زیست شناسی میکروارگانیسم ها

اثر ضد میکروبی نانوذرات اکسید ساماریوم سنتز شده با کورکومین روی سودوموناس آئروژینوزا و استافیلوکوکوس اورئوس مقاوم چند دارویی

حسین زحمتکش زکریایی؛ میرساسان میرپور؛ حجت اله زمانی؛ بهنام راستی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 23 خرداد 1401

https://doi.org/10.22108/bjm.2022.132621.1449

چکیده

مقدمه: استفاده از فناوری نانو در زمینه‌های مختلف زیست پزشکی و دارویی به سرعت در حال گسترش می‌باشد. هدف از این مطالعه سنتز زیستی نانوذرات اکسید ساماریوم با استفاده از کورکومین و بررسی اثرات ضد میکروبی ... بیشتر مقدمه: استفاده از فناوری نانو در زمینه‌های مختلف زیست پزشکی و دارویی به سرعت در حال گسترش می‌باشد. هدف از این مطالعه سنتز زیستی نانوذرات اکسید ساماریوم با استفاده از کورکومین و بررسی اثرات ضد میکروبی آن می‌باشد.مواد و روش ها: در این پژوهش، از کورکومین به عنوان عامل احیا کننده جهت سنتز نانوذرات اکسید ساماریوم استفاده شد. نانوذرات سنتز شده با استفاده از روش‌های میکروسکوپ الکترونی عبوری (TEM)، پراش اشعه ایکس (XRD)، پراش انرژی پرتو ایکس (EDX)، پراش دینامیک نور (DLS) و آزمون پتانسیل زتا مورد بررسی قرار گرفتند. اثرات ضد میکروبی نانوذرات اکسید ساماریوم علیه سویه‌های بالینی و استاندارد سودوموناس آئروژینوزا PTCC 1430 و استافیلوکوکوس اورئوس PTCC 1431 با روش‌های انتشار از دیسک و کمترین غلظت مهارکنندگی (MIC) و کمترین غلظت کشندگی (MBC) مورد بررسی قرار گرفت. همچنین اثر نانوذرات بر تولید فاکتورهای بیماری‌زایی رنگدانه پیوسیانین و آلژینات در سودوموناس آئروژینوزا بررسی شد.نتایج: بررسی نانوذرات اکسید ساماریوم سنتز شده نشان داد که نانوذرات دارای ساختار مکعبی با اندازه متوسط 61/32 نانومتر و فاز کریستالی خالص هستند. همچنین آنالیز DLS و پتانسیل زتا نشان داد که نانوذرات تولیدی به طور متوسط دارای قطرnm 90 و بار mV 4/9- هستند. نتایج حاصل از تست انتشار از دیسک، اثر بخشی بالای نانوذرات اکسید ساماریوم علیه باکتری‌های مورد مطالعه را نشان داد. بر اساس روش میکرودایلوشن براث، کمترین مقدار MIC برای سویه استاندارد استافیلوکوکوس اورئوس و بیشترین مقدار MIC برای سویه بالینی سودوموناس آئروژینوزا به ترتیب با غلظت های 12/3 و 25 میکروگرم در میلی لیتر بدست آمد. همچنین بررسی اثر نانوذرات بر تولید پیوسیانین و آلژینات، نتایج امیدوار کننده‌ای را نشان داد.

مشاهده مقاله

بررسی ساختار و عملکرد پروتئین اسپایک کروناویروس سندرم حاد تنفسی ۲ (SARS-CoV-2) با داکینگ مولکولی

نوید محمدجانی؛ مراحم آشنگرف؛ فرشاد درویشی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 02 شهریور 1401

https://doi.org/10.22108/bjm.2022.133412.1468

چکیده

مقدمه: بیش از دو سال از شیوع سندرم حاد تنفسی ویروس کرونا 2 (SARS-CoV-2) در ووهان چین می گذرد. SARS-CoV-2 یک پاندمی بی سابقه (COVID-19) در عصر مدرن ایجاد کرده و تمام ساختارهای علمی، اقتصادی و اجتماعی جهان را به چالش کشیده ... بیشتر مقدمه: بیش از دو سال از شیوع سندرم حاد تنفسی ویروس کرونا 2 (SARS-CoV-2) در ووهان چین می گذرد. SARS-CoV-2 یک پاندمی بی سابقه (COVID-19) در عصر مدرن ایجاد کرده و تمام ساختارهای علمی، اقتصادی و اجتماعی جهان را به چالش کشیده است. با توجه به اهمیت فراوان پروتئین اسپایک SARS-CoV-2، سعی شد در این مطالعه ساختار و تعامل آن با گیرنده‌های سلولی با استفاده از ابزار بیوانفورماتیک بررسی شود. علاوه بر این، اثر داروها و واکسن‌های موجود بر وارینت های مختلف SARS-CoV-2 بررسی شد. مواد و روش‌ها: روش‌های بیوانفورماتیک و داکینگ مولکولی برای مطالعه عملکرد اتصال پروتئین اسپایک به گیرنده‌های سلولی مختلف آن در بدن انسان مورد استفاده قرار گرفت. برای انجام فرآیند داکینگ مولکولی از وب سرور HDOCK و در مرحله بعد از وب سرور PDBsum برای بررسی های پس از داکینگ و اطمینان از صحت داده های به دست آمده استفاده شد. همچنین از نرم افزار PyMOL برای مطالعه و تجسم جهش های جایگزین و حذف در پروتئین اسپایک استفاده شد. نتایج: داده‌های حاصل از جهش‌های گسترده در پروتئین اسپایک واریانت اومیکرون نشان دهنده نوعی بازطراحی دوباره پروتئین اسپایک بود. این جهش‌های وسیع، تغییرات گسترده‌ای در ساختار و عملکرد پروتئین اسپایک به همراه دارد. بر اساس داده‌های حاصل از داکینگ مولکولی و مقایسه میزان سطح انرژی (امتیاز داکینگ) اتصال پروتئین اسپایک واریانت‌های مختلف ویروس با گیرنده‌های مختلف، نشان از بالا بودن تمایل اتصال - با سطح انرژی پایین‌‌تر و پایدارتر پروتئین اسپایک - با گیرنده KREMEN1 نسبت به گیرنده اصلی ACE2 دارد. بحث و نتیجه گیری: تفاوت زیادی در تمایل اتصال پروتئین اسپایک واریانت‌های نوظهور و مهم ویروس (اصلی، آلفا، دلتا و اومیکرون) با گیرنده ACE2 وجود ندارد اما میزان تمایل اتصال به گیرنده KREMEN1 رو به افزایش است و در واریانت دلتا به اوج خود رسیده است.

مشاهده مقاله

اثرات سمیت سلولی عصاره سیتوپلاسمی لاکتوباسیلوس جدا شده از محصولات لبنی استان گیلان بر روی رده سلولی سرطان روده بزرگ (HT-29)

نسیم پاداشت؛ خسرو عیسی زاده؛ مرجان شاه ایلی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 14 شهریور 1401

https://doi.org/10.22108/bjm.2022.133373.1466

چکیده

مقدمه: باکتری‌های پروبیوتیک از جمله لاکتوباسیلوس‌ها به عنوان یکی از عوامل پیشگیری از ابتلا به بسیاری از سرطان‌ها شناخته شده‌اند. هدف از این مطالعه بررسی اثرات ضد سرطانی عصاره سیتوپلاسمی لاکتوباسیوس ... بیشتر مقدمه: باکتری‌های پروبیوتیک از جمله لاکتوباسیلوس‌ها به عنوان یکی از عوامل پیشگیری از ابتلا به بسیاری از سرطان‌ها شناخته شده‌اند. هدف از این مطالعه بررسی اثرات ضد سرطانی عصاره سیتوپلاسمی لاکتوباسیوس جدا شده از محصولات لبنی استان گیلان بر رده سلولی سرطان روده بزرگ HT-29 می‌باشد.مواد و روش ها: در این مطالعه باکتری‌های لاکتوباسیلوس توسط روش‌های متداول کشت و بر اساس ویژگی‌های بیوشیمیایی از محصولات لبنی جداسازی و شناسایی شدند. سپس با استفاده از آغازگرهای اختصاصی، ژن 16S rRNA باکتری‌ها تکثیر شد و نمونه‌های مورد تایید پس از تعیین توالی، با توالی‌های موجود در NCBI مقایسه گردیدند. غلظت‌های مختلف 5/0، 75/0، 1، 5/1 و 2 میلی‌گرم/میلی‌لیتر از عصاره سیتوپلاسمی سویه منتخب ساخته شد. در نهایت اثرات سمیت سلولی عصاره سیتوپلاسمی لاکتوباسیلوس بر رده سلولی سرطانی HT-29 و سالم HUVEC توسط روش MTT بررسی شد.نتایج: نتایج تست MTT بیانگر آن بود که عصاره سیتوپلاسمی لاکتوباسیلوس به صورت وابسته به دوز، بقا و تکثیر سلول‌های سرطانی روده بزرگ را در مدت زمان 24 ساعت کاهش می‌دهد که بیشترین اثر مهاری مربوط به غلظت 2 میلی‌گرم/میلی‌لیتر بود. غلظت‌های 1، 5/1 و 2 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر، زنده‌مانی سلول‌ها را به ترتیب 87/4±50، 8.61±40 و 80/5±25 درصد کاهش دادند. همچنین میزان IC50 عصاره سیتوپلاسمی بر رده سلولی HT29 معادل 43/1 میلی‌گرم/ میلی‌لیتر بدست آمد. همچنین اثرات سایتوتوکسیک بر رده سلولی نرمال HUVEC مشاهده نشد.بحث و نتیجه گیری: بر اساس نتایج، عصاره سیتوپلاسمی لاکتوباسیلوس جدا شده از محصولات لبنی موجب کاهش رشد سلول‌های سرطانی HT-29 شد که با انجام مطالعات بیشتر می‌تواند به عنوان یک محصول بیولوژیک در درمان و پیشگیری از سرطان روده بزرگ مورد استفاده قرار گیرد .

مشاهده مقاله

ارزیابی مولکولی رونویسی ژن icaA تیمارشده با ریفامپین و عصاره سیر در استافیلوکوکوس اورئوس

زهرا ابراهیمی شکرباغانی؛ هادی حبیب االهی؛ محمد رضا صفری مطلق

دوره 12، شماره 45 ، فروردین 1402، ، صفحه 31-50

https://doi.org/10.22108/bjm.2022.132045.1436

چکیده

چکیده مقدمه: استافیلوکوکوس اورئوس ازجمله باکتری‌های بیماری‌زا در انسان است که عامل طیف وسیعی از بیماری‌هاست. تشکیل بیوفیلم استافیلوکوکوس اورئوس را در برابر شرایط محیطی نامساعد و سیستم ایمنی میزبان ... بیشتر چکیده مقدمه: استافیلوکوکوس اورئوس ازجمله باکتری‌های بیماری‌زا در انسان است که عامل طیف وسیعی از بیماری‌هاست. تشکیل بیوفیلم استافیلوکوکوس اورئوس را در برابر شرایط محیطی نامساعد و سیستم ایمنی میزبان در امان نگه می‌دارد. ژن‌هایی که مهم‌ترین مواد تشکیل‌دهندة بیوفیلم را کد می‌کنند، متعلق به اپرون ica هستند که یکی از مهم‌ترین آنها ژن icaA است. ریفامپین یک آنتی‌بیوتیک با طیف گسترده است و سیر نیز به‌دلیل داشتن ماده مؤثره آلیسین دارای اثرات ضدمیکروبی مطلوبی است. در این پژوهش، اثر ضدمیکروبی عصاره سیر در سطح فنوتیپی و مولکولی و تأثیر آن بر میزان بیان ژن بیوفیلم icaA و مقایسة آن با آنتی‌بیوتیک ریفامپین بررسی شد. مواد و روش‏‏ها: یک سویة استاندارد و دو سویة بیماری‌زا از استافیلوکوکوس اورئوس ارزیابی شدند. آزمون‌های آنتی‌بیوگرام، حداقل غلظت مهاری و حداقل غلظت کشندگی با آنتی‌بیوتیک ریفامپین و عصاره سیر انجام شدند. آزمون فنوتیپی بیوفیلم نیز با میکروپلیت 96 چاهکی انجام شد. پس از استخراج RNA از نمونه‌های تیمارشده با ریفامپین و عصاره سیر، سنتز cDNA و سپس Real time PCR صورت گرفت و میزان بیان ژن icaA سنجیده شد. نتایج: آزمون آنتی‌بیوگرام، اثر ضدمیکروبی عصاره سیر را حداقل دربارة سویة استاندارد و یکی از سویه‌های بیماری‌زا به اثبات رساند؛ به‌طوری‌که این تأثیر در مقایسه با ریفامپین درخور توجه بود. نتایج حداقل غلظت مهاری (MIC) و حداقل غلظت کشندگی (MBC) دربارة هر سه سویه برای ریفامپین و ترکیب توأم ریفامپین و گارسین به‌ترتیب 375 و 750 میکروگرم بر میلی‌لیتر تعیین شدند. نتایج Real time PCR نشان دادند در همه سویه‌های مطالعه‌شده، عصاره سیر و ریفامپین قادر به کاهش بیان ژن icaA هستند و استفاده توأم این دو ماده به کاهش چشمگیر بیان این ژن منجر شد. دربارة سویة استاندارد، ریفامپین و عصاره سیر به‌ترتیب بیان icaA را به 88 درصد و 60 درصد نمونه کنترل کاهش دادند و ترکیب این دو ماده با یکدیگر به کاهش حدود 50 درصدی بیان ژن بیوفیلم icaA منجر شد. بحث و نتیجه‏گیری: در یک جمع‌بندی کلی استنباط می‌شود آنتی‌بیوتیک ریفامپین می‌تواند بر مهار باکتری‌های بیماری‌زایی همچون استافیلوکوکوس اورئوس مؤثر باشد. همچنین عصاره سیر در سطح فنوتیپی و در سطح مولکولی می‌تواند به‌عنوان داروی ضد این باکتری استفاده شود.

فعالیت بازدارنده برخی از باکتری‌های اندوفیت برگSatureja khuzestanica در برابر باکتری‌های بیماری‌زای گیاهی

میترا امیدی نسب؛ غلام خداکرمیان

دوره 11، شماره 44 ، دی 1401، ، صفحه 145-158

https://doi.org/10.22108/bjm.2022.134522.1482

چکیده

چکیده مقدمه: میکروب‌هایی که درون بافت‌های گیاهی قرار دارند، به نام اندوفیت شناخته می‌شوند. این میکروب‌ها مجموعه‌ای از ترکیبات را تولید می‌کنند که قابلیت استفاده در پزشکی و کشاورزی مدرن را دارند. ... بیشتر چکیده مقدمه: میکروب‌هایی که درون بافت‌های گیاهی قرار دارند، به نام اندوفیت شناخته می‌شوند. این میکروب‌ها مجموعه‌ای از ترکیبات را تولید می‌کنند که قابلیت استفاده در پزشکی و کشاورزی مدرن را دارند. هدف از این مطالعه جداسازی، غربالگری و شناسایی باکتری‌های اندوفیت با فعالیت ضدمیکروبی علیه باکتری‌های پاتوژن گیاهی بود. گیاهان دارویی مانند Satureja khuzestanica به‌دلیل داشتن برخی متابولیت‌های ثانویه در طب سنتی استفاده می‌شوند؛ اما اطلاعات مربوط به اندوفیت‌های باکتریایی طبیعی آن محدود است. مواد و روش‏‏ها: در مطالعه حاضر، 27 سویه اندوفیت از S. khuzestanica جداسازی شد. براساس توالی‌یابی ژن 16S rRNA، سویه‌های باکتریایی جداشده با بیشترین فعالیت در برابر باکتری‌های بیماری‌زای گیاهی متعلق به جنس‌های Bacillus، Streptomyces و Pseudomonas بودند. متابولیت‌های ثانویه زیست‌فعال این باکتری‌های اندوفیت با استفاده از اتیل استات استخراج شدند و سپس آنالیز کروماتوگرافی گازی - طیف‌سنجی جرمی (GC-MS) در شرایط استاندارد انجام شد. حداقل غلظت مهاری (MIC) برای پنج گونه باکتری با روش رقت میکروبراث تعیین شد. نتایج: تجزیه و تحلیل داده‌ها نشان دادند تفاوت معنی‌داری برای فعالیت ضدمیکروبی ثبت شد که حداقل غلظت بازداری آن از 312/0 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر تا 5/2 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر بود. حداقل غلظت باکتری‌کشی 625/0 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر تا 10 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر بود. بحث و نتیجه‏ گیری: ترکیبات اصلی در تجزیه و تحلیل GC-MS باکتری‌های اندوفیت در این مطالعه 2،4-di-tert-butylphenol ، beta-d-glucopyranose ، hexadecane، tetradecane، eicosane و dibutyl phthalate بودند. این مطالعه برای نخستین‌بار اندوفیت‌های باکتریایی S. khuzestanica با فعالیت ضدمیکروبی علیه فیتوپاتوژن‌های باکتریایی را گزارش می‌دهد. یافته‌های ما بینش جدیدی را دربارة فعالیت‌های ضدمیکروبی باکتری‌های اندوفیت طبیعی S. khuzestanica ارائه می‌دهد.

جداسازی و شناسایی مولکولی دو قارچ اندوفیت تولیدکنندة روتین از گیاه کَبَر (Capparis spinosa L.)

محسن رجبی؛ محمدرضا عظیمی مقدم؛ علی عزیزی؛ جلال سلطانی

دوره 11، شماره 44 ، دی 1401، ، صفحه 169-180

https://doi.org/10.22108/bjm.2022.134578.1484

چکیده

چکیدهمقدمه: فلاونوئیدها گروهی از ترکیبات پلی‌فنولیک‌اند که در اندام‌های مختلف گیاهان عالی به‌طور طبیعی یافت شده‌اند. بسیاری از فلاونوئیدها پایه ساخت داروهای گیاهی هستند و اثرات فارماکولوژیکی مؤثری ... بیشتر چکیدهمقدمه: فلاونوئیدها گروهی از ترکیبات پلی‌فنولیک‌اند که در اندام‌های مختلف گیاهان عالی به‌طور طبیعی یافت شده‌اند. بسیاری از فلاونوئیدها پایه ساخت داروهای گیاهی هستند و اثرات فارماکولوژیکی مؤثری دارند. روتین نیز یکی از فلاونوئیدهایی است که به‌عنوان معرف در مطالعات فلاونوئیدها کاربرد داشته است و نیز یک آنتی‌اکسیدان محسوب می‌شود. این مطالعه به‌منظور جداسازی و شناسایی مولکولی قارچ‌های اندوفیت تولیدکنندة روتین از گیاه کَبَر انجام گرفت.مواد و روش‏‏ها: نمونه‌برداری از 10 منطقه ایران و از بافت‌های مختلف (شامل برگ، ساقه، ریشه و میوه) انجام شد. نمونه‌ها پس از ضدعفونی سطحی روی محیط کشت PDA قرار گرفتند و جدایه‌های قارچی به‌دست‌آمده خالص‌سازی شدند. شناسایی مولکولی جدایه‌‌ها با توالی‌یابی ناحیه ITS1-5.8S-ITS2 انجام شد. شناسایی مورفولوژیکی قارچ‌ها نیز با روش تهیه اسلاید میکروسکوپی و کلیدهای شناسایی قارچ‌ها انجام شد. عصاره متانلی قارچ‌ها به روش خیساندن، تهیه و وجود روتین با استفاده از تکنیک HPLC بررسی شد.نتایج: در مجموع 24 قارچ شناسایی شدند. تجزیه و تحلیل HPLC نشان داد پیک فلاونوئیدهای استاندارد شامل روتین، کوئرستین و آپی‌جنین به‌ترتیب در 82/3، 60/7 و 40/12 دقیقه ظاهر شد. نتایج نشان دادند تنها دو جدایه قارچی قادر به تولید روتین بودند. مقایسه میانگین تولید روتین تفاوت معنی‌داری را نشان داد. قارچ Alternaria alternata M28 بیشترین میزان تولید روتین را داشت (94/22 پی‌پی‌ام). همچنین نتایج نشان دادند تولید روتین در بافت میسلیوم بیشتر از محیط خارج سلولی است؛ به‌طوری‌که در A. alternata M28 و Paecilomyces maximus M7 به‌ترتیب حدود 5/67 و 56/5 برابر روتین در میسلیوم تولید می‌شود.بحث و نتیجه ‏گیری: روتین قارچی موجود در عصاره‌های متانولی با HPLC مشخص شد. این نخستین گزارشی است که نشان می‌دهد قار‌چ‌های اندوفیت پتانسیل پذیرفتنی برای تشکیل روتین از گیاه C. spinosa دارند و تحقیقات بیشتر روی این جدایه‌ها می‌تواند میزان تولید روتین را در آنها افزایش دهد و احتمالاً به تجاری‌سازی منجر شود.

اثر عصارۀ سلولی باکتری (بومی) پروبیوتیک لاکتوباسیلوس کازئی روی مرگ سلول‌های آدنوکارسینومای پانکراس (AsPC-1) و بیان ژن‌های آپپتوزی Bcl2، bax و DPC4

ریحانه یگانه؛ مریم تاج آبادی ابراهیمی؛ مینا رمضانی

دوره 10، شماره 40 ، دی 1400، ، صفحه 1-8

https://doi.org/10.22108/bjm.2020.120382.1251

چکیده

مقدمه: امروزه باکتری‌های پروبیوتیک مانند لاکتو‌باسیل‌ها به‌عنوان یکی از عوامل پیشگیری‌کنندۀ ابتلا به بسیاری از بیماری‌ها ازجمله سرطان شناخته شده‌اند. هدف مطالعۀ حاضر، بررسی آثار سمیت سلولی محلول ... بیشتر مقدمه: امروزه باکتری‌های پروبیوتیک مانند لاکتو‌باسیل‌ها به‌عنوان یکی از عوامل پیشگیری‌کنندۀ ابتلا به بسیاری از بیماری‌ها ازجمله سرطان شناخته شده‌اند. هدف مطالعۀ حاضر، بررسی آثار سمیت سلولی محلول رویی باکتری پروبیوتیک لاکتوباسیلوس پاراکازئی (IBRC_10784) روی ردۀ سلولی سرطان پانکراس (ASPc-1)و آنالیز بیان ژن‌های آپپتوزی bax، Bcl2 و DPC4 بود.مواد و روش‏‏ها: مطالعۀ حاضر روی ردۀ سلولی سرطانی پانکراس انجام شد و اثر محیط‌کشت و فراوردۀ لاکتوباسیلوس پاراکازئی روی بیان ژن‌های دخیل در آپوپتوز و همچنین ژن DPC4 مطالعه شد. باکتری در محیط‌کشت اختصاصی MSR broth کشت داده و در انکوباتور CO2دار به‌مدت 48 ساعت گرماگذاری شد. پس از مشاهدة رشد باکتری، محیط‌کشت در شرایط rpm 9000 به‌مدت 5 دقیقه سانتریفیوژ و محلول رویی جدا شد. سپس با استفاده از فیلتر سرنگی، این محلول استریل و در مراحل بعدی استفاده شد. در ادامه، سلول‌های AsPC-1 با محلول رویی کشت باکتری تیمار 24 ساعته شدند و پس از آن، استخراج RNA و ساخت cDNA انجام شد. سپس واکنش Q-PCR انجام شد.نتایج: نتایج نشان دادند محلول رویی کشت باکتری لاکتوباسیلوس پاراکازئی می‌تواند میزان بیان ژن‌های مطالعه‌شده را تغییر دهد؛ به‌طوری‌که بیان ژن bax را 86/1 برابر نسبت به ژن رفرنس افزایش داد. همچنین، بیان ژن bcl-2 را نسبت به ژن رفرنس 56/4 برابر کاهش داد. نکتۀ درخور توجه در تغییر بیان ژن DPC4 بود؛ به‌طوری‌که بیان این ژن نسبت به ژن رفرنس به مقدار 67/2 برابر افزایش یافت و این مقدار تغییر بیان، معنادار (P< 0.005) بود.بحث و نتیجه‏ گیری: مطابق با نتایج ما به نظر میرسد که افزایش بیان ژن سرکوبگر تومور DPC4 که از عوامل ضروری در مسیر TGF-β میباشد می تواند در سرکوب سرطان پانکراس مهم باشد.

بررسی اثرات ضدباکتریایی نانوذرات نقره بر بیان ژن blaTEM در سویة اشرشیا کلی مقاوم به آنتی‌بیوتیک بتالاکتام

ولید البدیری؛ فرحناز مولوی؛ مریم طهرانی پور

دوره 10، شماره 39 ، مهر 1400، ، صفحه 87-100

https://doi.org/10.22108/bjm.2021.125907.1353

چکیده

مقدمه: تاکنون نتایج نشان داده است دلیل مهم مقاومت باکتری اشرشیا کلی به آنتی‌بیوتیک بتالاکتام، وجود بتالاکتامازهای وسیع‌الطیف (ESBLs) است که محصول بیان ژن‌های SHV و TEM هستند. همچنین، مطالعات زیادی نشان می‌دهند ... بیشتر مقدمه: تاکنون نتایج نشان داده است دلیل مهم مقاومت باکتری اشرشیا کلی به آنتی‌بیوتیک بتالاکتام، وجود بتالاکتامازهای وسیع‌الطیف (ESBLs) است که محصول بیان ژن‌های SHV و TEM هستند. همچنین، مطالعات زیادی نشان می‌دهند استفاده از نانوذرات می‌تواند برای از بین بردن مقاومت باکتری‌ها مؤثر باشد؛ بنابراین، هدف از این تحقیق، بررسی تأثیر نانوذرات نقره بر میزان بیان ژن مقاومت به بتالاکتاماز blaTEM و تعیین الگوی مقاومت آنتی‌بیوتیکی در سویه‌های اشرشیا کلی است. مواد و روش‏‏ها: در این مطالعة مقطعی - توصیفی 64 اشرشیا کلی از 11 آزمایشگاه تشخیص طبی جمع‌آوری شده و با استفاده از روش‌های استاندارد آزمایشگاهی و کشت اختصاصی تأیید هویت شده‌اند. برای بررسی وجود ژن‌ blaTEM از روش PCR استفاده شد. به‌منظور ارزیابی الگوی حساسیت آنتی‌بیوتیکی سویه‌ها، روش انتشار دیسک براساس پروتکل CLSI انجام شد. نانوذرة نقره با عصارة زنجبیل ساخته و برای بررسی اثر نانوذرة نقره بر بیان ژن blaTEMاز روش Real time PCR استفاده شد. نتایج: از 64 سویة اشرشیا کلی مقاوم 61 سویه به بتالاکتام مقاوم بودند. ارزیابی فنوتیپی الگوی مقاومت آنتی‌بیوتیکی سویه‌های اشرشیا کلی مقاوم به بتالاکتام نشان داد 90 درصد به پنی‌سیلین، 66 درصد به کربنی‌سیلین، 87 درصد به اریترومایسین، 85 درصد به سفوتاکسیم، 84 درصد به سفتریاکسون، 49 درصد به جنتامایسین، 37 درصد به سپیروفلوکساسین 22 درصد به ایمی‌پنم و 12 درصد به لینزولید مقاومت داشتند؛ یعنی بیشترین میزان مقاومت آنتی‌بیوتیکی به‌ترتیب متعلق به پنی‌سیلین (90 درصد) و اریترومایسین (87 درصد) و کمترین نسبت به ایمی‌پنم (22 درصد) و لینزولید (12 درصد) بود. بررسی مولکولی نشان‌دهندة حضور ژن blaTEM در تمام سویه‌ها بود. نتیجة بررسی ریل تایم روی 3 سویه که وجود ژن blaTEM در آنها توسط PCR تأیید شده بود و تحت تیمار نانوذرات نقره قرار گرفته بودند نشان داد تأثیر نانوذرات نقره بر بیان ژن blaTEM معنادار و کاهنده است و می‌تواند با کاهش بیان ژن blaTEMو کاهش ترشحآنزیم‌های بتالاکتاماز در باکتری، اثربخشی آنتی‌بیوتیک‌های بتالاکتام را افزایش و مقاومت باکتری را به این گروه از آنتی‌بیوتیک‌ها کاهش دهد. بحث و نتیجه‏گیری: وجود 61 سویة مقاوم از 64 سویه در مطالعة حاضر نشان‌دهندة افزایش مقاومت اشرشیا کلی مقاوم نسبت به آنتی‌بیوتیک‌های مختلف بوده که این مسئله یک هشدار جدی برای درمان عفونت‌های ناشی از اشرشیا کلی است. موثربودن نانوذرة نقره بر بیان ژن blaTEM نشان می‌دهد این ماده می‌تواند یک جایگزین خوب یا همراه مناسب برای آنتی‌بیوتیک‌های موجود مدنظر باشد.

بررسی فراوانی نسبی عفونت‌های قارچی در سرم بیماران مبتلا به مالتیپل اسکلروزیس و افراد سالم به روش PCR

امینه زرین نژاد؛ محمد حسن شاه حسینی؛ توحید پیری قراقیه

دوره 10، شماره 37 ، فروردین 1400، ، صفحه 37-50

https://doi.org/10.22108/bjm.2020.122265.1288

چکیده

مقدمه: عوامل ژنتیکی و محیطی مختلفی با بیماری مالتیپل اسکلروزیس (MS)و پیشرفت آن ارتباط دارند؛ ازجمله عوامل محیطی مؤثر می‌توان به عوامل عفونی و به‌ویژه قارچ‌ها اشاره کرد. مبنای ایمونولوژیک بیماری MS و آثار ... بیشتر مقدمه: عوامل ژنتیکی و محیطی مختلفی با بیماری مالتیپل اسکلروزیس (MS)و پیشرفت آن ارتباط دارند؛ ازجمله عوامل محیطی مؤثر می‌توان به عوامل عفونی و به‌ویژه قارچ‌ها اشاره کرد. مبنای ایمونولوژیک بیماری MS و آثار عفونت‌های قارچی بر سیستم ایمنی سبب شد فراوانی نسبی ابتلا به عفونت‌های قارچی در بیماران مبتلا به MS با افراد شاهد مقایسه شود. مواد و روش‏‏ها: تعداد 100 نمونه سرم بیمار مبتلا به بیماری MS و افراد شاهد جمع‌آوری شدند. پس‌از استخراج DNA، اختصاصیت و حساسیت آزمون PCR در زمینۀ آغازگرهای عمومی قارچی بررسی و سپس آزمون PCR بهینه روی نمونه‌های شاهد و بیمار انجام شد. نتایج: قطعۀ 575 جفت بازی به کمک آغازگرهای عمومی تکثیر و روی ژل آگارز مشاهده شد. آزمون PCR به‌‌منظور بررسی اختصاصیت با DNAهای قارچ، باکتری و ویروس انجام شد و تکثیر تنها با DNA قارچی مشاهده شد و تکثیری با سایر DNAها مشاهده نشد. تعداد 11 نمونه از 100 نمونۀ بیمار و تعداد 4 نمونه از 100 نمونۀ سالم مثبت شد؛ همچنین حد تشخیص در این واکنش برابر 40 کپی DNA به دست آمد. بررسی نتایج با نرم‌افزار SPSS و آزمون دقیق فیشر نشان دادند تفاوت معناداری (p value=0.052) بین گروه بیمار و شاهد وجود دارد. بحث و نتیجه‏گیری: بیماران MS به‌علت سیستم ایمنی ضعیف‌تر و استفاده از داروهای سرکوب‌کنندۀ سیستم ایمنی، فراوانی نسبی بیشتری در میزان آلودگی به عفونت‌های قارچی دارند. وجود عامل عفونی فعال در این بیماران می‌تواند مدت زمان تخریب سیستم عصبی را افزایش دهد؛ ازاین‌رو، تشخیص عامل عفونی فعال و تجویز رژیم دارویی متناسب می‌تواند عامل کمک‌کننده‌ای در جلوگیری از پیشرفت بیماری تلقی شود و بنابراین، لازم است مطالعه‌های بیشتری در زمینۀ انواع گونه‌های قارچی مؤثر و سازوکار بیماری‌زایی آنها انجام شود.

The High Anti-cytotoxic Effects of Novel Lactobacillus Plantarum HBM-IAUF-1 and Lactococcus Lactis HBM-IAUF-8 against SK-BR-3 Breast Cancer Cell Line

زیبا هرندی؛ کیوان بهشتی مآل؛ رامش منجمی

دوره 9، شماره 36 ، دی 1399، ، صفحه 59-68

https://doi.org/10.22108/bjm.2020.121092.1266

چکیده

Introduction: Recently, breast cancer therapy is challenging worldwide. The probiotics could be used as an alternative for breast cancer prohibition and treatment among which Lactic Acid Bacteria, LAB, have beneficial effects on host health. Materials and methods: Lactic acid bacteria were isolated from yogurt and cheese samples using bacterial culture on MRS ... بیشتر

بهینه‌کردن تولید شکل محلول آنزیم ال-آسپاراژیناز باکتری نمک‌دوست به‌طور نوترکیب در اشریشیا کلی

یاسمن اسعدی؛ ریحانه خالقی؛ صدیقه اسد

دوره 9، شماره 35 ، مهر 1399، ، صفحه 59-70

https://doi.org/10.22108/bjm.2020.121684.1278

چکیده

مقدمه: آنزیم ال-آسپاراژیناز (EC 3.5.1.1) نقش مهمی در درمان سرطان و به‌ویژه لوسمی حاد لنفوئیدی دارد. حذف سریع آنزیم‌ از جریان خون، فعالیت گلوتامینازی و همچنین ایجاد واکنش ایمنی در بدن از معایب آنزیم‌های تجاری ... بیشتر مقدمه: آنزیم ال-آسپاراژیناز (EC 3.5.1.1) نقش مهمی در درمان سرطان و به‌ویژه لوسمی حاد لنفوئیدی دارد. حذف سریع آنزیم‌ از جریان خون، فعالیت گلوتامینازی و همچنین ایجاد واکنش ایمنی در بدن از معایب آنزیم‌های تجاری است و ازاین‌رو، شناسایی ال-آسپاراژینازهای جدید با ویژگی‌های مطلوب ضروری است. ژن بیان‌کنندۀ ال-آسپاراژیناز مشتق‌شده از باکتری نمک‌دوست هالوموناس الانگاتا که پیش‌تر ویژگی‌های مطلوب آن به‌منظور درمان سرطان گزارش شده به‌شکل نوترکیب در اشریشیا کلی تولید شده است؛ اما بخش اعظم پروتئین نوترکیب به‌شکل نامحلول در سلول باقی می‌ماند. مواد و روش‏‏ها: در مطالعۀ حاضر، ابتدا دو میزبان اشریشیا کلی BL21 (DE3) و ArcticExpress (DE3) برای بیان پروتئین به‌شکل محلول مقایسه شدند. پس‌از انتخاب میزبان، اثر عوامل مختلف ازجمله محیط‌کشت، غلظت القاکننده، میزان مایۀ تلقیح، زمان و دمای القا و میزان هوادهی به روش یک فاکتور در زمان بهینه شد. نتایج: بر اساس یافته‌ها، بیشترین مقدار تولید ال-آسپاراژیناز فعال مربوط به میزبان اشریشیا کلی BL21 (DE3) در محیط کشت LB با افزودن 1 درصد مایۀ تلقیح، 5/0 میلی‌مولار IPTG و سرعت برهم‌زدن 150 دور‌بردقیقه حاصل شد؛ همچنین بیشترین فعالیت ویژۀ ال-آسپاراژیناز به بیان در دمای 37 درجه سانتی‌گراد و برای مدت زمان 9 ساعت تعلق داشت. در مرحله بعد، اثر افزودنی‌های مختلف به محیط‌کشت بررسی و مشاهده شد افزودن 2 درصد اتانول و 200 میلی‌مولار آرژینین تأثیر چشمگیری بر افزایش فعالیت ویژۀ آنزیم دارد. بحث و نتیجه‏گیری: درنهایت، اِعمال شرایط بهینه سبب افزایش مقدار فعالیت ویژه از حالت پایۀ تقریباً 1000 واحد‌بر‌میلی‌گرم به حدود 3500 واحد‌بر‌میلی‌گرم (بیش از سه برابر) شد.

مطالعۀ فنوتیپی و ژنوتیپی کلاس‌های ژن تنظیم‌گر مقاومت به کولیستین (arn) در اسینتوباکتر بومانی جداشده از موارد بالینی به روش PCR چندگانه

فرنوش کریمی؛ کیومرث امینی؛ غلامرضا جوادی

دوره 9، شماره 34 ، تیر 1399، ، صفحه 13-21

https://doi.org/10.22108/bjm.2020.120342.1248

چکیده

مقدمه: کولیستین آخرین خط درمان در عفونت‌های بیمارستانی ناشی از اسینتوباکتر بومانی به شمار می‌آید. امروزه با روشن‌شدن سازوکار انتقال مقاومت از طریق ژن‌های arn، بروز الگوی مقاومت دارویی جدید در جدایه‌‏های ... بیشتر مقدمه: کولیستین آخرین خط درمان در عفونت‌های بیمارستانی ناشی از اسینتوباکتر بومانی به شمار می‌آید. امروزه با روشن‌شدن سازوکار انتقال مقاومت از طریق ژن‌های arn، بروز الگوی مقاومت دارویی جدید در جدایه‌‏های اسینتوباکتر بومانی مشاهده شده است. در مطالعۀ حاضر سعی شد به بررسی فنوتیپی و ژنوتیپی کلاس‌های ژن تنظیم‌گر مقاومت به کولیستین (arn) در گونه‌های جدا‌شده از موارد بالینی پرداخته شود. مواد و روش‏‏ها: به‌منظور انجام این مطالعۀ توصیفی، پس‌از دریافت رضایت کتبی، تعداد 400 نمونۀ بالینی از بیماران بستری در بیمارستان حضرت رسول تهران جمع‌آوری شد. پس‌از شناسایی جدایه‌‏ها با استفاده از روش‌های بیوشیمیایی و بررسی 16S rDNA، الگوی مقاومت آنتی‏بیوتیکی جدایه‌‏ها به دو روش انتشار دیسک و روش مولکولی (برای ردیابی ژن‏های arnBوarnT) تعیین شد. نتایج: تعداد 60 سویۀ اسینتوباکتر بومانی از 400 نمونۀ گرفته‌شده جدا شد. مطابق نتایج بررسی الگوی مقاومت آنتی‌بیوتیکی، در بیشترین حالت، بیش از 38 درصد نمونه‌های خون دارای گونۀ اسینتوباکتر بومانی بودند و در هیچ نمونۀ مغزی‌نخاعی، اسینتوباکتر بومانی یافت نشد و کمترین نسبت آلودگی را نشان داد (p <0.05)؛ همچنین اختلاف آماری معناداری بین حساسیت آنتی‌بیوتیکی جدایه‌های اسینتوباکتر بومانی به کولیستین و سایر آنتی‌بیوتیک‌ها مشاهده شد (p <0.05)؛ علاوه‌بر‌این، سویه‌های مقاوم به کولیستین دارای ژن‌های arnB و arnT بودند که در مقایسه با سایر سویه‌ها ازنظر آماری معنادار بود (p <0.05). بحث و نتیجه‏گیری: باتوجه‌به اینکه کولیستین آخرین خط درمان است، افزایش مقاومت به آن می‌تواند به افزایش مرگ‌و‌میر و هزینه‌های بیمارستانی منجر شود؛ از‌این‌رو، به‌کارگیری رژیم‌های درمانی جدید و حساسیت بیشتر در تشخیص به‌موقع و کنترل عفونت‌های بیمارستانی امری ضروری به نظر می‌رسد.

ژنوتایپینگ جدایه های استرپتوکوکوس پیوژنز با استفاده از پروتکل بهینه RAPD-PCR

اکرم رحیمی مقدم؛ سیاوش سلمانزاده-اهرابی؛ طاهره فلسفی؛ مهوش سیفعلی؛ زهرا پور رمضان

دوره 8، شماره 32 ، دی 1398، ، صفحه 131-138

https://doi.org/10.22108/bjm.2019.114256.1173

چکیده

مقدمه: استرپتوکوکوس پیوژنز بیماری‌های عفونی و غیرعفونی متنوعی را ایجاد می‌کند. تایپینگ جدایه‌های استرپتوکوکوس پیوژنز یکی از ابزارهای ضروری در مطالعات اپیدمیولوژی مربوط به این باکتری هستند. RAPD-PCR یک ... بیشتر مقدمه: استرپتوکوکوس پیوژنز بیماری‌های عفونی و غیرعفونی متنوعی را ایجاد می‌کند. تایپینگ جدایه‌های استرپتوکوکوس پیوژنز یکی از ابزارهای ضروری در مطالعات اپیدمیولوژی مربوط به این باکتری هستند. RAPD-PCR یک تکنیک تایپینگ بر اساس PCR و روشی سریع، ارزان، آسان است. مشکل اصلی این روش تکرارپذیری کم نتایج است که با بهینه سازی پروتکل RAPD حل خواهد شد.مواد و روش‌ها: در این مطالعه بهینه‌سازی پروتکل RAPD-PCR شامل روش استخراج DNA، نوع پرایمر، غلظت ترکیبات PCR و برنامه PCR با استفاده از طراحی فاکتوریال آزمایش‌ها برای استرپتوکوکوس پیوژنز ATCC 19615 به عنوان سویه استاندارد انجام شد. سپس 16 جدایه استرپتوکوکوس پیوژنز با استفاده از پروتکل بهینه ژنوتایپ شدند. تایپ‌پذیری، تکرارپذیری و قدرت افتراق پروتکل بهینه تعیین شد.نتایج: از سه روش استخراج DNA، روش ست بافر تغییر یافته و از هفت پرایمر، پرایمر P14 انتخاب شدند. غلظت‌های بهینه ترکیبات PCR، 3 mM MgCl2، 150 pmol primer P14، 0.2 mM dNTPs، 10 ng template DNA و 2 U Taq DNA polymerase بودند. برنامه بهینه PCR از دناتوراسیون اولیه min 4 در C°94 و 45 چرخه شامل min 1 در C°94، min 2 در 31، min 2 در C°72 و min 10 در C°72 برای تکثیر پایانی تشکیل شد. استرپتوکوکوس پیوژنز ATCC 19615 و همه جدایه‌های استرپتوکوکوس پیوژنز با استفاده از پروتکل بهینه تایپ‌پذیر بودند و نتایج RAP-PCR آن‌ها تکرارپذیر بود. قدرت افتراق محاسبه شده بسیار مطلوب بود (DI = 1). 16 جدایه استرپتوکوکوس پیوژنز متعلق به 16 سویه بودند که در سه کلاستر اصلی با سطح تشابه 14 درصد طبقه‌بندی شدند.بحث و نتیجه‌گیری: با بهینه‌سازی صحیح شرایط RAPD-PCR، یک پروتکل مناسب و تکرارپذیر برای ژنوتایپینگ جدایه‌های استرپتوکوکوس پیوژنز به دست آمد. پروتکل بهینه به دست آمده در این پژوهش را می‌توان برای انجام RAPD-PCR در مطالعات اپیدمیولوژی جدایه‌های استرپتوکوکوس پیوژنز استفاده نمود.

آنالیز ژنتیکی ژنهای پپتید سنتتاز (‏NRPSs‏) در بیوسنتز محصولات طبیعی سیانوباکتری های دریاچه ‏لواسان

بهاره نوروزی؛ عباس اخوان؛ غزاله سلطانی

دوره 8، شماره 30 ، تیر 1398، ، صفحه 27-54

https://doi.org/10.22108/bjm.2019.113241.1161

چکیده

مقدمه‎:‎‏ سیانوباکتری ها، کاندیدای خوبی برای کشف محصولات طبیعی با کاربرد در صنایع داروسازی هستند. امروزه، عمده ‏متابولیتهای بیواکتیو جدا شده از سیانوباکتری ها به صورت پلی کتیدی ، پپتیدهای ... بیشتر مقدمه‎:‎‏ سیانوباکتری ها، کاندیدای خوبی برای کشف محصولات طبیعی با کاربرد در صنایع داروسازی هستند. امروزه، عمده ‏متابولیتهای بیواکتیو جدا شده از سیانوباکتری ها به صورت پلی کتیدی ، پپتیدهای غیر ریبوزومی و یا هیبریدی از این دو ‏هستند. به رغم مطالعات بسیار در زمینه پراکنش ژنهای ‏NRPS، هیچکدام از آنها در زمینه سویه های سیانوباکتریایی دریاچه ‏لواسان نبوده است. بنابراین، هدف از این مطالعه بررسی همبستگی بین حضور این ژنها با سنتز ترکیبات طبیعی است.‏مواد و روش ها: در این مطالعه، ده سیانوباکتری آب شیرین از دریاچه لواسان بر اساس توالی ژن ‏‎16SrRNA‎‏ شناسایی شدند. ‏PCR‏ ژن ‏NRPS‏ با استفاده از تکنیکهای مولکولی به منظور آنالیز فیلوژنتیک ژنهای مسئول برای تولید متابولیتهای ثانویه انجام ‏شد. به منظور پیشگویی ترکیب پپتیدی، اسید آمینه فعال شده و توالی های امضای مودول آدنیلیشن ‏NRPS‏ از نرم افزارهای ‏بیوانفورماتیک استفاده گردید. آزمایشات غربال گری آنتی بیوگرام با استفاده از روش دیسک انجام گردید. نتایج: نتایج نشان داد که ژنهای ‏NRPS‏ در همه سویه های مطالعه شده موجودند. به علاوه، نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل های ‏بیوانفورماتیک، نوع ترکیب طبیعی، توالی های امضا و پیشگویی اسید آمینه فعال شده را نشان داد. خوشه بندی توالی های ‏پروتئینی ‏NRPS‏ نشان داد که هیچ همبستگی فیلوژنتیکی مشخصی بین دمین های آدنیلیشن و نوع اسید آمینه فعال شده وجود ‏ندارد و این نشان از تنوع بالا درون دمین های آدنیلیشن است. علاوه بر آن، نتایج حاصل از آزمایشات آنتی بیوگرام، همبستگی ‏مثبتی بین حضور این ژنها و فعالیت آنتی میکروبی را نشان داد. ‏بحث‎ ‎و‎ ‎نتیجه‎ ‎گیری‎:‎‏ آنالیز توالی ها نشان داد که آنزیم های رمزگزاری کننده این ژن ها احتمالا مسئول تولید متالبولیتهای ثانویه ‏جدید مانند آنتی بیوتیکها هستند. نتایج حاصل از مطالعه حاضر نشان می دهد که سیانوباکتری های آب شیرین ایران، منبع ‏قابل قبولی برای تولید ترکیبات دارویی هستند. ‏

بررسی آثار سینرژیستی نانوذرات نقره و نایسین روی ژنوم باکتری اشریشیا کلی

سامرند کارکن؛ بهرام گلستانی ایمانی

دوره 8، شماره 29 ، فروردین 1398، ، صفحه 11-23

https://doi.org/10.22108/bjm.2018.110498.1126

چکیده

مقدمه: باتوجه‌به نگرانی روزافزون مقاومت عفونت‌های میکروبی به آنتی‌بیوتیک‌ها و کاهش اثر پپتید (AMP)نایسین به علت افزایش مقاومت سویه‌های باکتریایی، پژوهش‌های گسترده‌ای طی سال‌های اخیر با محوریت نانوفناوری ... بیشتر مقدمه: باتوجه‌به نگرانی روزافزون مقاومت عفونت‌های میکروبی به آنتی‌بیوتیک‌ها و کاهش اثر پپتید (AMP)نایسین به علت افزایش مقاومت سویه‌های باکتریایی، پژوهش‌های گسترده‌ای طی سال‌های اخیر با محوریت نانوفناوری انجام شده است. هدف پژوهش حاضر، بررسی آثار سینرژیستی نانوذرات نقرة متصل به نایسین روی ژنوم باکتری اشریشیا کلی (مدلی از باکتری‌های گرم منفی) است. مواد و روش‏‏ها: پس‌از کشت باکتری در محیط مایع NutrientBroth، تیمار با غلظت‌های50، 75 ،100 و 125 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نانو‌ذرات نقره، غلظت‌های 25، 50، 75، 100، 150 و 200 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نایسین و غلظت‌های 30،50 و 75 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نانوذرات نقرة متصل به نایسین انجام شد. پس‌از خواندن جذب نوری در طول موج 600 نانومتر، DNA نمونه‌های شاهد و تیمارشده با غلظت‌های 50 و 75 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نانوذرات نقره، نایسین، نانوذرات نقرة متصل به نایسین استخراج و از RAPD-PCR برای بررسی اثر ژنومی استفاده شد. نتایج RAPD-PCR با نرم‌افزار NTSYS-PC بر مبنای ضریب Dice برای محاسبة ماتریکس تشابه و UPGMA تجزیه‌و‌تحلیل شد. نتایج: نتایجنشان دادند اثر مهارکنندگی رشد نانوذرات نقرة متصل به نایسین بیشتر از کاربرد انفرادی نایسین و نانوذرات نقره و اثر ژنومی اتصالات یادشده نسبت به نایسین و نانوذرات نقره به‌ترتیب بیشتر و کمتر است؛ بنابراین نانوذرات یادشده و نایسین به‌طور متصل باهم اثر سینرژیستی روی ژنوم باکتری ندارند. بحث و نتیجه‏گیری: امکان استفاده از نانوذرات نقره در حالت متصل به نایسین به‌عنوان مادة ضدباکتری مناسب و قوی با کمترین اثر ژنومی و جهش‌زایی وجود دارد.

بررسی‌های زیست‌محاسباتی ویژگی‌های ساختاری و عملکردی پروتئین‌های Cry با هدف کنترل زیستی مالاریا

مهسا جلیلی منش؛ علی اکبر حداد مشهد ریزه؛ علی مخدومی؛ محمد رضا حسین دخت

دوره 8، شماره 29 ، فروردین 1398، ، صفحه 25-40

https://doi.org/10.22108/bjm.2018.106941.1088

چکیده

مقدمه: امروزه تغییرات اقلیمی و کاربرد گستردۀ حشره‌کش‌های شیمیایی ظهور گونه‌های مقاوم پشۀ آنوفل و مخاطرات زیست‌محیطی فراوانی را در پی داشته است؛ ازاین‌رو، ارائۀ راهکارهای جایگزین ازجمله روش‌های ... بیشتر مقدمه: امروزه تغییرات اقلیمی و کاربرد گستردۀ حشره‌کش‌های شیمیایی ظهور گونه‌های مقاوم پشۀ آنوفل و مخاطرات زیست‌محیطی فراوانی را در پی داشته است؛ ازاین‌رو، ارائۀ راهکارهای جایگزین ازجمله روش‌های کنترل زیستی چشم‌انداز روشنی برای مبارزه با این مخاطرات فراهم کرده است و در این میان، به باکتری‌های دارای قابلیت پشه‌کشی به‌ویژه Bacillus thuringiensisو پروتئین‌های اشتقاق‌یافته از آن نظیر پروتئین‌های سمی Cry توجه ویژه شده است؛ هرچند‌ به بررسی ویژگی‌های ساختاری و عملکردی این سموم که در پژوهش حاضر با بررسی‌های in silico هدف‌گذاری شده چندان توجه نشده است. مواد و روش‏‏ها: توالی پروتئینی Cry4، Cry11، Cry19، Cry24 و Cry 39از پایگاه داده NCBI دریافت و پایش ویژگی‌های ساختاری، عملکردی، فیزیکوشیمیایی، توپولوژیکی، ساختارهای ثانویه و الگو‌سازی سه‌بعدی آنها با برنامه‌هایی نظیر Interproscan، Protparam، TMHMM، Psipredو Modeller 9.15 انجام شد و درنهایت با تعیین گیرنده‌های مرتبط قابلیت عملکردی آنها با داکینگ مولکولی با نرم‌افزار Patchdock سنجیده شد. نتایج: نتایج ویژگی‌های متنوع فیزیکوشیمیایی، غیرترشحی و تجمعی‌بودن سموم را نشان دادند. پایش عملکردی به ردیابی دمین‌هایی با عملکرد مشابه با سایر اعضای پروتئین‌های خانوادۀ Cry منجر شد. پیش‌بینی ساختار ثانویه وجود مارپیچ‌ها و صفحات را طبق الگوی توزیع مشابه با یکدیگر نشان داد؛ همچنین طراحی و ارزیابی کیفیت ساختار در تمام پروتئین‌های سمی در حد مطلوب حاصل شد و ارزیابی میل اتصالی مبین اتصال تمام پروتئین‌های Cry به گیرنده‌های مربوطه و اتصال قوی‌تر Cry11 و Cry24 به بیشتر گیرنده‌ها بود. بحث و نتیجه‏ گیری: نتایج پژوهش حاضر ضمن فراهم‌آوری داده‌های عملکردی مرتبط با سموم پروتئینی Cry، الگوی عملی استفادۀ بهینه از آنها مبتنی بر تولید سموم توانا بر اساس طراحی پروتئین‌های چندعملکردی در راستای کنترل زیستی پشه‌های مالاریا را فراهم کرد.

بررسی فراوانی مایکوپلاسما ژنیتالیوم در زنان مبتلا به عفونت واژینال با استفاده از روش PCR در مقایسه با کشت

خدیجه عنصری؛ حسین شهبانی ظهیری؛ منا عبداللهی؛ زهرا حاجی مهدی نوری

دوره 8، شماره 29 ، فروردین 1398، ، صفحه 57-64

https://doi.org/10.22108/bjm.2018.108794.1100

چکیده

مقدمه: مایکوپلاسما ژنیتالیوم از باکتری‌های بیماری‌زای واژن محسوب می‌شود که استفاده از روش‌های سنتی میکروبی برای تشخیص آن دقت کمی دارد. هدف مطالعۀ حاضر شناسایی و تعیین فراوانی این باکتری در زنان مبتلا ... بیشتر مقدمه: مایکوپلاسما ژنیتالیوم از باکتری‌های بیماری‌زای واژن محسوب می‌شود که استفاده از روش‌های سنتی میکروبی برای تشخیص آن دقت کمی دارد. هدف مطالعۀ حاضر شناسایی و تعیین فراوانی این باکتری در زنان مبتلا به عفونت واژینال و مقایسۀ آن با افراد سالم به روش واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR)و کشت است. مواد و روش‏‏ها: شرکت‌کنندگان شامل 150 فرد مبتلا به عفونت واژن و 45 فرد سالم (بدون هیچ‌گونه عفونت واژینال) مراجعه‌کننده به بیمارستان امام زمان در رباط کریم طی اردیبهشت تا آبان سال 1392 بودند. به‌منظور بررسی و شناسایی نمونه‌های آلوده به مایکوپلاسما ژنیتالیوم از دو روش کشت و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز استفاده شد. سپس میزان حساسیت و ویژگی هریک از روش‌های یادشده محاسبه شد. داده‌ها با نرم‌افزار SPSS نسخۀ 19 بررسی شدند و مقادیر P کمتر از 05/0 معنادار تلقی شد. نتایج: نتایج نشان می‌دهند از میان 150 نمونۀ عفونی، 107 نمونه (8/71 درصد) در روش PCR و فقط 73 نمونه (3/49 درصد) در روش کشت مثبت گزارش شدند. میزان حساسیت برای PCR 71 درصد و برای روش کشت 49 درصد بود. در گروه افراد سالم، 100 درصد نمونه‌های کشت‌شده منفی بودند که بیان‌کنندۀ ویژگی اختصاصی (Specificity) 100 درصدی این روش است؛ درحالی‌که ویژگی اختصاصی‌بودن محاسبه‌شده در روش PCR 90 درصد است. بحث و نتیجه‏گیری: یافته‌های پژوهش حاضر حساسیت بیشتر روش PCR در مقایسه با روش کشت برای شناسایی مایکوپلاسما ژنیتالیوم و ارتباط قوی بین ابتلا به واژینوز باکتریایی و حضور این باکتری را نشان می‌دهند.

تغییر در بیان ژن‌های ‏ahpF‏ و ‏tviA‏ در ‏Salmonella enterica PTCC 1230‎‏ ناشی از تنش‌های ‏اسمزی و اکسیداتیو با روش ‏Real-Time PCR

محمد فائزی قاسمی؛ حسین زحمتکش زکریایی

دوره 7، شماره 27 ، مهر 1397، ، صفحه 13-23

https://doi.org/10.22108/bjm.2018.108142.1097

چکیده

مقدمه: سالمونلا یکی از اعضای خانوادۀ انتروباکتریاسه است که باعث ایجاد بیماری‌های عفونی در انسان و حیوانات می‌شود. این باکتری بیماری‌هایی نظیر تب روده‌ای (تیفوئید)، باکتریمی، انتروکولیت و سالمونلوز ... بیشتر مقدمه: سالمونلا یکی از اعضای خانوادۀ انتروباکتریاسه است که باعث ایجاد بیماری‌های عفونی در انسان و حیوانات می‌شود. این باکتری بیماری‌هایی نظیر تب روده‌ای (تیفوئید)، باکتریمی، انتروکولیت و سالمونلوز ایجاد می‌کند که امروزه معضل بهداشتی در جهان محسوب می‌شوند. هدف بررسی و مطالعۀ حاضر، ارزیابی تغییرات ناشی از تنش‌های اسمزی و اکسیداتیو بر بیان ژن‌های tviAو ahpF در سالمونلا انتریکا PTCC 1230 است. مواد و روش‏‏ها: برای اعمال تنش اسمزی، باکتری در معرض غلظت‌های 6، 8، 10، 12 و 14 درصد وزنی/حجمی سدیم‌کلراید قرار گرفت و برای اعمال تنش اکسیداتیو از غلظت‌های 1200، 2400، 4800، 6000 و 7200 پی‌پی‌ام آب‌اکسیژنه استفاده شد. میزان کمّی تغییر بیان ژن‌های tviAو ahpFبا Real-Time PCR اندازه‌گیری شد. نتایج: غلظت‌های 14 و 10 درصد سدیم‌کلراید و غلظت‌های 7200 و 6000 پی‌پی‌ام آب‌اکسیژنه بیشترین اثر را روی رشد سالمونلا انتریکا PTCC 1230 داشتند. میزان بیان ژن ahpFدر غلظت 7200 پی‌پی‌ام آب‌اکسیژنه نسبت به شرایط 6000 پی‌پی‌ام و ژن مرجع (16S rRNA) به‌ترتیب 8/1 و 5/2 برابر افزایش یافت. همچنین بیان ژن tviA در غلظت 14 درصد سدیم‌کلراید نسبت به غلظت 10 درصد و ژن مرجع (16S rRNA) به‌ترتیب 3/1 و 5/1 برابر افزایش یافت. بحث و نتیجه‏گیری: در پژوهش حاضر، میزان تغییر بیان ژن‌های tviA و ahpF در شرایط تنش‌های اسمزی و اکسیداتیو در باکتری سالمونلا انتریکا PTCC 1230 با روش Real-Time PCR بررسی شد. با‌توجه‌به نتایج، مشخص شد بیان ژن‌هایahpF و tviA در شرایط تنش افزایش می‌یابد و بررسی پاسخ سایر ژن‌ها به تنش‌های محیطی پیشنهاد می‌شود.

بیان ژن‌های ‏recF‏ و ‏gyrB‏ در جهش‌یافتۀ اشریشیا‌کلی با مقاومت کم به سیپروفلوکساسین

مرضیه سادات موسوی؛ راضیه پوراحمد؛ محمدرضا محزونیه

دوره 7، شماره 27 ، مهر 1397، ، صفحه 53-60

https://doi.org/10.22108/bjm.2018.109936.1115

چکیده

مقدمه: همانند‌سازی و نوترکیبی دو فرایند اساسی سلولی هستند و GyrB و RecF دو پروتئین هستند که به‌ترتیب در فرایندهای یادشده شرکت می‌کنند. GyrB زیرواحد آنزیم DNAجیراز است؛ آنزیمی که ابرپیچش منفی در DNA ژنومی را ... بیشتر مقدمه: همانند‌سازی و نوترکیبی دو فرایند اساسی سلولی هستند و GyrB و RecF دو پروتئین هستند که به‌ترتیب در فرایندهای یادشده شرکت می‌کنند. GyrB زیرواحد آنزیم DNAجیراز است؛ آنزیمی که ابرپیچش منفی در DNA ژنومی را حفظ می‌کند. RecF به سوار‌شدن RecA در شکاف تک‌رشته کمک می‌کند و بعداً RecA تک‌رشته را ترمیم می‌کند. ژن‌های کد‌کنندۀ این پروتئین‌ها در یک اپرون قرار دارند. علاوه‌بر پروموتر عمومی که در فاز نمایی استفاده می‌شود، RecF دارای پروموتر خودی است که در فاز رکود فعال می‌شود. هدف مطالعۀ حاضر بررسی بیان این ژن‌ها و پیشگویی الگوی بیان RecF در حضور سیپروفلوکساسین است. مواد و روش‏‏ها: ابتدا RNA سلول‌ها در فاز نمایی استخراج و پس‌از سنتز cDNA، بیان نسبی ژن‌های recF و gyrB در جهش‌یافتۀ اشریشیا کلی دارای مقاومت کم به سیپروفلوکساسین به روش Real Time PCR ارزیابی شد. نتایج: نتایجنشان دادند هر دو ژن یادشده به‌طور مشابه در فاز نمایی سلول جهش‌یافتۀ تیمار‌شده با مقدار کم سیپروفلوکساسین بیش‌بیان می‌شوند. بحث و نتیجه‏گیری: طبق نتایج، سیپروفلوکساسین بیش‌بیان ژن‌های یادشده را القا می‌کند؛ هرچند سطح مشابه بیان ممکن است رونویسی RecF توسط پروموتر خودی را پیشنهاد نکند و در نتیجه RecF برای ترمیم آسیب ناشی از سیپروفلوکساسین لازم است؛ هرچند حیات سلول به‌طور کامل وابسته به این پروتئین نیست.

سنجش زیستی و غربال‌گری مولکولی آنزیم پکتیناز در باکتری‌های نمک‌دوست جداشده از دریاچه‌های نمکی ایران

زهره نصرالله زاده؛ انسیه صالح قمری؛ محمد طهماسب؛ محمد علی آزموزگار

دوره 7، شماره 26 ، تیر 1397، ، صفحه 115-122

https://doi.org/10.22108/bjm.2017.77717.0

چکیده

مقدمه: پکتیناز یا آنزیم‌های پکتینولاتیکی، کمپلکس آنزیمی شامل سه آنزیم پکتین‌متیل‌استراز (EC.3.1.1.11)، پکتین‌لیاز (EC.4.2.2.2) و پلی‌گالاکتوروناز (EC.3.2.1.15) هستند که باعث تجزیه پکتین موجود در دیواره سلول‌های ... بیشتر مقدمه: پکتیناز یا آنزیم‌های پکتینولاتیکی، کمپلکس آنزیمی شامل سه آنزیم پکتین‌متیل‌استراز (EC.3.1.1.11)، پکتین‌لیاز (EC.4.2.2.2) و پلی‌گالاکتوروناز (EC.3.2.1.15) هستند که باعث تجزیه پکتین موجود در دیواره سلول‌های گیاهی می‌شوند. این آنزیم‌ها مصرف‌های صنعتی بسیاری دارند که تعدادی از آنها در شرایط حاد از نظر دما، اسیدیته و غظت نمک فعال هستند. در پژوهش حاضر، به بررسی و شناسایی باکتری‌هایی پرداخته شد که آنزیم پکتیناز را در شرایط حاد غلظت نمک تولید می‌کنند و سپس ژن مولد این آنزیم در باکتری‌ها بررسی و شناسایی شد. مواد و روش‏‏ها: سویه‌های جمع‌آوری‌شده از دریاچه‌های ارومیه، گمیشان و اینچه‎برون‎ روی محیط حاوی پیش‌ماده پکتین کشت داده شدند و سویه‌های مثبت با معرف یدید/یدیدپتاسیم و با توجه به هاله‌های شفاف ایجادشده انتخاب شدند و سنجش کمی فعالیت آنزیم روی هر سه آنزیم مجموعه پکتینازی به روش اسپکتروفوتومتری انجام شد. برای غربال مولکولی ژن پکتیناز، پرایمرهای مربوطه طراحی شدند و ژن مدنظر تکثیر شد. نتایج: از بین 130 سویه بررسی‌شده، 17 سویه برای این آنزیم مثبت بودند که 10 سویه از دریاچه گمیشان (59 درصد)، 6 سویه از دریاچه اینچه‌برون (35 درصد) و 1 سویه از دریاچه ارومیه (6 درصد) جداسازی شده بود. با توجه به قطر هاله فعالیت آنزیم در آزمون کیفی، میزان فعالیت هر سه آنزیم پکتینازی در سویه R2S25 از دریاچه اینچه‌برون اندازه‌گیری و منحنی رشد ترسیم شد. در بررسی مولکولی، تمام سویه‌ها حاوی قطعه ژنی مدنظر بودند. بحث و نتیجه‏گیری: بررسی‌های کمی نشان دادند در سویه R2S25، تولید و فعالیت آنزیم‌های پکتینازی هم‌زمان با افزایش رشد سویه منتخب در فاز لگاریتمی انجام می‌شود. بررسی‌های مولکولی، حضور ژن این آنزیم را در جنس‌‌های مارتللا، آئروموکروبیوم، پلنوکوکوس، مارینوباکتر، ویرجی‌باسیلوس، کوکوریا و میکروکوکوس تأیید می‌کنند.

ردیابی ژن بتالاکتاماز در باکتری‌های جداشده از خاک‌های کشاورزی، چراگاه و معدن پیرامون معادن استان همدان، ایران

نیره یونسی؛ علی اکبر صفری سنجانی؛ غلام خداکرمیان

دوره 6، شماره 23 ، مهر 1396، ، صفحه 35-48

https://doi.org/10.22108/bjm.2017.21660

چکیده

مقدمه: فعالیت‌های کشاورزی یکی از راه‌های افزایش و پراکنش مقاومت پادزیستی در باکتری‌های بیماری‌زای انسانی هستند. از آنجا که پادزیست‌های گروه بتالاکتام بیشترین درصد پادزیست‌های استفاده‌شده در اکثر ... بیشتر مقدمه: فعالیت‌های کشاورزی یکی از راه‌های افزایش و پراکنش مقاومت پادزیستی در باکتری‌های بیماری‌زای انسانی هستند. از آنجا که پادزیست‌های گروه بتالاکتام بیشترین درصد پادزیست‌های استفاده‌شده در اکثر کشورها هستند، سنجش فراوانی ژن‌های بتالاکتاماز یکی از ملاک‌های بررسی گسترش مقاومت پادزیستی باکتری‌ها است. بنابراین در پژوهش حاضر، فراوانی باکتری‌های کشت‌پذیر دارای ژن bla-TEMدر خاک‌های با کاربری گوناگون آزمون شد. مواد و روش‏‏ها: تعداد 44 باکتری گرم مثبت و 34 باکتری گرم منفی از خاک‌های کشاورزی، چراگاه و معدن روی کشتگاه آگار مغذی جدا و برای ردیابی ژن bla-TEM با PCR بررسی شدند. سپس، توان مقاومت باکتری‌‌های bla+ به پادزیست‌ها با روش پخشیدگی دیسک با 7 دیسک آموکسی‌سیلین، آمپی‌سیلین، استرپتومایسین، ونکومایسین، تتراسایکلین، داکسی‌سایکلین و جنتامایسین بررسی شد. در پایان، 5 جدایه bla+ شناسایی شدند که به بیش از یک پادزیست مقاوم بودند. ‏‏ نتایج: بیشترین فراوانی ژن‌های بتالاکتاماز در باکتری‌های گرم منفی و گرم مثبت چراگاه‌ها دیده شد. در کاربری‌های کشاورزی و معدن نیز درصد زیادی جدایه bla+ یافت شد که بسیاری از آنها از دید فنوتیپی نیز به آموکسی‌سیلین و آمپی‌سیلین مقاوم بودند. تعداد 5 جدایه دارای ژن بتالاکتاماز با مقاومت چندگانه به پادزیست‌ها شناسایی شدند که باکتری‌های جنس آمینوباکتر، اکروموباکتر، باسیلوس، بروی‌باسیلوس و برووندیموناس بودند. بحث و نتیجه‏گیری: زیادبودن شمار باکتری‌های دارای ژن‌های بتالاکتاماز در همه کاربری‌ها ممکن است به ‌دلیل کارکردهای دیگر این ژن‌ها مانند دفع ترکیبات سمی نظیر فلزهای سنگین از زیستگاه آلوده باشد. حساسیت فنوتیپی برخی جدایه‌ها که ژن‌های مقاومت به آموکسی‌سیلین کلاولانیک‌اسید در آنها شناسایی شد، به درجه‌های گوناگون مقاومت ژن‌ها در برابر پادزیست‌ها وابسته است. برخی باکتری‌های شناسایی‌شده از جنس‌های بیماری‌زا بودند و وجود این باکتری‌ها در خاک‌ها و سرایت آنها به گیاه موجب آسیب به سلامت گیاه می‌شود. همچنین فراوانی باکتری‌های دارای ژن‌های بتالاکتاماز در خاک‌های کشاوررزی، ناکارامدی روزافزون پادزیست‌های بتالاکتام را نشان داد.

وقوع سویه‌های وروتوکسیژن باکتری اشریشیا کلی در مدفوع گاو⁭ و مقاومت آنتی‌بیوتیکی آنها در گاوداری‌های اطراف شهرکرد

مجتبی بنیادیان؛ حمداله مشتاقی؛ پروین بهروزی

دوره 6، شماره 23 ، مهر 1396، ، صفحه 75-84

https://doi.org/10.22108/bjm.2017.21664

چکیده

مقدمه: رنگ‌های به‌طور معمول اشریشیا کلی در فلور میکروبی روده حیوانات خونگرم وجود دارد و از راه مدفوع در محیط پراکنده و موجب آلودگی آب، خاک و در نتیجه میوه و سبزیجات می⁭شود .سویه‌های اشریشیا کلی انتروهموراژیک، ... بیشتر مقدمه: رنگ‌های به‌طور معمول اشریشیا کلی در فلور میکروبی روده حیوانات خونگرم وجود دارد و از راه مدفوع در محیط پراکنده و موجب آلودگی آب، خاک و در نتیجه میوه و سبزیجات می⁭شود .سویه‌های اشریشیا کلی انتروهموراژیک، گروهی از بیماری‌زاهای غذازاد و تهدیدی برای سلامت عمومی هستند و باعث بروز اسهال خونی و سندروم اورمیک همولیتیک (HUS) می‌شوند. هدف مطالعه حاضر، جداسازی و شناسایی سروتیپ O157: H7 و سایر سویه‌های وروتوکسیژن و جستجوی ژن⁭های حدت (stx2، stx1، eaeAو rfbE) در کشت سوآب مدفوعی گاو با استفاده از آزمون واکنش زنجیره⁭ای پلیمراز در منطقه شهرکرد است.‏‏ مواد و روش‏‏ها: در بهار و تابستان 1394، 400 نمونه سوآب مدفوعی از گاو⁭های منطقه شهرکرد جمع⁭آوری و به آزمایشگاه میکروب‌شناسی دانشکده دامپزشکی دانشگاه شهرکرد منتقل شدند. پس از انجام مراحل کشت، آزمون‌های میکروبی و بیوشیمیایی برای جداسازی باکتری E.coli انجام شدند. از آزمون PCR برای تشخیص سروتیپ O157: H7 و جدایه‌های وروتوکسیژنیک با شناسایی ژن های rfbE، stx1، stx2 و eaeA استفاده شد. برای تعیین الگوی مقاومت آنتی‌بیوتیکی جدایه‌های وروتوکسیژن، آزمون آنتی‌بیوگرام برای برخی آنتی‌بیوتیک‌های رایج انجام شد. نتایج: سروتیپ O157:H7 از هیچ⁭یک از نمونه⁭های آزمون‌شده جدا نشد، اگرچه نتایج PCR نشان دادند که از تعداد 384 سویه جداشده، 104 جدایه (27 درصد) حاوی ژن stx1، 36 جدایه (37/9 درصد) حاوی ژن stx2 و 16 جدایه (16/4 درصد) حاوی هر دو ژن بودند و ژن eaeAدر 280 جدایه (91/72 درصد) وجود داشت. از میان سویه‌های وروتوکسیژنیک، مقاومت آنتی⁭بیوتیکی نسبت به آنتی⁭بیوتیک⁭های تتراسایکلین (1/87 درصد)، آمپی‌سیلین (62/51 درصد)، سفتاکسیم (38/48 درصد)، جنتامایسین (81/25 درصد)، سیپروفلوکساسین(22/3 درصد) و سولفامتوکسازول (22/3 درصد) مشاهده شد. بحث و نتیجه‏گیری: اگرچه سروتیپ O157:H7 در مدفوع گاو⁭ها وجود نداشت، سایر جدایه⁭های وروتوکسیژن از مدفوع گاو در محیط پراکنده می‌شوند و نسبت به برخی از آنتی⁭بیوتیک⁭های رایج مقاومت زیادی نشان می‌دهند و بنابراین خطر جدی برای بهداشت انسان محسوب می‌شوند.

شناسایی سریع و اختصاصی سرووار بیماری‌زای سالمونلا تیفی‌موریوم با استفاده از روش تکثیر هم‌دمای به‌واسطه حلقه (LAMP)

هادی روان؛ مژده اماندادی

دوره 6، شماره 23 ، مهر 1396، ، صفحه 85-94

https://doi.org/10.22108/bjm.2017.21665

چکیده

مقدمه: باکتری سالمونلا تیفی‌موریوم یکی از بیماری‌زاهای غذایی مهم و از علل شایع سالمونلوزیس است که گاهی به عفونت خون یا حتی مرگ منجر می‌شود. در مطالعه حاضر، این سرووار بیماری‌زا با روش تکثیر هم‌دمای ... بیشتر مقدمه: باکتری سالمونلا تیفی‌موریوم یکی از بیماری‌زاهای غذایی مهم و از علل شایع سالمونلوزیس است که گاهی به عفونت خون یا حتی مرگ منجر می‌شود. در مطالعه حاضر، این سرووار بیماری‌زا با روش تکثیر هم‌دمای به‌واسطه حلقه (LAMP) شناسایی شد. مواد و روش‏‏ها: از 6 پرایمر اختصاصی برای تکثیر ژن STM4497 و شناسایی سویه‌های سالمونلا تیفی‌موریوم و از روش‌های کدورت‌سنجی و ژل-‌الکتروفورز برای آشکارسازی محصول‌های واکنش استفاده شد. همچنین، کارایی روش LAMP برای شناسایی سویه‌های سالمونلا تیفی‌موریوم در نمونه‌های گوشت مرغ آلوده‌شده به‌شکل مصنوعی به این باکتری بررسی شد. نتایج: اختصاصیت این روش روی جدایه‌های مختلف سالمونلا و غیر سالمونلا ارزیابی و نتایج مثبت تنها برای جدایه‌های سالمونلا تیفی‌موریوم حاصل شدند. حساسیت این روش برای سویه‌های یادشده، 10 کلنی در هر تیوب واکنش بود که نسبت به روش‌های ارائه‌شده پیشین برای شناسایی این سرووار بیشتر است. ارزیابی این روش روی نمونه‌های گوشت آلوده‌شده به‌شکل مصنوعی با سالمونلا تیفی‌موریوم نشان داد که روش حاضر، این باکتری را با حساسیت 103 کلنی در آغاز انکوباسیون و 10 کلنی پس از 4 ساعت انکوباسیون شناسایی می‌کند. بحث و نتیجه‏گیری: با توجه به اختصاصیت و حساسیت زیاد روش حاضر و ارزان‌قیمت‌بودن آن به دلیل ‌نیازنبودن استفاده از دستگاه‌ گران‌قیمت ترموسیکلر و ژل-الکتروفورز نتیجه‌گیری می‌شود که این روش ابزاری قدرتمند، دقیق و ارزان برای شناسایی سرووار بیماری‌زای سالمونلا تیفی‌موریوم در آزمایشگاه‌های کنترل کیفی مواد غذایی و آزمایشگاه‌های تشخیصی با تجهیزات اندک است.

بررسی مقایسه‌ای ویژگی‌های ساختاری، عملکردی و دامنۀ میزبانی آنزیم‌ها و پروتئین‌های مؤثر در تولید و تجمع لیپید در منابع بیودیزلی

نجمه فرمانبر؛ علی اکبر حداد مشهدریزه؛ جعفر همت

دوره 6، شماره 22 ، تیر 1396، ، صفحه 59-76

https://doi.org/10.22108/bjm.2017.21569

چکیده

مقدمه: بیودیزل، سوختی زیستی با قابلیت اشتقاق از اسیدهای چرب انباشته‌شده در سلول‌های جانوری، گیاهی، جلبک‌ها، قارچ‌ها و باکتری‌ها، ضمن تجدیدپذیری، زیست‌تخریب‌پذیر است که گوگرد و ترکیبات آروماتیک ... بیشتر مقدمه: بیودیزل، سوختی زیستی با قابلیت اشتقاق از اسیدهای چرب انباشته‌شده در سلول‌های جانوری، گیاهی، جلبک‌ها، قارچ‌ها و باکتری‌ها، ضمن تجدیدپذیری، زیست‌تخریب‌پذیر است که گوگرد و ترکیبات آروماتیک ندارد. بنابراین راهکارهای گسترده‌ای به‌منظور توسعه و افزایش راندمان تولید چربی در منابع بیودیزلی در دستور کار است که در این میان فناوری‌های نوین زیستی مبتنی بر کاربری مکانیسم‌های مولکولی مرتبط می‌تواند راهگشا باشد.‏‏ مواد و روش‏‏ها: در این پژوهش بررسی مکانیسم‌های مولکولی و آنزیم‌های کلیدی دخیل در تولید و تجمع لیپید در منابع بیودیزلی مبتنی بر مرور منابع و داده‌پردازی‌های رایانه‌ای در دستور کار قرار گرفت. بررسی ویژگی‌های ساختاری، عملکردی و دامنۀ میزبانی با استفاده از برنامه‌های InterProScan 5، Motif scan،Conserved Domain، ProtParam،TMHMM،GC content calculator،NetNGlyc، NetPhos،Sulfinator، Protein Blast و MEGA6 انجام شد.‏‏ نتایج: تجزیه و تحلیل مکانیسم‌های مولکولی مرتبط منجر به آشکارسازی دی‌آسیل‌گلیسرول‌آسیل‌ترانسفراز (DGAT)، واکس‌استرسنتتاز/ دی‌آسیل‌گلیسرول‌آسیل‌ترانسفراز (WS/DGAT)، اولئوسین، MLDP و TadA به‌عنوان آنزیم‌ها و پروتئین‌های مؤثر در تولید و تجمع لیپید در جانداران مطرح بیودیزلی شد. بررسی ویژگی‌های ساختاری ژن‌های مسئول، ضمن آشکارسازی طول و محتوی CG متفاوت، پیوسته‌بودن ساختاری برخی از آنها را نشان داد؛ از سوی دیگر بررسی ویژگی‌های ساختاری آنزیم‌ها و پروتئین‌های ذکرشده با تعیین موقعیت سلولی آنها، حضور دمین‌های عملکردی Oleosin، UPF0089، DAGAT،MBOAT و آپولیپوپروتئین را در این آنزیم‌ها نشان داد. همچنین، قابلیت تأثیرپذیری تمامی آنزیم‌های انتخابی از تغییرات پس از ترجمه در این پژوهش مشخص شد؛ علاوه بر این، آشکارسازی دامنۀ میزبانی آنزیم‌ها و پروتئین‌های ذکرشده، منجر به معرفی گونه‌هایVernicia fordii،Ricinus communis،Dunaliella parva، Thalassiosira pseudonana، Saitoella complicata، Rhodococcus imtechensis و Rhodococcus wratislaviensis با قابلیت احتمالی تولید بالای چربی، به‌عنوان منابع نوین بیودیزلی شد. بحث و نتیجه‏گیری: نتایج حاصل از این پژوهش ضمن معرفی دمین‌ها و موتیف‌های عملکردی مؤثر در مسیر سنتز بیودیزل، منجر به آشکارسازی جانداران توانا با قابلیت احتمالی تولید این نوع از سوخت زیستی شد که باید در شرایط آزمایشگاهی مورد آزمون‌های بیشتری قرار گیرند.‏‏

تشخیص مولکولی سریع بیماری لکه قهوه‌ای مرکبات با استفاده از ژن ACT در Alternaria alternata

حمید مقیمی؛ امیر مرادی؛ جواد حامدی

دوره 6، شماره 22 ، تیر 1396، ، صفحه 89-99

https://doi.org/10.22108/bjm.2017.21559

چکیده

مقدمه: امروزه استفاده از روش‌های شناسایی سریع عوامل بیماری‌زای گیاهی در پیشگیری از شیوع آفت‌ها در کشاورزی اهمیت بسیاری دارد. بیماری لکه قهوه‌ای از رایج‌ترین بیماری‌های مرکبات در کشور است که جدایه‌های ... بیشتر مقدمه: امروزه استفاده از روش‌های شناسایی سریع عوامل بیماری‌زای گیاهی در پیشگیری از شیوع آفت‌ها در کشاورزی اهمیت بسیاری دارد. بیماری لکه قهوه‌ای از رایج‌ترین بیماری‌های مرکبات در کشور است که جدایه‌های بیماری‌زای Alternaria alternataآن را ایجاد می‌کنند.‏‏ مواد و روش‏‏ها: در پژوهش حاضر، برای نخستین بار روش مولکولی مبتنی بر PCR برای تشخیص سریع بیماری لکه قهوه‌ای ارائه شده است. به این منظور، از باغ‌های مرکبات کشور نمونه‌گیری و 9 جدایه A. alternata در محیط PDA حاصل شدند. بررسی فعالیت بیماری‌زایی گیاهی جدایه‌های حاصل روی برگ‌های نارنگی نشان داد که این جدایه‌ها عامل ایجاد بیماری لکه قهوه‌ای هستند. واکنش PCR برای ژن توکسین اختصاصی ACT روی DNA استخراج‌شده جدایه‌های A. alternate همراه با 11 نمونه قارچ غیر از A. alternata (شاهد منفی) و 5 نمونه DNA استخراج‌شده از خاک انجام شد. نتایج: نتایج پژوهش حاضر نشان داد که با پرایمرهای طراحی‌شده و انجام PCR اختصاصی روی ژن ACT توکسین، A. alternata عامل بیماری لکه قهوه‌ای با‌دقت زیادی نسبت به انواع غیربیماری‌زا شناسایی می‌شود. نتایج روش PCR آشیانه‌ای نیز تأییدکنندۀ واکنش اولیه و اختصاصی‌بودن واکنش برای A. alternata عامل لکه قهوه‌ای بود. براساس نتایج PCR، برای نمونه شاهد هیچ‌یک از جدایه‌های استاندارد قارچی بجز A. alternata باند تکثیری مشاهده نشد. همچنین نمونه DNA استخراج‌شده از خاک باغ‌های آلوده حضور توکسین ACT را تأیید کرد.‏ بحث و نتیجه‏گیری: روش مولکولی ارائه‌شده در این پژوهش در تشخیص سریع و پیشگیری از عفونت لکه قهوه‌ای در باغ‌های مرکبات کشور استفاده می‌شود.

دوره 12 (1402)

دوره 11 (1401)

دوره 10 (1400)

دوره 9 (1399)

دوره 8 (1398)

دوره 7 (1397)

دوره 6 (1396)

دوره 5 (1395)

دوره 4 (1394)

دوره 3 (1393)

دوره 2 (1392)

دوره 1 (1391)

موضوعات = ژنتیک و زیست شناسی مولکولی میکروارگانیسم ها

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده