دانشگاه اصفهان زیست شناسی میکروبی 3060-7647 1 2 2012 08 22 Biodiversity of moderately halophilic and halotolerant bacteria in the western coastal line of Urmia lake تنوع زیستی باکتری های نمک دوست و تحمل کننده نمک سواحل غربی دریاچه ارومیه 49 70 19460 FA ملیحه مهرشاد دانشجوی دکتری میکروبیولوژی، دانشگاه تهران، ایران محمد علی آموزگار دانشیار میکروبیولوژی، دانشگاه تهران، ایران باقر یخچالی دانشیار میکروبیولوژی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران ابوالحسن شهزاده فاضلی مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی، تهرااستادیار ژنتیک مولکولی، مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی، تهران، ایرانن، ایران Journal Article 2016 06 14   Introduction: Urmia Lake, located in the northwest of Iran, is the largest permanent lake in Iran and one of the three permanent hypersaline lakes in the world. Microbial sampling from four western different regions of the lake was done and then, biodiversity of the samples were studied by culture dependent and culture independent methods.   Materials and Methods: In culture dependent methods, halophilic and halotolerant bacteria were isolated under aerobic condition on four growth media, MH, SWN, MHLN and SWNLN. Differentiation of bacterial isolates was performed based on colony features, Gram staining and primary biochemical tests. In culture independent method, environmental DNA from water and soil samples were extracted. After 16S rRNA PCR amplification 16S rRNA library was constructed and 20% of clones were sequenced.   Results: Within 217 purified isolates in culture dependent methods, 52 strains were selected for 16S rRNA gene sequencing and representatives of Halobacillus, Halomonas, Planococcus, Gracilibacillus, Bacillus, Pontibacillus, Paracoccus, Marinobacter, Providencia, Staphylococcus, Alkalibacterium, Sanguibacter, Lysobacter, Kocuria, Pontibacter, Salicola, Micrococcus, Oceanobacillus, Brevundimonas, Thalassobacillus, Microbacterium and Piscibacillus genera were identified. In culture independent method, selected clones belonged to Salinibacter ، Adhaeribacter and Cesiribacter genera.   Discussion and Conclusion : In culture dependent selected strains 18 strains showed less than 98.7% sequence similarity to the closest known strains and were representatives as new taxa of Urmia lake. In culture independent method selected clones belonged to Bacteroidetes category. Data obtained from this study were similar to other scientific reports from hypersaline lakes . مقدمه: دریاچه ارومیه واقع در شمال ‌غربی ایران بزرگ‏ترین دریاچه دائمی ایران و یکی از سه دریاچه شور دائمی در سطح جهان است. از چهار منطقه غربی این دریاچه نمونه‌برداری انجام شد و تنوع میکروارگانیسم‌ها با روش‌های مبتنی بر کشت و مستقل از کشت بررسی شد. مواد و روش‏‏ها: در روش مبتنی بر کشت، باکتری‏های هالوفیل و هالوتالرنت در شرایط هوازی در چهار محیط کشت‌ MH، SWN، SWNLN و MHLN جداسازی شدند. جدایه‌ها بر اساس تفاوت‌های کلونی، واکنش گرم، رنگ‌آمیزی اسپور و ویژگی‌های بیوشیمیایی اولیه تفکیک شدند. محتوای ژنومی نمونه‌های محیطی آب و خاک برای بررسی‌های مستقل از کشت استخراج شد. با استفاده از تکثیر S rRNA16 و کلونینگ کتابخانه ژن S rRNA16 تهیه و 20 درصد کلون‌های نوترکیب حاصل تعیین ترادف شدند. نتایج: از بین 217 جدایه حاصل در روش مبتنی بر کشت ژن S rRNA16 برای 52 سویه ترادف‌یابی شد که از نظر فیلوژنتیک در جنس‌های Halobacillus، Halomonas، Planococcus، Gracilibacillus، Bacillus، Pontibacillus، Paracoccus، Marinobacter، Providencia، Staphylococcus، Alkalibacterium، Sanguibacter، Lysobacter، Kocuria، Pontibacter، Salicola، Micrococcus، Oceanobacillus، Brevundimonas، Thalassobacillus، Microbacterium و Piscibacillus قرارگرفتند. در روش مستقل از کشت کلون‌های بررسی شده در جنس‌های Salinibacter، Adhaeribacter و Cesiribacter قرار‌گرفتند. بحث و نتیجه‏گیری: در روش مبتنی بر کشت بین جدایه های تعیین توالی شده 18 جدایه شباهت کمتر از 7/98 درصد با سویه استاندارد نشان دادند که محدوده مرزی برای ارائه گونه جدید میکروبی بومی است. در روش مستقل از کشت کلون‌های بررسی شده در گروه Bacteroidetes قرار‌گرفتند. که مشابه با سایر گزارش‌های موجود در مورد محیط‌های پر شور بررسی شده است. https://bjm.ui.ac.ir/article_19460_2eda3df6d7ad9ae3f2d3c1302711a42b.pdf