دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 3 12 2015 01 21 Cover & Priliminary Pages ( 3 rd.Year No.12) جلد و صفحات اول (سال سوم، شماره 12) 0 19552 FA Journal Article 2016 06 14 https://bjm.ui.ac.ir/article_19552_afd20d7af3cc0545446b73153243ce00.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 3 12 2015 01 21 A study on biosorption of copper ions by fungal chitosan: an alternative to shrimp chitosan بررسی جذب زیستی یون‏های مس توسط کیتوزان قارچی: جایگزینی برای کیتوزان میگویی 1 14 19546 FA ساناز بهنام دکترای دانشکده مهندسی شیمی، دانشگاه صنعتی اصفهان، اصفهان، ایران کیخسرو کریمی دانشیار دانشکده مهندسی شیمی، دانشگاه صنعتی اصفهان، اصفهان، ایران اکرم زمانی استادیار دانشکده مهندسی شیمی، دانشگاه صنعتی اصفهان، اصفهان، ایران ارجمند مهربانی زین آباد استاد دانشکده مهندسی شیمی، دانشگاه صنعتی اصفهان، اصفهان، ایران Journal Article 2016 06 14 Introduction : One of the main applications of chitosan is for heavy metals removal from waste waters. Industrially, chitosan is produced through deacetylation of chitin present in shellfish waste. Another source of chitosan is the cell wall of zygomycetes fungi with several advantages over shellfish wastes . Materials and method s: Fungal chitosan purified from biomass of Mucor indicus and shrimp chitosan were applied and compared for removal of copper ions from aqueous solution. The effects of pH (3 to 5.5), copper ion concentration (5 to 52 mg l-1), the amount of chitosan (200 to 3000 mg l-1), adsorption time, temperature, and presence of other metal ions on the biosorption of Cu2+ were investigated . Results : Maximum adsorption capacities for fungal and shrimp chitosans were 58.5 and 60.7 mg g-1, respectively. T he rate of copper adsorption by the fungal chitosan was significantly higher than that by the shrimp chitosan. Among p seudo-first order, pseudo-second order, intra-particle diffusion, and Elovich models, Ho’s pseudo-second order model was the best model for fitting the kinetic data. The adsorption capacity increased for both types of chitosans by increasing the solution pH. However, temperature and presence of other ions did not show significant effects on the biosorption capacity of copper. The isotherm data were very well described by Langmuir, Freundlich, and Redlich-Peterson models . Discussion and conclusion : Both fungal and shrimp chitosans can effectively be used for removal of copper ions from aqueous solutions. Adsorption process for fungal chitosan is fast, while the process is slower for the shrimp chitosan. Therefore, from the kinetics point of view, the fungal chitosan is preferable compared with the shrimp chitosan . مقدمه: یکی از کاربردهای اصلی کیتوزان در حذف فلزات سنگین از پساب‏هاست. در صنعت، کیتوزان از دی استیله شدن کیتین موجود در ضایعات سخت پوستان تولید می‏شود. منبع دیگر کیتوزان دیواره سلولی قارچ‏های زیگومایست است که مزیت‏های بیشتری نسبت به ضایعات سخت پوستان دارد. مواد و روش ‏‏ ها: کیتوزان قارچی استخراج و خالص شده از زیست توده موکور ایندیکوس و کیتوزان میگویی برای حذف یون‏های مس از محلول آبی استفاده و مقایسه شدند. تأثیر اسیدیته (3 تا 5/5)، غلظت یون مس ( 5 تا 52 میلی‌گرم بر لیتر)، مقدار کیتوزان (200 تا 3000 میلی‌گرم بر لیتر)، زمان جذب، دما و حضور سایر یون‏های فلزی بر جذب زیستی بررسی شد . نتایج: بیشینه ظرفیت‏های جذب برای کیتوزان‏های قارچی و میگویی به ترتیب 5/58 و 7/60 میلی‌گرم بر گرم به دست آمد. سرعت جذب مس توسط کیتوزان قارچی از کیتوزان میگویی به میزان درخور توجهی بالاتر بود. از میان مدل‏های شبه مرتبه اول، شبه مرتبه دوم، نفوذ درون ذره‏ای و الوویچ، مدل شبه مرتبه دوم هو بهترین مدل برای تطبیق بر داده‌های سینتیکی است. برای هر دو نوع کیتوزان، ظرفیت جذب با افزایش اسیدیته محلول افزایش یافت. دما و حضور سایر یون‏هاف تأثیر در خور توجهی بر ظرفیت جذب مس نداشت. داده‏های هم ‏دما نیز به خوبی با مدل‏های لانگمایر، فرندلیچ و ردلیچ-پترسون توصیف شد . بحث و نتیجه ‏ گیری: هر دو کیتوزان قارچی و میگویی می‏توانند به طور موثری برای حذف یون‏های مس از محلول‏های آبی به کار گرفته شوند. فرآیند جذب برای کیتوزان قارچی سریع بوده، در حالی‏که این فرآیند برای کیتوزان میگویی کندتر است. بنابراین، از نقطه نظر سینتیکی کیتوزان قارچی نسبت به میگویی ارجح است .

https://bjm.ui.ac.ir/article_19546_55a39a8f00629c9fb5ba1d8ffc881b49.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 3 12 2015 01 21 Polyphasic identification of Lechevaliera fradia subsp. Iranica, A rare actinomycete isolated from Loshan region of Iran شناسایی پلی فازی Lechevaliera fradia subsp. Iranica، یک اکتینومایست نادر جدا شده از منطقه لوشان ایران 15 24 19544 FA مهدی مشتاقی نیکو مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران محدثه رمضانی مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران شیما سادات سیدمهدی مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران Journal Article 2016 06 14 Introduction: Actinomycetes are widely distributed in natural and man-made environments and have capability for degradation of organic matter. They are also well known as a rich source of antibiotics and bioactive molecules and are of considerable importance in industry. Materials and methods: In this study, a rare actinomycete was isolated and subjected to polyphasic identification. Identification of this rare actinomycetes was carried on according to polyphasic taxonomic approach which has been outlined by International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP). Results: The cell wall of strain LO5 contained meso-diaminopimelic acid as diaminoacid and galactose, mannose and rhamnose as diagnostic sugars. The phospholipids consisted of diphosphatidylglycerol, phosphatidylglycerol and phosphatidylethanolamine. Phylogenetic analysis based on nearly complete 16S rRNA gene sequence comparison revealed affiliation to the family Pseudonocardiaceae and its similarity to the most closely related neighbor the Lechevalieria fradiae CGMCC 4.3506T was 98.6%. The level of DNAâDNA relatedness between the novel strain and Lechevalieria fradiae CGMCC 4.3506T was only 75â%. So according to the recommendations of a threshold value of 70% DNA-DNA similarity, LO5 belongs to the species Lechevalieria fradiae CGMCC 4.3506T. On the basis of genomic and phenotypic properties, the subspecies Lechevalieria fradiae subsp. Iranica IBRC-M 10378 is proposed.Â Discussion and conclusion: A polyphasic approach based on phenotypic, chemotaxonomic and phylogenetic investigations has been proposed for categorizing of a rare actinomycete in subspecies level. The techniques used to obtain the data required for determination of the taxonomic status of this isolate are based on minimal standards that have been established by some of the taxonomic subcommittees of the International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP) for specific groups of organisms. مقدمه: اکتینومایست‏ها به طور وسیعی در محیط‏های طبیعی و ساخته دست بشر پراکنده شده‏اند و توانایی تجزیه مواد آلی را دارا هستند. همچنین، آن‏ها به عنوان یک منبع غنی برای تولید آنتی‏بیوتیک‏ها و مولکول‏های فعال زیستی شناخته می‏شوند و از اهمیت چشمگیری در صنعت برخوردار هستند . مواد و روش ‏‏ ها: در این مطالعه، یک اکتینومایست نادر با نام LO5 جداسازی شد و تحت شناسایی پلی فازی قرار گرفت . این اکتینومایست نادر بر اساس دیدگاه تاکسونومی پلی فازی که به‏وسیله کمیته بین المللی سیستماتیک پروکاریوت‏ها (ICSP) مصوب شده است، شناسایی شد . نتایج: دیواره سویه LO5 دارای دی‏آمینو پایملیک اسید نوع مزو یا دی (D) و همچنین، گالاکتوز، مانوز و رامنوز به‏عنوان قندهای تشخیصی است. محتوای فسفولیپیدی غشا شامل: دی فسفاتیدیل گلیسرول، فسفاتیدیل گلیسرول و فسفاتیدیل اتانول آمین است. تحلیل فیلوژنی بر اساس مقایسه توالی کامل ژن 16S rRNA نشان داد که این سویه از اعضای خانواده Pseudonocardiaceae و دارای شباهت 6/98 درصدی به Lechevalieria fradiae CGMCC 4.3506T است. ارتباط DNA-DNA بین سویه LO5 و Lechevalieria fradiae CGMCC 4.3506T گویای مقدار 75 درصدی است که با توجه به بالاتر بودن آن از حد 70 درصد که برای معرفی گونه‏های جدید به آن استناد می‏شود، سویه LO5 به عنوان زیرگونه Lechevalieria fradiae CGMCC 4.3506T با نام Lechevalieria fradiae subsp. Iranica IBRC-M 10378 معرفی می‏شود. بحث و نتیجه ‏ گیری: یک روش پلی فازی مبتنی بر مطالعات فنوتیپی، شیمیوتاکسونومی و فیلوژنی برای طبقه‏بندی یک اکتینومایست نادر در حد زیرگونه پیشنهاد شده است . برای به دست آوردن اطلاعات مورد نیاز برای تعیین وضعیت تاکسونومیک سویه LO5 ، از تکنیک‏هایی استفاده شده است که با حداقل استانداردهای لازم برای طبقه‏بندی یک میکروارگانیسم خاص که توسط زیرکمیته‏‏های تاکسونومی کمیته بین المللی سیستماتیک پروکاریوت‏ها تصویب شده اند، مطابقت دارند .

https://bjm.ui.ac.ir/article_19544_2560c13f2ed3ca685beb772d78b80816.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 3 12 2015 01 21 The Study of Synergistic Effects of n.butanolic Cyclamen coum Extract and Ciprofloxacin on inhibition of Pseudomonas aeruginosa biofilm formation بررسی اثرات سینرژیسمی عصاره بوتانلی گیاه Cyclamen coum و آنتی‏بیوتیک سیپروفلوکساسین بر مهار تشکیل بیوفیلم Pseudomonas aeruginosa 25 32 19548 FA احیاء عبدی عالی دانشیار میکروبیولوژی، دانشگاه الزهرا (س)، تهران، ایران مروارید شفیعی دانشجوی دکتری میکروبیولوژی، دانشگاه الزهرا (س)، تهران، ایران فرشته شاهچراغی استاد باکتریولوژی، انستیتوپاستور ایران، تهران، ایران عذرا صبورا دانشیار میکروبیولوژی، دانشگاه الزهرا (س)، تهران، ایران طوبی غضنفری استاد ایمونولوژی، دانشگاه شاهد، تهران، ایران Journal Article 2016 06 14 Introduction: Infections caused by Pseudomonas aeruginosa biofilm are the major causes of death in patients with cystic fibrosis (CF). Some studies revealed that biofilms are resistant to several antibiotics because of their impermeable structures. In order to re-sensitize bacteria to different antibiotics, biofilm formation should be inhibited. In this research, evaluation of antibiofilm activity of n-butanolic Cyclamen coum extract as a medicinal plant from Myrsinaceae family, in combination with ciprofloxacin was carried out. Materials and methods : The biofilm formation ability by P. aeruginosaPAO1 and one clinically isolated P. aeruginosa (PA214) was confirmed by microtiter plate method. Extraction of the tubers of Cyclamen coum was done by fractionation method. The antibiofilm and antibacterial properties of n-butanolic C. coum extract (which includes saponin compounds) alone and in combination with ciprofloxacin by using microdilution and crystal violet methods were examined. The cytotoxicity effect of the n-butanolic extract on HT-29 cells was assayed by MTT (3- (4,5-dimethylthiazol-2-yl) -2,5-diphenyl-tetrazolium bromide) test. Results: The biofilm formationability by P. aeruginosa strains was quantitatively confirmed. Saponin content of the n-butanolic C.coum extract was 156 µg/mL. The extract revealed antibacterial activity against the growth of planktonic P. aeruginosa strains. The combination of n-butanolic C.coum extract and ciprofloxacin significantly inhibited P.aeruginosa biofilm formation (ΣFBIC = 0.5). The n-butanolic C.coum extract showed insignificant cytotoxic effect against HT-29 human cancer cell line after 48 hours and 72 hours incubation. Discussion and conclusion: It can be concluded that n-butanolic C.coum extract in combination with ciprofloxacin significantly revealed antibiofilm activity against P. aeruginosa biofilm however, further clinical investigations are required. مقدمه: عفونت‏های ناشی از P. aeruginosa مولد بیوفیلم یکی از عوامل مهم مرگ و میر در بیماران مبتلا بهفیبروز سیستیک هستند. بر اساس نتایج بسیاری از پژوهش‏ها، بیوفیلم‏ها نسبت به بسیاری از آنتی‏بیوتیک‏ها به دلیل ساختار نفوذناپذیر مقاوم هستند. برای کاهش مقاومت باکتری‏ها به آنتی بیوتیک‏ها، باید تشکیل بیوفیلم مهار شود.در این مطالعه، اثرات ضدبیوفیلمی عصاره بوتانلی گیاه C. coum گیاه متعلق به خانواده Myrsinaceae در ترکیب با سیپروفلوکساسین علیه بیوفیلم P. aeruginosa بررسی شد . مواد و روش ‏‏ ها: ابتدا توانایی تشکیل بیوفیلم، در سویه P. aeruginosa PAO1 و سویه بالینی P. aeruginosa (PA214) توسط روش میکروتیترپلیت اثبات شد. عصاره‏گیری بخش توبر(ساقه زیرزمینی) گیاه C. coum توسط محلول‏‏های دی اتیل اتر، الکل اتانول و بوتانول انجام شد. فعالیت ضدمیکروبی و ضدبیوفیلمی عصاره بوتانلی گیاهC. coum (که دارای ترکیبات ساپونینی بود) به تنهایی و در ترکیب باآنتی‏بیوتیک سیپروفلوکساسین توسط روش‏های microdilution و کریستال ویوله بررسی شد. تاثیرات سایتوتوکسیسیته عصاره بوتانلی گیاه C. coum بر روی سلول‏های HT-29 توسط روش MTT بررسی شد . نتایج: توانایی تشکیل بیوفیلم توسط سویه‏‏های P. aeruginosa به شکل کمی اثبات شد. میزان ساپونین عصاره بوتانلی گیاه C. coum ، 156 میکروگرم بر میلی‏لیتر بود. عصاره بوتانلی گیاه C. coum تاثیرات ضدمیکروبی علیه سویه‏‏های آزاد-زی P. aeruginosa نشان داد. ترکیب عصاره بوتانلی گیاه C. coum و آنتی بیوتیک سیپروفلوکساسین به‏طور معنی‏ داری سبب مهار تشکیل بیوفیلم شد (ΣFBIC ≤ 0.5) . عصاره بوتانلی گیاه C. coum فاقد اثرات سایتوتوکسیک برروی سلول‏‏های HT-29 بود . بحث و نتیجه ‏ گیری: ترکیب عصاره بوتانلی گیاه C. coum و آنتی بیوتیک سیپروفلوکساسین فعالیت ضدبیوفیلمی معنی‏داری علیه P. aeruginosa نشان داد، اما هنوز مستلزم تحقیقات بالینی بیشتری است.

https://bjm.ui.ac.ir/article_19548_775fcc4f71ff560662887c2077652189.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 3 12 2015 01 21 The effect of phosphate deficiency on quorum sensing signaling pathway of Sinorhizobium meliloti تاثیر کمبود فسفر روی مسیر سگینالینگ quorum sensing در Sinorhizobium meliloti 33 42 19547 FA نجمه پاکدامن دانشجوی دکتری، دانشگاه اصفهان، ایران. اکبر مستاجران استاد دانشگاه اصفهان، ایران. Journal Article 2016 06 14 Introduction: Phosphorus is one of the most essential macroelements for bacterial cells. Since phosphate (PO4-3) limitation is frequently encountered in soils, bacteria developed some mechanisms in response to this sever condition. Phosphate transporter (PstS) and proteins involved in quorum sensing (QS) signaling pathway are affected by mediating PhoB, response regulator, following phosphate starvation. QS system of Sinorhizobium meliloti composed of at least three genes of sinI (autoinducer synthase), sinR and expR (autoinducer activated receptor) which involvedin its free living and symbiotic functions. Materials and methods: The optical density (OD600) of different S. meliloti transformed strains carrying pLK004 (a pstS promoter- egfp fusion), pLK64 (a sinI promoter- egfp fusion), pLK65 (a sinR promoter- egfp fusion), pLK66 (an expR promoter- egfp fusion) and control (promoterless- egfp fusion) plasmids were read under different phosphate concentrations of 0.1 (phosphate deficiency), 0.5 and 2 mM (sufficient phosphate) at several time points of 16, 24 and 40h. The promoter activity of different genes of pstS, sinI, sinR and expR were measured as emitted fluorescence per bacterial cell density (OD600) under different phosphate concentrations. Results: By reducing phosphate concentration in the medium, the growth rate of transformed bacteria decreased, especially at 40h. The promoter activity of pstS, sinI and sinR, but not expR, genes was activated following phosphate starvation. Discussion and conclusion: S. meliloti can upregulate PstS to partly compensate phosphate deficiency in the environment. The gene of sinR is also activated in a PhoB dependent manner as phosphate starvation is encountered. SinR is the activator of sinI, so the upregulation of QS pathway under phosphate deficiency may be facilitate free living and symbiotic bacterial functions. مقدمه: فسفر یک از مهم‏ترین عناصر ضروری پرمصرف برای رشد باکتری‌هاست. به طور معمول باکتری‌ها در محیط با کمبود فسفر مواجه هستند و مکانیسم‌هایی در آن‌ها برای رویارویی با چنین شرایطی تکامل یافته ‌است. ژن‌های ناقل فسفات (pstS) و مسیر انتقال سیگنال حس‌گر حد نصاب (Quorum sensing) ، به واسطه تنطیم‌کننده PhoB ، در پاسخ باکتری به این شرایط استرسی دخالت دارند. مسیر حس‌گر حد نصاب در باکتری Sinorhizobium meliloti حداقل از سه ژن sinI ، sinR و expR تشکیل یافته است و در کنترل فعالیت‌های باکتری در شرایط آزاد-زی و همزیستی دخالت دارد . مواد و روش ‏‏ ها: تراکم جمعیت در گونه‌های تراریخت باکتری S. meliloti حامل پلاسمیدهای pLK004 (ترکیب راه‌انداز pstS و ژن egfp )، pLK64 (ترکیب راه‌انداز sinI و ژن egfp )، pLK65 (ترکیب راه‌انداز sinR و ژن egfp )، pLK66 (ترکیب راه‌انداز expR و ژن egfp ) و کنترل (ژن egfp بدون راه‌انداز) در غلظت‌های مختلف 1/0 (کمبود فسفات)، 5/0 و 2 (غلظت کافی فسفات) میلی‌مولار فسفات در زمان‌های مختلف 16، 24 و 40 ساعت اندازه‌گیری شد. همچنین، فعالیت پروموتر ژن‌های مختلف pstS ، sinI ، sinR و expR با تقسیم واحد فلورسنس ساطع شده بر تراکم جمعیت باکتری در غلظت‌ها مختلف فسفات محاسبه شد . نتایج: سرعت رشد باکتری‌های تراریخت با کاهش غلظت فسفات در محیط کشت، به‌ویژه 40 ساعت پس از کشت آن‌ها، کاهش یافت. فعالیت پروموتر ژن‌ ناقل فسفات (pstS) و همچنین، برخی ژن‌های مسیر کروم‌سنسینگ ( sinI و sinR و نه expR ) به‌دنبال کاهش غلظت فسفات در محیط کشت، افزایش یافت . بحث و نتیجه ‏ گیری: از جمله پاسخ‌های باکتری S. meliloti به کمبود فسفات می‌توان به افزایش بیان ژن ناقل فسفات (pstS) اشاره کرد که تاحدودی می‌تواند این کمبود در محیط را جبران نماید. بیان ژن‏ sinR نیز در شرایط کمبود فسفات به کمک تنظیم کننده PhoB القا می‌شود. پروتئین SinR به‌عنوان فعال کننده ژن sinI عمل می‌کند و بنابراین، مسیر حس‌گر حد نصاب در شرایط کمبود فسفات فعال می‌شود که احتمالاً موجب تسهیل فعالیت‌های باکتری در شرایط آزاد- زی و همزیستی می‌شود .

https://bjm.ui.ac.ir/article_19547_e3b2b3a323c7b58a49b93cc9dca999d0.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 3 12 2015 01 21 Comparison between Iranian and foreign mouthwashes effect against Candida albicans as a common fungal mouth flora مقایسه آزمایشگاهی اثر دهانشویه‏‏ های ایرانی و خارجی بر علیه کاندیدا آلبیکنس به‏ عنوان فلور قارچی شایع در دهان 43 52 19542 FA سمیه طالبی کارشناس ارشد، گروه میکروبیولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد کرج، کرج، ایران. آذر سبکبار دانشیار گروه میکروبیولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد کرج، کرج، ایران. مجید ریاضی پور دانشیار گروه قارچ و انگل شناسی،دانشکده پزشکی، دانشگاه بقیه الله، تهران، ایران محسن صفاری استادیار گروه آموزش بهداشت،دانشکده بهداشت، دانشگاه بقیه الله، تهران، ایران Journal Article 2016 06 14 Introduction: Candida albicans has been isolated in up to 65% of healthy individuals without signs of clinical disease. Mouthwashes can be used for many preventative and therapeutic purposes. This study evaluates the effectiveness of Iranian and foreign mouthwashes against C.albicans as a common fungal flora in the mouth. Materials and methods: In this research, standard strain of C.albicans, ATCC 10231 is used. The suspension is provided by a fresh culture of C.albicans (24 hours) and the OD is read in 530 nm. The C. albicans suspension was cultured on Sabouraud dextrose agar plate. In the next step, two wells created on SDA, filling with mouthwashes (100 µl). After incubation at 37ºC for 24 hours, the inhibition zone was measured. Minimum inhibitory concentration (MIC) and Minimum fungicidal concentration (MFC) of mouthwashes were determined. The data are analyzed by SPSS software, independent T- tests and one sided variance analysis (ANOVA- one way). Results: Findings of our study showed in whichagar diffusion, MIC and MFC tests, there are no significant differences between the antifungal effect of the Iranian and foreign mouthwashes on C.albicans (P value>0.05). Discussion and conclusion: This study shows that both Iranian and foreign mouthwashes have a good effect against C.albicans, as a common fungal flora in the mouth. مقدمه: کاندیدا آلبیکنس در 65 درصد از افراد سالم بدون علایم بالینی جدا شده است. دهانشویه‏ها برای بسیاری از اهداف پیشگیرانه و درمانی استفاده می‏شوند. مطالعه حاضر با هدف بررسی تأثیر دهانشویه‏های ایرانی و خارجی بر کاندیدا آلبیکنس به عنوان فلور قارچی رایج در دهان انجام شد . مواد و روش ‏‏ ها: در این مطالعه، ازسوش استاندارد کاندیدا آلبیکنس 10231 ATCC ‏ استفاده شد. سپس از کشت تازه کاندیدا آلبیکنس (24 ساعته)، سوسپانسیون تهیه و OD آن در 530 نانومتر خوانده شد. سوسپانسیونکاندیدا آلبیکنس در محیط سابوروددکستروزآگارکشت داده شد. سپس، دو چاهک در محیط کشت ایجاد، در داخل آن‏ها دهانشویه ریخته (100 میکرولیتر) و در دمای 37 درجه سانتی‏گراد به مدت24 ساعت انکوبه شد. سپس، هاله عدم رشد اندازه گیری شد. حداقل غلظت مهارکنندگی رشد ( MIC ) و حداقل غلظت کشندگی ( MFC ) دهانشویه‏‏ها نیز مشخص شد . داده‏ها با استفاده از نرم افزار آماری SPSS ، آزمون‏های آماری T مستقل و تحلیل واریانس یک طرفه بررسی شد . نتایج: نتایج مربوط به روش آگار دیفیوژن، MIC و MFC ، اختلاف معناداری بین اثرات ضد قارچی دهانشویه‏های ایرانی و خارجی نشان ندادند (05/0 Pvalue > ) . بحث و نتیجه ‏ گیری: این مطالعه نشان داد که هر دو دهانشویه ایرانی و خارجی اثر خوبی دربرابر کاندیدا آلبیکنس به عنوان فلور قارچی شایع در دهان داشتند .

https://bjm.ui.ac.ir/article_19542_46c524b9c0b5bc7c93827b4e223ce81c.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 3 12 2015 01 21 Identifying verotoxigenic Escherishia.coli isolated from cold water fishes by Multiplex PCR in Chaharmahal Va Bakhtiary province شناسایی باکتری ‏های اشریشیا کلی وروتوکسیژن جداشده از ماهیان سرد آبی به‏ وسیله واکنش زنجیره‌ای پلیمراز چندگانه در استان چهارمحال و بختیاری 53 58 19545 FA مجتبی بنیادیان استادیار دانشگاه شهرکرد، ایران. Journal Article 2016 06 14 Introduction: This study was to determine the prevalence of verotoxigenic E.coli and their virulence factors isolated from coldwater fishes (Rainbow trout) using multiplex PCR. Materials and methods: A total of 100 samples of feces and skins were collected at the final step of production in the production pools. Bacteriological and biochemical examination were done for isolation and confirmation that the isolates belonged to the E.coli species. Multiplex PCR were used to identifying the Stx1, Stx2, eae and hly genes. Results: The results showed that none of the isolates was E.coli O157: H7, but other non- O157 verotoxigenic strains were isolated. Totally 14% of the skin isolates and 4% of fecal isolates contain Stx1, Stx2, eae genes. Discussion and conclusion: The results of this study revealed that the Rainbow trout meat may play a role as a vehicle to transmit the verotoxigenic E.coli to human. Water may contaminate with feces of animals, birds, contaminated fish foods and workers. Controlling the contaminating ones is recommended. مقدمه: این مطالعه به منظور شناسایی میزان شیوع سویه‏های وروتوکسیژن باکتری اشریشیا کلی در ماهی سرد آبی غزل آلای رنگین کمان توسط روش واکنش پلیمراز زنجیره ای چندگانه انجام شد. مواد و روش ‏‏ ها: تعداد 100 نمونه مدفوع، پوست و گوشت ماهی در مراحل آخر تولید از استخرهای پرورش اخذ و آزمون‏های میکروب‏شناسی و بیوشیمیایی برای تشخیص باکتری اشریشیا کلی انجام شد. سپس، سویه‏های باکتری اشریشیا کلی جدا شده توسط روش واکنش پلیمراز زنجیره‏ای چندگانه برای شناسایی ژن‏های حدت Stx1 ، Stx2 ، eae و hly آزمون شدند. نتایج: نتایج این مطالعه نشان داد که ماهیان سرد آبی به سویه‏های غیر از O157 که وروتوکسیژن هستند، آلوده بودند. در 14 درصد موارد باکتری‏های جدا شده از پوست و در 4 درصد موارد باکتری‏های جدا شده از مدفوع حاوی ژن‏های Stx1 ، Stx2 و eae بودند. بحث و نتیجه ‏ گیری: این مطالعه نشانگر این است که ماهیان سرد آبی پرورشی می‏توانند حامل سویه‏های وروتوکسیژن باکتری اشریشیا کلی بوده و موجب انتقال این سویه‏ها به انسان شوند. از علت‏های این مسأله ممکن است آلودگی آب استخرهای پرورش ماهی توسط مدفوع حیوانات، پرندگان، غذای ماهیان یا کارگران به باکتری را نام برد. توجه بیشتر برای محدود‏سازی عوامل آلوده کننده توصیه می‌شود.

https://bjm.ui.ac.ir/article_19545_09acebe1d62e3e43d5f534c8648f90a3.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 3 12 2015 01 21 Response of growth, protein and fatty acid content of Desmodesmus cuneatus to the repletion and depletion of nitrogen واکنش میزان رشد، محتوای پروتئین و اسیدچرب جلبک دسمودسموس کوناتئوس درشرایط کمبود و انباشتگی نیتروژن 59 68 19549 FA مهدی نادری فارسانی دانشگاه ارومیه، ایران. سعید مشکینی دانشگاه ارومیه، ایران رامین مناف فر دانشگاه ارومیه، ایران زهرا عسل پیشه دانشگاه ارومیه، ایران. Journal Article 2016 06 14 Introduction: Biomass and biochemical composition content (particular fatty acid profile, protein, Pigment) play an important role in commercial scale production of microorganisms. Nitrogen concentration is the most effective factor in biochemical composition and growth rate changes. Materials and methods: The unicellular fresh water microalgae, Desmodesmus cuneatus (Scenedesmaceae, Chlorophyta), was grown on BM medium under various concentration of nitrogen at 25°C and pH 7.0in a period of 12 days. Daily cell counting was done using Neubauer haemocytometer to determine the growth rate, cell density and exponential time. The grown cells were harvested in the stationary phase to determine fatty acid and protein content. Results: The maximum growth rate (0.35 ± 0.09day−1) and cell density (36.00 ± 1.01 ×105 cell.ml-1) was achieved in 2.5 mM of nitrogen concentration. The maximum level of PUFA, was 25.31% of the total fatty acids under N- sufficient conditions (5 mM nitrogen) compared to 17.01% under N- free. The maximum precentage of protein content (36.81%) was found at 5 mM nitrogen content and minimum (11.14%) was seen at nitrogen free medium. Discussion and conclusion: The results showed that control of nutrients plays an important role in microalgae culture. Any increase or decrease, depending on the type of nutrient, causes metabolic changes as well as changes in physiology and the nutritional value of microalgae. The nitrogen concentration of 2.5 mM may be more beneficial than other concentrations, as cell number is sustained in exponential phase longer. مقدمه: میزان بیومس و محتوای بیوشیمیایی (به‏ویژه اسیدهای چرب، پروتئین و رنگدانه‏ها) جلبک‏های تک سلولی نقش مهمی را در تولید تجاری این میکروارگانیسم ایفا می‏کنند. نتایج پژوهش‏ها نشان داده هست که غلظت نیتروژن از عوامل مؤثر بر میزان رشد و ترکیب بیوشیمیایی جلبک‏های تک سلولی است. مواد و روش ‏‏ ها: در این پژوهش، ریز جلبک دسمودسموس کوناتئوس (خانواده سندسماسه، کلروفیتا) در محیط کشت BM ، دمای 25 درجه سانتی گراد و اسیدیته 7 تحت تأثیر غلظت‏های مختلف نیتروژن در یک دوره 12 روزه پرورش داده شد. به منظور تعیین تراکم سلولی و زمان دو برابر شدن جمعیت ریزجلبکی، شمارش جلبک‏ها به شکل روزانه و با استفاده از لام هموسیتومتری انجام گرفت. تعیین میزان اسیدهای چرب و پروتئین ریزجلبک‏ها نیز با برداشت توده جلبک در مرحله سکون انجام شد. نتایج: بالاترین میزان رشد ویژه (09/0 ± 35/0 در روز) و تراکم سلولی (105×01/1 ± 36 سلول در میلی‏لیتر) در غلظت 5/2 میلی‏مولار نیتروژن به دست آمد. همچنین، متوسط بیش‏ترین میزان اسیدهای چرب با چند پیوند غیراشباع، 31/25 درصد، در غلظت بالای نیتروژن (5 میلی‏مولار) و کم‏ترین مقدار، 01/17 درصد، در تیمار فاقد نیتروژن مشاهده شد. بیشینه میزان پروتئین، 81/35 درصد، نیز در غلظت 5 میلی‏مولار و کمینه آن، 14/11 درصد، تیمار فاقد نیتروژن به دست آمد. بحث و نتیجه ‏ گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که غلظت مواد مغذی مختلف نقش مهمی در پرورش ریز جلبک‏ها داشته و بسته به نوع مواد مغذی هر گونه کاهش یا افزایش در غلظت آن تغییراتی را در فیزیولوژی و ارزش غذایی ریزجلبک‏ها موجب می‏‏شود. در این مطالعه، غلظت 5/2 میلی‏مولار نسبت به سایر غلظت‏ها در عوامل مؤثر مورد مطالعه همانند میزان رشد نتایج بهتری نشان داد.

https://bjm.ui.ac.ir/article_19549_7fb7d5d5231c5c0259a8fb81e15285ad.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 3 12 2015 01 21 Prevalence of CTX-M-Type β-Lactamases in Multi-Drug Resistant Escherichia coli Isolates from North of Iran, Rasht شیوع بتالاکتامازهای نوع CTX-M در جدایه‏‏ های E. coli با مقاومت چندگانه دارویی از شمال ایران، رشت 69 78 19550 FA طلوع بابایی همتی دانشگاه گیلان، ایران محمد جواد مهدی پور مقدم دانشگاه گیلان، ایران زیور صالحی دانشگاه گیلان، ایران سید محمود حبیب زاده آزمایشگاه پاتوبیولوژی رازی رشت Journal Article 2016 06 14 Introduction: One of the most important resistance determinants in Enterobacteriaceae are extended spectrum β-lactamases (ESBLs). During the last decade, CTX-M types ESBLs have increased considerably and become the most common ESBLs worldwide which are the major causes of the urinary tract infections (UTIs). The aim of this study was to determine the antibiotic resistance patterns and the frequency of the CTX-M β-lactamases among multi-drug resistant (MDR) Escherichia coli (E. coli)isolates from northern Iranian patients with UTI. Materials and methods: Thirty three E. coli isolates from urine samples were applied in this study. Double disk synergy test (DDST) was applied for identification of ESBL phenotypes in E. coli isolates. The ESBL related genes, CTX-M group (1, 2, 8 and 9), were amplified by polymerase chain reaction (PCR). Results: All E. coli isolates showed sensitivity to piperacillin and 55% of the isolates were resistant to 3rd and 4th cephalosporins. The presence of the blaCTX-M gene in 88% of the ESBL producing isolates was approved based on molecular method. CTX-M (1, 2, 8 and 9) containing E. coli isolates showed resistance to more antibiotics than non-CTX-M isolates. CTX-M-1 was the most prevalent CTX-M determinant in ESBL producing E. coli isolates. Discussion and conclusion: Based on the results of the present study, the preferred antibiotic against CTX-M type ESBL-producing E. coli strains in north of Iran, Rasht, should be piperacillin. Although, CTX-M type ESBLs prevalence was nearly low in the studied MDR E. coli isolates, but controlling these low prevalence isolates is important. مقدمه: بتالاکتامازهای با طیف گسترده ( ESBLs ) به‏عنوان مهم‏ترین شاخص مقاومت به آنتی بیوتیک‏ها در بین انتروباکتریاسه‏ها در سراسر جهان هستند. در طول دهه گذشته، انواع CTX - M از ESBL شیوع بالایی داشته و بیشتر در ارتباط با مسببین مهم عفونت ناحیه ادراری ( UTI ) هستند. هدف از این مطالعه بررسی الگوی مقاومت به آنتی بیوتیک و فراوانی بتالاکتامازهای CTX - M در بین جدایه‏‏های E. coli با مقاومت چندگانه دارویی از بیماران مبتلا به UTI در شمال ایران است . مواد و روش ‏‏ ها: 33‏ جدایه E. coli از نمونه‏های ادرار استفاده شد. فنوتیپ‏های ESBL جدایه‏ها با استفاده از آزمون سینرژی دیسک دوتایی ( DDST ) تعیین شدند. ژن‏های مرتبط با ESBL ، شامل گروه‏‏های (1، 2، 8 و 9) با استفاده از واکنش زنجیره‏ای پلیمراز ( PCR ) تکثیر شدند . نتایج: تمام جدایه‏‏های E. coli حساس به پپیراسیلین بوده و 55 درصد آن‏‏ها مقاوم به سفالوسپورین‏‏های نسل سوم و چهارم بودند. تحلیل مولکولی حضور ژن CTX-M در 88 درصد جدایه‏های تولید کننده ESBL نشان داده شد. جدایه‏های E . coli حاوی CTX - M (1، 2، 8 و 9) بسیار مقاوم به چند آنتی بیوتیک نسبت به جدایه‏‏های فاقد CTX - M بودند. CTX-M-1 به‏عنوان شایع‏ترین نوع CTX - M در جدایه‏های E . coli تولید کننده ESBL بود . بحث و نتیجه ‏ گیری: بر اساس نتایج مطالعه حاضر، آنتی بیوتیک ترجیحی برای کنترل سویه‏‏های E. coli تولید کننده ESBL نوع CTX - M در شمال ایران، رشت، باید پپیراسیلین باشد. اگرچه، شیوع ESBL نوع CTX - M در بین جدایه‏‏های E. coli با مقاومت چندگانه دارویی کم بود، اما کنترل همین فراوانی کم نیز دارای اهمیت است.

https://bjm.ui.ac.ir/article_19550_d788ac47cb8fdf90b8aa18130d83ee92.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 3 12 2015 01 21 A comparative study between inhibitory effect of L. lactis and nisin on important pathogenic bacteria in Iranian UF Feta cheese مقایسه اثر لاکتوکوکوس لاکتیس و نیسین برای مهار رشد باکتری‏های بیماری‏زا در پنیر فتا ایرانی 79 92 19543 FA سعید میردامادی سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایران شادی آقا قزوینی سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایران Journal Article 2016 06 14 Introduction: In the present study, the inhibitory effect of nisin- producing Lactococcus lactis during co- culture and pure standard nisin were assessed against selected foodborne pathogenes in growth medium and Iranian UF Feta cheese. In comparison L lactis, not only proves flavor but also plays a better role in microbial quality of Iranian UF Feta cheese as a model of fermented dairy products. Materials and methods: L. lactis subsp. lactis as nisin producer strain, Listeria monocytogenes, Escherichia coli and Staphylococcus aureus as pathogenic strains were inoculated in Ultra- Filtered Feta cheese. Growth curve of bacterial strains were studied by colony count method in growth medium and UF Feta cheese separately and during co- culture with L. lactis. Nisin production was determined by agar diffusion assay method against susceptible test strain and confirmed byRP- HPLC analysis method. Results: Counts of L. monocytogenes decreased in cheese sample containing L. lactis and standard nisin, to 103 CFU/g after 7 days and it reached to undetectable level within 2 weeks. S. aureus counts remained at its initial number, 105 CFU/g, after 7 days then decreased to 104 CFU/g on day 14 and it was not detectable on day 28. E. coli numbers increased in both treatments after 7 days and then decreased to 104 CFU/g after 28 days. Despite the increasing number of E. coli in growth medium containing nisin, due to the synergistic effect of nisin and other metabolites produced by Lactococcus lactis and starter cultures, the number of E. coli decreased with slow rate. Discussion and conclusion: The results showed, L. monocytogenes was inhibited by L. lactis before entering the logarithmic phase during co- culture. S. aureus was also inhibited during co- culture, but it showed less sensitivity in comparison with L. monocytogenes. However, the number of E. coli remained steady in co- culture with L. lactis. Also, we found that, in all cheese samples, E. coli decreased slowly after 28 days which may be due to the synergistic inhibitory effects of nisin and other metabolites produced by L. lactis and starter culture strains. These conditions are compatible to UF Feta cheese making processes. The usage of L. lactis is more effective in terms of pathogenic inhibitory in comparison withfree nisin. Using L. lactis as an adjunct starter culture can assist microbial quality improvement and prevent important pathogens, which may survive during food processing, because of the production of beneficial metabolites. مقدمه: در مطالعه حاضر اثرکشت باکتری لاکتوکوکوس لاکتیس تولید کننده نیسین در کشت توام و نیسین استاندارد خالص بر باکتری‏های بیماری‏زای غذایی در محیط کشت و پنیر فتا ایرانی بررسی شد. در مقایسه لاکتوکوکوس لاکتیس نه تنها باعث بهبود طعم و مزه پنیر شد، بلکه نقش بهتری در بهبود کیفیت میکروبی پنیر اولترافیلتر فتا به عنوان یک مدل غذای لبنی تخمیری داشت . مواد و روش ‏‏ ها: برای این منظور لاکتو کوکوس لاکتیس زیر گونه لاکتیس به ‏عنوان تولید کننده نیسین و سویه‏های لیستریا منوسیتوژنز، اشرشیا کلی و استافیلوکوک اورئوس به‏عنوان سویه‏های استاندارد بیماری‏زا به پنیر اولترافیلتر تلقیح شدند. منحنی رشد هر یک از باکتری‏ها به شکل تنها، کشت توام با لاکتوکوکوس لاکتیس و همراه با نیسین رسم شد. تولید نیسین از روش انتشار در آگار بر علیه سویه حساس استاندارد اندازه گیری و با RF - HPLC تایید شد . نتایج: نتایج نشان داد که تعداد لیستریامنوسیتوژنز در هر دو محیط حاوی نیسین و لاکتوکوکوس لاکتیس بعد از یک هفته از لگاریتم 7 به 3 و طی دو هفته به صفر رسید. استافیلوکوکوس اورئوس مقاومت بیشتری داشت و تعداد آن پس از 28 روز به صفر رسید. در حالی‏که تعداد اشرشیا کلی در طی هفته اول روند افزایشی و سپس، تا روز 28 از لگاریتم 4 کمتر نشد. با وجود افزایش تعداد اشرشیاکلی در محیط کشت حاوی نیسین، تعداد آن در پنیر به‏ علت اثر هم‏افزایی نیسین و دیگر متابولیت‏‏های تولیدی توسط لاکتوکوکوس لاکتیس و دیگر سوی‏‏‏های مایه پنیر نه تنها افزایش نیافت بلکه رو به کاهش نهاد . بحث و نتیجه ‏ گیری: نتایج نشان داد که در محیط کشت و پنیر فتا تعداد لیستریا منوسیتوژنز در ابتدای فاز لگاریتمی توسط لاکتوکوکوس لاکتیس کاهش و استافیلوکوکوس اورئوس با وجود حساسیت کمتر به نیسین نیز مهار شد. تعداد اشرشیا کلی با وجود مقاومت به نیسین در کشت توام افزایش نیافت وحتی روندی کاهشی نشان داد. این پژوهش نشان داد که استفاده از لاکتوکوکوس لاکتیس به همراه سویه‏های آغازگر اثر مهار کنندگی بهتری از نیسین بر رشد و کنترل آلودگی باکتری‏های بیماری‏زا دارد. استفاده از لاکتوکوکوس لاکتیس به عنوان کشت همراه با سویه‏های مایه در افزایش کیفیت محصول موثر و مانع رشد باکتری‏‏های بیماری‏زای مهم می‏شود .

https://bjm.ui.ac.ir/article_19543_60bbd3168dc1c40feabc8521871bc5ba.pdf

دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 3 12 2015 01 21 Isolation and screening of native polyhydroxyalkanoate producing bacteria from oil contaminated soils of Abadan refinery غربال‏گری و جداسازی باکتری‏‏ های بومی تولید کننده پلیمر پلی‏ هیدروکسی ‏آلکانوآت از خاک‏ های آلوده به نفت پالایشگاه آبادان 93 104 19551 FA حسین معتمدی دانشیار میکروبیولوژی، دانشگاه شهید چمران اهواز، ایران. محمد رعایایی اردکانی استاد میکروبیولوژی، دانشگاه شهید چمران اهواز، ایران. نسیم مایلی کارشناس ارشد میکروبیولوژی، دانشگاه شهید چمران اهواز، ایران. Journal Article 2016 06 14 Introduction: Environmental contaminations due to petrochemical plastic usage have forced researchers to search new biological methods for biodegradable polymer production. The aim of this study was to find native PHA producing bacteria from Abadan oil refinery in order to be used in biodegradable polymer production studies. Materials and methods: For this purpose soil samples were harvested from oil sludge contaminated soil of Abadan refinery. After primary enrichment, screening of PHA producing bacteria was done by PHA- Detection agar and was confirmed by Sudan black and Nile Blue A staining methods. These isolates were identified based on phenotypic methods and sequencing of 16s rRNA. Polymer extraction was performed and optimized using different concentrations of HClO and SDS. Results: As a result of this study 26 different bacterial isolates were obtained from which 17 isolates were PHA producer with different potentiality. Based on the polymer accumulation 4 isolates were selected for further studies. The efficiency of PHA production in these isolates was 75.53±5.08, 82±19.05, 81.06±6.92 and 79.86±11.84%. Based on sequence analysis in NCBI database, these isolates were identified as Bacillus cereus. Discussion and conclusion: With respect to the results of this study it can be suggested that oil contaminated soils due to high C/N and C/P ratios and also different carbohydrate contents are suitable candidates for PHA producer bacteria isolation. So the native strains in such habitats with high carbon content can be optimized for industrial polymer production. مقدمه: افزایش آلودگی محیط زیست ب ه واسطه‏ مصرف پلاستیک‏های سنتزی موجب گرایش به سمت روش‏های نوین بیوتکنولوژی برای تولید پلیمرهای تجزیه‏پذیر شده است. بنابراین، تحقیق حاضر با هدف یافتن باکتری‏های بومی تولید کننده PHA به منظور استفاده از آن‏ها در تولید پلیمرهای زیست تخریب پذیر انجام شد. مواد و روش ‏‏ ها: نمونه خاک آلوده به پسماندهای نفتی جمع‏آوری و پس از غنی سازی اولیه، غربال‏گری باکتری‏های تولید کننده پلیمر پلی‏هیدروکسی‏آلکانوآت در محیط PHA Detection Agar انجام و با رنگ‏آمیزی سودان سیاه و Nile Blue A تایید شد. جدایه‏ها با استفاده از روش‏های فنوتیپی و تعیین توالی 16S rRNA تعیین هویت شدند. استخراج و تعیین بازده تولید پلیمر با استفاده از غلظت‏های مختلف هیپوکلریت سدیم و SDS انجام شد . نتایج: از 26 جدایه مختلف، 17 جدایه دارای توانایی تولید پلیمر به میزان‏های متفاوت بودند که با توجه به میزان تجمع پلیمر درون سلول باکتریایی، 4 جدایه به منظور مطالعات بیشتر انتخاب شدند. بیش‏ترین درصد بازده جدایه ‏های منتخب 08/5 ± 53/75، 05/19 ± 82، 92/6 ± 06/81 و 84/11 ± 86/79 درصد محاسبه شد. در تعیین هویت مشخص شد که تمامی جدایه‏ها به گونه باسیلوس سرئوس تعلق دارند. در واقع بیوتیپ‏های مختلف این گونه در خاک‏های آلوده به نفت توان متفاوتی در تولید پلیمر نشان دادند. بحث و نتیجه ‏ گیری: با توجه به یافته‏های این تحقیق می‏توان بیان کرد که خاک‏های آلوده به ترکیبات نفتی به علت این‏که مقدار کربن بسیار بالاتری نسبت به نیتروژن و فسفر دارند و ترکیبات هیدروکربنی متفاوت طی زمان طولانی در این مناطق انباشته شده‏اند، محل‏های مناسبی برای جداسازی سویه‏های موثر در تولید پلیمر پلی‏هیدروکسی‏آلکانوآت هستند. به این ترتیب می‏توان سویه‏های سازش یافته با محیط با منبع کربن بالا را با بهینه‏سازی شرایط تولید در جهت تولید صنعتی این پلیمر به‏کار برد.

https://bjm.ui.ac.ir/article_19551_774d87d920e197b2a5d27ac09dab4652.pdf