوس تورینجینسیس&lt;/em&gt; شناسایی شد که بر اساس نتایج GC-MS، قادر به تولید پلی‌هیدروکسی‌بوتیرات و 4 نوع پلی‌هیدروکسی‌آلکانوات دیگر شامل هگزادکانوییک‌اسید‌متیل‌استر، اکتادکانوییک‌اسید‌متیل‌استر، تترادکانوییک‌اسید‌متیل‌استر و 8-‌اکتادکانوییک‌اسید‌متیل‌استر بود.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;بحث و نتیجه&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;‏&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;گیری:&lt;/strong&gt; مطالعه حاضر، نخستین گزارش از تولید هم‌زمان چند نوع پلی‌هیدروکسی‌آلکانوات توسط سویه‌ای از &lt;em&gt;باسیلوس تورنجینسیس&lt;/em&gt; است.</OtherAbstract>
		<ObjectList>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">باسیلوس تورینجینسیس NG</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">پلی‌هیدروکسی‌آلکانوات‌ها</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">پلی‌هیدروکسی‌بوتیرات</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">GC-MS</Param>
			</Object>
		</ObjectList>
<ArchiveCopySource DocType="pdf">https://bjm.ui.ac.ir/article_21697_df0cfb6fd7ed4dbd00b446dd2ad387cb.pdf</ArchiveCopySource>
</Article>

<Article>
<Journal>
				<PublisherName>دانشگاه اصفهان</PublisherName>
				<JournalTitle>زیست شناسی میکروبی</JournalTitle>
				<Issn>3060-7647</Issn>
				<Volume>6</Volume>
				<Issue>24</Issue>
				<PubDate PubStatus="epublish">
					<Year>2017</Year>
					<Month>12</Month>
					<Day>22</Day>
				</PubDate>
			</Journal>
<ArticleTitle>Detection of fumonisin chemotype produced by Fusarium proliferatum isolated from nuts in Iraq using specific PCR assays</ArticleTitle>
<VernacularTitle>ردیابی کموتیپ فومونیزین تولید شده توسط قارچ فوزاریوم پرولیفراتوم جدا شده از آجیل در عراق با استفاده از روش پی سی آر اختصاصی</VernacularTitle>
			<FirstPage>21</FirstPage>
			<LastPage>27</LastPage>
			<ELocationID EIdType="pii">21682</ELocationID>
			
<ELocationID EIdType="doi">10.22108/bjm.2017.21682</ELocationID>
			
			<Language>FA</Language>
<AuthorList>
<Author>
					<FirstName>خسرو</FirstName>
					<LastName>چهری</LastName>
<Affiliation>استادیار قارچ شناسی، دانشگاه رازی کرمانشاه، ایران</Affiliation>

</Author>
<Author>
					<FirstName>حسین</FirstName>
					<LastName>ستار عبود</LastName>
<Affiliation>دانشجوی کارشناسی ارشد گرایش میکروبیولوژی، دانشگاه رازی کرمانشاه، ایران</Affiliation>

</Author>
</AuthorList>
				<PublicationType>Journal Article</PublicationType>
			<History>
				<PubDate PubStatus="received">
					<Year>2017</Year>
					<Month>04</Month>
					<Day>29</Day>
				</PubDate>
			</History>
		<Abstract>&lt;strong&gt;Introduction&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;:&lt;/strong&gt; The present study was carried out to evaluate the occurrence of toxicogenic&lt;em&gt; Fusarium proliferatum&lt;/em&gt;strains isolated from nuts in Iraq. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Materials and method&lt;/strong&gt;s&lt;strong&gt;:&lt;/strong&gt; A total of 108 nut samples collected from different markets in Iraq. Strains of &lt;em&gt;Fusarium&lt;/em&gt; spp. isolated from nuts seeds and their morphological characterization of the strains were examined based on their growth on carnation leaf agar (CLA) and potato dextrose agar (PDA). The identification of &lt;em&gt;F. proliferatum&lt;/em&gt; isolates were confirmed molecularly using species specific primers of PRO1/PRO2 primers. PCR-based detection of fumonisin-synthesis-pathway gene was also used to determine the potential of &lt;em&gt;F. proliferatum&lt;/em&gt; isolates to produce fumonisin using FUM1 gene-based (FUM1 F/FUM1 R) primers. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Results&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;:&lt;/strong&gt; Based on morphological features 28 fungal isolates were obtained from nuts and identified into four species&lt;em&gt; F. proliferatum &lt;/em&gt;(12), &lt;em&gt;Aspergillus niger &lt;/em&gt;(8), &lt;em&gt;Aspergillus flavus &lt;/em&gt;(5), and &lt;em&gt;Penicillium &lt;/em&gt;sp&lt;em&gt;.&lt;/em&gt; (3). The primers PRO1/PRO2 produced DNA fragments 585 bp in all &lt;em&gt;F. proliferatum&lt;/em&gt; strains. PCR assays also showed DNA fragments (183 bp) were amplified in nearly 42% of &lt;em&gt;F. proliferatum&lt;/em&gt; strains. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Discussion and conclusion&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;: &lt;/strong&gt;Of 12 tested isolates, 5 isolates (~42%) being fumonisin chemotype. To our knowledge, this is the first report on molecular identification and mycotoxigenic capacity of &lt;em&gt;Fusarium fujikuroi&lt;/em&gt; species complex (FFSC) isolated from nuts in Iraq.</Abstract>
			<OtherAbstract Language="FA">&lt;strong&gt;مقدمه:&lt;/strong&gt; پژوهش حاضر به منظور ارزیابی وقوع جدایه&lt;em&gt;‎&lt;/em&gt;های قارچ &lt;em&gt;فوزاریوم&lt;/em&gt; &lt;em&gt;پرولیفراتوم&lt;/em&gt; تولیدکننده مایکوتوکسین در آجیل در عراق انجام&lt;em&gt;‎&lt;/em&gt; شد.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;مواد و روش&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;‏‏&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;ها:&lt;/strong&gt; در این پژوهش 108 نمونه آجیل از فروشگاه&lt;em&gt;‎&lt;/em&gt;های مختلف در عراق جمع آوری شد. ویژگی&lt;em&gt;‎&lt;/em&gt;های ریخت شناسی گونه&lt;em&gt;‎&lt;/em&gt;های &lt;em&gt;فوزاریوم&lt;/em&gt; با استفاده از محیط کشت&lt;em&gt;‎&lt;/em&gt;های برگ میخک-آگار و عصاره سیب زمینی-دکستروز-آگار بررسی شد. جدایه&lt;em&gt;‎&lt;/em&gt;های &lt;em&gt;فوزاریوم&lt;/em&gt; &lt;em&gt;پرولیفراتوم&lt;/em&gt; با استفاده از آغازگرهای اختصاصی PRO1/PRO2 تایید شد. در این پژوهش همچنین قابلیت تولید زهرابه فومونیزین توسط جدایه&lt;em&gt;‎&lt;/em&gt;های &lt;em&gt;فوزاریوم&lt;/em&gt; &lt;em&gt;پرولیفراتوم&lt;/em&gt; با استفاده از آغازگرهای طراحی شده برای ژن FUM1 (FUM1 F/FUM1 R) بررسی شد.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;نتایج:&lt;/strong&gt; در این تحقیق 28 جدایه قارچ جداسازی شد که بر اساس بررسی‌های ریخت‌شناسی 3 گونه قارچی شناسایی شد که شامل گونه&lt;em&gt;‎&lt;/em&gt;های &lt;em&gt;فوزاریوم&lt;/em&gt; &lt;em&gt;پرولیفراتوم&lt;/em&gt; (12)، &lt;em&gt;آسپرژیلوس&lt;/em&gt; &lt;em&gt;نایجر&lt;/em&gt; (8)، &lt;em&gt;آسپرژیلوس&lt;/em&gt; &lt;em&gt;فلاووس&lt;/em&gt; (5) و گونه نامشخصی از &lt;em&gt;پنیسلیوم&lt;/em&gt; (3) بودند. آغازگرهای اختصاصی PRO1/PRO2، قطعه 585 جفت بازی را در همه جدایه‌های &lt;em&gt;فوزاریوم&lt;/em&gt; &lt;em&gt;پرولیفراتوم&lt;/em&gt; را تولید کردند. تکثیر قطعه دی&lt;em&gt;‎&lt;/em&gt;ان&lt;em&gt;‎&lt;/em&gt;ای (183 جفت بازی) ژن FUM1 با استفاده از آغازگرهای FUM1 F/FUM1 R تقریبا در 42 درصد از جدایه های &lt;em&gt;فوزاریوم&lt;/em&gt; &lt;em&gt;پرولیفراتوم&lt;/em&gt; بدست آمد.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;بحث و نتیجه&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;‏&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;گیری:&lt;/strong&gt; از بین 12 جدایه &lt;em&gt;فوزاریوم&lt;/em&gt; &lt;em&gt;پرولیفراتوم&lt;/em&gt;، 5 جدایه (42~) قابلیت تولید فومونیزین داشتند. این پژوهش برای نخستین بار در عراق انجام شد و بر اساس مطالعات مولکولی قابلیت جدایه‌های گونه مرکب &lt;em&gt;فوزاریوم&lt;/em&gt; &lt;em&gt;فوجیکوروی&lt;/em&gt; (&lt;em&gt;FFSC&lt;/em&gt;) ارزیابی شد.</OtherAbstract>
		<ObjectList>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">FFSC</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">آغازگرهای اختصاصی</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">آجیل</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">عراق</Param>
			</Object>
		</ObjectList>
<ArchiveCopySource DocType="pdf">https://bjm.ui.ac.ir/article_21682_676fdedd2239b940cc0d411231a02bcb.pdf</ArchiveCopySource>
</Article>

<Article>
<Journal>
				<PublisherName>دانشگاه اصفهان</PublisherName>
				<JournalTitle>زیست شناسی میکروبی</JournalTitle>
				<Issn>3060-7647</Issn>
				<Volume>6</Volume>
				<Issue>24</Issue>
				<PubDate PubStatus="epublish">
					<Year>2017</Year>
					<Month>12</Month>
					<Day>22</Day>
				</PubDate>
			</Journal>
<ArticleTitle>Phenotypic and molecular characterization of Sinorhizobium meliloti strains isolated from the roots of Medicago sativa in Iran</ArticleTitle>
<VernacularTitle>خصوصیات فنوتیپی و مولکولی سویه‌های سینوریزوبیوم ملیلوتی جدا شده از ریشه‌های گیاه یونجه (Medicago sativa) در ایران ‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬</VernacularTitle>
			<FirstPage>29</FirstPage>
			<LastPage>39</LastPage>
			<ELocationID EIdType="pii">21694</ELocationID>
			
<ELocationID EIdType="doi">10.22108/bjm.2017.21694</ELocationID>
			
			<Language>FA</Language>
<AuthorList>
<Author>
					<FirstName>محبوبه</FirstName>
					<LastName>نخعی مقدم</LastName>
<Affiliation>دانشیار میکروبیولوژی، واحد مشهد، دانشگاه آزاد اسلامی، مشهد، ایران</Affiliation>

</Author>
<Author>
					<FirstName>آزاده</FirstName>
					<LastName>حداد سبزوار</LastName>
<Affiliation>دانشجوی دکتری میکروب شناسی، واحد مشهد، دانشگاه آزاد اسلامی، مشهد، ایران</Affiliation>

</Author>
<Author>
					<FirstName>محمدرضا</FirstName>
					<LastName>ذوالفقاری</LastName>
<Affiliation>دانشیار میکروبیولوژی، واحد قم، دانشگاه آزاد اسلامی، قم، ایران</Affiliation>

</Author>
<Author>
					<FirstName>امیر</FirstName>
					<LastName>لکزیان</LastName>
<Affiliation>استاد خاک شناسی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران</Affiliation>

</Author>
</AuthorList>
				<PublicationType>Journal Article</PublicationType>
			<History>
				<PubDate PubStatus="received">
					<Year>2016</Year>
					<Month>07</Month>
					<Day>23</Day>
				</PubDate>
			</History>
		<Abstract>&lt;strong&gt;Introduction&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;:&lt;/strong&gt; The&lt;em&gt; Rhizobium&lt;/em&gt;-legume interaction leads to biological nitrogen-fixation and increases nitrogen of soil. The aim of this study was to characterize the properties of &lt;em&gt;Sinorhizobium&lt;/em&gt; isolates from the roots of alfalfa plantsin Iran. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Materials and method&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;s:&lt;/strong&gt; Bacteria were isolated in yeast extract mannitol Agar and confirmed by plant infection test. After evaluation from the point of morphological and biochemical properties, a fragment of &lt;em&gt;16S rDNA&lt;/em&gt; gene with a size of approximately 1500 base pair was amplified using fD1 and rD1 primers. PCR (polymerase chain reaction) products were analyzed for digestion pattern by Taq1 endonuclease. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Results&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;:&lt;/strong&gt; 63 bacteria were isolated from homogenized nodules. 42 isolates generated nodules in three replicates in infection test. Of the 42 isolates 8, were resistant to salinity. Seven isolates had better growth than others at pH 4. All isolates were resistant to CuCl&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt; (0.5 mmol), CdCl&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt; (0.65 mmol), MnSO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt; (0.75 and 1.5 mmol) and ZnSO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt; (0.125 mmol). Isolates S3Q and S22K were more resistant to salinity, acidity, temperature and heavy metals stresses. PCR products of all bacteria had the same restricted profile after digestion by Taq1 nuclease. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Discussion and conclusion&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;: &lt;/strong&gt;The results showed that among isolated bacteria, there were some differences in the resistance to salinity, acidity, temperature and heavy metals stresses.  Identification of native strains of rhizobia, especially strains resistant to salinity, temperature, heavy metals and acidity could be valuable due to their potentiality for using biological fertilizers in harsh conditions.</Abstract>
			<OtherAbstract Language="FA">&lt;strong&gt;مقدمه:&lt;/strong&gt; همزیستی گیاهان لگوم با &lt;em&gt;ریزوبیوم&lt;/em&gt; به تثبیت زیستی نیتروژن منجر می‌شود و نیتروژن خاک را افزایش می‌دهد. هدف پژوهش حاضر، تعیین ویژگی‌ ایزوله‌های &lt;em&gt;سینوریزوبیوم&lt;/em&gt; جدا شده از گیاهان یونجه در ایران است.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;مواد و روش&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;‏‏&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;ها:&lt;/strong&gt; باکتری‌ها در محیط مانیتول آگار حاوی عصاره مخمر جدا و با آزمایش عفونت زایی گیاه تایید شدند. پس از بررسی باکتری‌ها از نظر ویژگی‌های ریخت شناسی و بیوشیمیایی، یک قطعه از ژن &lt;em&gt;S rRNA&lt;/em&gt;&lt;em&gt;16&lt;/em&gt; با اندازه حدود 1500 جفت باز با استفاده از پرایمر fD1 و rD1 تکثیر داده شد. محصولات واکنش زنجیره پلیمراز (PCR) از نظر الگوی هضم آنزیمی با اندونوکلئاز Taq1 بررسی شد.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;نتایج:&lt;/strong&gt; 63 باکتری از گرهک ‌ای هموژنیزه گیاهان جدا شد. 42 ایزوله در سه تکرار آزمایش عفونت‌زایی در گیاهان یونجه گرهک ایجاد کردند. از 42 ایزوله، 8 تا مقاوم به شوری بودند. 7 ایزوله در pH 4 رشد بهتری نسبت به سایرین داشتند. تمامی ایزوله‌ها مقاوم به CuCl&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt; (5/0 میلی‌مولار)، CdCl&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt; (65/0 میلی‌مولار)، MnSO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt; (75/0 و 5/1 میلی‌مولار) و ZnSO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;  (125/0 میلی‌مولار) بودند. ایزوله S3Q و S22K نسبت به شوری، اسیدیته، دما و فلزات سنگین بیشتر از سایرین مقاوم بودند. محصولات PCR تمامی باکتری‌ها الگوی تحدیدی یکسانی بعد از هضم آنزیمی با Taq1 داشتند.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;بحث و نتیجه&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;‏&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;گیری:&lt;/strong&gt; نتایج نشان داد که در میان باکتری‌های جدا شده، اختلافاتی از نظر مقاومت به تنش‌های شوری، اسیدیته، دما و فلزات سنگین وجود دارد. شناسایی سویه های بومی&lt;em&gt; ریزوبیوم&lt;/em&gt; بویژه سویه های مقاوم به شوری، دما، فلزات سنگین و اسیدیته می‌تواند به علت استفاده از این باکتری‌ها به عنوان کودهای بیولوژیک در شرایط سخت ارزشمند باشد.</OtherAbstract>
		<ObjectList>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">سینوریزوبیوم ملیلوتی</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">S rRNA16</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">یونجه</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">شوری</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">اسیدیته</Param>
			</Object>
		</ObjectList>
<ArchiveCopySource DocType="pdf">https://bjm.ui.ac.ir/article_21694_8c2c94add8417232000abce44591221c.pdf</ArchiveCopySource>
</Article>

<Article>
<Journal>
				<PublisherName>دانشگاه اصفهان</PublisherName>
				<JournalTitle>زیست شناسی میکروبی</JournalTitle>
				<Issn>3060-7647</Issn>
				<Volume>6</Volume>
				<Issue>24</Issue>
				<PubDate PubStatus="epublish">
					<Year>2017</Year>
					<Month>12</Month>
					<Day>22</Day>
				</PubDate>
			</Journal>
<ArticleTitle>Endophytic Bacteria Suppress Bacterial Wilt of Tomato Caused by Ralstonia solanacearum and Activate Defense-related Metabolites</ArticleTitle>
<VernacularTitle>باکتری‌های اندوفیت گوجه فرنگی بیماری پژمردگی باکتریایی ناشی از Ralstonia solanacearum را سرکوب کرده و متابولیت‌های دفاعی را فعال می‌کنند</VernacularTitle>
			<FirstPage>41</FirstPage>
			<LastPage>54</LastPage>
			<ELocationID EIdType="pii">21685</ELocationID>
			
<ELocationID EIdType="doi">10.22108/bjm.2017.21685</ELocationID>
			
			<Language>FA</Language>
<AuthorList>
<Author>
					<FirstName>فهیمه</FirstName>
					<LastName>صفدرپور</LastName>
<Affiliation>دانشجوی دکتری بیماری‌شناسی گیاهی، دانشگاه بوعلی سینا، همدان،ایران</Affiliation>

</Author>
<Author>
					<FirstName>غلام</FirstName>
					<LastName>خداکرمیان</LastName>
<Affiliation>استاد بیماری‌شناسی گیاهی، دانشگاه بوعلی سینا ، همدان، ایران</Affiliation>

</Author>
</AuthorList>
				<PublicationType>Journal Article</PublicationType>
			<History>
				<PubDate PubStatus="received">
					<Year>2017</Year>
					<Month>01</Month>
					<Day>17</Day>
				</PubDate>
			</History>
		<Abstract>&lt;strong&gt;Introduction&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;:&lt;/strong&gt; Phytopathogenic microorganisms affect plant health and burden a major threat to food production and ecosystem stability. Increasing the use of chemical pesticides for plant diseases control causes several negative effects on human and environment health. Furthermore, increasing public awareness about the side effects of them led to a research to find alternatives for these products. One of the alternative methods is bio-control utilizing plant associated antagonistic microorganisms. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Materials and method&lt;/strong&gt;s&lt;strong&gt;:&lt;/strong&gt; In this study, 80 endophytic bacteria were isolated from tomato tissues. Their antagonistic activity screened based on agar diffusion test, against tomato bacterial wilt disease (&lt;em&gt;Ralstonia solanacearum&lt;/em&gt;)&lt;strong&gt;. &lt;/strong&gt;They were identified based on the morphological, biochemical properties and 16s rRNA sequence analyses. These strains were evaluated in greenhouse and tested for their ability to induce the production of defense-related enzymes in plants e.g. Peroxidase (PO), polyphenoloxidase (PPO) and phenolics based on spectrophotometer method. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Results&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;:&lt;/strong&gt; Results showed FS67, FS167 and FS184 strains had maximum inhibition zone forming. They identified as &lt;em&gt;Pseudomonas mossellii, P&lt;/em&gt;. &lt;em&gt;fuorescence &lt;/em&gt;and&lt;em&gt; P. brassicacearum &lt;/em&gt;respectively. FS67 and FS167 strains significantly reduced disease in greenhouse. There was a significant increase in the activity of PO, PPO and phenolics in tomato plants treated with FS67, FS167 and pathogen. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Discussion and conclusion&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;: &lt;/strong&gt;The present study has shown that &lt;em&gt;P. mosselli&lt;/em&gt; and &lt;em&gt;P&lt;/em&gt;. &lt;em&gt;fuorescence &lt;/em&gt;might have the potential to control &lt;em&gt;R. solanacearum.&lt;/em&gt; However, the good results obtained &lt;em&gt;in vitro &lt;/em&gt;cannot be gained the same as those in greenhouse or field conditions. So, further experiments are needed to determine the effectiveness of these isolates under field conditions.This work support the view that increased defense enzymes activities could be involved, at least in part, in the beneficial effects of endophytic bacteria on plants growth in interaction of pathogens. This is the first report of antagonistic activity of &lt;em&gt;Pseudomonas mossellii&lt;/em&gt; from Iran.</Abstract>
			<OtherAbstract Language="FA">&lt;strong&gt;مقدمه:&lt;/strong&gt; میکروارگانیسم­های پاتوژن گیاهی بر سلامت گیاهان اثر گذاشته و تهدید اصلی برای تولید غذا و پایداری اکوسیستم هستند. افزایش استفاده از مواد شیمیایی جهت کنترل بیماری­های گیاهی باعث ایجاد اثرات منفی بر سلامت انسان و محیط زیست شده است. افزایش نگرانی های عمومی درباره عوارض جانبی آنها منجر به تحقیقات برای پیدا کردن محصولات جایگزین برای این مواد شده است. یکی از این روش­های جایگزین، کنترل زیستی با استفاده از میکروارگانیسم­های آنتاگونیست مرتبط با گیاه است.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;مواد و روش&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;‏‏&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;ها:&lt;/strong&gt; در این تحقیق، 80 باکتری اندوفیت از قسمت­های مختلف گوجه­فرنگی جداسازی و فعالیت آنتاگونیستی آن­ها علیه پژمردگی باکتریایی ناشی از &lt;em&gt;Ralstonia solanacearum&lt;/em&gt; با استفاده از روش نشت در آگار ارزیابی شدند. این استرین­ها براساس ویژگی­های مرفولوژیکی، بیو شیمیایی و آنالیز توالی 16s rRNA شناسایی و در گلخانه نیز ارزیابی شدند. توانایی آنها در القا آنزیم­های دفاعی در گیاه مانند پراکسیداز، پلی فنل اکسیداز و ترکیبات فنلی در گلخانه براساس روش اسپکتروفتومتری بررسی شدند.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;نتایج:&lt;/strong&gt; براساس ارزیابی آزمایشگاهی سه استرین FS67،FS167 و FS184 بیشترین هاله بازدارندگی را ایجاد کردند و به ترتیب بعنوان &lt;em&gt;Pseudomonas mosselli&lt;/em&gt;&lt;strong&gt;،&lt;/strong&gt; &lt;em&gt;P&lt;/em&gt;.&lt;em&gt;fuorescence&lt;/em&gt; و &lt;em&gt;P. brassicacearum&lt;/em&gt; شناسایی شدند&lt;em&gt;.&lt;/em&gt;استرین­های FS67 و FS167 در گلخانه باعث کاهش بیماری شدند. فعالیت پراکسیداز، پلی فنل اکسیداز و ترکیبات فنلی در تیمار استرین­های FS67 و FS167 و پاتوژن بطور معنی داری افزایش یافتند.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;بحث و نتیجه&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;‏&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;گیری:&lt;/strong&gt; مطالعه حاضر نشان داد که &lt;em&gt;P&lt;/em&gt;. &lt;em&gt;fuorescence&lt;/em&gt; و &lt;em&gt;P. mossellii&lt;/em&gt; میتوانند پتانسیل کنترل &lt;strong&gt;&lt;em&gt;R. &lt;/em&gt;&lt;/strong&gt;&lt;em&gt;solanacearum&lt;/em&gt; را داشته باشند. اما از آنجا که نتایج به دست آمده از تحقیقات آزمایشگاهی ممکن است همان نتیجه را در گلخانه و یا مزرعه بوجود نیاورد لذا تحقیقات بیشتر برای تعیین اثرات این استرین­ها در شرایط مزرعه به نظر ضروری می­رسد. این مطالعه نشان داد که فعالیت آنزیم­های آنتی اکسیدان میتواند بخشی از اثرات مفید باکتری­های اندوفیت بر گیاه در برهمکنش با پاتوژن­ها باشند. این اولین گزارش از فعالیت آنتاگونیستی &lt;em&gt;P. mosselii &lt;/em&gt;&lt;strong&gt; &lt;/strong&gt;در ایران است.</OtherAbstract>
		<ObjectList>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">کنترل زیستی</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">پلی فنل اکسیداز</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">ترکیبات فنلی</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">پراکسیداز</Param>
			</Object>
		</ObjectList>
<ArchiveCopySource DocType="pdf">https://bjm.ui.ac.ir/article_21685_7cb6e315549ac61a67c7819f7c909100.pdf</ArchiveCopySource>
</Article>

<Article>
<Journal>
				<PublisherName>دانشگاه اصفهان</PublisherName>
				<JournalTitle>زیست شناسی میکروبی</JournalTitle>
				<Issn>3060-7647</Issn>
				<Volume>6</Volume>
				<Issue>24</Issue>
				<PubDate PubStatus="epublish">
					<Year>2017</Year>
					<Month>12</Month>
					<Day>22</Day>
				</PubDate>
			</Journal>
<ArticleTitle>Citrobacter farmeri phas32, an isolate from bean (Phaseolus vulgaris) farm soil with high phytase production</ArticleTitle>
<VernacularTitle>سیتروباکتر فارمری phas 32، جدایه‌ای از خاک مزرعه کشت لوبیا با توانایی بسیار در تولید آنزیم فیتاز</VernacularTitle>
			<FirstPage>55</FirstPage>
			<LastPage>65</LastPage>
			<ELocationID EIdType="pii">21834</ELocationID>
			
<ELocationID EIdType="doi">10.22108/bjm.2017.21834</ELocationID>
			
			<Language>FA</Language>
<AuthorList>
<Author>
					<FirstName>مریم</FirstName>
					<LastName>ابراهیمیان</LastName>
<Affiliation>کارشناس ارشد میکروبیولوژی، دانشگاه شهید چمران اهوز، خوزستان، ایران</Affiliation>

</Author>
<Author>
					<FirstName>حسین</FirstName>
					<LastName>معتمدی</LastName>
<Affiliation>استاد میکروبیولوژی، دانشگاه شهید چمران اهواز، خوزستان، ایران</Affiliation>

</Author>
<Author>
					<FirstName>محمد</FirstName>
					<LastName>شفیعی</LastName>
<Affiliation>استادیار بیوشیمی، دانشگاه شهید چمران اهواز، خوزستان، ایران</Affiliation>

</Author>
</AuthorList>
				<PublicationType>Journal Article</PublicationType>
			<History>
				<PubDate PubStatus="received">
					<Year>2015</Year>
					<Month>02</Month>
					<Day>09</Day>
				</PubDate>
			</History>
		<Abstract>&lt;strong&gt;Introduction&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;:&lt;/strong&gt; Phytase hydrolyzes phytic acid and enhances bioavailability of phosphorus and other nutritive minerals for monogastric animals, so it is commonly used as an important food additive. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Materials and method&lt;/strong&gt;s&lt;strong&gt;:&lt;/strong&gt; The aim of this study was isolation of phytase producing bacteria from one of Shushtar&#039;s bean farms, Southwest of Iran by phytase screening medium (PSM) and optimization of the growth and enzyme productive conditions by the best isolate. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Results&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;:&lt;/strong&gt; The best isolate was identified as &lt;em&gt;Citrobacter farmeri&lt;/em&gt; strain phas32. Optimized conditions for phytase production by this isolate were 30˚C, pH 7, 0.25% phytic acid and 48 h incubation and phytase enzyme of phas32 had the best activity at 65˚C and pH 8.5. Enzyme unit and its molecular weight were 31 U/ml and 40 KD, respectively. &lt;br /&gt;&lt;strong&gt;Discussion and conclusion&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;:&lt;/strong&gt; Finally, based on these results it can be concluded that the &lt;em&gt;Citrobacter farmeri&lt;/em&gt; strain phas32 is potent phytase producer that can be used for large scale enzyme production.</Abstract>
			<OtherAbstract Language="FA">&lt;strong&gt;مقدمه:&lt;/strong&gt; فیتاز، فیتیک‌اسید را هیدرولیز می‌کند و دسترسی زیستی فسفر و دیگر مواد معدنی مغذی را برای حیوانات تک‌معده‌ای افزایش می‌دهد.بنابراین، به‌شکل افزودنی غذایی مهم استفاده می‌شود.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;مواد و روش&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;‏‏&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;ها:&lt;/strong&gt; هدف مطالعه حاضر، جداسازی باکتری‌‌های تولیدکننده فیتاز از مزرعه لوبیای شوشتر، جنوب‌غرب ایران، با استفاده از محیط غربال‌گری فیتاز (PSM) و بهینه‌سازی رشد و شرایط تولید آنزیم با بهترین جدایه است.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;نتایج:&lt;/strong&gt; بهترین جدایه، &lt;em&gt;سیتروباکتر فارمری &lt;/em&gt;سویه phas32 شناسایی شد. دمای 30 درجه سانتی‌گراد، اسیدیته 7، 25/0 درصد فیتیک‌اسید و 48 ساعت انکوباسیون، شرایط بهینه‌سازی‌شده برای تولید فیتاز توسط این جدایه است و آنزیم فیتاز سویه phas32، بهترین فعالیت را در دمای 65 درجه سانتی‌گراد و اسیدیته 5/8 دارد. فعالیت و وزن مولکولی آنزیم این باکتری به‌ترتیب U&lt;strong&gt;/&lt;/strong&gt;ml 31 و 40 کیلودالتون است.&lt;br /&gt; &lt;strong&gt;بحث و نتیجه&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;‏&lt;/strong&gt;&lt;strong&gt;گیری:&lt;/strong&gt; بر اساس نتایج پژوهش حاضر، نتیجه‌گیری می‌شود که &lt;em&gt;سیتروباکتر فارمری&lt;/em&gt; سویه phas32 تولیدکننده فیتاز است که امکان استفاده از آن برای تولید آنزیم در مقیاس زیاد وجود دارد.</OtherAbstract>
		<ObjectList>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">سیتروباکتر</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">بهینه‌سازی</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">فیتاز</Param>
			</Object>
			<Object Type="keyword">
			<Param Name="value">فیتیک‌اسید</Param>
			</Object>
		</ObjectList>
<ArchiveCopySource DocType="pdf">https://bjm.ui.ac.ir/article_21834_9774607e415921ae81193903da6b1a3a.pdf</ArchiveCopySource>
</Article>
</ArticleSet>
