زیست شناسی میکروارگانیسم ها - مقالات آماده انتشار

شناسایی گونه‌های Chaetomium و Amesia همراه بیماری‌های مختلف در گیاهان زینتی علفی اهواز

ریحانه لرکی؛ مهدی مهرابی کوشکی؛ رضا فرخی نژاد

دوره 8، شماره 31 ، مهر 1398، ، صفحه 33-50

https://doi.org/10.22108/bjm.2019.117357.1205

چکیده

مقدمه: گیاهان زینتی آهار (Zinnia elegans)، اختر (Canna sp.)، اطلسی (Petunia hybrida)، کمپکت (Dracaena Compacta)، کوکب (Dahlia sp.)، گازانیا (Gazania sp.)، گل جعفری (Tagetes sp.)، گلناز (Portulaca grandiflora) و لادن (Tropaeolum majus) از گیاهان زینتی در شهر اهواز میباشند. ... بیشتر مقدمه: گیاهان زینتی آهار (Zinnia elegans)، اختر (Canna sp.)، اطلسی (Petunia hybrida)، کمپکت (Dracaena Compacta)، کوکب (Dahlia sp.)، گازانیا (Gazania sp.)، گل جعفری (Tagetes sp.)، گلناز (Portulaca grandiflora) و لادن (Tropaeolum majus) از گیاهان زینتی در شهر اهواز میباشند. شناسایی قارچ‌های همراه این گیاهان به بهبود مدیریت پرورش آن‌ها در آینده کمک خواهد کرد. اعضای جنس‌های Amesia و Chaetomium عموما در خاک، آب، گیاهان، حیوانات و انسان یافت شده‌اند. در این مطالعه، 12 جدایه‌ از جنس‌های Chaetomium و Amesia، جداسازی شده از گیاهان زینتی علفی، بر اساس ریخت‌شناسی و تجزیه و تحلیل تبارشناسی شناسایی شدند. مواد و روش‏ها: در طول سال‌های 97-1396، 40 نمونه‌ از گیاهان فوق با علایم پوسیدگی ریشه، شانکر ساقه و لکه‌برگی جمع‌آوری و قارچ‌های همراه این علایم جداسازی شد. در بین آن‌ها، 12 جدایه‌ از خانواده Chaetomiaceae بدست آمد که مشخصات ریخت‌شناسی و مولکولی آن‌ها مورد بررسی قرار گرفت. جدایه‏های قارچی در محیط‌ کشت سیبزمینی- دکستروز - بروث (PDB) رشد یافته و زیست‏توده میسیلیومی آن‌ها، پس از عبور از کاغذ سترون جمع‌آوری و سپس خشک - انجمادی گردید. نواحی ITS و بخش‌هایی از ژن‌های 28S-D1/D2 (برای چهار جدایه‌) و tub2 (برای نه جدایه) با استفاده از آغازگرهای مناسب تکثیر و توالی‌یابی شدند. نتایج: جدایه‌های تحت مطالعه با سویه‌های شناخته‌شده، با استفاده از الگوریتم جستجوی بلاست و تجزیه و تحلیل تبارشناسی مبتنی بر ناحیه‌های ITS، 28S و tub2، مقایسه شدند. بر این اساس، گونه‌های Chaetomium olivaceum، C. ascotrichoides ،C. globosum ، C. rectangulare و Amesia atrobrunnea شناسایی گردیدند. مشخصات ریخت‌شناسی این جدایه‌ها با سویه‌های تایپ هر گونه انطباق داشت. بحث و نتیجه‏گیری: بر اساس دانش ما، این اولین گزارش گونه‌ی C. ascotrichoides در ایران و همراهی C. rectangulare روی کمپکت،C. globosum روی آهار و اختر، C. ascotrichoides روی اطلسی وC. olivaceum روی آهار، لادن و جعفری در جهان می‌باشد.

جداسازی و شناسایی اکتینوباکترهای تولیدکنندة آنتی‌بیوتیک از ساحل خلیج فارس

سمیه سوری؛ محمد رعایایی؛ شهلا احمدی؛ غلامرضا قزلباش

دوره 11، شماره 42 ، تیر 1401، ، صفحه 33-50

https://doi.org/10.22108/bjm.2021.128467.1385

چکیده

مقدمه: اکتینومیست‌ها باکتری‌های رشته‌ای و گرم مثبت هستند که به‌صورت آزاد یا ساپروفیت و گاه همزیست با گیاهان دیده می‌شوند. این باکتری‌ها را می‌توان از همه اکوسیستم‌ها ازجمله خاک، آب، رسوبات دریایی ... بیشتر مقدمه: اکتینومیست‌ها باکتری‌های رشته‌ای و گرم مثبت هستند که به‌صورت آزاد یا ساپروفیت و گاه همزیست با گیاهان دیده می‌شوند. این باکتری‌ها را می‌توان از همه اکوسیستم‌ها ازجمله خاک، آب، رسوبات دریایی به‌ویژه آب‌های گرم جداسازی کرد. اکتینوباکتری‌های دریایی به‌عنوان تولیدکنندة طیف وسیعی از متابولیت‌های ثانویه شناخته شده‌اند. درواقع هر سویه از اکتینوباکتری‌ها به احتمال زیاد ظرفیت ژنتیکی برای تولید 10 تا 20 متابولیت ثانویه را دارد. حدود 23000 نوع آنتی‌بیوتیک از میکروارگانیسم‌ها کشف شده است که طبق برآوردها حدود 10000 نوع از آنها از اکتینوباکتری‌ها جدا شده‌اند. متابولیت‌های ثانویه تولیدشده توسط اکتینوباکتری‌های دریایی، طیف گسترده‌ای از فعالیت‌های زیستی مانند ضدباکتری، ضدقارچ، ضدسرطان، سمیت سلولی، سیتواستاتیک، ضدعفونی، ضدانگل، ضدمالاریا، ضدویروسی، آنتی‌اکسیدان و ضدرگ‌زایی و غیره دارند.مواد و روش‏‏ها: در این پژوهش برای جداسازی اکتینوباکتری‌ها، نمونه‌های آب و رسوب از خلیج فارس در محل ایستگاه انرژی اتمی بندر بوشهر جمع‌آوری شدند. برای کشت این نمونه‌ها از 7 نوع محیط کشت استفاده شد. برای تعیین هویت جدایه‌های به‌دست‌آمده، ویژگی‌های ریخت‌شناسی، تست‌های بیوشیمیایی و مطالعات مولکولی بررسی شدند.نتایج: 24 جدایة اکتینوباکتر از نمونه‌های آب و رسوب سواحل خلیج فارس جدا شدند که 18 جدایه فعالیت ضدباکتریایی داشتند؛ بنابراین، 75 درصد جدایه‌ها مولد آنتی‌بیوتیک بودند. 95 درصد مواد به‌دست‌آمده از این 18 سویه، اثر ضدباکتریایی علیه باکتری‌های گرم مثبت و 60 درصد علیه باکتری‌های گرم منفی داشتند. 60 درصد از این مواد علیه هر دو گروه باکتری مؤثر بودند.بحث و نتیجه‏گیری: نتایج نشان دادند هرکدام از 18 نوع ماده ضدباکتری جداشده از 18 سویة مختلف، حداقل علیه یک باکتری بیماری‌زا مؤثر هستند که این نشان‌دهندة توانایی بالقوه این منبع برای مطالعه در زمینة دستیابی به آنتی‌بیوتیک‌های جدید است.

ردیابی ژن بتالاکتاماز در باکتری‌های جداشده از خاک‌های کشاورزی، چراگاه و معدن پیرامون معادن استان همدان، ایران

نیره یونسی؛ علی اکبر صفری سنجانی؛ غلام خداکرمیان

دوره 6، شماره 23 ، مهر 1396، ، صفحه 35-48

https://doi.org/10.22108/bjm.2017.21660

چکیده

مقدمه: فعالیت‌های کشاورزی یکی از راه‌های افزایش و پراکنش مقاومت پادزیستی در باکتری‌های بیماری‌زای انسانی هستند. از آنجا که پادزیست‌های گروه بتالاکتام بیشترین درصد پادزیست‌های استفاده‌شده در اکثر ... بیشتر مقدمه: فعالیت‌های کشاورزی یکی از راه‌های افزایش و پراکنش مقاومت پادزیستی در باکتری‌های بیماری‌زای انسانی هستند. از آنجا که پادزیست‌های گروه بتالاکتام بیشترین درصد پادزیست‌های استفاده‌شده در اکثر کشورها هستند، سنجش فراوانی ژن‌های بتالاکتاماز یکی از ملاک‌های بررسی گسترش مقاومت پادزیستی باکتری‌ها است. بنابراین در پژوهش حاضر، فراوانی باکتری‌های کشت‌پذیر دارای ژن bla-TEMدر خاک‌های با کاربری گوناگون آزمون شد. مواد و روش‏‏ها: تعداد 44 باکتری گرم مثبت و 34 باکتری گرم منفی از خاک‌های کشاورزی، چراگاه و معدن روی کشتگاه آگار مغذی جدا و برای ردیابی ژن bla-TEM با PCR بررسی شدند. سپس، توان مقاومت باکتری‌‌های bla+ به پادزیست‌ها با روش پخشیدگی دیسک با 7 دیسک آموکسی‌سیلین، آمپی‌سیلین، استرپتومایسین، ونکومایسین، تتراسایکلین، داکسی‌سایکلین و جنتامایسین بررسی شد. در پایان، 5 جدایه bla+ شناسایی شدند که به بیش از یک پادزیست مقاوم بودند. ‏‏ نتایج: بیشترین فراوانی ژن‌های بتالاکتاماز در باکتری‌های گرم منفی و گرم مثبت چراگاه‌ها دیده شد. در کاربری‌های کشاورزی و معدن نیز درصد زیادی جدایه bla+ یافت شد که بسیاری از آنها از دید فنوتیپی نیز به آموکسی‌سیلین و آمپی‌سیلین مقاوم بودند. تعداد 5 جدایه دارای ژن بتالاکتاماز با مقاومت چندگانه به پادزیست‌ها شناسایی شدند که باکتری‌های جنس آمینوباکتر، اکروموباکتر، باسیلوس، بروی‌باسیلوس و برووندیموناس بودند. بحث و نتیجه‏گیری: زیادبودن شمار باکتری‌های دارای ژن‌های بتالاکتاماز در همه کاربری‌ها ممکن است به ‌دلیل کارکردهای دیگر این ژن‌ها مانند دفع ترکیبات سمی نظیر فلزهای سنگین از زیستگاه آلوده باشد. حساسیت فنوتیپی برخی جدایه‌ها که ژن‌های مقاومت به آموکسی‌سیلین کلاولانیک‌اسید در آنها شناسایی شد، به درجه‌های گوناگون مقاومت ژن‌ها در برابر پادزیست‌ها وابسته است. برخی باکتری‌های شناسایی‌شده از جنس‌های بیماری‌زا بودند و وجود این باکتری‌ها در خاک‌ها و سرایت آنها به گیاه موجب آسیب به سلامت گیاه می‌شود. همچنین فراوانی باکتری‌های دارای ژن‌های بتالاکتاماز در خاک‌های کشاوررزی، ناکارامدی روزافزون پادزیست‌های بتالاکتام را نشان داد.

جداسازی، شناسایی و تعیین خصوصیت پروتئاز مقاوم به حلال آلی در Bacillus sp. DAF-01

ارسطو بدویی دلفارد؛ مصطفی امیری بهرامی؛ علی ریاحی مدوار؛ زهرا کرمی؛ محمد علی ابراهیمی

دوره 1، شماره 2 ، شهریور 1391، ، صفحه 37-48

چکیده

مقدمه: باکتری‏های مقاوم به حلال جزو گروه کمابیش جدیدی از باکتری‏های اکسترموفیل هستند که توانایی تولید پروتئازهایی مقاوم به حلال آلی را با کاربرد استفاده در بیوتکنولوژی صنعتی، برای تولید ترکیبات ... بیشتر مقدمه: باکتری‏های مقاوم به حلال جزو گروه کمابیش جدیدی از باکتری‏های اکسترموفیل هستند که توانایی تولید پروتئازهایی مقاوم به حلال آلی را با کاربرد استفاده در بیوتکنولوژی صنعتی، برای تولید ترکیبات با ارزش دارند. از این رو، یافتن این باکتری‏ها به تازگی مورد توجه ویژه محققان قرار گرفته است. مواد و روش‏‏ها: در این تحقیق، از چشمه آب گرم گور، واقع در شهرستان جیرفت، نمونه برداری شد. نمونه‏ها در محیط حاوی سیکلوهگزان و تولوئن به مدت سه روز کشت داده شدند. غربال‏گری باکتری‏های مولد پروتئاز روی محیط جامد اختصاصی SKM ‏(Skim milk agar) بر اساس قطر هاله، انجام شد. بهترین گونه باکتریایی توسط روش S rDNA16 شناسایی و میزان فعالیت پروتئازی در دماهای مختلف، اسیدیته و حلال‏های آلی بررسی شد. نتایج: نتایج حاصل از تطبیق ‏توالی و درخت فیلوژنتیکی نشان دادند که گونه فوق، 97 درصد به گونه Bacillus niacini شباهت دارد. مطالعات آنزیمی نشان داد که این آنزیم در گستره دمایی20 تا90 درجه سانتی‏گراد فعالیت پروتئازی دارد که بیشترین آن در دمای 60 درجه سانتی‏گراد گزارش می‏شود. علاوه بر این، بیشترین فعالیت پروتئازی نیز در محدوده اسیدیته‏های 8 تا 9 و بیشترین پایداری در اسیدیته 9 گزارش می‏شود. بررسی فعالیت پروتئازی در حضور حلال‏های آلی متانول، تولوئن، DMF، ایزوپروپانول و سیکلوهگزان نشان می‏دهد که میزان فعالیت آنزیمی باقی مانده نسبت به نمونه فاقد حلال آلی بیش از 80 درصد است. بحث و نتیجه‏گیری: قابلیت‏های گرما دوست بودن، فعالیت در اسیدیته‏های قلیایی و پایداری در حضور حلال‏های آلی این پروتئاز اهمیت درخور توجهی برای استفاده در صنایع مختلف را دارد.

بررسی فعالیت ACC دآمیناز در ریزوباکتری‏های جدا شده از خاک‏های مناطق شمال کشور

زینب سادات متشرعی؛ هاجر محمودی؛ پرویز اولیاء؛ حسن سلیمی

دوره 3، شماره 11 ، آبان 1393، ، صفحه 37-46

چکیده

مقدمه: باکتری‏های ریزوسفری محرک رشد گیاه که حاوی آنزیمِ (1- آمینـو سـیکلوپروپان -1- کربوکـسیلیک اسید) دآمیناز هستند، می‏توانند برای بهبود رشد گیاهان به‏ویژه تحت شرایط تنش محیطی کاربرد داشته باشند. ... بیشتر مقدمه: باکتری‏های ریزوسفری محرک رشد گیاه که حاوی آنزیمِ (1- آمینـو سـیکلوپروپان -1- کربوکـسیلیک اسید) دآمیناز هستند، می‏توانند برای بهبود رشد گیاهان به‏ویژه تحت شرایط تنش محیطی کاربرد داشته باشند. این تحقیق با هدف بررسی توان سویه‏های بومی در تولید آنزیم ACCدآمیناز انجام گرفت‏‏. مواد و روش‏‏ها: از 8 نمونه خاک ریزوسفری و غیر‏ریزوسفری، کشت به روش تهیه رقت‌های متوالی در محیط‏های اختصاصی تهیه شد. به منظور آزمون نیمه کمی توان تولید ACCدآمیناز در جدایه‏های به‏دست آمده، قطر کلونی‏ها در پلیت به روش لکه‏گذاری پس از مایه‏کوبی و گرماگذاری در روزهای 1، 2 و 5 ارزیابی شد. توانایی تولید آنزیم ACCدآمیناز در سویه‏های منتخب، با استفاده از تراکم نوری رشد در طول موج 504 نانومتر در محیط‏های مناسب ارزیابی شد. میزان فعالیت آنزیمACC‏ دآمیناز با تعیین غلظت آلفا کتوبوتیرات آزاد شده برای سویه‏های منتخب انجام گرفت. آزمون‌های بیوشیمیایی و میکروبیولوژیک برای شناسایی تمامی سویه‏های منتخب انجام شد. در نهایت، شناسایی سویه منتخب که دارای بیش‏ترین میزان فعالیت آنزیم بود، با تکثیر و تعیین توالی ژن 16S rRNAانجام گرفت. نتایج: تعداد 445 جدایه، خالص شد و با آزمون نیمه کمی توان تولید ACC‏دآمیناز، تعداد 17سویه انتخاب شد. بر اساس توانایی جدایه‏ها در تولید آنزیم، 9 سویه انتخاب شد و نتایج شناسایی مقدماتی نشان داد که سویه‌های منتخب به جنس‏های Pseudomonas، Bacillusو گروهActinomycetesمتعلق هستند. بررسی میزان فعالیت آنزیم نشان داد که سویه 12 Kot با بیش‏ترین مقدار فعالیت آنزیم به میزان 4369/826 نانومول آلفا کتوبوتیرات/میلی‏گرم پروتئین/ ساعت، در گروه سودوموناس های فلورسنت و به گونه Pseudomonas brassicacearum متعلق هستند. بحث و نتیجه‏گیری: با توجه به فعالیت در خور توجه آنزیم ACCدآمیناز در این سویه بومی به‏دست آمده (4369/826 نانومول آلفا کتوبوتیرات/میلی‏گرم پروتئین/ ساعت) در مقایسه با سویه‏های مشابه، می‏توان با بهینه‏سازی شرایط تولید آنزیم و تهیه فرمولاسیون مایه تلقیح بر پایه باکتری محرک رشد گیاه به منظور استفاده در مزرعه بهره گرفت.

بهینه سازی تولید، خالص‏سازی و شناسایی پلی گالاکتوروناز از قارچ عامل بیماری ساق سیاه لوبیا

سعید امین زاده؛ ناصر فرخی

دوره 1، شماره 4 ، بهمن 1391، ، صفحه 21-34

چکیده

مقدمه: در این مطالعه، تولید یک پلی گالاکتوروناز از قارچ بومی عامل بیماری ساق سیاه لوبیا، فعال در اسیدیته 3 و مناسب برای استفاده در صنایع آب میوه‏گیری بررسی شد. اشکال مناسب کربن، نیتروژن و فسفر شناسایی ... بیشتر مقدمه: در این مطالعه، تولید یک پلی گالاکتوروناز از قارچ بومی عامل بیماری ساق سیاه لوبیا، فعال در اسیدیته 3 و مناسب برای استفاده در صنایع آب میوه‏گیری بررسی شد. اشکال مناسب کربن، نیتروژن و فسفر شناسایی و برای تولید بهینه آنزیم به کار گرفته شد . مواد و روش ‏‏ ها: قارچ عامل بیماری ساق سیاه لوبیا در محیط تولید کشت شد. سکروتوم قارچی جدا شد و از آن پلیگالاکتوروناز به کمک کروماتوگرافی ستونی به خلوص نسبی رسید. فعالیت بیوشیمیایی آنزیم و سکروتوم هر دو به روش کالریمتری تحلیل شد. تولید پلیگالاکتوروناز با تغییر در محتوی محیط کشت، اسیدیته و دما از طریق آزمایشات فاکتوریل ناقص موسوم به تاگوچی بهینه شد. سینتیک آنزیمی و پایداری دمایی و اسیدیته آزمایش شد . نتایج: گستره ای از قندها به غیر از گلوکز و کیتین تولید را افزایش دادند. سولفات آمونیوم و پپتون نشان دادند که منابع مناسب ازتی هستند. در بین منابع فسفاتی، دی پتاسیم هیدروژن فسفات بیش‏ترین تأثیر را نشان داد. تحلیل به کمک روش آرایههای متعامد تاگوچی نشان داد که اسیدیته، دما، آمونیوم سولفات و عناصر میکرو اثر معنی داری در تولید پلی گالاکتوروناز داشتند. به علاوه، مقایسات میانگین گویای این بود که حالت بهینه تولید در اسیدیته 6، دمای 35 درجه سانتی‏گراد، 2 گرم در لیتر آمونیوم سولفات و 2 میلی ‏ گرم در لیتر عناصر میکرو به دست آمد . بحث و نتیجه ‏ گیری: آنزیم خالص شده، وزن مولکولی برابر 70 کیلو دالتون داشت که بیش‏ترین فعالیت خود را در اسیدیته 3 و دمای 30 درجه سانتی ‏ گراد نشان می داد. در بین کاتیون های مورد آزمون، آهن دو ظرفیتی فعالیت آنزیم را تا 2 برابر افزایش داد ولی عصاره قارچی پاسخ متفاوتی نشان داد .

جداسازی و شناسایی مولکولی یک سویه جدید از Microbacterium resistens، قادر به تحمل شرایط سخت

محمود غلامی؛ زهرا اعتمادی فر

دوره 2، شماره 5 ، فروردین 1392، ، صفحه 27-42

چکیده

مقدمه: استفاده از باکتریهای مقاوم به اشعه، فرابنفش و دیگر شرایط سخت، برای پاک‏سازی زیستی و بازیابی فلزات موجود در زبالههای محیطی و صنعتی به خاطر توانایی بقا و کاتالیز عملکردی مطلوب تحت شرایط استرس ... بیشتر مقدمه: استفاده از باکتریهای مقاوم به اشعه، فرابنفش و دیگر شرایط سخت، برای پاک‏سازی زیستی و بازیابی فلزات موجود در زبالههای محیطی و صنعتی به خاطر توانایی بقا و کاتالیز عملکردی مطلوب تحت شرایط استرس بالای اشعه بسیار حائز اهمیت است. مواد و روش‏‏ها: پس از غربال‏گری اولیه و ثانویه به‏وسیله تابش اشعه با لامپ UV، یک جدایه به‏دست آمد که براساس ویژگیهای ریخت‏شناسی و بیوشیمیایی، تعیین توالی ژن S rRNA16 و تحلیل فیلوژنتیک، شناسایی شد. به منظور مطالعه ویژگی‏های مقاومت جدایه فوق، سویه در معرض برخی شرایط سخت از قبیل اشعه فرابنفش (25 ژول)، خشکی (28 روز)، هیدروژن پراکسید (1 تا 5 درصد)، میتومایسین C (1 تا 8 میکروگرم)، غلظتهای مختلف نمک (5 تا 25 درصد) و مقادیر مختلف اسیدیته ‏(1تا 11) گذاشته و رشد یا بقای باکتری در محیط TGY به‏وسیله اسپکترومتری یا فلوسیتومتری ارزیابی شد. نتایج: جدایه MG6 باکتری میلهای گرم مثبت مقاوم به اشعه فرابنفش بود که توالی S rRNA16 آن 7/99 درصد ‏‏شباهت با Microbacterium resistens نشان داد. این شباهت با تحلیل فیلوژنتیک تائید شد. رشد بهینه سویه در اسیدیته 5 ‏و غلظت 5 درصد ‏‏کلریدسدیم دیده شد. همچنین به غلظت 1تا 4 درصد ‏‏ هیدروژنپراکسید و 2 میکروگرم میتومایسین C مقاومت نشان داد. تحلیل میزان بقا نشان داد که این سویه در مقایسه با Deinococcus radioduransR1 مقاومت بالایی در برابر اشعه فرابنفش، ولی در برابر خشکی مقاومت متوسطی دارد. بحث و نتیجه‏گیری: در این تحقیق، سویه جدیدی از M. resistensجداسازی شد که مقاوم به اشعه UV بود و تحمل برخی شرایط سخت مثل اسیدیته، عوامل اکسیدان و موتاژن، شوری و خشکی را نیز نشان داد. مقاومت سویه MG6 به اشعه UV قابل مقایسه با سویه مقاوم به اشعه D. radioduransR1 بود. تحقیق حاضر اولین گزارش درباره مقاومت به شرایط سخت سویه جدید M. resistens در ایران میباشد.

تجزیه زیستی ارگانوفسفره‌های دیازینون و کلروپیروفوس به وسیله دو باکتری جداسازی شده از خاک‌های آلوده کشاورزی

فاطمه امانی؛ علی‌اکبر صفری‌سنجانی؛ فیرروز ابراهیمی؛ شهرام نظریان

دوره 7، شماره 28 ، دی 1397، ، صفحه 27-39

https://doi.org/10.22108/bjm.2017.105946.1079

چکیده

مقدمه: حشره کش های ارگانوفسفره نظیر کلروپیروفوس و دیازینون به طور گسترده ای برای کنترل حشرات خانگی، کشاورزی و امور دامپزشکی به کار می رود. این ترکیبات یک تهدید برای سلامتی عمومی و محیط زیست به شمار می ... بیشتر مقدمه: حشره کش های ارگانوفسفره نظیر کلروپیروفوس و دیازینون به طور گسترده ای برای کنترل حشرات خانگی، کشاورزی و امور دامپزشکی به کار می رود. این ترکیبات یک تهدید برای سلامتی عمومی و محیط زیست به شمار می روند. از طرف دیگر نرخ تجزیه پایینی دارند و بنابراین می توانند برای مدت طولانی در خاک باقی بمانند. یکی از مهمترین فاکتور هایی که سرنوشت آفت کش های ارگانوفسفره را در خاک و آب تعیین می کند تجزیه زیستی است. مواد و روش‏‏ها: دو باکتری تجزیه کننده دیازینون و کلروپیروفوس از خاک های آلوده به آفت کش ها جدا سازی شد. گونه های باکتریهای جدا شده با استفاده 16S RNA ریبوزومی و آنالیز متیله کردن اسید های چرب شناسایی شدند. نتایج: همبستگی مثبتی بین رشد میکروبی و تجزیه دو ارگانوفسفات مشاهده شد. به طور متوسط گونه باکتری 1 و 2 به ترتیب 27/88 و 45/82 درصد از غلظت اولیه دیازینون و 07/81 و 35/88 درصد از غلظت ابتدایی کلروپیروفوس را در محیط کشت نمکی در طول 20 روز گرما گرماگذاری تجزیه کردند. گونه های باکتریهای جداسازی شده با عنوانAcinetobacter وPseudomonasspشناسایی شدند. بالاترین میزان تجزیه دیازینون توسط باکتری Acinetobacter و بالاترین مقدار تجزیه کلروپیروفوس توسط Pseudomonas در محیط های کشت نمکی مشاهده شد. بحث و نتیجه‏گیری: جدایه های خالص باکتری ها از این دو سم به عنوان منبع کربن استفاده کردند. این باکتری ها بیشتر ترکیبات سمی را در طول 20 روز تجزیه کردند. بنابراین باکتری های جداسازی شده پتانسیل زیست پالایی را در خاک های آلوده به دیازینون و کلروپیروفوس دارند.

پاسخ اسپیرولینا پلاتنسیس به رشد در سطوح افزایش یافته دی‏اکسید‏کربن و گاز خروجی

سید مهدی حسینی؛ عباس المدرس؛ سعید افشار زاده؛ محمد صادق حاتمی پور؛ فاطمه منتظری

دوره 2، شماره 8 ، بهمن 1392، ، صفحه 29-36

چکیده

مقدمه: میکروارگانیسم‏های فتوسنتز کننده به دلیل توانایی‏شان در به دام انداختن دی اکسید کربن، پتانسیل خوبی در تثبیت دی اکسید کربن حاصل از منابع مختلف، از جمله گاز خروجی کارخانه‏های صنعتی، به ... بیشتر مقدمه: میکروارگانیسم‏های فتوسنتز کننده به دلیل توانایی‏شان در به دام انداختن دی اکسید کربن، پتانسیل خوبی در تثبیت دی اکسید کربن حاصل از منابع مختلف، از جمله گاز خروجی کارخانه‏های صنعتی، به عنوان منبع کربن دارند. در سال‏های اخیر با افزایش روز افزون گازهای گلخانه ای به ویژه دی اکسید کربن تلاش‏های زیادی برای بررسی امکان کاهش تولید دی اکسید کربن از کارخانجات صنعتی با استفاده از میکروارگانیسم‏ها انجام شده است . مواد و روش ‏‏ ها: به منظور دستیابی به این هدف، پاسخ رشد سیانوباکتری اسپیرولینا تحت تیمار با غلظت‏های مختلف دی اکسید کربن (036/0 تا 10 درصد) و نیز گاز خروجی از دودکش در مقیاس آزمایشگاهی مطالعه شد. برای ایجاد مقادیر مورد نظر دی اکسید کربن از کمپرسور هوا و کپسول دی اکسید کربن استفاده شد . نتایج: بالاترین غلظت تولید بیومس در غلظت 8 درصد گزارش شد. همچنین، رشد این سیانوباکتری تحت تیمار با گاز خروجی از دودکش نیز مشاهده شد، اگرچه میزان تولید بیومس در این تیمار تا حدی کاهش یافت. شایان ذکر است محتوی لیپید تام آن با افزایش غلظت دی اکسید کربن از میزان موجود در جو تا 4 و6 درصد به ترتیب 5/14، 8/15 و 16 درصد وزن خشک محاسبه شد. در مقابل محتوی پروتئین تام آن با وجودی که مقدار قابل توجهی به دست آمد، حدود 46 درصد وزن خشک، ولی در تیمارهای مختلف تغییر قابل ملاحظه‌ای مشاهده نشد . بحث و نتیجه ‏ گیری: هدف از انجام این مطالعه، بررسی امکان رشد این میکروارگانیسم با استفاده از دیاکسید کربن موجود در گاز خروجی کارخانجات صنعتی بود و نتایج بدست آمده از آن نشان داد که ارگانیسم تحت بررسی پتانسیل خوبی برای تثبیت زیستی دی اکسید کربن از منابع مختلف، به ویژه گاز حاصل از احتراق، داشته و نیز به واسطه محتوی پروتئینی بالا به عنوان کاندید خوبی برای تولید پروتئین تک یاخته مطرح می‌باشد .

بهینه‏ سازی تولید آنزیم پکتیناز در قارچ آسپرژیلوس فومیگاتوس جداسازی شده از میوه ‏های در حال پوسیدن

اکرم سنگل؛ ماندانا بهبهانی

دوره 4، شماره 15 ، آذر 1394، ، صفحه 29-44

چکیده

مقدمه: آنزیم پکتیناز یکی از مهم‏ترین آنزیم‏های صنعتی جهان محسوب می‏‏شود که از طیف وسیعی از میکروارگانیسم‏ها مانند باکتری‏ها و قارچ‏های رشته‏ای تولید می‏‏شود. این آنزیم استفاده‏های ... بیشتر مقدمه: آنزیم پکتیناز یکی از مهم‏ترین آنزیم‏های صنعتی جهان محسوب می‏‏شود که از طیف وسیعی از میکروارگانیسم‏ها مانند باکتری‏ها و قارچ‏های رشته‏ای تولید می‏‏شود. این آنزیم استفاده‏های زیادی در صنایع آبمیوه‏سازی، نساجی، روغن‏کشی و غیره دارد. در این پژوهش، جداسازی و بهینه‏سازی قارچ تولید کننده آنزیم پکتیناز از میوه‏های سیب و پرتقال در حال پوسیدن بررسی شد. ‏‏‏ مواد و روش‏‏ها: جداسازی قارچ‏های تولید کننده آنزیم پکتیناز با استفاده از محیط کشت پکتین‏دار و با رنگ‏آمیزی لگول انجام شد. سویه آسپرژیلوس فومیگاتوس (AF293) به‏وسیله روش پیت شناسایی شد. بهینه‏سازی تولید آنزیم از این قارچ توسط طرح عامل‏یل در حضور 5 متغیر با 3 سطح در نظر گرفته شد. این 5 متغیر شامل منابع کربنی (آب پنیر، گلوکز و استویا) به همراه سولفات آمونیوم، سولفات منگنز، دما و ‏اسیدیته) در 3 آزمایش جداگانه انجام شد. اندازه‏گیری غلظت آنزیم پکتیناز با روش کلوریمتریک (میلر) انجام شد. ‏‏‏ نتایج: نتایج نشان داد که شرایط بهینه تولید آنزیم در دمای 32 درجه، ‏اسیدیته 6، غلظت 3 گرم بر لیتر سولفات منگنز، 75/2گرم بر لیتر از سولفات آمونیوم و غلظت 10 گرم بر لیتر منابع کربن آب پنیر، استویا و گلوکز است‏. بالاترین میزان تولید آنزیم در شرایط یاد‏ شده در حضور 10 گرم بر لیتر گلوکز با میزان 328/1 میلی‏‏گرم بر میلی‏‏لیتر مشاهده شد. وزن مولکولی این آنزیم مطابق روش الکتروفورز سدیم دودسیل سولفات 40 کیلودالتون به دست آمد. ‏‏‏ بحث و نتیجه‏ گیری: این سویه قادر به تولید آنزیم در حضور منابع مختلف کربن و رنج وسیع ‏اسیدیته و دماست. نتایج این پژوهش نشان می‏دهد که این سویه کاندید مناسبی برای کاربرد در صنعت است‏. ‏‏‏

خصوصیات فنوتیپی و مولکولی سویه‌های سینوریزوبیوم ملیلوتی جدا شده از ریشه‌های گیاه یونجه (Medicago sativa) در ایران ‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬

محبوبه نخعی مقدم؛ آزاده حداد سبزوار؛ محمدرضا ذوالفقاری؛ امیر لکزیان

دوره 6، شماره 24 ، دی 1396، ، صفحه 29-39

https://doi.org/10.22108/bjm.2017.21694

چکیده

مقدمه: همزیستی گیاهان لگوم با ریزوبیوم به تثبیت زیستی نیتروژن منجر می‌شود و نیتروژن خاک را افزایش می‌دهد. هدف پژوهش حاضر، تعیین ویژگی‌ ایزوله‌های سینوریزوبیوم جدا شده از گیاهان یونجه در ایران است. ... بیشتر مقدمه: همزیستی گیاهان لگوم با ریزوبیوم به تثبیت زیستی نیتروژن منجر می‌شود و نیتروژن خاک را افزایش می‌دهد. هدف پژوهش حاضر، تعیین ویژگی‌ ایزوله‌های سینوریزوبیوم جدا شده از گیاهان یونجه در ایران است. مواد و روش‏‏ها: باکتری‌ها در محیط مانیتول آگار حاوی عصاره مخمر جدا و با آزمایش عفونت زایی گیاه تایید شدند. پس از بررسی باکتری‌ها از نظر ویژگی‌های ریخت شناسی و بیوشیمیایی، یک قطعه از ژن S rRNA16 با اندازه حدود 1500 جفت باز با استفاده از پرایمر fD1 و rD1 تکثیر داده شد. محصولات واکنش زنجیره پلیمراز (PCR) از نظر الگوی هضم آنزیمی با اندونوکلئاز Taq1 بررسی شد. نتایج: 63 باکتری از گرهک ‌ای هموژنیزه گیاهان جدا شد. 42 ایزوله در سه تکرار آزمایش عفونت‌زایی در گیاهان یونجه گرهک ایجاد کردند. از 42 ایزوله، 8 تا مقاوم به شوری بودند. 7 ایزوله در pH 4 رشد بهتری نسبت به سایرین داشتند. تمامی ایزوله‌ها مقاوم به CuCl2 (5/0 میلی‌مولار)، CdCl2 (65/0 میلی‌مولار)، MnSO4 (75/0 و 5/1 میلی‌مولار) و ZnSO4 (125/0 میلی‌مولار) بودند. ایزوله S3Q و S22K نسبت به شوری، اسیدیته، دما و فلزات سنگین بیشتر از سایرین مقاوم بودند. محصولات PCR تمامی باکتری‌ها الگوی تحدیدی یکسانی بعد از هضم آنزیمی با Taq1 داشتند. بحث و نتیجه‏گیری: نتایج نشان داد که در میان باکتری‌های جدا شده، اختلافاتی از نظر مقاومت به تنش‌های شوری، اسیدیته، دما و فلزات سنگین وجود دارد. شناسایی سویه های بومی ریزوبیوم بویژه سویه های مقاوم به شوری، دما، فلزات سنگین و اسیدیته می‌تواند به علت استفاده از این باکتری‌ها به عنوان کودهای بیولوژیک در شرایط سخت ارزشمند باشد.

جداسازی، شناسایی مولکولی Alcanivorax dieselolei ‏از خلیج فارس و بررسی قابلیت تجزیه زیستی آن برای پاک‏سازی آلودگی نفتی

مهدی حسن شاهیان؛ گیتی امتیازی

دوره 1، شماره 1 ، خرداد 1391، ، صفحه 31-40

چکیده

مقدمه: آلودگی نفتی در محیط‏‏ها‏ی دریایی، مسأله‏ای جهانی است. میکروب‏ها‏ی تجزیه کننده هیدروکربن دریایی اجباری اخیراً شرح داده شده اند. یک عضو اصلی از این خانواده Alcanivorax بوده که در محیط‏ها‏‏ی ... بیشتر مقدمه: آلودگی نفتی در محیط‏‏ها‏ی دریایی، مسأله‏ای جهانی است. میکروب‏ها‏ی تجزیه کننده هیدروکربن دریایی اجباری اخیراً شرح داده شده اند. یک عضو اصلی از این خانواده Alcanivorax بوده که در محیط‏ها‏‏ی دریایی پس از دو هفته از نشت نفت غالب می‏شود. مواد و روش‏ها‏: در این تحقیق، ابتدا از مناطق آلوده به نفت در خلیج فارس نمونه برداری شد. باکتری‏ها‏ در محیط ONR7a غنی سازی شدند و کلنی‏ها‏ روی محیط مارین اگار خالص‏سازی شدند. تمام کلنی‏ها‏ برای قابلیت تجزیه نفت خام غربال‏گری شدند. شناسایی مولکولی با تکثیر ژن 16S rDNA و تعین توالی انجام شد. نتایج: در مجموع 11 کلنی که قادر به تجزیه نفت خام بودند، جداسازی شدند. سویه‏ها‏ی PG-24 و PG-12 رشد بالاتری روی نفت خام نشان دادند. شناسایی مولکولی همسانی 99 درصد‏‏ با ‏Alcanivorax dieselolei از این دو سویه را نشان داد. این دو سویه قادر به رشد روی هیدروکربن‏ها‏ی الیفاتیک بودند و بالاترین رشد روی C16 و C18 مشاهده شد. تجزیه نفت خام به‏وسیله این دو سویه 85 درصد‏ پس از پنج روز بود. بحث و نتیجه گیری: این اولین گزارش از جداسازی جنسAlcanivorax در خلیج فارس است. مطالعه بیشتر این باکتری‏ها‏ و بهینه سازی تجزیه آلودگی‏ها‏ی نفتی می‏تواند نقش مهمی در تعدیل آلودگی نفتی خلیج فارس ایفا نماید.

افزایش بازدهی روش طبیعی استفاده از محیط اسپیزیزن برای انتقال پلاسمید به درون باکتری باسیلوس سوبتیلیس با استفاده از یک پپتید کاتیونیک تراوا کننده غشا باکتریایی

حسین آقاملایی؛ محمد هیئت؛ محمد افتخاری شیرکوهی؛ مهرداد موسی زاده مقدم

دوره 2، شماره 6 ، تیر 1392، ، صفحه 31-40

چکیده

مقدمه: تعدادی از گونه‌های باکتریایی قادرند تا مولکول DNA را از محیط اطرافشان در‌یافت نمایند؛ میزان این دریافت به شرایطی مانند بزرگی پلاسمید و نوع میزبان بستگی دارد. در مورد باکتری باسیلوس سوبتیلیس نیز ... بیشتر مقدمه: تعدادی از گونه‌های باکتریایی قادرند تا مولکول DNA را از محیط اطرافشان در‌یافت نمایند؛ میزان این دریافت به شرایطی مانند بزرگی پلاسمید و نوع میزبان بستگی دارد. در مورد باکتری باسیلوس سوبتیلیس نیز این امکان البته با میزان انتقال بسیار پایینی وجود دارد. در حال حاضر روش مرسوم برای انتقال پلاسمید خارجی به درون باکتری باسیلوس سوبتیلیس استفاده از روش طبیعی در یک محیط کشت حداقل (اسپیزیزن) است. در این روش نیز میزان انتقال مطلوب و در خورتوجه نیست. هدف از این مطالعه، بررسی تکنیکی نوین بر پایه پپتید کاتیونیک CM11 به عنوان بک پپتید تراوا کننده غشاء، برای افزایش مؤثر نرخ ترانسفورماسیون DNA به باکتری باسیلوس سوبتیلیس است. مواد و روش‏‏ها: در این روش، از پپتید CM11 به عنوان عاملی برای بهینه‏سازی انتقال pWB980 به باکتری باسیلوس سوبتیلیس استفاده شد. برای این منظور، فرآیند مستعد‏سازی باسیلوس سوبتیلیس با دو روش مجزا و در حضور غلظت‌های مختلف پپتید انجام شد. بدین ترتیب که در روش نخست، باکتری به مدت 14 ساعت در حضور غلظت‌های مختلف پپتید تیمار شد و سپس در معرض پلاسمید قرار گرفت. در روش دوم، غلظت‏ها‏ی مختلف پپتیدی همراه با پلاسمید به شکل همزمان به باکتری عرضه شد. پس از غربال‏گری باکتری‏ها‏ی دریافت کننده پلاسیمد بر روی محیط کشت LB آگار حاوی آنتی بیوتیک کانامایسین تعداد کل باکتری‏ها‏ی ترانسفورم شده به ازای هر میکرو‏گرم DNA پلاسمیدی محاسبه و با کنترل مقایسه شد. نتایج: انتقال پلاسمید pWB980 به باکتری در بهترین حالت معادل 5/6 برابر بیشتر از شرایط استاندارد (کنترل) گزارش شد که از لحاظ آماری دارای اختلاف معنی داری بود (P value <0.001). بحث و نتیجه‏گیری: این مطالعه نشان داد که پپتید CM11 به عنوان یک پپتید تراوا کننده غشاء سلولی می‏تواند ترانسفورماسیون DNA خارجی به باکتری‌ باسیلوس سوبتیلیس را به طور در خور توجهی بهینه نموده و تا حدود زیادی مشکل نرخ پائین انتقال طبیعی را برطرف نماید.

تاثیر کمبود فسفر روی مسیر سگینالینگ quorum sensing در Sinorhizobium meliloti

نجمه پاکدامن؛ اکبر مستاجران

دوره 3، شماره 12 ، بهمن 1393، ، صفحه 33-42

چکیده

مقدمه: فسفر یک از مهم‏ترین عناصر ضروری پرمصرف برای رشد باکتری‌هاست. به طور معمول باکتری‌ها در محیط با کمبود فسفر مواجه هستند و مکانیسم‌هایی در آن‌ها برای رویارویی با چنین شرایطی تکامل یافته ‌است. ... بیشتر مقدمه: فسفر یک از مهم‏ترین عناصر ضروری پرمصرف برای رشد باکتری‌هاست. به طور معمول باکتری‌ها در محیط با کمبود فسفر مواجه هستند و مکانیسم‌هایی در آن‌ها برای رویارویی با چنین شرایطی تکامل یافته ‌است. ژن‌های ناقل فسفات (pstS) و مسیر انتقال سیگنال حس‌گر حد نصاب (Quorum sensing) ، به واسطه تنطیم‌کننده PhoB ، در پاسخ باکتری به این شرایط استرسی دخالت دارند. مسیر حس‌گر حد نصاب در باکتری Sinorhizobium meliloti حداقل از سه ژن sinI ، sinR و expR تشکیل یافته است و در کنترل فعالیت‌های باکتری در شرایط آزاد-زی و همزیستی دخالت دارد . مواد و روش ‏‏ ها: تراکم جمعیت در گونه‌های تراریخت باکتری S. meliloti حامل پلاسمیدهای pLK004 (ترکیب راه‌انداز pstS و ژن egfp )، pLK64 (ترکیب راه‌انداز sinI و ژن egfp )، pLK65 (ترکیب راه‌انداز sinR و ژن egfp )، pLK66 (ترکیب راه‌انداز expR و ژن egfp ) و کنترل (ژن egfp بدون راه‌انداز) در غلظت‌های مختلف 1/0 (کمبود فسفات)، 5/0 و 2 (غلظت کافی فسفات) میلی‌مولار فسفات در زمان‌های مختلف 16، 24 و 40 ساعت اندازه‌گیری شد. همچنین، فعالیت پروموتر ژن‌های مختلف pstS ، sinI ، sinR و expR با تقسیم واحد فلورسنس ساطع شده بر تراکم جمعیت باکتری در غلظت‌ها مختلف فسفات محاسبه شد . نتایج: سرعت رشد باکتری‌های تراریخت با کاهش غلظت فسفات در محیط کشت، به‌ویژه 40 ساعت پس از کشت آن‌ها، کاهش یافت. فعالیت پروموتر ژن‌ ناقل فسفات (pstS) و همچنین، برخی ژن‌های مسیر کروم‌سنسینگ ( sinI و sinR و نه expR ) به‌دنبال کاهش غلظت فسفات در محیط کشت، افزایش یافت . بحث و نتیجه ‏ گیری: از جمله پاسخ‌های باکتری S. meliloti به کمبود فسفات می‌توان به افزایش بیان ژن ناقل فسفات (pstS) اشاره کرد که تاحدودی می‌تواند این کمبود در محیط را جبران نماید. بیان ژن‏ sinR نیز در شرایط کمبود فسفات به کمک تنظیم کننده PhoB القا می‌شود. پروتئین SinR به‌عنوان فعال کننده ژن sinI عمل می‌کند و بنابراین، مسیر حس‌گر حد نصاب در شرایط کمبود فسفات فعال می‌شود که احتمالاً موجب تسهیل فعالیت‌های باکتری در شرایط آزاد- زی و همزیستی می‌شود .

گزارش گونه‏ های نوکاردیای جدا‏سازی شده ازخاک، توسط تعیین توالی ژن 16S rRNA، اصفهان، ایران

سمانه بوربور؛ جمشید فقری؛ شراره مقیم

دوره 4، شماره 16 ، اسفند 1394، ، صفحه 33-42

چکیده

مقدمه: جنس نوکاردیا جزو اکتینومیست‏های هوازی هستند که یک گروه بزرگ از باکتری‏های ساکن خاک را شامل می‏شوند، که در جهان پخش شده‏اند. در این مطالعه، با استفاده از آزمون‏های تشخیصی رایج، مرسوم و ... بیشتر مقدمه: جنس نوکاردیا جزو اکتینومیست‏های هوازی هستند که یک گروه بزرگ از باکتری‏های ساکن خاک را شامل می‏شوند، که در جهان پخش شده‏اند. در این مطالعه، با استفاده از آزمون‏های تشخیصی رایج، مرسوم و مولکولی گوناگون، چندین ایزوله‏های نوکاردیا جداسازی و تشخیص داده شد. مواد و روش ‏‏ها: در این پژوهش، برای جداسازی از خاک، روش Slip-buried و برای استخراج DNA، روش Microwave oven استفاده شد و در این روش‏ها، سویه استاندارد DSM 43757 Nocardia asteroides استفاده شد. در ادامه، روش PCR با استفاده از پرایمرهای عمومی انجام شد. نتایج: با تحلیل اطلاعات فنوتیپی و مولکولی، به‏ویژه تعیین توالی ژن 16S rRNA، ژن‏های نوکاردیای‏های جداسازی شده از خاک اصفهان، که در ادامه به آن‏ها اشاره شده است، درپایگاه داده NCBI باAccession number مربوط به هر ژن ثبت شدند. نوکاردیاهای ثبت شده در NCBI: Nocardia cyriacigeorgica KC577151, Nocardia asteroides KC577152, Nocardia cummidelens KC577153, Nocardia asteroides KC577155, Nocardia asteroides KC577155, Nocardia coubleae KC577156 .. بحث و نتیجه ‏گیری: در این پژوهش 6 گونه نوکاردیا جداسازی و تشخیص داده شد، که برخی از این گونه‏های جداسازی شده از خاک ایران، اصفهان، در زمان جداسازی و تشخیص،گونه‏های جدیدی بودند. برای تشخیص بیشترگونه‏های مختلف نوکاردیا می‏توان در مطالعات بعدی از تکثیر و تعیین توالی ژن‏های دیگر این باکتری از جمله ITS,hsp65 secA, rpoB و sod بهره گرفت.

جداسازی و شناسایی مقدماتی ریزجلبک‮ها و سیانوباکترهای بومی لاگون‮های نفتی جزیره خارک‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬

مصطفی نوروزی؛ محمد علی آموزگار؛ رضوان رحیمی؛ سید ابوالحسن شاهززاده فاضلی؛ غلامرضا بخشی خانیکی

دوره 5، شماره 20 ، بهمن 1395، ، صفحه 33-41

https://doi.org/10.22108/bjm.2017.21144

چکیده

مقدمه: جلبکها به لحاظ اکولوژیکی، تنوع زیستی، کشاورزی، پزشکی، زیست فناوری، صنعت و سایر، بسیار مهم هستند. این موجودات توانایی زیادی در تولید زیست مواد فعال، زیست پالایی و تولیدات اولیه دارند. بنابراین، ... بیشتر مقدمه: جلبکها به لحاظ اکولوژیکی، تنوع زیستی، کشاورزی، پزشکی، زیست فناوری، صنعت و سایر، بسیار مهم هستند. این موجودات توانایی زیادی در تولید زیست مواد فعال، زیست پالایی و تولیدات اولیه دارند. بنابراین، دستیابی به سویههای بومی ایران که دارای تواناییهای بیوتکنولوژیکی و اکولوژیکی دارای اهمیت است. مواد و روش‏‏ها: آب و خاک منطقه از ایستگاه‌های مختلف جزیره خارک (خلیج فارس) جمع آوری شدند. نمونه‌ها کشت و به کمک روش‌های مختلف خالص‌سازی شد. برای خالص‌سازی از 7 آنتی‌بیوتیک و سایر روش‌های فیزیکی استفاده شد. نتایج: در این پروژه 7 سویه شامل 5 سیانوباکتر و 2 ریز جلبک کشت و خالص‌سازی شده است. آنتی‌بیوتیک‌های ایمیپنم و سیکلوهگزامید به عنوان بهترین پادزی‌ها برای خالص‌سازی کشت‌ها استفاده شدند. سه سویه به دست آمده به لحاظ ریخت شناسی در عین شباهت به سویه‌های Anabaenopsis، Pseudanabaena teremula، Arthronema afaricanum، تفاوت‌هایی هم با آنها دارند که به کمک کلیدهای ریخت شناسی امکان تعیین قطعی گونه وجود ندارد (این گونه ها Kh.T.2، Kh.T.1 و Kh.C.D2 نام گذاری شده اند). بحث و نتیجه‏گیری: بر اساس نتایج بدست آمده و شواهد و صفات ریخت‌شناسی، سویه‌های جدا شده در سطح جنس شناسایی شده‌اند و دارای صفات حدواسط هستند. بنابراین، آزمون‌های تکمیلی مثل نشانگرهای ملکولی ITS و 18s rRNA و 16s rRNA و تعیین توالی ژن‌ها می‌تواند در تایید گونه‌ها مفید باشند.در صورت تایید سویه‌های جدید تبیین صفات ریخت‌شناختی برای آنها شناسایی آسان آنها ضروری است. بهترین آنتی‌بیوتیک برای خالص‌سازی جلبک‌های یوکاریوت، ایمیپنم و برای سیانوباکترها، سیکلوهگزامید است.

غربالگری و شناسایی مولکولی اکتینوباکترهای مولد آنزیم تیروزیناز از خاک‌های کویر مرنجاب، غار هامپوئیل و جزیرة هرمز

زینب شاهرخ؛ فاطمه سلیمی؛ جواد حامدی

دوره 11، شماره 41 ، فروردین 1401، ، صفحه 33-50

https://doi.org/10.22108/bjm.2021.124762.1320

چکیده

مقدمه: آنزیم‌های اکسیدکنندة تیروزین یا تیروزینازها کاربردهای متنوعی در حوزه‌های درمانی، غذایی و محیطی دارند. با توجه به اهمیت اکتینوباکترها به‌عنوان یکی از مهم‌ترین باکتری‌های نویدبخش مولد ترکیبات ... بیشتر مقدمه: آنزیم‌های اکسیدکنندة تیروزین یا تیروزینازها کاربردهای متنوعی در حوزه‌های درمانی، غذایی و محیطی دارند. با توجه به اهمیت اکتینوباکترها به‌عنوان یکی از مهم‌ترین باکتری‌های نویدبخش مولد ترکیبات زیست‌فعال و آنزیم‌های دارای کاربردهای زیست‌فناورانه، مطالعة حاضر با هدف غربالگری و شناسایی جدایه‌های مولد آنزیم تیروزیناز از نمونه‌های خاک‌های کویر مرنجاب، غار هامپوئیل و جزیرة هرمز انجام شد. مواد و روش‏‏ها: تعداد 10 نمونه خاک از کویر مرنجاب و 10 نمونه خاک از مناطق مختلف جزیرة هرمز، جمع‌آوری و پس از کشت در محیط ISP2 آگار، جدایه‌های اکتینوباکتر جداسازی و خالص‌سازی شدند. این جدایه‌ها و نیز جدایه‌های تهیه‌شده در پژوهش پیشین از غار هامپوئیل با کشت روی محیط تیروزین آگار و تیروزین براث غربالگری شدند. در ادامه فعالیت تیروزینازی جدایه‌های منتخب به‌صورت کمی ارزیابی شد؛ درنهایت، این جدایه‌ها با تعیین ترادف و آنالیز ژن 16S rRNA شناسایی شدند. نتایج: از میان 89 جدایة اکتینوباکتریایی غربالگری‌شده، کلنی‌های 17 جدایه در محیط کشت تیروزین آگار هالة شفاف و رنگیزة قهوه‌ای - سیاه داشتند. این جدایه‌ها در غربالگری ثانوی به‌صورت کیفی ارزیابی شدند. نتایج غربالگری ثانوی تأیید کرد 11 جدایه مولد آنزیم تیروزیناز هستند. همچنین، نتایج سنجش کمی نشان دادند سویه‌های UTMC 3165 و UTMC 3233 به‌ترتیب با میزان فعالیت آنزیمی 33 و 35 واحد در میلی‌لیتر بیشترین فعالیت آنزیمی را دارند. این دو جدایه ازنظر ترادف ژن 16S rRNA به‌ترتیب 67/99 و 88/99 درصد شباهت به سویه‌های Streptomyces tendae و Streptomyces thermocarboxydus داشته‌اند. بحث و نتیجه‏گیری: نتایج این پژوهش نشان دادند خاک‌های ایران دارای اکتینوباکترهای توانمند در زمینة تولید آنزیم تیروزیناز هستند. این جدایه‌ها به جنس Streptomyces متعلق‌اند که از غار هامپوئیل جدا شده بودند.

بررسی مقاومت به آنتی بیوتیک‏ها‏ی بتالاکتام در جدایه‏ها‏ی اشریشیا کلی و جستجوی مولکولی اشریشیا کلی O157:H7 در پرندگان زینتی شهرکرد

حسین طهماسبی؛ سارا براتی؛ حسن ممتاز؛ محمد رفیعی دولت آبادی؛ محمد قاسمی؛ وحید احمدی سالیانه؛ سمانه مهرابیان

دوره 3، شماره 9 ، خرداد 1393، ، صفحه 35-44

چکیده

مقدمه : پرندگان زینتی می‏‏توانند عوامل بیماری‏زای انسانی را در خود جای دهند و در انتقال و گسترش عوامل عفونی مقاوم به دارو به انسان نقش داشته باشند. با توجه به علاقه بسیاری از مردم در نگه ‏ داری ... بیشتر مقدمه : پرندگان زینتی می‏‏توانند عوامل بیماری‏زای انسانی را در خود جای دهند و در انتقال و گسترش عوامل عفونی مقاوم به دارو به انسان نقش داشته باشند. با توجه به علاقه بسیاری از مردم در نگه ‏ داری از پرندگان زینتی، مطالعه حاضر با مطالعه بر روی پرندگان زینتی شهرکرد، اشریشیا کلی‏ها‏ی مقاوم به آنتی بیوتیک‏ها‏ی بتالاکتام و جستجوی مولکولی اشریشیا کلی O157:H7 بررسی شدند. شایان ذکر است اشریشیا کلی O157:H7 عامل بیماری‏ها‏ی روده ای انسانی و سندروم مرگبار اورمی همولیتیک در دنیاست‏‏. مواد و روش‏‏ها: در مجموع 256 نمونه مدفوعی از پرندگان زینتی (مرغ عشق، بلدرچین، بلبل، طوطی، مینا، سهره، فینچ، مرغ بهشتی، طاووس و قرقاول) از نقاط مختلف شهرکرد به وسیله ی سواب استریل جمع آوری شدند. سواب‏ها‏ مستقیما درون محیط آبگوشت تریپتون سوی ( TSB ) قرار داده شدند. در آزمایشگاه نمونه‏ها‏ بر روی محیط‏ها‏ی مکانکی آگار و مکانکی محتوی آگار سوربیتول به عنوان محیط‏ها‏ی انتخابی کشت داده شدند. سپس آزمون آنتی‏بیوگرام با استفاده از روش انتشار دیسک انجام شد. کلونی‏ها‏ی مشکوک به اشریشیا کلی O157:H7 به وسیله آزمون واکنش زنجیره ای پلی مراز ( PCR ) ارزیابی شدند. نتایج: اشریشیا کلی از 31 نمونه (1/12 درصد) از 256 نمونه جداسازی شد. میزان مقاومت جدایه‏ها‏ به آنتی‏بیوتیک‏ها‏ی ایمیپنم، سفوتاکسیم، سفیکسیم، سفالکسین، آموکسی سیلین، پنی سیلین جی و اگزاسیلین به ترتیب صفر، 2/3، 1/16، 3/90، 100، 100 و 100 درصد بود. در هیچ کدام از نمونه‏ها‏ اشریشیا کلی O157:H7 یافت نشد. بحث و نتیجه‏گیری: گرچه پرندگان زینتی در این منطقه منبع یا حامل اشریشیا کلی O157:H7 نبودند، اما اشریشیا‏کلی‏ها‏ی مقاوم به آنتی بیوتیک‏ها‏ی بتالاکتام را در خود جای داده بودند و می‏‏توانند عامل مهمی در انتقال عفونت‏ها‏ی مقاوم به دارو از پرندگان زینتی به انسان، به ویژه کودکان تلقی شوند و خطری بالقوه برای سلامت انسان ایجاد کنند. با توجه به آنچه ذکر شد توصیه می‏‏شود، صاحبان پرندگان زینتی و همچنین عموم مردم را از خطرات بالقوه ی نگه داری از پرندگان زینتی آگاه کرد.

اثر روغن زیتون با خلوص متفاوت بر روی تولید لیپاز مخمر یارروویا لیپولیتیکا

فرشاد درویشی؛ برومند حسینی

دوره 4، شماره 13 ، خرداد 1394، ، صفحه 35-42

چکیده

مقدمه: لیپازها دسته‏ای از هیدرولازها هستند که سبب تسریع هیدرولیز تری‏گلیسیریدها به گلیسرول و اسیدهای چرب آزاد می‏شوند. لیپازها به بخش جدایی‏ناپذیر از صنایع غذایی، شوینده‏ها، مواد آرایشی و دارویی ... بیشتر

تأثیر اکتوئین و هیدروکسی اکتوئین خارجی بر برخی فعالیت‏های ضد قارچی سویه Pseudomonas fluorescens UTPF5 در شرایط شوری

ارغوان کمالی؛ مسعود احمدزاده؛ اکرم صادقی؛ ابراهیم کریمی

دوره 5، شماره 17 ، خرداد 1395، ، صفحه 35-48

https://doi.org/10.22108/bjm.2016.20367

چکیده

مقدمه: باکتری‏های پروبیوتیک گیاهی همچون سودومونادهای فلورسنت با سازوکار‏هایی از قبیل تولید متابولیت‏ها و آنزیم‏ها دارای سابقه طولانی در کنترل زیستی بیمارگر‏های خاکزاد هستند. یکی دیگر از نقش‏های ... بیشتر مقدمه: باکتری‏های پروبیوتیک گیاهی همچون سودومونادهای فلورسنت با سازوکار‏هایی از قبیل تولید متابولیت‏ها و آنزیم‏ها دارای سابقه طولانی در کنترل زیستی بیمارگر‏های خاکزاد هستند. یکی دیگر از نقش‏های مهم این باکتری‏ها افزایش تحمل گیاه در مقابله با تنش‏های محیطی است. اکتوئین‌ها اسمولیت‏هایی است که نقش مهمی در تحمل به تنش‏های اسمزی محیط ایفا می‏کند. ‏‏‏ مواد و روش ‏‏ها: میزان تحمل 24 سویه باکتری پروبیوتیک گیاهی به شوری و دما تعیین و تعداد 6 سویه متحمل برای انجام آزمایشات بعدی انتخاب شد. در مرحله بعد، آزمون کشت متقابل قارچ فوزاریوم سولانی و باکتری‏های رشد یافته در حضور اکتوئین و هیدروکسی‏اکتوئین به همراه سه غلظت کلرید سدیم انجام و یک سویه از سودوموناس فلورسنس (UTPF5) انتخاب شد. در نهایت، تأثیر اکتوئین، هیدروکسی‏اکتوئین و سه غلظت مختلف نمک بر جمعیت باکتری، تولید لیپاز، پروتئاز، سیانید هیدروژن، سیدروفور و بیوفیلم تعیین شد. ‏‏‏ نتایج: در غلظت 300 میلی‏مولار کلرید سدیم، باکتری رشد یافته در حضور اکتوئین و هیدروکسی‏اکتوئین درصد بازدارندگی از رشد قارچ را نسبت به شاهد پنج برابر افزایش داد. شوری بر جمعیت باکتری در تیمارهای آب مقطر و اکتوئین، تولید سیانید‏ هیدروژن در هر سه تیمار و تشکیل بیوفیلم در تیمارهای اکتوئین و هیدروکسی‏اکتوئین تأثیر مثبت و بر جمعیت باکتری در تیمار هیدروکسی‏اکتوئین، تولید پروتئاز و سیدروفور در هر سه تیمار و تشکیل بیوفیلم در آب مقطر تأثیر منفی داشت. از طرف دیگر اکتوئین جمعیت باکتری، تولید لیپاز و تولید سیانید هیدروژن را در هر سه غلظت کلرید سدیم، تولید سیدروفور را در غلظت 150 میلی‏مولار و تشکیل بیوفیلم را در غلظت 150 و 300 میلی‏مولار افزایش و تولید پروتئاز را در هر سه غلظت کلرید سدیم و تشکیل بیوفیلم را در محیط بدون نمک کاهش داد. هیدروکسی‏اکتوئین تأثیراتی شبیه به اکتوئین با تفاوت‏های جزیی داشت. ‏‏‏ بحث و نتیجه‏ گیری: اکتوئین و هیدروکسی‏اکتوئین با تأثیر بر تولید لیپاز، سیانید هیدروژن و تشکیل بیوفیلم موجب تعدیل کاهش کنترل زیستی ایجاد شده در اثر شوری می‏شوند.

Optimization of Cyanocobalamin Production by Propionibacterium Freudenreichii in Different Concentrations of Folic Acid and Methionine

سحر پرچی زاده؛ محمد فضیلتی؛ حسین صلواتی؛ بهروز صالحی اسکندری؛ حبیب الله ناظم

دوره 9، شماره 36 ، دی 1399، ، صفحه 35-45

https://doi.org/10.22108/bjm.2020.121079.1265

چکیده

مقدمه: ویتامین B12، عاملی کلیدی در بسیاری از فرایندهای مرتبط با رشد در بدن انسان است و تولید صنعتی آن در مقیاس وسیع با استفاده از ریزموجودات به‌ویژه Propionibacterium freudenreichiiانجام می‌شود. مطالعۀ حاضر با هدف بررسی ... بیشتر مقدمه: ویتامین B12، عاملی کلیدی در بسیاری از فرایندهای مرتبط با رشد در بدن انسان است و تولید صنعتی آن در مقیاس وسیع با استفاده از ریزموجودات به‌ویژه Propionibacterium freudenreichiiانجام می‌شود. مطالعۀ حاضر با هدف بررسی تأثیر فولیک‌اسید، متیونین و اکسیژن بر تولید بهینۀ ویتامین B12 و وزن خشک سلولی (DCW) در این باکتری‌ انجام شد. مواد و روش‏‏ها: باکتری در چهار شرایط مختلف شامل شرایط بی‌هوازی و غلظت‌های مختلف فولیک‌اسید، شرایط هوازی و غلظت‌های مختلف فولیک‌اسید، شرایط بی‌هوازی و غلظت‌های مختلف فولیک‌اسید و متیونین 05/0 درصد (w/v)، شرایط هوازی و غلظت‌های مختلف فولیک‌اسید و متیونین 05/0 درصد (w/v) کشت داده شد. نتایج: بیشترین تولید ویتامین B12 و DCW در غلظت 750 میلی‌گرم‌در‌لیتر فولیک‌اسید و در حضور متیونین و در شرایط هوازی به ‌دست آمد؛ با افزایش غلظت فولیک‌اسید تا 1000 میلی‌گرم‌بر‌لیتر، میزان تولید ویتامین B12 و وزن خشک باکتری کاهش یافت. بحث و نتیجه‏گیری: با‌توجه‌به تأثیر فولیک‌اسید در فرایندهای تخمیری Propionibacterium freudenreichii، مطالعۀ حاضر می‌تواند بهینه‌سازی مؤثر برای افزایش تولید نهایی ویتامین B12 باشد. با‌توجه‌به یافته‌های پژوهش حاضر، شرایط هوازی به همراه حضور متیونین بر بهبود تولید ویتامین B12 مؤثر است و این بهینه‌سازی می‌تواند به‌عنوان راهبردی مؤثر بر بهبود تولید ویتامین B12 در سطح صنعتی عمل کند.

افزایش تولید آنتی‌بیوتیک کلاولانیک ‏اسید با ایجاد گونه‌های استرپتومایسس کلاولی‌جروس تراریخت واجد ژن claR

مریم کی؛ زهره حجتی؛ مجید متولی باشی

دوره 3، شماره 10 ، تیر 1393، ، صفحه 37-44

چکیده

مقدمه : کلاولانیک‏اسید از جمله آنتی‌بیوتیک‌های مهار کننده‌ی β لاکتاماز بوده که توسط استرپتومایسس کلاولی‌جروس تولید‌ می‏شود. کلاولانیک‏اسید در ترکیب با سایر آنتی‌بیوتیک‌های قوی و حساس ... بیشتر مقدمه : کلاولانیک‏اسید از جمله آنتی‌بیوتیک‌های مهار کننده‌ی β لاکتاماز بوده که توسط استرپتومایسس کلاولی‌جروس تولید‌ می‏شود. کلاولانیک‏اسید در ترکیب با سایر آنتی‌بیوتیک‌های قوی و حساس به β لاکتاماز مورد استفاده بالینی قرار می‏گیرد. ژن‌ CalR از جمله ژن‌هایی بوده که نقش مهمی در تنظیم تولید کلاولانیک‏اسید ایفا نموده و به منظور بیان ژن‌های اواخر مسیر بیوسنتز کلاولانیک‏اسید مورد نیاز است‏‏. مواد و روش‏‏ها: کانسترک نوترکیب pMTclaR حاوی ژن تنظیمی claR از دانشگاه اصفهان تهیه و به منظور استفاده، از سویه‌ استرپتومایسس لیویدنس با استفاده از روش لیز قلیایی استخراج شد. به منظور انجام ترانسفورماسیون پروتوپلاست از باکتری استرپتومایسس کلاولی‌جروس تهیه و در مرحله‌ بعد با استفاده از پلی‌اتیلن‌‌گلایکول در سویه‌ استرپتومایسس کلاولی‌جروس ترانسفورم شد. با استفاده از استخراج پلاسمید و انجام PCR ترانسفورماسیون تأیید شد. در نهایت به منظور بررسی نحوه‌ تأثیر ژن claR اضافه شده از روش بایواسی استفاده شد. نتایج: کلونی‏‌های گچی حاصل از رشد استرپتومایسس کلاولی‌جروس ترانسفورم شده بر روی محیط GYME حاوی آنتی‌بیوتیک مشاهده شد که تأیید انجام ترانسفورماسیون است. از سویه‌ ترانسفورم شده پلاسمید استخراج و ساختار آن توسط ژل الکتروفورز تأیید شد. با استفاده از پلاسمید استخراج شده و پرایمرهای اختصاصی claR واکنش PCR انجام و باند 1334 جفت‌بازی مشاهده شد. در نهایت با انجام روش بایواسی و مشاهده‌ی هاله‌ عدم رشد در نمونه‌ ترانسفورم شده و مقایسه‌ آن با نمونه‌ کنترل مشخص شد که حضور پلاسمید نوترکیب سبب افزایش 3/3 برابری تولید کلاولانیک‏اسید در سویه‌ استرپتومایسس کلاولی‌جروس شده است. بحث و نتیجه‏گیری: در مطالعه‌ حاضر، با انتقال پلاسمید نوترکیب حاوی ژن claR میزان تولید آنتی‌بیوتیک کلاولانیک‏اسید تا 5/2 برابر افزایش یافت. با توجه به اهمیت دارویی کلاولانیک‏اسید ایجاد سویه‌هایی که توانایی تولید بیشتر کلاولانیک‏اسید را داشته باشند می‌توانند به بومی‌سازی تولید آنتی‌بیوتیک کلاولانیک‏اسید با صرفه‌ اقتصادی بیشتر درمقیاس صنعتی کمک شایانی نماید.

ثبات اکسایشی چربی در شیر گاو و شیر سویا به‏ واسطه تخمیر با لاکتوباسیلوس پلانتاروم در طی دوره نگهداری در یخچال

سحر ترکی باغبادرانی؛ محمد رضا احسانی؛ مریم میرلوحی؛ حمید عزت پناه

دوره 4، شماره 14 ، شهریور 1394، ، صفحه 37-48

چکیده

مقدمه: در سال‏های اخیر جایگزینی شیر سویا با شیر گاو به علت ویژگی‏های آنتی‏اکسیدانی در افراد مبتلا به بیماری‏های التهابی در مطالعات کلینیکی مورد توجه خاصی قرار گرفته است. ‏این در حالی است که غیر ... بیشتر مقدمه: در سال‏های اخیر جایگزینی شیر سویا با شیر گاو به علت ویژگی‏های آنتی‏اکسیدانی در افراد مبتلا به بیماری‏های التهابی در مطالعات کلینیکی مورد توجه خاصی قرار گرفته است. ‏این در حالی است که غیر اشباع بودن چربی شیر سویا در مقایسه با شیر گاو، ‏‏‏آن را در برابر اکسیداسیون مستعد‏تر می‏‏سازد. از طرفی، ‏‏اثر مثبت تخمیر در افزایش خواص آنتی‏اکسیدانی هم در مورد شیر گاو و هم درمورد شیر سویا گزارش شده است. ‏هدف از انجام این مطالعه بررسی ثبات اکسایشی نمونه‏های ‏شیر و شیر سویای پاستوریزه غیر تخمیری و تخمیر شده با لاکتوباسیلوس پلانتاروم است‏‏. ‏‏‏‏ مواد و روش‏‏ها: شیر و شیر سویای تجارتی با درصد یکسانی چربی با سویه لاکتو باسیلوس پلانتاروم A7 تخمیر شدند. ‏شاخص‏های ‏اکسایش چربی شامل میزان مواد واکنش‏پذیر با تیوباربیتوریک اسید و عدد پراکسید طی 14 روز دوره نگهداری در نمونه‏های ‏تخمیری و غیر تخمیری بررسی شدند. ‏‏‏‏ نتایج: تخمیر نمونه‏های ‏شیر و شیر سویا به شکل قابل توجهی در کاهش شاخص‏های ‏اکسیداسیون چربی مؤثر‏ بود. حداکثر میزان عدد پر اکسید در روز پنجم مطالعه در نمونه‏های ‏غیر تخمیری شیر و شیر سویا مشاهده شد. ‏در این شرایط، ‏‏عدد پر اکسید در هر دو نمونه به اندازه افزایش پیدا نمود. ‏در مقابل، ‏‏شاخص ترکیبات حساس به تیوباربیتوریک اسید در تمام دوران نگهداری در شیر سویا بیشتر از شیر اندازه‏گیری شد. ‏احتمالا اکسایش چربی شیر سویا در طی مراحل تهیه آن وحتی پیش از رسیدن به دست مصرف کننده علت این تفاوت است. ‏‏‏‏ بحث و نتیجه ‏گیری: اگرچه شواهدی از اثر آنتی‏اکسیدانی شیر سویا در ثبات اکسایشی چربی در این مطالعه مشاهده شد ولی به طور یقین می‏‏توان گفت که این اثر در برابر اثر تخمیر ناچیر است. ‏‏‏‏

بررسی تنوع ژنتیکی باکتری‌های میله‌ای غیر‌تخمیرکنندۀ مقاوم به فلزهای کادمیوم و مس ‏جداشده از پساب‌های صنعتی با استفاده از نشانگرهای مولکولی

محمدحسین حبیب الهی؛ امین باقی زاده؛ آذر سبکبار

دوره 7، شماره 27 ، مهر 1397، ، صفحه 37-51

https://doi.org/10.22108/bjm.2018.107479.1092

چکیده

مقدمه: حذف زیستی بهترین روش برای رفع آلودگی‌های ناشی از فلزهای سنگین در پساب‌های صنعتی است و نخستین قدم در این مسیر، شناسایی و طبقه‌بندی ریزموجودات مناسب به‌ویژه باکتری‌های مقاوم به این فلزهاست.‏‏ ... بیشتر مقدمه: حذف زیستی بهترین روش برای رفع آلودگی‌های ناشی از فلزهای سنگین در پساب‌های صنعتی است و نخستین قدم در این مسیر، شناسایی و طبقه‌بندی ریزموجودات مناسب به‌ویژه باکتری‌های مقاوم به این فلزهاست.‏‏ مواد و روش‏‏ها: در پژوهش حاضر، 17 باکتری گرم منفی غیرتخمیرکننده از پساب‌های صنعتی جداسازی و شناسایی شدند و کمترین غلظت بازدارنده (MIC) آنها نسبت به غلظت‌های مس و کادمیوم ارزیابی شد؛ DNA باکتری‌های یادشده با دو روش CTAB و دلاپورتا استخراج و تنوع ژنتیکی آنها با 7 نشانگر RAPD و 3 نشانگر ISSR بررسی شد. ماتریس تشابه بر اساس ضریب تشابه جاکارد با نرم‌افزار 2.02) NTSYS-pc (Ver برای ژنوتیپ‌ها محاسبه و دندروگرام به روش UPGMA رسم شد. نتایج: 133 باند با استفاده از 10 نشانگر DNA شناسایی شدند که از این تعداد، 122 باند چندشکل و 11 باند یک‌شکل بودند. این نشانگرها سطح بالایی از چندشکلی را در میان باکتری‌های مطالعه‌شده نشان دادند. بحث و نتیجه‏گیری: تنوع ژنتیکی حاصل از بررسی توأم نشانگرهای ISSR و RAPD در تجزیۀ خوشه‌ای و دندروگرام رسم‌شده با تنوع ژنتیکی مشاهده‌شده بر اساس مقادیر MIC تطابق زیادی داشت و استفادۀ توأم از هر دو نوع نشانگر برای دسته‌بندی‌های ژنتیکی بر اساس مقاومت به فلزهای مس و کادمیوم دقیق‌تر بود. برای تکمیل نتایج روش خوشه‌ای، تجزیه به مؤلفه‌های اصلی نیز انجام شد و پلات‌های دو‌بعدی و سه‌بعدی رسم شدند.نتایج مقایسۀ این دو روش نشان‌دهندۀ انتخاب مناسب نشانگرها برای بررسی تنوع ژنتیکی می‌باشد واز بین دو روش، انجام تجزیه خوشه‌ای نوصیه می‌شود.

تعیین ساختار پروتئین و ارزیابی سطح بیان ژن Tup1 قارچ Zymoseptoria tritici

الهام زمانی؛ فروغ سنجریان؛ ابراهیم محمدی گل تپه؛ ناصر صفایی

دوره 10، شماره 40 ، دی 1400، ، صفحه 37-52

https://doi.org/10.22108/bjm.2020.125062.1323

چکیده

مقدمه: قارچ Zymoseptoria tritici بیمارگر دیمورفی است که تغییر در الگوی رشد آن نقشی اساسی در ایجاد بیماری دارد. به همین جهت، پروتئینTup1،که یک سرکوبگر رونویسی عمومی و تنظیم کننده شناخته شده ای برای تغییر شکل است، ... بیشتر مقدمه: قارچ Zymoseptoria tritici بیمارگر دیمورفی است که تغییر در الگوی رشد آن نقشی اساسی در ایجاد بیماری دارد. به همین جهت، پروتئینTup1،که یک سرکوبگر رونویسی عمومی و تنظیم کننده شناخته شده ای برای تغییر شکل است، کاندیدای واجد شرایط برای مطالعه مقدماتی در این بیمارگر است.مواد و روش‏‏ها: با استفاده از Saccharomyces cerevisiae Tup1p بعنوان مدل، دومینهای عملکردی پروتئین با استفاده از نرم افزار InterPro (Pfam) ترسیم شد. سپس ساختار سوم Zt.Tup1p توسط نرم افزار InterPro (Pfam)نشان داده شد. سرانجام ، میزان بیان Zt.Tup در شرایط in vitro و in vivo توسط Real-Time RT-PCR ارزیابی شد.نتایج: پروتئین Zt.Tup1p دارای ساختارهای عمومی موجود در در سایر پروتئین های یوکاریوتی شبهTup ، شامل دومین N-ترمینال، منطقه میانی محافظت نشده و یک دومین C- ترمینال با هفت تکرار WD است. همچنین نتایج نشان داد که دو المنت غنی از گلوتامین (Q1, Q2) موجود در S. cerevisiae، در ساختار Zt.Tup1p وجود ندارد. نتایج مشخص کردند که بیان ژن Zt.tup1 در مرحله میسلیومی افزایش مییابد. بعلاوه افزایش بیان ژن در روزهای 14 و 24 بعد از تلقیح به گیاه نیز مشاهده شد.بحث و نتیجه‏گیری: وجود هفت تکرار WD محافظت شده در Zt.Tup1p و سایر قارچ های مرتبط نشان میدهد که این دومینهای عملکردی نقش مهمی در زندگی این میکروارگانیسمها دارند. با توجه به دادههای مطالعه حاضر، بیان بالای ژن Zt.tup1 در مرحله میسلیوم نشان میدهد که این پروتئین ممکن است نقش مهمی در توسعه میسلیوم و تشکیل کونیدی داشته باشد.علاوه بر این، افزایش بیان در زمان نکروتروفی که با توسعه پیکنیدی مشخص می شود، نشانگر این است که ژن ممکن است نقشی اساسی در رشد و بیماریزایی Z. tritici داشته باشد. مطالعه حاضر را میتوان بعنوان شروع یک نظریه پردازی جدید و جامع برای شفاف سازی عملکردهای دقیق این ژن در طول رشد و بیماری زایی در نظر گرفت.

دوره 12 (1402)

دوره 11 (1401)

دوره 10 (1400)

دوره 9 (1399)

دوره 8 (1398)

دوره 7 (1397)

دوره 6 (1396)

دوره 5 (1395)

دوره 4 (1394)

دوره 3 (1393)

دوره 2 (1392)

دوره 1 (1391)

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده