دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 3 9 2014 05 22 Allele Specific-PCR method for rapid detection of gyrA gene mutaions in clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis تشخیص مقاومت به افلوکساسین با روش مولکولی سریع Allele Specific PCR ‏در مایکوباکتریوم توبرکلوزیس 21 34 19509 FA وحیده وحیدی دانشجوی کارشناسی ارشد میکروبیولوژی، ‏‏‏‏دانشگاه آزاد اسلامی، واحد قم، گروه میکروبیولوژی، قم، ‏ایران محمدرضا ذوالفقاری استادیار میکروبیولوژی، ‏‏دانشگاه آزاد اسلامی، واحد قم، گروه میکروبیولوژی، قم، ‏ایران اعظم احمدی دانشجوی دکتری تخصصی ژنتیک مولکولی، دانشگاه تربیت مدرس و مرکز تحقیقات سل و عفونی کودکان، علوم پزشکی اراک،ایران مانا شجاع پور دانشجوی دکتری تخصصی پزشکی مولکولی، مرکز تحقیقات پزشکی و مولکولی، دانشگاه علوم پزشکی اراک، ایران سید رضا مودب استادیار ‏مرکز تحقیقات سل و ریه، دانشگاه علوم پزشکی تبریز، ایران محمد ارجمندزادگان استادیار باکتری شناسی پزشکی، مرکز تحقیقات سل و عفونی کودکان، دانشگاه علوم پزشکی اراک، ایران Journal Article 2016 06 14   Introduction : Resistance to Fluroquinolones drugs are increasingly expanded. A molecular method was designed and compared for rapid detection of resistance to ofloxacin in clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis .   Materials and method s: From 136 M. tuberculosis clinical isolates, 41 strains were used for comparison of detection of mutations associated with resistance in gyrA gene by Allele Specific-PCR (AS PCR) . Specific i nternal primers were designed for detecting any changes in 90, 91 and 94 codons. Sequencing method was accomplished for evaluation of the results as gold standard .   Results : AS-PCR method could detect mutations by formation or not formation of internal bounds and had good performance. Totally, from 37 strains phenotypically resistant to ofloxacine 32 strains were mutant and 5 strains were non mutant that have Sensitivity and specificity, 86/11% and 100%, respectively. Sequence results were concordant by results molecular methods .   Discussion and conclusion : Results of the study showed that AS-PCR method could be used as a routine test for fast detection of resistance to fluroquinolones in M. tuberculosis .     مقدمه : مقاومت به فلوروکینولون‏ها در بیماری سل رو به گسترش است. ‏تشخیص مقاومت به روش کشت خلط دو ماه به طول می‏انجامد. ‏مطالعه حاضر، به منظور طراحی روشی برای تشخیص سریع مقاومت سویه ‏ها ی کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس به افلوکساسین انجام شد.   مواد و روش‏‏ها: در این مطالعه، ‏ DNA ‏های استخراج شده از 41 سویه کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس ‏حساس و مقاوم ‏به افلوکساسین موجود در بانک DNA مرکز تحقیقات سل و بیماری‏های عفونی با دو روش مولکولیآلل اسپسیفیک پی سی آر ( AS-PCR ) و تعیین ترادف (سکوئنس)، برای تعیین موتاسیون در منطقه مرتبط با مقاومت ژن gyrA با هم مقایسه شدند. ‏پرایمرهای داخلی برای تشخیص موتاسیون‏های مرتبط با مقاومت طراحی و شرایط ‏ PCR ‏تعیین شد‏. ‏قطعه مورد نظر درتعدادی از نمونه‏ها تعیین ترادف شده و به‏عنوان استاندارد طلایی با روش‏های ارائه شده مقایسه شد.   نتایج: روش AS-PCR ‏به خوبی قادر به تشخیص موتاسیون با تشکیل یا عدم تشکیل باند داخلی شد‏ که نشان دهنده طراحی صحیح پرایمرها بود. ‏روش AS-PCR اجرا و با توجه به نتایج بسیار خوب به عنوان روش عادی استفاده شد. ‏در مجموع، ‏از 41 سویه کلونیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس مطالعه شده، ‏37 سویه از نظر فنوتیپی (‏به روش کشت proportion ) مقاوم به افلوکساسین و 4 سویه حساس به این دارو بودند. ‏از 37 سویه مقاوم از نظر فنوتیپی، 32سویه با روش AS-PCR مقاوم به افلوکساسین و 5 نمونه حساس تعیین شدند. ‏نتایج تعیین ترادف، ‏با نتایج روش‏های استفاده شده انطباق داشت. ‏حساسیت و ویژگی روش به ترتیب ‏معادل ‏11/86 درصد و 100 درصد به دست آمد.   بحث و نتیجه‏گیری: نتایج مطالعه حاضر نشان می‏دهد که روش AS-PCR طراحی شده می‏تواند به عنوان یک روش ساده و سریع برای تعیین حساسیت و مقاومت به افلوکساسین در سویه‏های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس استفاده شود. ‏این روش تا کنون در منابع علمی گزارش نشده است. https://bjm.ui.ac.ir/article_19509_734114f1f14525bf7a42cf5aa260cd1b.pdf