دانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520151122Cover & Priliminary Pages ( 4 th Year No.15)جلد و صفحات اول (سال چهارم، شماره 15)019600FAJournal Article20160614https://bjm.ui.ac.ir/article_19600_52eda4cefb7ed657faff10c9f86c099c.pdfدانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520151122Investigation the effect of olive oil feeding strategies on Yarrowia lipolytica lipase productionبررسی تأثیر استراتژی های خوراک دهی روغن زیتون بر تولید لیپاز یارروویا لیپولیتیکا1819593FAفرشاددرویشیدانشیار میکروبیولوژی، دانشگاه مراغه، ایرانبرومندحسینیکارشناسی ارشد بیوتکنولوژی میکروبی، دانشگاه مراغه، ایرانJournal Article20160614Introduction: Lipase of the yeast Yarrowia lipolytica used in detergents, cosmetics, pharmaceuticals and food industries. This enzyme production depends on medium composition, especially carbon source. The purpose of this study was to investigate the effect of olive oil different feeding strategies on Y. lipolytica lipase production. <br /> <br />Materials and methods: The yeast strains Y. lipolytica FDY1390 was cultured in media with different feeding strategies. Three different models were used to fed-batch feeding method. The yeast growth is monitored by direct counting method with neubauer chamber. Lipase activity was measured using titration method. <br /> <br />Results: All three models of fed-batch feeding increased lipase toward the batch culture. Fed3 was the best model of fed-batch feeding, in which the model leads to the production of lipase activity with 526 U/ml after 120 hours and the productivity reached to 4.38 U/ h. <br /> <br />Discussion and conclusion: The results showed that feeding patterns of fed-batch culture increase production rate of lipase production towards batch culture. The best strategy is to add olive oil as the carbon source induction substrate in medium after 48 hours of inoculation.مقدمه: آنزیم لیپاز مخمر lipolytica Yarrowia درصنایع شویندهها، آرایشی و بهداشتی، داروسازی و غذایی بهکار میرود. تولید این آنزیم به ترکیب محیط کشت به ویژه منبع کربن بستگی دارد. هدف پژوهش حاضر، بررسی تأثیر استراتژیهای خوراکدهی مختلف روغن زیتون بر تولید لیپاز Y. lipolytica بود. <br /> <br /> مواد و روشها: سویه مخمر Y. lipolytica FDY1390 در محیطهای کشت با استرتژیهای مختلف خوراکدهی کشت شد. سه الگو مختلف برای روش خوراکدهی نیمه پیوسته به کار رفت. رشد مخمر به روش شمارش مستقیم توسط لامنئوبار بررسی و فعالیت لیپاز با استفاده از روش تیتراسیون اندازه گیری شد. <br /> <br /> نتایج: هر سه الگو خوراکدهی نیمه پیوسته میزان تولید تولید لیپاز را نسبت به کشت بسته افزایش داد. Fed3 بهترین الگو خوراکدهی نیمه پیوسته بودکه به تولید لیپاز با فعالیت برابر با 526 واحد در میلیلیتر پس از 120 ساعت منجر شد و ضریب بهرهوری به 38/4 واحد بر ساعت رسید. <br /> <br /> بحث و نتیجه گیری: نتایج نشان داد که الگوهای خوراکدهی کشت نیمه پیوسته نسبت به کشت بسته میزان تولید لیپاز را افزایش میدهد. بهترین استراتژی افزودن روغن زیتون به عنوان منبع کربن و سوبسترای القایی پس از 48 ساعت از زمان تلقیح مخمر Y. lipolytica به محیط کشت است. https://bjm.ui.ac.ir/article_19593_0b6e7c4584dca58bf7f1f343f15bd6dd.pdfدانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520151122Biological control of Hordeum spontanum by fermentation broth of Aspergillus westerdijkiae UTMC 5040استفاده از مایع تخمیر UTMC 5040 Aspergillus westerdijkiae در کنترل زیستی علف هرز جودره (Hordeum spontanum)92019599FAجوادحامدیدانشیار میکروبیولوژی، مرکز پژوهشی فنآوری و فرآورده های میکروبی، دانشگاه تهران، ایران0000-0002-0491-2205حمیدچراغیان رادیکارشناس ارشد میکروبیولوژی، مرکز پژوهشی فن آوری و فرآورده های میکروبی، دانشگاه تهران، ایرانحمیدمقیمیاستادیار میکروبیولوژی، مرکز پژوهشی فن آوری و فرآورده های میکروبی، دانشگاه تهران، ایرانJournal Article20160614<strong>Introduction:</strong> <em>Hordeum spontanum </em>is one of the most important crop weeds, especially for wheat. The aim of this study was screening of phytopathogenic fungi for biocontrol of <em>H. spontanum</em>.
<strong>Materials and methods:</strong> Firstly, 150 fungal isolates were obtained from different soil sources of Iran. The isolates were subjected under primary and secondary screening on the sunflower and <em>H</em>.<em> spontanum</em> leaves. In these steps, 200 µl of centrifuged fermentation broth of cultivated fungi in PDB medium was sprayed on the leaves of sunflower and <em>H</em>.<em> spontanum</em>. Also, the ability of selected isolates to induce disease and necrosis on <em>H</em>.<em> spontanum</em> leaves in pot, preventing seed germination and root growth repression were studied. Finally, the host range of selected isolate was investigated.
<strong>Results:</strong> The results of primary and secondary screening showed that<em> Aspergillus</em><em>westerdijkiae</em> UTMC 5040 produced the highest lesion halo on <em>H</em>.<em> spontanum </em>leaves. In pot test, treatment with 1.5 ml of fermentation broth produced huge necrosis on mature <em>H</em>.<em> spontanum </em>plant after 3 weeks. <em>H</em>.<em> spontanum </em>seed germination decreased from 90 to 25% and root emersion decreased from 60 to 35 mm 10 days after treatment by the fermentation broth. Host range study revealed that among 25 different plant strains, <em>A.</em><em>westerdijkiae</em> UTMC 5040 caused disease on <em>H</em>.<em> spontanum,</em> <em>Eremopyrum bonaepartis </em>and <em>Convolvulus arvensis</em> leaves.
<strong>Discussion and conclusion:</strong> This study was the first report of biological control of<em> H</em>.<em> spontanum </em>with fermentation broth of <em>A.</em><em>westerdijkiae</em> UTMC 5040. The obtained results can be useful to finding a new fungal bio-herbicide.مقدمه: علف هرز جودره (Hordeum spontanum) از مهمترین علفهای هرز مزارع غلات به ویژه گندم است. هدف از انجام پژوهش حاضر، معرفی قارچهای بیماریزای گیاهی جدا شده از خاکهای مناطق مختلف ایران برای کنترل زیستی این علف هرز است. <br /> <br /> مواد و روشها: ابتدا 150 نمونه قارچ جدا شده از نقاط مختلف ایران طی دو مرحله متوالی با غربالگری اولیه و ثانویه روی برگ آفتابگردان و جودره قرار گرفتند. به این منظور، 200 میکرولیتر از مایع تخمیر هر کدام از قارچهای کشت داده شده در محیط PDB روی برگ گیاهان یاد شده اسپری شد. در ادامه، توانایی جدایههای منتخب برای ایجاد نکروز در علف هرز جودره رشد داده شده در گلدان و نیز توانایی آنها در مهار جوانهزنی و ریشهزایی علف هرز و همچنین، طیف میزبانی جدایههای منتخب بررسی شد. <br /> <br /> نتایج: پس از انجام غربالگری اولیه و ثانویه مشخص شد که جدایه Aspergillus westerdijkiae UTMC 5040 بیشترین توانایی را در ایجاد نکروز در علف هرز جودره دارد. پس از اسپری 5/1 میلیلیتر از مایع تخمیر سانتریفوژ شده این جدایه قارچی بر برگهای بالغ علف هرز جودره کشت داده شده در گلدان، و پس از گذشت 3 هفته نکروز شدیدی در گیاه مشاهده شد. بررسی توانایی جدایه منتخب برای مهار جوانهزدن و ریشهزایی علف هرز، نشان داد که پس از گذشت 10 روز قوه نامیه جودره به میزان 75 درصد و قدرت ریشهزایی به طور میانگین از 60 میلیمتر به 35 میلیمتر کاهش یافت. بررسی طیف میزبانی جدایه مورد نظر نشان داد که از بین 25 گیاه مختلف، این جدایه توانایی ایجاد علایم بیماری را در سه گیاه هرز جودره، گارس و پیچک صحرایی دارد. <br /> <br /> بحث و نتیجهگیری: پژوهش حاضر، نخستین گزارش از کنترل زیستی علف هرز جودره توسط مایع تخمیر UTMC5040 A. westerdijkiae است و نتایج به دست آمده میتواند در یافتن علفکشهای زیستی جدید استفاده شود.https://bjm.ui.ac.ir/article_19599_f65d67d6d0f55e7e358ad2e63f38b43f.pdfدانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520151122Effects of environmental conditions on the morphologic change of Pseudomonas aeruginosa and its association with antibiotic resistance in burn patientsاثر شرایط محیطی بر تغییر شکل سودوموناس آئروجینوزا و ارتباط آن با مقاومت آنتی بیوتیکی در بیماران دچار سوختگی212819595FAمحسنموقوفه ئیکارشناس ارشد میکروبشناسی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، ایرانحسینفاضلیدانشیار باکتریشناسی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، ایرانفرخندهپورسینااستادیار باکتریشناسی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، ایرانبهرامنصر اصفهانیدانشیار میکروبشناسی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، ایرانشرارهمقیمدانشیار میکروبشناسی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، ایرانحمیدواعظدکتری میکروبشناسی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، ایرانشیماهادی فرکارشناس ارشد میکروبشناسی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، ایرانمنصورصدیقیکارشناس ارشد میکروبشناسی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، ایرانحاجیهقاسمیان صفاییاستاد میکروبشناسی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، ایرانJournal Article20160614Introduction: Pseudomonas aeruginosa is an aerobic gram-negative bacteria, which causes hospital infections. Bacteria under stress, such as lack of food, pH and osmotic pressure change and antibiotic stress transforms its morphology to coccoid form. In the bacill form due to changes in the peptidoglycan cell wall, membrane lipids and decreased metabolic activity, bacteria resistant to antibiotics. Due to an increase in mortality in burn patients and important problem of antibiotic resistance in P.aeruginosa the researcher decided to study the factors affecting on morphologic change to coccoid form. <br /> <br />Materials and methods: In this study P.aeruginosa strains obtained from clinical samples of burned patients (8 samples were taken from the wound by Infectious Disease Specialist) and standard strain ATCC 27853 were used. Samples were confirmed by biochemical tests and PCR by 16srDNA primer. Then bacteria were put under lack of food and antibiotic stress invitro. After that bacterial morphology was examined on different days by digital DP 72-BX 51 microscope to 60 days. After induction coccoid forms, bacterial viability was confirmed by flow cytometry. <br /> <br />Results: Bacteria begin to change morphology from 5 days for antibiotic stress and 10 days for other stress. Changing morphology was initially elongate bacilli, U shape and finally the coccoid form was seen. <br /> <br />Discussion and conclusion: Changing morphology of bacilli to coccoid bacteria that are the result of stress on the bacteria which enter the body can lead to bacterial resistance to antibiotics and have grave consequences for the patient.مقدمه: سودوموناس آئروجیوزا یک باکتری گرم منفی هوازی و از عوامل مهم عفونتهای بیمارستانی است. این باکتری در استرسهای محیطی مانند کمبود مواد غذایی، تغییر اسیدیته، تغییر فشار اسمزی و آنتیبیوتیکها تغییر ریختشناسی داده و به شکل کوکوئید در میآید. در شکل کوکوئید به علت تغییر در پپتیدوگلیکان دیواره سلولی، لیپیدهای غشا و کاهش فعالیت متابولیک باکتری نسبت به آنتیبیوتیکها مقاوم میشود. با توجه به افزایش مرگ و میر در بیماران سوختگی و مسأله مهم مقاومت آنتیبیوتیکی در سودوموناس آئروجینوزا در این بیماران، برآن شدیم تا پژوهشی در مورد عوامل مؤثر بر تغییر شکل به کوکوئید که خود یک عامل مقاومت آنتیبیوتیکی است، انجام دهیم. <br /> <br /> مواد و روشها: در پژوهش حاضر، از نمونههای زخم بیماران سوختگی (8 نمونه که توسط متخصص عفونی از زخم بیماران گرفته شد) و سویه استاندارد 27853 استفاده شد. نمونهها توسط آزمونهای بیوشیمیایی و روش PCR با پرایمرهای 16SrDNA تایید شدند. سپس، نمونهها در استرسهای قحطی مواد غذایی و آنتیبیوتیک قرار گرفتند. شکل باکتریها هر روز توسط میکروسکوپ دیجیتال دی پی ایکس (شرکت المپیوس ژاپن) به مدت 60 روز بررسی شد. پس از القا فرم کوکوئید، زنده بودن باکتری توسط فلوسایتومتری تایید شد. <br /> <br /> نتایج: باکتری در شرایط آنتیبیوتیک از روز پنجم و در استرسهای دیگر از روز 10 شروع به تغییر شکل کرد. تغییر ابتدا به شکل باسیلهای کشیده، سپس به شکل U و در نهایت، به شکل کوکوئید دیده شد. در نمونه با استرس ایمیپنم و مروپنم نتیجه مشابه بود و غلظت القا کننده آنتیبیوتیک 2 میکروگرم در لیتر و غلظت کشندگی این دو آنتیبیوتیک بالاتر از 4 میکروگرم در لیتر بود. نتیجه سویه استاندارد برای ایمیپنم و مروپنم مشابه با سویههای بالینی بود. در نمونههای کلینیکی در استرس آمیکاسین غلظت القا کننده آنتیبیوتیک 4 میکروگرم بر لیتر و غلظت کشندگی بیشتر از 8 بود. در نمونه استاندارد در استرس آمیکاسین غلظت القا کننده آنتیبیوتیک 2 میکروگرم بر لیتر و غلظت کشندگی بیشتر از 4 بود.<br /> <br /> بحث و نتیجه گیری: تغییر شکل باکتری از باسیل به کوکوئید در نتیجه استرسهایی که در بدن بیمار به این باکتری وارد میشود، میتواند به مقاومت این باکتری به آنتیبیوتیک منجر شده و عواقب وخیمی را برای بیمار در بر داشته باشد. https://bjm.ui.ac.ir/article_19595_f27889ffb4a3ec71d7c2389dca192c5c.pdfدانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520151122Optimization of pectinase enzyme production in Aspergillus fumigatus isolated from rotten fruitsبهینه سازی تولید آنزیم پکتیناز در قارچ آسپرژیلوس فومیگاتوس جداسازی شده از میوه های در حال پوسیدن294419592FAاکرمسنگلدانشجوی کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی میکروبی، دانشگاه اصفهان، ایرانماندانابهبهانیدانشیار بیوتکنولوژی میکروبی، دانشگاه اصفهان، ایران0000-0003-3240-2672Journal Article20160614Introduction: Pectinase is one of the most important industrial enzymes which was isolated from a wide variety of microorganisms such as bacteria and filamentous fungi. This enzyme has been usually used in the juice and textile industry. In this study, the isolation and optimization of pectinase-producing fungi on decaying rotten fruits were studied. <br /> <br />Materials and methods: Isolation and screening of pectinase producing fungi have been done by plate culture on pectin medium and staining with Lugol's iodine solution. The best strain was identified by method of Pitt and Hocking as Aspergillus fumigates. The enzyme production was optimized by application of the factorial design which involves five factors, each at three levels. Five factors were carbon sources (whey, sugar, stevia) and ammonium sulfate, manganese sulfate, temperature, and pH). Pectinase concentration was measured by the Miller method. <br /> <br />Results: The results showed that the optimum condition for enzyme production was at 32 °C, PH = 6 , 3g / L manganese sulfate, 2.75g / L of ammonium sulfate, 10g / L of each carbon source (whey, stevia, and glucose). Optimum of enzyme production was observed in the presence of 1.328 mg / ml of glucose. Molecular weight of enzyme was obtained about 40 kDa by SDS-PAGE. <br /> <br />Discussion and conclusion: The results demonstrated that this strain could grow in a wide range of carbon sources, PH and temperature. This study indicates that this strain is a good candidate for use in industrial application.مقدمه: آنزیم پکتیناز یکی از مهمترین آنزیمهای صنعتی جهان محسوب میشود که از طیف وسیعی از میکروارگانیسمها مانند باکتریها و قارچهای رشتهای تولید میشود. این آنزیم استفادههای زیادی در صنایع آبمیوهسازی، نساجی، روغنکشی و غیره دارد. در این پژوهش، جداسازی و بهینهسازی قارچ تولید کننده آنزیم پکتیناز از میوههای سیب و پرتقال در حال پوسیدن بررسی شد. <br /> <br /> مواد و روشها: جداسازی قارچهای تولید کننده آنزیم پکتیناز با استفاده از محیط کشت پکتیندار و با رنگآمیزی لگول انجام شد. سویه آسپرژیلوس فومیگاتوس (AF293) بهوسیله روش پیت شناسایی شد. بهینهسازی تولید آنزیم از این قارچ توسط طرح عاملیل در حضور 5 متغیر با 3 سطح در نظر گرفته شد. این 5 متغیر شامل منابع کربنی (آب پنیر، گلوکز و استویا) به همراه سولفات آمونیوم، سولفات منگنز، دما و اسیدیته) در 3 آزمایش جداگانه انجام شد. اندازهگیری غلظت آنزیم پکتیناز با روش کلوریمتریک (میلر) انجام شد. <br /> <br /> نتایج: نتایج نشان داد که شرایط بهینه تولید آنزیم در دمای 32 درجه، اسیدیته 6، غلظت 3 گرم بر لیتر سولفات منگنز، 75/2گرم بر لیتر از سولفات آمونیوم و غلظت 10 گرم بر لیتر منابع کربن آب پنیر، استویا و گلوکز است. بالاترین میزان تولید آنزیم در شرایط یاد شده در حضور 10 گرم بر لیتر گلوکز با میزان 328/1 میلیگرم بر میلیلیتر مشاهده شد. وزن مولکولی این آنزیم مطابق روش الکتروفورز سدیم دودسیل سولفات 40 کیلودالتون به دست آمد. <br /> <br /> بحث و نتیجه گیری: این سویه قادر به تولید آنزیم در حضور منابع مختلف کربن و رنج وسیع اسیدیته و دماست. نتایج این پژوهش نشان میدهد که این سویه کاندید مناسبی برای کاربرد در صنعت است. https://bjm.ui.ac.ir/article_19592_bf1267e856ddc2440d1347e88bb032fc.pdfدانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520151122Evaluation of deoxynivalenol production in dsRNA Carrying and Cured Fusarium graminearum isolates by AYT1 expressing transformed tobaccoارزیابی تولید داکسی نیوالنول در جدایه های Fusarium graminearum دارا و فاقد dsRNA با استفاده از توتون های تراریخت با ژن AYT1455419585FAسمیراشهبازیاستادیار بیماریشناسی گیاهی، پژوهشکده کشاورزی هسته ای، پژوهشگاه علوم و فنون هسته ای ایرانناصرصفاییدانشیار بیماری شناسی گیاهی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایرانامیرموسویدانشیار بیوتکنولوژی گیاهی، پژوهشکده ملی تحقیقات ژنتیک و مهندسی زیستی، تهران، ایرانفروغسنجریاناستادیار بیوتکنولوژی گیاهی، پژوهشکده ملی تحقیقات ژنتیک و مهندسی زیستی، تهران، ایرانمهساکریمیکارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشگاه پیام نور، تهران، ایرانJournal Article20160614Introduction: Fusarium head blight (FHB), is the most destructive disease of wheat, producing the mycotoxin deoxynivalenol, a protein synthesis inhibitor, which is harmful to humans and livestock. dsRNAmycoviruses-infected-isolates of Fusariumgraminearum, showed changes in morphological and pathogenicity phenotypes including reduced virulence towards wheat and decreased production of trichothecene mycotoxin (deoxynivalenol: DON). <br /> <br />Materials and methods: Previous studies indicated that over expression of yeast acetyl transferase gene (ScAYT1) encoding a 3-O trichothecene acetyl transferase that converts deoxynivalenol to a less toxic acetylated form, leads to suppression of the deoxynivalenol sensitivity in pdr5 yeast mutants. To identify whether ScAYT1 over-expression in transgenic tobacco plants can deal with mycotoxin (deoxynivalenol) in fungal extract and studying the effect of dsRNA contamination on detoxification and resistance level, we have treated T1 AYT1 transgenic tobacco seedlings with complete extraction of normal F. graminearum isolate carrying dsRNA metabolites. First, we introduced AYT1into the model tobacco plants through Agrobacterium-mediated transformation in an attempt to detoxify deoxynivalenol. <br /> <br />Results: In vitro tests with extraction of dsRNA carrying and cured isolates of F. graminearum and 10 ppm of deoxynivalenol indicated variable resistance levels in transgenic plants. <br /> <br />Discussion and conclusion: The results of this study indicate that the transgene expression AYT1 and Fusarium infection to dsRNA can induce tolerance to deoxynivalenol, followed by increased resistance to Fusarium head blight disease of wheat.مقدمه: از مخربترین بیماریهای گندم، بلایت فوزاریومی است که علاوه بر کاهش عملکرد مایکوتوکسین داکسینیوالنول را که یک ممانعت کننده از سنتز پروتیین است و سلامت انسان و دام را به خطر میاندازد، تولید میکند. ویژگیهای ریختشناسی و بیماریزایی جدایههای Fusarium graminearum آلوده به dsRNA دستخوش تغییراتی مانند کاهش شدت بیماریزایی و کاهش میزان مایکوتوکسین داکسینیوالنول میشوند. مطالعات گذشته نشان دادهاند که بیان استیل ترانس فراز مخمری (ScAYT1) که یک 3- O- تریکوتسین استیل ترانس فراز است و داکسینیوالنول را به شکل استیله آن که به مراتب سمیت پایینتری دارد تبدیل میکند، قادر است حساسیت به توکسین را در مخمرهای موتانت به شدت کاهش دهد. <br /> <br /> مواد و روشها: در این مطالعه، ژن AYT1 با استفاده از اگروباکتریوم به گیاه مدل توتون انتقال داده شد. به منظور بررسی اینکه بیان ScAYT1 در توتونهای تراریخت میتواند در سمزدایی از مایکوتوکسین داکسینیوالنول موجود در عصاره قارچ مؤثر باشد و همچنین، مطالعه اثر آلودگی به dsRNA در میزان سمزدایی و مقاومت گیاهچهها، نسل دوم گیاهان توتون تراریخت با عصاره استخراج شده از کشت جدایههای F.graminearum دارای dsRNA و فاقد آن تیمار شدند. <br /> <br /> نتایج: ارزیابیهای درون شیشهای انجام شده با استفاده از عصاره کشت جدایههای فوزاریوم دارای dsRNA و فاقد آن و ppm 10 مایکوتوکسین داکسینیوالنول، بروز سطوح متفاوتی از مقاومت را در گیاهان تراریخت نشان داد. <br /> <br /> بحث و نتیجه گیری: نتایج این مطالعه نشان میدهد که بیان تراژن AYT1 و آلودگی فوزاریوم به dsRNA میتوانند در القای تحمل به داکسینیوالنول و به دنبال آن افزایش مقاومت به بیماری بلایت فوزاریومی سنبله گندم مؤثر باشند.https://bjm.ui.ac.ir/article_19585_cb05a73e1e212c21e456d6b5bc05d412.pdfدانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520180404Standardization of diagnostic PCR by Internal Amplification Controlاستاندارد کردن PCR تشخیصی به وسیله اینترنال کنترل تکثیری19586FAمحمد حسنشاه حسینیدانشیار بیوتکنولوژیست، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهر قدس، تهران، ایرانمریمقهریکارشناس ارشد میکروبیولوژی، موسسه ایرانیان ژن فناور (IGF)، تهران، ایرانمحمد امینمحمودیکارشناس ارشد میکروبیولوژی، موسسه ایرانیان ژن فناور (IGF)، تهران، ایرانالهاممسلمیاستادیار سلولی و مولکولی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد تهران شرق، تهران، ایرانJournal Article20180404Introduction: Different data resulting from non-standard molecular techniques in laboratories were considered as one of the deficiencies about amplification techniques. One of the most important aspects about the articles published in PCR detection until now, is absence of internal control (IC) in majority of them. The aim of this study is to design and develop a simple and rapid method to produce internal control for PCR test and its future application in the routine recognition laboratories. <br /> <br />Materials and methods: To produce competitive internal control in this study, composite primers and PCR-Cloning method were used. We designed and synthesized the forward and reverse primers of PCR diagnostic test of Hepatitis B virus(HBV), Herpes simplex virus(HSV), Mycobacterium tuberculosis(MTB), Mycoplasma pneumonia(Mpn), Cryptococcus neoformans(Cne), Salmonella spp (Sal.sp) and Mycoplasma spp (M.sp) in the 5’ primers of Leishmania Kintoplast gene in the tail form. The amplified internal controls were attached to pTZ57R and transformed in E.coli JM107 bacteria. The minimum IC number was studied using dilution technique and also PCR response spectrum with IC. <br /> <br />Results: The size of HBV, HSV, MTB, MPN, C.ne, Sal.sp, M.sp diagnostic product with specific primers were 262, 454, 245, 345, 415, 284, 272 bp and corresponding internal control also were 660, 662, 660, 669, 661, 668, 672 bp respectively, and desirable difference observed between PCR, IC regarding the size was easy to separate in the gel. The minimum IC was identified to 1000 in each reaction and maximum PCR test sensitivity with IC was provided for entire agents appropriately. Further, in specific test using different agents any unwanted product was not observed too. <br /> <br />Discussion and conclusion: The negative and positive false results in PCR tests are one of the difficulties of this exacting technique which may lead to decrease its performance. Using an internal control in molecular detection method as an internal controlling system, could identify these errors.<strong>مقدمه:</strong> بروز نتایج متفاوت در آزمایشگاهها به علت استاندارد نبودن، از معایب روشهای تکثیر مولکولی است. در بیشتر مقالات چاپ شده در زمینه تشخیص PCR عوامل عفونی، اینترنال کنترل تکثیری (IC) وجود ندارد. هدف از پژوهش حاضر، طراحی و توسعه یک روش ساده و سریع، برای ساخت اینترنال کنترل آزمون PCR در آزمایشگاههای تشخیصی است. <br /> <strong>مواد و روش ها:</strong> در پژوهش حاضر، برای ساخت اینترنال کنترل رقابتی، از پرایمرهای مرکب و روش PCR-Cloning استفاده شد. بدین ترتیب که پرایمرهای جلویی و عقبی تشخیص PCR <em>ویروس هپاتیت</em><em>)</em><em> </em><em>(HBV</em><em>، ویروس هرپس سیمپلکس </em><em>HSV)</em><em>)، مایکوباکتریوم توبرکلوزیس (</em><em>MTB</em><em>)، مایکوپلاسما پنومونیه (</em><em>Mpn</em><em>)، کریپتوکوکوس نئوفورمنس (</em><em>Cne</em><em>)، جنس سالمونلا (</em><em>Sal. sp</em><em>) </em>و جنس مایکوپلاسما (M. sp) را در بخش '5 پرایمرهای ژن کینتوپلاست لیشمانیا، به شکل دم طراحی و سنتز شد. اینترنال کنترلهای تکثیری با پلاسمید pTZ57R الحاق و در باکتری <em>اشریشیاکلی</em> JM107 ترانسفورم شد. تعداد حداقل IC در هر واکنش PCR از طریق رقیقسازی و همینطور طیف پاسخ PCR همراه با IC بررسی شد. <br /> <strong>نتایج:</strong> <em>HBV</em><em>–</em><em>HSV</em><em>–</em><em>MTB</em><em>–</em><em>MPN</em><em>–</em><em>Cne</em><em>–</em><em>Sal. sp</em><em>–</em> و <em>M. sp</em> با پرایمرهای اختصاصی به ترتیب برابر با 272bp-284bp-415bp-345bp-245bp-454bp-262bp و محصول اینترنال کنترل هم به ترتیب<br /> 672bp-668bp-661bp-669bp-660bp-662bp-660bp جفت باز بود، که از نظر اندازه، اختلاف مطلوبی بین محصول PCR و IC وجود دارد و به آسانی در ژل قابل تفکیک است. تعداد حداقل IC در هر واکنش، 1000 عدد تعیین شد. حداقل و حداکثر حساسیت آزمون PCR همراه با IC برای همه عوامل در حد مطلوبی به دست آمد. در آزمون ویژگی با عوامل مختلف هم، هیچ محصول ناخواستهای مشاهده نشد. <br /> <strong>بحث و نتیجه گیری:</strong> نتایج منفی و مثبت کاذب که به علتهای مختلف در روش PCR رخ میدهد از مشکلات مهم این روش جذاب است. استفاده از یک اینترنال کنترل در تشخیص مولکولی به عنوان کنترل داخلی، میتواند این خطاها را شناسایی کند. https://bjm.ui.ac.ir/article_19586_0b8b45e29c4c9c00cc350bba3fe01f6f.pdfدانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520151122Isolation and Screening of a native Citrobacter sp. with high nicotine-tolerant and its application as a biocatalyst for biodegradation of nicotineجداسازی و غربال گری باکتری بومی سیتروباکتر با تحمل پذیری بالا به نیکوتین و معرفی آن به عنوان بیوکاتالیست برای پاکسازی زیستی نیکوتین698219598FAمراحمآشنگرفاستادیار میکروبیولوژی، دانشکده علوم، دانشگاه کردستان، سنندج، ایرانJournal Article20160614Introduction: Nicotine is a toxic plant alkaloid and it has been designated as hazardous by the United States Environmental Protection Agency (USEPA) since 1994. The present work was directed to screen nicotine resistant bacteria, that is used as biocatalyst in the biodegradation of nicotine from contaminated sites. <br /> <br />Materials and methods: Collected soil samples from 12 tobacco farms were selected as target sites for sampling. Enrichment nicotine-degrading bacteria were performed in minimal salt media containing nicotine as the sole carbon and nitrogen sources. Agar dilution plate method was performed for determining intrinsic tolerance of bacterial isolates to nicotine. Phenotypic characterization and phylogenetic analysis were used to identify the selected bacterial isolate able to degrade nicotine. To determine the optimal conditions for the bio-removal of nicotine, the effects of initial nicotine concentration, incubation time and the addition of carbon and nitrogen sources in the selected strain were tested. The quantification of residual nicotine in the culture media was measured by high performance liquid chromatography (HPLC). <br /> <br />Results: Among 20 bacterial isolates for degradation of nicotine, the strain TPS2 showed a high level of resistance and degradation efficiency. Results of phenotypic identification and phylogenetic analysis showed the native strain TPS2 belongs to the Citrobacter sp. strain TPS2 (GeneBank accession no. KM110046). According to the results of de-nicotination experiment, the native strain TPS2 is able to remove 100% of nicotine with an initial concentration 2.5 g/l in the presence of 2.5 g/l fructose. <br /> <br />Discussion and conclusion: The results showed that the screened Citrobacter sp. was suitable candidate for degradation of nicotine from wastewater and sites that contaminated with nicotine. It is seemed by using of the microbial biocatalyst the ecosystem contamination of toxic nicotine can be decreased. The present work is the first report on the degradation of nicotine by native microorganisms.مقدمه: نیکوتین از آلکالوئیدهای گیاهی سمی است که سازمان حفاظت محیط زیست آمریکا آن را از سال 1994در زمره مواد خطرناک برای سلامت انسان و محیط زیست قرار داده است. پژوهش حاضر، در زمینه غربالگری باکتریهای مقاوم به نیکوتین برای استفاده به عنوان بیوکاتالیست در پاکسازی نیکوتین از مکانهای آلوده انجام شده است. <br /> <br /> مواد و روشها: نمونههای خاک جمعآوری شده از 12 مزرعه زیر کشت توتون به عنوان محلهای هدف برای نمونهگیری انتخاب شد. غنیسازی جدایههای باکتری تجزیه کننده نیکوتین در محیطهای پایه نمکی حاوی نیکوتین به عنوان تنها منبع کربن و ازت انجام شد. آزمون الگوی تحملپذیری ذاتی جدایهها به نیکوتین با استفاده از روش رقت در آگار انجام شد. تعیین هویت سویه منتخب بر اساس آزمونهای فنوتیپیک و فیلوژنیک انجام شد. به منظور تعیین شرایط مطلوب حذف نیکوتین در سویه منتخب، اثر غلظت نخستین نیکوتین، زمان گرماگذاری و اثر منابع کربن و ازت کمکی بررسی شد. اندازهگیری میزان نیکوتین باقی مانده با استفاده از کروماتوگرافی مایع با عملکرد بالا (HPLC) انجام شد. <br /> <br /> نتایج: از مجموع 20 سویه جداشده تجزیه کننده نیکوتین، سویه باکتری TPS2 بالاترین مقاومت و حذف نیکوتین را نشان داد. نتایج آزمونهای فنوتیپیک و فیلوژنیک نشان داد که سویه یاد شده به جنس سیتروباکتر (با کد شناسایی KM110046 در بانک ژن) تعلق دارد. بر اساس نتایج به دست آمده از آزماشهای نیکوتینزدایی در سویه TPS2، پس از گذشت 60 ساعت کمابیش 100 درصد نیکوتین حذف شد. البته در شرایطی که 5/2 گرم در لیتر نیکوتین همراه با 5/2 گرم در لیتر قند فروکتوز استفاده شد. <br /> <br /> بحث و نتیجه گیری: نتایج نشان داد که باکتری سیتروباکتر غربالگری شده گزینه مناسبی برای پاکسازی زیستی نیکوتین از پساب صنایع و مکانهای آلوده است. انتظار میرود که با استفاده از این بیوکاتالیست میکروبی بتوان مشکلات زیست محیطی ناشی از نیکوتین سمی را کاهش داد. مطالعه اخیر نخستین گزارش از معرفی یک میکروارگانیسم بومی تجزیه کننده نیکوتین است. https://bjm.ui.ac.ir/article_19598_fb264f63e145dddb55cb7090cf654749.pdfدانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520151122Isolation of Bacillus sp Producing Polyhydroxyalkanoate (PHA) from Isfahan Refinery Wastewater and Qualification of Production in Submerged Fermentationجداسازی باسیلوس های مولد پلی هیدروکسی آلکانوات (PHA) از پساب پالایشگاه اصفهان و بررسی شرایط مناسب رشد و تولید پلیمر در کشت غوطهور839819587FAمهساکشاورز اعظمکارشناس ارشد گروه میکروبیولوژی، واحد فلاورجان، دانشگاه آزاد اسلامی، اصفهان، ایراننفیسه ساداتنقویاستادیار گروه میکروبیولوژی، واحد فلاورجان، دانشگاه آزاد اسلامی، اصفهان، ایرانزهرااعتمادی فراستادیار میکروبیولوژی، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایرانJournal Article20160614Introduction: The aim of present study was isolation of polyhydroxybutyrate producing Bacillus species from oil refinery waste water, Isfahan, Iran and primarily optimization of production condition. Petroleum wastes are rich of carbon sources and have low amounts of nitrogen and phosphorus sources. AS the most important factor in production of intracellular inclusions is increasing the C/N ratio, it seemed that polyhydroxybutyrate producing microorganisms will be found in these wastes. <br /> <br />Materials and methods: Bacillus species were isolated and purified from oil refinery wastewater. The polymer was verified using different staining procedures. Polymer was extracted by digestion method and the optimum production conditions were investigated in minimal salt medium with the organic carbon source by submerged fermentation. Production of polyhydroxybutyrate was studied using dry weight and optical density measurement. <br /> <br />Results: Between various isolated Bacillus strains, two of them (B1 and B2) were polyhydroxybutyrate producers. Maximum PHA production based on dry weight and concentration were obtained for strain B1 after 72 hours incubation, at 31°C, in the presence of glucose as carbon source and yeast extract as nitrogen source, pH=7, and aeration in 120 rpm and for strain B2 in the same condition, except optimal temperature which was 32°C. The most production amounts were 367 mg.ml-1 for B1 and 473 mg.ml-1 for B2 isolates. Also the most polymer percentage was 52/16 and 58.43 for B1 and B2 isolates respectively. <br /> <br />Discussion and conclusion: The results showed that the production of polyhydroxybutyrate was increased by optimization of the conditions in both isolates. Using petroleum wastes as well as production of biodegradable plastics, leads to decontamination of theses wastes.مقدمه: هدف از مطالعه حاضر، جداسازی انواع باسیلوس مولد پلیهیدروکسیبوتیرات از پساب پالایشگاه نفت اصفهان و تعیین شرایط مناسب تولید بوده است. پسابهای نفتی از لحاظ منابع کربن غنی هستند و منابع نیتروژن و فسفر ضعیفی دارند. مهمترین عامل تولید دانههای درون سلولی، افزایش نسبت منبع کربن به نیتروژن است؛ بنابراین به نظر میرسید میکروارگانیسمهای تولید کننده پلیهیدروکسی بوتیرات در آنها یافت شوند. <br /> <br /> مواد و روشها: انواع باسیلوس از پساب پالایشگاه اصفهان جداسازی شدند. پلیهیدروکسی بوتیرات با استفاده از رنگ آمیزی تأیید و با روش هضمی استخراج شد. شرایط مناسب تولید پلیمر در محیط کشت حداقل نمکی با منبع کربن آلی بررسی شد. میزان تولید با استفاده از روشهای اندازه گیری وزن خشک و سنجش غلظت بر اساس جذب نوری بررسی شد. <br /> <br /> نتایج: در بین انواع باسیلوس جدا شده جدایههای B1 و B2 تولید کننده پلیهیدروکسی بوتیرات بودند. محیط کشت حداقل نمکی با منبع کربن آلی به علت داشتن بیشترین نسبت کربن به نیتروژن (برابر با 15)، بهترین محیط کشت تولید پلی مر بود. بیشترین میزان تولید برای جدایه B1 (به مقدار 367 میلیگرم بر میلیلیتر) در زمان 72 ساعت گرمخانهگذاری، دمای 31 درجه سانتیگراد، وجود منبع کربن گلوکز، منبع نیتروژن عصاره مخمر، اسیدیته 7 و هوادهی 120 دور در دقیقه به دست آمد. جدایه B2 نیز در همان شرایط به استثنای دما (32 درجه سانتیگراد) بیشترین تولید (به مقدار 473 میلیگرم بر میلیلیتر) را داشت. همچنین، بیشترین درصد (راندمان) تولید پلیمر برای جدایههای B1 و B2 به ترتیب، 16/52 و 43/58 درصد گزارش شد. <br /> <br /> بحث و نتیجه گیری: تولید پلی هیدروکسی بوتیرات با مناسبسازی شرایط تولید، در هر دو جدایه باسیلوس افزایش یافت. استفاده از پسابهای نفتی علاوه بر تولید پلاستیکهای تجزیهپذیر، موجب کاهش آلودگی این پساب ها میشود. https://bjm.ui.ac.ir/article_19587_551243ef127d783701eab1241a4e4310.pdfدانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520151122A Study on Effect of different culture media on amylase enzyme production by a native strain of Bacillus subtilisبررسی اثر محیط کشت های مختلف در تولید آنزیم آمیلاز توسط یک سویه بومی باسیلوس سوبتیلیس9910819588FAزیبااکبریکارشناسی ارشد میکروبیولوژی، واحد فلاورجان، دانشگاه آزاد اسلامی، اصفهان، ایرانهاشمنیریاستادیار بیوشیمی، واحد فلاورجان، دانشگاه آزاد اسلامی ،اصفهان، ایرانکیوانبهشتی مآلاستادیار میکروبیولوژی، واحد فلاورجان، دانشگاه آزاد اسلامی، اصفهان، ایرانJournal Article20160614Introduction: Amylases are among the most important enzymes and have great significance in present-day biotechnology. Amylase with commercial applications is mainly derived from the genus Bacillus. The main purpose of this study is identification and isolatation amylase enzyme producer Bacillus, determining the amylase enzyme activity and affecting a number of culture medium on amylase enzyme production. <br /> <br />Materials and methods: Soil, water and wastewater samples were collected from agricultural area, choghakhor lake in chahar mahal e bakhtiari province and from food factory in Esfahan. Bacillus isolates were screened for amylolytic properties by starch hydrolysis test on starch agar plate. Amylase producing Bacillus were identified biochemical tests and molecular experiments. Amylase enzyme activity of isolates was measured using di-nitro salicylic acid (DNS) method. Enzyme production was studied in variose medium culture TSB, NB, Yeast extract, molases and milk medium. <br /> <br />Results: The enzyme amylase-producing strains, one sample showed was the highest amylase activity. The Bacillus has been detected as a member of Bacillus subtilis according to Bergey's Manual of Systematic Bacteriology and molecular recognition. The enzyme activity of Bacillus subtilis was measured 7/21 (U/ml) in production media. Trough medium culture maximum amylase production for Bacillus subtilis was achieved in molases medium. <br /> <br />Discussion and conclusion: In this study, Bacillus subtilis strains isolated from wastewater of a significant amount of enzyme producing 7/21 (U/ml) as indicated. Among the medium-amylase from Bacillus subtilis highest enzyme activity was observed in beet molasses. According to this study, the use of Bacillus strains is an efficient way to achieve the amylase enzyme.مقدمه: آمیلاز از مهمترین آنزیمهایی است که در زیست فناوری اهمیت زیادی دارد. آمیلاز با کاربرد تجاری، بهطور گسترده از جنسهای باسیلوس به دست میآید. هدف از پژوهش حاضر، شناسایی و جداسازی باسیلوس مولد آنزیم آمیلاز، تعیین فعالیت آنزیم آمیلاز و بررسی اثر تعدادی محیط کشت بر تولید این آنزیم است. <br /> <br /> مواد و روشها: نمونههای خاک از منطقه کشاورزی و آب از تالاب چغاخور در استان چهارمحال و بختیاری و نمونههای پساب از کارخانه مواد غذایی در استان اصفهان به شکل تصادفی جمعآوری شد. برای غربالگری سویههای مولد آنزیم آمیلاز، از محیط نشاسته آگار استفاده شد. فعالیت آنزیم آمیلاز با روش دی نیتروسالیسیلیک اسید (DNS) اندازهگیری شد. اثر محیط کشتهای تریپتیکیس سوی براث (TSB)، نوترینت براث (NB)، محلول عصاره مخمر، شیر و ملاس چغندر بر تولید آنزیم آمیلاز بررسی شد. <br /> <br /> نتایج: از بین جدایههای مولد آنزیم آمیلاز، یک سویه جدا شده از پساب دارای بیشترین فعالیت آنزیم بود. با توجه به جدول باسیلوسهای کتاب برگی و شناسایی مولکولی، نمونه جداسازی شده به گونه باسیلوس سوبتیلیس متعلق بود. فعالیت آنزیم آمیلاز توسط باسیلوس سوبتیلیس در محیط تولید برابر با 21/7 (یونیت/ میلیلیتر) اندازهگیری شد. <br /> <br /> بحث و نتیجه گیری: در پژوهش حاضر، سویه باسیلوس سوبتیلیس جدا شده از پساب میزان در خور توجهی از تولید آنزیم معادل 21/7 (یونیت/ میلیلیتر) را نشان داد. در بین محیطهای کشت بیشترین میزان فعالیت آنزیم آمیلاز حاصل از باسیلوس سوبتیلیس در محیط ملاس چغندر مشاهده شد. با توجه به پژوهش حاضر استفاده از سویههای باسیلوس برای دستیابی به آنزیم آمیلاز روشی کارآمد است. https://bjm.ui.ac.ir/article_19588_52a5ae722e491f56eeaa6e93681abaa3.pdfدانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520151122Study on optimum growth condition and designing formulation for increasing shelf life of Streptomyces rimosus strain C-2012 as biocontrol agentمطالعه شرایط بهینه رشد و طراحی فرمولاسیون برای افزایش ماندگاری Streptomyces rimosus strain C-2012 به عنوان عامل بیوکنترل10912219589FAابراهیمکریمیکارشناس ارشد بیماریشناسی گیاهی، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایراناکرمصادقیاستادیار ژنتیک مولکولی، پژوهشکده پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایرانJournal Article20160614Introduction: An important issue in microbial biotechnology is linkage between screened beneficial strains in laboratory and industry. Therefore, to develop beneficial microbial biocontrol agents optimization of nutritional and physiological condition for high level production and selection of carrier for final formulation are necessary. In this research we tried to find the best growth condition and suitable formulation for biocontrol Streptomyces rimosus strain C-2012. <br /> <br />Materials and methods: For optimization of growth condition of strain C-2012, utilization of carbon sources, growth in different media, effect of temperature, pH and NaCl were investigated. Then the effect of different carriers and additives in final formulation and shelf life of microbial community were studied. <br /> <br />Results: Study on utilization of carbon sources showed that glucose, fructose and mannitole were suitable carbon sources for growth and the best initial pH and temperature were 7 and 28°C, respectively. Results showed that the culture medium containing glucose, yeast extract and malt extract was the best medium. Investigation on NaCl effect showed that from 0 up to 300 mM sodium chloride could increase microbial community and salinity more than this range decreased microbial community. Based on the results we found that sand is suitable as microbial carrier comparing hydrogel polymers. Viability test during 36 months showed that formulation with NaCl content could keep 200 times (8*106 cfu/g) more than samples without salinity at last month. <br /> <br />Discussion and conclusion: Using suitable carbon sources such as glucose at 28 °C and pH at 7 are important items in optimum growth and preparing final formulation with good level of microbial community. Capability in secondary volatile and liquid metabolites production and fungal pathogen control by Streptomyces rimosus in the presence of NaCl showed that this strain has high potentiality to apply in both normal and saline area. Long shelf life (3 years) without any saprophytic contamination of this strain in final formulation is important in industry and it can prepare a lucrative business.مقدمه: از موضوعات مهم در زیستفناوری میکروبی، برقراری پیوند میان سویههای سودمند غربال شده در آزمایشگاه با عرصه صنعت و مصرفکننده است. از این روی در توسعه عوامل سودمندی چون عوامل کنترل زیستی میکروبی، مطالعه بهینهسازی شرایط تغذیهای و فیزیولوژیکی برای تکثیر انبوه و انتخاب حامل مناسب برای فرمولاسیون نهایی ضروری است. در پژوهش حاضر، کوشش شد تا بهترین شرایط رشد و فرمولاسیون مناسب برای سویه کنترل زیستی استرپتومایسس رایموسوس (C-2012) ارایه شود. <br /> <br /> مواد و روشها: برای بهینهسازی شرایط رشدی سویه C-2012، توان رشد بر روی منابع کربن، انواع محیط غذایی، اثر دما، اسیدیته اولیه و کلرید سدیم ارزیابی شد. همچنین، اثر انواع حامل و افزودنیها در فرمولاسیون نهایی و میزان ماندگاری جمعیت میکروبی بررسی شد. <br /> <br /> نتایج: بررسی اثر منابع کربنی نشان داد گلوکز، فروکتوز و مانیتول از منابع کربنی مناسب برای رشد بوده و بهترین اسیدیته اولیه و دما برای این سویه به ترتیب 7 و 28 درجه سانتیگراد است. بهترین محیط غذایی حاوی گلوکز، عصاره مخمر و عصاره جو بود. بررسی اثر کلرید سدیم نشان داد که با افزایش غلظت از صفر تا 300 میلیمولار میزان جمعیت میکروبی افزایش و پس از آن جمعیت کاسته شد. بر پایه نتایج به دست آمده بهترین حامل میکروبی، ماسه بادی ارزیابی شد؛ در حالی که پلیمر هیدروژل شرایط بهینه نگهداری را نداشت. بررسی 36 ماهه زندهمانی نشان داد جمعیت باکتری در نمونه حاوی نمک 200 برابر (cfu/g 106×8) بیش از نمونه فاقد آن در ماه پایانی بود. <br /> <br /> بحث و نتیجه گیری: استفاده از منابع کربنی مانند گلوکز در دمای 28 درجه سانتیگراد و اسیدیته اولیه 7 در رشد این سویه اهمیت داشته و میتواند در تهیه فرمول نهایی با جمعیت ایدهآل مؤثر باشد. توان تولید متابولیتهای فرار و مایع در حضور کلرید سدیم و کنترل بیمارگرهای قارچی توسط استرپتومایسس رایموسوس نشان میدهد این سویه دارای پتانسیل بالایی برای بهرهبرداری هم در مناطق نرمال و هم دارای تنش شوری است. ماندگاری بالا (3 سال) در فرمولاسیون نهایی از دید اقتصادی برای تولیدکنندگان عوامل بیوکنترل و کشاورزان بسیار مهم است.https://bjm.ui.ac.ir/article_19589_681eb781714d9b16b96fb3b723541e7d.pdfدانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520151122Isolation and molecular identification chitinase-producing Streptomyces strains and examination of their in-vitro antagonistic effectsجداسازی و شناسایی مولکولی باکتری های استرپتومایسس مولد آنزیم کیتیناز و بررسی آثار آنتاگونیستی آنها در شرایط آزمایشگاهی12313419590FAعلیرضادهناداستادیار بیوتکنولوژی میکروبی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تبریز، ایرانابراهیماسماعیلیدانشجوی کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی، دانشگاه زابل، ایرانمحمودسلوکیدانشیار بیوتکنولوژی گیاهی، دانشگاه زابل، ایرانJournal Article20160614Introduction: The chemical fungicides are used widely in the world. To reduce the application of synthetic fungicides in treating plant diseases, biological methods are considered as an alternative way to control plant diseases. Many actinomycetes, particularly Streptomyces species are biological agents against a broad spectrum of fungal plant pathogens. The purpose of this study was using the kitinolitik actinomycetes isolated from soil of Eastern Azerbaijan province In order to produce biological pesticides. <br /> <br />Materials and methods: Soil samples were taken from different areas of Eastern Azerbaijan province. According to Streptomyces morphological features, single colonies were isolated. To identify the bacteria by molecular characteristic, the genomic DNA was extracted and then the sequences of 16S rDNA were replicated. By using specific primers the bacterial isolates containing chitinase gene were screened. The isolates consisted Chitinase enzyme and were antagonistically cultured with Alternaria genus which is a fungal plant pathogen. <br /> <br />Results: Out of 60 soil collected samples, 31 Streptomyces bacterial isolates were separated. Four isolates showed positive results to selectivity action of the chitinase enzyme. Treatment of 3 bacterial isolates with 2 pathogenic fungi showed that AE09 is the most effective anti-fungal isolates. <br /> <br />Discussion and conclusion: Soils in Eastern Azerbaijan province are rich of Streptomyces bacteria which generate antifungal compounds. Obtaining the Streptomyces bacteria which have chitinase gene, can lead to identification of very effective strains as anti-fungal.مقدمه: به منظور کاهش استفاده از قارچکشهای شیمیایی در کنترل بیماریهای گیاهی، رویکرد جایگزین کنترل بیماریها به روش کنترل زیستی، مورد توجه قرار گرفته شده است. بیشتر اکتینومیستها، به ویژه گونههای Streptomyces، عوامل کنترل زیستی با طیف گسترده در برابر پاتوژنهای قارچی گیاهان هستند. هدف از انجام این پژوهش، استفاده از اکتینومیستهای کیتینولایتیک جدا شده از خاکهای استان آذربایجانشرقی برای تولید سموم زیستی است. <br /> <br /> مواد و روشها: نمونههای خاک از مناطق مختلف استان آذربایجانشرقی تهیه شد. با توجه به ویژگیهای ریختشناسی گونههای Streptomyces، تک کلونیها جداسازی شد. برای شناسایی مولکولی، ابتدا DNA باکتریایی استخراج و سپس، توالی 16S rDNA آنها تکثیر شد. با استفاده از آغازگرهای جهانی، جدایههای دارای ژن کیتیناز غربالگری شد. جدایههای مولد آنزیم کیتیناز با قارچهای پاتوژن جنس آلترناریا کشت آنتاگونیستی داده شد. <br /> <br /> نتایج: از 60 نمونه خاک جمعآوری شده، 31 جدایه باکتری استرپتومایسس جداسازی شد. از این تعداد، 4 جدایه به گزینش جدایههای مولد آنزیم کیتیناز نتیجه مثبت نشان دادند. کشت آنتاگونیستی، 3 جدایه منتخب باکتری با دو قارچ پاتوژن، نشان داد که جدایه AE09 دارای بیشترین اثر ضد قارچی است. <br /> <br /> بحث و نتیجه گیری: خاکهای استان آذربایجانشرقی واجد باکتریهای استرپتومایسس مولد ترکیبات ضدقارچی هستند. دستیابی به باکتریهای استرپتومایسس دارای ژن کد کننده کیتیناز میتواند به شناسایی سویههای بسیار مؤثر برای دفاع ضد قارچی منجر باشد.https://bjm.ui.ac.ir/article_19590_4688c091a2f1db3f3e8c9f79df18a22d.pdfدانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520151122Comparative study of Caspian roach (Rutilus rutilus caspicus) fry gut microbiota modulation following administration of galacto- and fructooligosaccharide prebioticsبررسی مقایسه ای تغییرات باکتریایی دستگاه گوارش بچه ماهی کلمه (Rutilus rutilus caspicus) متعاقب استفاده از پربیوتیکهای گالاکتو و فروکتوالیگوساکارید13514419591FAسید حسینحسینی فراستادیار شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، ایرانرودابهروفچاییکارشناس ارشد تغذیه و غذای زنده، پژوهشکده آبزی پروری آب های داخلی، بندرانزلی، ایرانJournal Article20160614Introduction: Modulation of intestinal microbiota toward potentially beneficial communities (probiotics) positively affects fish physiology and health status. Different prebiotics showed contradictory effects on intestinal microbiota. The present study investigates the effects of different levels of two prebiotics, galacto- and fructooligosaccharide on intestinal microbiota of Caspian roach fry which is a commercially valuable species of Caspian sea. <br /> <br />Materials and methods: The study was performed as a randomized design with 5 treatments and 3 replications in which Caspian roach were fed different levels, 0, 1, and 2% of galacto- and fructooligosaccharide prebiotics for 6 weeks. At the end of the trial culture, analysis of intestinal microbiota include lactic acid bacteria levels, total bacteria as well as proportion of LAB were performed by using MRS agar, Plate count agar media. <br /> <br />Results: Administration of different levels of galacto- and fructooligosaccharide had no significant effects on total bacteria of intestinal microbiota (P > 0.05). The lactic acid bacteria levels significantly increased compared to control group following prebiotics administration in diet (P > 0.05). LAB levels in galactooligosaccharide treatment were higher than those of fructooligosaccharide treatment. The highest LAB proportion in intestinal microbiota was observed in roach fed diet which contains 2% galactooligosaccharide (P > 0.05). <br /> <br />Discussion and conclusion: The results of the present study revealed that prebiotics can be used for modulation of Caspian roach intestinal microbiota toward beneficial bacterial communities. Also, the results showed that galactooligosaccharide was more efficient than fructooligosaccharide in case of modulation of intestinal microbiota and elevation of LAB levels.مقدمه: دستکاری میکروبیوتای رودهای به سمت باکتریهای بالقوه مفید (پروبیوتیکها) اثر مفیدی بر فیزیولوژی و سلامت ماهی دارد. پربیوتیکهای مختلف اثر متفاوتی بر میکروبیوتای رودهای دارند. در پژوهش حاضر، اثر سطوح مختلف دو نوع پربیوتیک گالاکتوالیگوساکارید و فروکتوالیگوساکارید بر میکروبیوتای رودهای بچه ماهی کلمه که جزو گونههای ارزشمند اقتصادی دریایی خزر است، بررسی شد. <br /> <br /> مواد و روش ها: پژوهش حاضر در قالب یک طرح کاملا تصادفی در 5 تیمار و سه تکرار انجام شد؛ که در آن از سطوح صفر (کنترل)، 1 و 2 درصد پربیوتیک گالاکتوالیگوساکارید و فروکتوالیگوساکارید در جیره غذایی بچه ماهی کلمه به مدت 6 هفته استفاده شد. در انتهای دوره تغییرات ایجاد شده در میکروبیوتای رودهای شامل تعدادکل باکتریها، تعداد باکتریهای اسیدلاکتیک و نسبت باکتریهای اسیدلاکتیک در میکروبیوتای رودهای از طریق کشت روی محیطهای پلیت کانت آگار ودیمان روگزاوشارپ (ام آر اس) آگار بررسی شد. <br /> <br /> نتایج: افزودن سطوح مختلف پربیوتیکهای گالاکتوو فروکتوالیگوساکارید اثر معناداری بر تعدادکل باکتریها نداشت (05/0<br /> P value). باکتریهای اسیدلاکتیک در تیمار گالاکتوالیگوساکارید افزایش تعداد بیشتری نسبت به تیمار فروکتوالیگوساکارید نشان دادند. بیشترین میزان نسبت باکتریهای اسیدلاکتیک به تعداد کل باکتریهای زیستپذیر در تیمار تغذیه شده با 2 درصد گالاکتوالیگوساکارید مشاهده شد (05/0>P value).<br /> <br /> بحث و نتیجه گیری: نتایج پژوهش حاضر گویای امکان تغییر در جوامع باکتریایی میکروبیوتای رودهای بچه ماهی کلمه به سمت جوامع باکتریایی مفید بود. همچنین، مشخص شد استفاده از پربیوتیک گالاکتوالیگوساکارید کارایی بیشتری در مقایسه با فروکتوالیگوساکارید برای تغییر ترکیب میکروبیوتای رودهای بچه ماهی کلمه و افزایش تعداد باکتری های اسیدلاکتیک دارد.https://bjm.ui.ac.ir/article_19591_e0b57453882e781691e09ff0d3d6dd29.pdfدانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520151122Adaptation of Trichoderma Species to Pesticide Confidor and Evaluation of their Growth Ability in the Media Containing Confidorسازگارسازی قارچ تریکودرما به آفت کش کنفیدور و ارزیابی توان رویشی آن در محیط های حاوی سم14515419594FAفرنازارشادفتحدانشجوی کارشناسی ارشد مهندسی آب، دانشگاه بوعلی سینا، همدان، ایرانحسینبانژاددانشیار مهندسی آب، دانشگاه بوعلی سینا، همدان، ایرانفریبامحسن زادهاستادیار مهندسی بهداشت محیط، دانشگاه بوعلی سینا، همدان، ایرانJournal Article20160614Introduction: Contamination caused by pesticides is considered as one of the environmental problems. Bioremediation is exploiting the ability of microorganisms to remove pollutants. Trichoderma species are free-living fungi that exist naturally in the environment. These fungi have the ability to uptake some contaminants biologically. The aim of this study is to evaluate the effect of Confidor, as an environmental contaminant, on the growth ability of Trichoderma sp. as a contaminant absorber. <br /> <br />Materials and methods: Five species of Trichoderma fungi were cultured in PDA media. Then the fungi were adapted with 3 different concentrations of Confidor gradually (5, 10 and 20 mg/l). The diameter of the fungal colonies growing in different concentrations of the toxin, were measured after 24 hr and were compared with the control samples (medium without toxin). <br /> <br />Results: Results showed that in all species of fungi the colony diameters increased significantly with increasing toxin concentrations. The largest colony diameter was related to T.tomentosum, T.asperellum and T.harzianum (88.88, 87.5 and 86.95%, respectively) at the concentration of 20 mg of toxic. Also, in all studied fungal species, in the medium containing 20 (mg/ l) of toxic, the aerial hyphae expanded much thicker and faster than other concentrations. <br /> <br />Discussion and conclusion: The results indicate a significant increase in the growth ability of Trichoderma strains with increasing Confidor concentration. Therefore it could be concluded that Trichoderma fungi have a high potentiality for biodegradation of Confidor.مقدمه: آلودگیهای حاصل از سموم آفتکش یکی از معضلات زیست محیطی محسوب میشوند. بهرهگیری از توان میکروارگانیسمها برای حذف آلودگیها را زیستپالایی میگویند. گونههای تریکودرما، قارچهای آزادزی هستند که به طور طبیعی در محیط زیست وجود دارند و قابلیت جذب زیستی برخی از آلایندهها را دارند. هدف از پژوهش حاضر، سازگارسازی 5 گونه از قارچ تریکودرما با سم کنفیدور و بررسی اثر این سم بهعنوان یک آلاینده محیط زیست بر توان رویش گونههای سازگار شده تریکودرما بهعنوان جاذب آلاینده است. <br /> <br /> مواد و روش ها: 5 گونه قارچی از جنس تریکودرما در محیطهای کشت سیبزمینی- دکستروز کشت داده شد. سپس، قارچها به ترتیب به محیطهای کشت با غلظتهای 5، 10 و 20 میلیگرم بر لیتر سم کنفیدور انتقال داده و به تدریج سازگار شدند. پس از گذشت 24 ساعت قطر پرگنه قارچهای کشت داده شده اندازهگیری و با قطر کلونی نمونههای شاهد مقایسه شد. <br /> <br /> نتایج: نتایج نشان داد در تمامی موارد، رشد پرگنه قارچ در حضور سم در مقایسه با محیط شاهد، افزایش معناداری را در میانگین قطر کلونی (در سطح خطای 05/0) دارد. بیشترین میانگین قطر پرگنه مربوط به گونههای تومنتوزوم، اسپرلوم و هارزیانوم در غلظت 20 میلیگرم در لیتر از سم بود که به ترتیب به میزان 88/88، 5/87 و 95/86 درصد رشد داشتند. ریسههای هوایی در همه گونههای قارچی، در محیطهای کشت حاوی غلظت 20 میلیگرم در لیتر سم نسبت به سایر غلظتها بسیار ضخیمتر بوده و سریعتر گسترش یافت. <br /> <br /> بحث و نتیجه گیری: نتایج حاصل گویای افزایش معنادار توان رویش گونههای مورد مطالعه قارچ تریکودرما با افزایش غلظت سم کنفیدور و در نتیجه، نشان دهنده پتانسیل بالای زیست پالایش سم کنفیدور توسط این قارچ است. https://bjm.ui.ac.ir/article_19594_b5384bf183212cd5152e61624ff7da6c.pdfدانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520151122Screening local Lactobacilli from Iran in terms of production of lactic acid and identification of superior strainsغربالگری لاکتوباسیل های بومی ایران از نظر تولید اسید لاکتیک و شناسایی سویه های برتر15516619596FAفاطمهسلیمانی فرددانشجوی کارشناسی ارشد میکروبیولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات، اراک، ایرانمریمقبادی دانااستادیار ژنتیک مولکولی، پژوهشگاه استاندارد، کرج، تهران، ایرانزهراپیراوی ونکاستادیار صنایع غذایی، پژوهشگاه استاندارد، کرج، تهران، ایرانJournal Article20160614Introduction: Lactobacilli are a group of lactic acid bacteria that their final product of fermentation is lactic acid. The objective of this research is selection of local Lactobacilli producing L (+) lactic acid. <br /> <br />Materials and methods: In this research the local strains were screened based on the ability to produce lactic acid. The screening was performed in two stages. The first stage was the titration method and the second stage was the enzymatic method. The superior strains obtained from titration method were selected to do enzymatic test. Finally, the superior strains in the second stage (enzymatic) which had the ability to produce L(+) lactic acid were identified by biochemical tests. Then, molecular identification of strains was performed by using 16S rRNA sequencing. <br /> <br />Results: In this study, the ability of 79 strains of local Lactobacilli in terms of production of lactic acid was studied. The highest and lowest rates of lactic acid production was 34.8 and 12.4 mg/g. Superior Lactobacilli in terms of production of lactic acid ability of producing had an optical isomer L(+), the highest levels of L(+) lactic acid were with 3.99 and the lowest amount equal to 1.03 mg/g. The biochemical and molecular identification of superior strains showed that strains are Lactobacillus paracasei. Then the sequences of 16S rRNA of superior strains were reported in NCBI with accession numbers KF735654Ø KF735655Ø KJ508201and KJ508202. <br /> <br />Discussion and conclusion: The amounts of lactic acid production by local Lactobacilli were very different and producing some of these strains on available reports showed more products. The results of this research suggest the use of superior strains of Lactobacilli for production of pure L(+) lactic acid.مقدمه: لاکتوباسیل ها دستهای از باکتریهای اسیدلاکتیک هستند که محصول نهایی تخمیر آنها اسیدلاکتیک است. هدف از پژوهش حاضر، انتخاب لاکتوباسیلهای بومی تولید کننده اسیدلاکتیک تک ایزومره است. <br /> <br /> مواد و روش ها: در پژوهش حاضر، سویههای بومی بر اساس توانایی تولید اسیدلاکتیک غربالگری شد. غربالگری در دو مرحله انجام شد. مرحله اول به روش تیتراسیون و مرحله دوم به روش آنزیماتیک بود. سویههای برتر حاصل از روش تیتراسیون برای انجام آزمون آنزیمی انتخاب شد. در نهایت، سویههای برتر که توانایی تولید اسیدلاکتیک تک ایزومره را داشتند توسط آزمونهای بیوشیمیایی شناسایی شدند. سپس، شناسایی مولکولی سویه با استفاده از تعیین توالی 16S rRNA انجام شد. <br /> <br /> نتایج: در پژوهش حاضر، توانایی 79 سویه لاکتوباسیل بومی از نظر تولید اسیدلاکتیک بررسی شد. بالاترین میزان تولید 8/34 و پایینترین میزان تولید 4/12 میلیگرم در گرم محاسبه شد. لاکتوباسیلهای برتر از نظر تولید اسیدلاکتیک توانایی تولید یک نوع ایزومر نوری L (+) را داشتند که بالاترین میزان L (+) اسیدلاکتیک برابر با 99/3 و پایینترین میزان برابر با 03/1 میلیگرم در گرم بود. نتایج بیوشیمیایی و مقایسه سویههای برتر با اطلاعات موجود در بانک ژنومی نشان داد که آن سویهها لاکتوباسیلوس پاراکازئی هستند. سپس، توالی 16S rRNA چهار سویه برتر به شماره دسترسیهای KF735654، KF735655، KJ508201 و KJ508202 در بانک ژنومی، مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی ثبت شد. <br /> <br /> بحث و نتیجه گیری: میزان تولید اسید لاکتیک توسط لاکتوباسیلهای بومی بسیار متفاوت مشاهده شد و مقدار تولید اسید برخی از سویهها نسبت به گزارشهای موجود، تولید بیشتری را نشان داد. لاکتوباسیلهای برتر تنها توانایی تولید ایزومر نوری L (+) اسیدلاکتیک را داشتند. نتایج پژوهش حاضر، استفاده از سویههای برتر لاکتوباسیل برای تولید اسیدلاکتیک خالص را پیشنهاد میکند. https://bjm.ui.ac.ir/article_19596_2b2be8f4470971da1f7cc86345a10133.pdfدانشگاه اصفهانزیست شناسی میکروبی3060-764741520151122Measurement of antimicrobial activity of isolated bacteria from the Caspian sea and molecular identification of strains with antimicrobial effectسنجش فعالیت ضد میکروبی باکتری های جداسازی شده از دریای خزر و شناسایی مولکولی سویه های دارای اثر ضد میکروبی16717819597FAسجادهارون آبادیکارشناس ارشد میکروبیولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد تنکابن، ایرانسید خلیلشکوهی مصطفویکارشناس ارشد میکروبیولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد تنکابن، ایرانپروانهاقبالی شمس آبادکارشناس ارشد محیط زیست، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد علوم تحقیقات، تهران، ایرانسید منصورمیبدیاستادیارمیکروبیولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد تنکابن، ایرانJournal Article20160614Introduction: Easy access and wide use of antimicrobial compounds led to the emergence of resistance among microorganisms. Therefore, screening and identifying antimicrobial compound with high effect of microorganisms in different environments is necessary and vital . Using microorganisms for biological aims change them to an important tool to control pathogens. Streptomyces griseus is one of them. The aim of this study is isolation of marine bacteria with antimicrobial effect against gram positive and negative bacteria. Finally, molecular identification of strains with antimicrobial activity. <br /> <br />Materials and methods: In this study, 162 strains were isolated from the Caspian Sea .The strains were cultured on special medium and finally antimicrobial activity on references strains as measured. Among them four strains with remarkable antimicrobial activity were identified and selected. The strains were subjected to 16S rDNA PCR sequencing. The strains were submitted to NCBI as new Streptomyces griseus strains. <br /> <br />Results: Among 162 strains, 4 strains had the most antimicrobial activity. The result showed, the strains were the most effective on Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus (Gram positive bacteria) and the least effect were observed on Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa (Gram negative bacteria). After sequencing, the strains were classified to sterptomyces griseus genu. <br /> <br />Discussion and conclusion: In this study, 4 strains with antimicrobial activity were identified. According to the strength of these bacteria for controlling pathogenic bacteria resistant to antibiotic, we can have more pure microorganisms in optimized and controlled conditions for using in pharmaceutical industries and also for the treatment of dangerous pathogenic bacteria.مقدمه: دسترسی آسان و استفاده گسترده از ترکیبات ضد میکروبی، به پیدایش مقاومت در میان میکروارگانیسمها منجر شده است. بنابراین، غربالگری و شناسایی ترکیبات ضد میکروبی با اثر بخشی بالا از میکروارگانیسمهای ساکن در محیطهای مختلف امری ضروری است. استفاده از میکروارگانیسمها برای اهداف زیست شناختی، آنها را به عنوان یک ابزار مؤثر برای کنترل پاتوژنها تبدیل کرده است. یکی از این میکروارگانیسمها، باکتری استرپتومایسس گریزئوس است. هدف از مطالعه حاضر، جداسازی باکتریهای آبزی با اثر ضد میکروبی بر پاتوژنهای مقاوم گرم مثبت و گرم منفی و در نهایت، شناسایی مولکولی سویههای دارای اثر ضد میکروبی است. <br /> <br /> مواد و روشها: در مطالعه حاضر، 162 سویه از دریای خزر جداسازی شد. پس از کشت روی محیط اختصاصی میکروبها، خاصیت ضد میکروبی باکتریهای آبزی روی سویههای مرجع، سنجیده شد. 4 سویه که بیش ترین خاصیت ضد میکروبی را داشتند انتخاب و با روش واکنش زنجیرهای پلیمراز و تعیین توالی ژن S rDNA16 به عنوان سویه جدید شناسایی و در بانک اطلاعات ژنی NCBI ثبت شد. <br /> <br /> نتایج: از مجموع 162 نمونه جداشده، 4 باکتری بیش ترین فعالیت آنزیمی را داشتند، نتایج سنجش فعالیت ضد میکروبی آنها نشان دادکه بیشترین اثر ضد میکروبی را روی استافیلوکوکوس اورئوس و باسیلوس سوبتیلیس و کم ترین اثر را روی اشریشیاکلی و سودوموناس آئروجینوزا داشتند. در انتها، پس از تعیین توالی ژنی باکتریهای دارای اثر ضد میکروبی، مشخص شد که سویهها به استرپتومایسس گریزئوس متعلق هستند. <br /> <br /> بحث و نتیجه گیری: در مطالعه حاضر 4 سویه باکتریایی دارای اثر ضد میکروبی شناسایی شد. با توجه به قدرت این سویهها در کنترل رشد باکتریهای پاتوژن مقاوم به آنتیبیوتیک میتوان با خالصسازی بیشتر مواد ضد میکروبی این میکروارگانیسمها در شرایط بهینه و کنترل شده، در صنایع دارویی و برای درمان پاتوژنهای خطرناک از آنها استفاده کرد. https://bjm.ui.ac.ir/article_19597_088c08a692e5e62d034e85852ae852b7.pdf