زیست شناسی میکروارگانیسم ها

ژنوتایپینگ جدایه های استرپتوکوکوس پیوژنز با استفاده از پروتکل بهینه RAPD-PCR

اکرم رحیمی مقدم؛ سیاوش سلمانزاده-اهرابی؛ طاهره فلسفی؛ مهوش سیفعلی؛ زهرا پور رمضان

دوره 8، شماره 32 ، دی 1398، ، صفحه 131-138

https://doi.org/10.22108/bjm.2019.114256.1173

چکیده

مقدمه: استرپتوکوکوس پیوژنز بیماری‌های عفونی و غیرعفونی متنوعی را ایجاد می‌کند. تایپینگ جدایه‌های استرپتوکوکوس پیوژنز یکی از ابزارهای ضروری در مطالعات اپیدمیولوژی مربوط به این باکتری هستند. RAPD-PCR یک ... بیشتر مقدمه: استرپتوکوکوس پیوژنز بیماری‌های عفونی و غیرعفونی متنوعی را ایجاد می‌کند. تایپینگ جدایه‌های استرپتوکوکوس پیوژنز یکی از ابزارهای ضروری در مطالعات اپیدمیولوژی مربوط به این باکتری هستند. RAPD-PCR یک تکنیک تایپینگ بر اساس PCR و روشی سریع، ارزان، آسان است. مشکل اصلی این روش تکرارپذیری کم نتایج است که با بهینه سازی پروتکل RAPD حل خواهد شد.مواد و روش‌ها: در این مطالعه بهینه‌سازی پروتکل RAPD-PCR شامل روش استخراج DNA، نوع پرایمر، غلظت ترکیبات PCR و برنامه PCR با استفاده از طراحی فاکتوریال آزمایش‌ها برای استرپتوکوکوس پیوژنز ATCC 19615 به عنوان سویه استاندارد انجام شد. سپس 16 جدایه استرپتوکوکوس پیوژنز با استفاده از پروتکل بهینه ژنوتایپ شدند. تایپ‌پذیری، تکرارپذیری و قدرت افتراق پروتکل بهینه تعیین شد.نتایج: از سه روش استخراج DNA، روش ست بافر تغییر یافته و از هفت پرایمر، پرایمر P14 انتخاب شدند. غلظت‌های بهینه ترکیبات PCR، 3 mM MgCl2، 150 pmol primer P14، 0.2 mM dNTPs، 10 ng template DNA و 2 U Taq DNA polymerase بودند. برنامه بهینه PCR از دناتوراسیون اولیه min 4 در C°94 و 45 چرخه شامل min 1 در C°94، min 2 در 31، min 2 در C°72 و min 10 در C°72 برای تکثیر پایانی تشکیل شد. استرپتوکوکوس پیوژنز ATCC 19615 و همه جدایه‌های استرپتوکوکوس پیوژنز با استفاده از پروتکل بهینه تایپ‌پذیر بودند و نتایج RAP-PCR آن‌ها تکرارپذیر بود. قدرت افتراق محاسبه شده بسیار مطلوب بود (DI = 1). 16 جدایه استرپتوکوکوس پیوژنز متعلق به 16 سویه بودند که در سه کلاستر اصلی با سطح تشابه 14 درصد طبقه‌بندی شدند.بحث و نتیجه‌گیری: با بهینه‌سازی صحیح شرایط RAPD-PCR، یک پروتکل مناسب و تکرارپذیر برای ژنوتایپینگ جدایه‌های استرپتوکوکوس پیوژنز به دست آمد. پروتکل بهینه به دست آمده در این پژوهش را می‌توان برای انجام RAPD-PCR در مطالعات اپیدمیولوژی جدایه‌های استرپتوکوکوس پیوژنز استفاده نمود.

بررسی آثار سینرژیستی نانوذرات نقره و نایسین روی ژنوم باکتری اشریشیا کلی

سامرند کارکن؛ بهرام گلستانی ایمانی

دوره 8، شماره 29 ، فروردین 1398، ، صفحه 11-23

https://doi.org/10.22108/bjm.2018.110498.1126

چکیده

مقدمه: باتوجه‌به نگرانی روزافزون مقاومت عفونت‌های میکروبی به آنتی‌بیوتیک‌ها و کاهش اثر پپتید (AMP)نایسین به علت افزایش مقاومت سویه‌های باکتریایی، پژوهش‌های گسترده‌ای طی سال‌های اخیر با محوریت نانوفناوری ... بیشتر مقدمه: باتوجه‌به نگرانی روزافزون مقاومت عفونت‌های میکروبی به آنتی‌بیوتیک‌ها و کاهش اثر پپتید (AMP)نایسین به علت افزایش مقاومت سویه‌های باکتریایی، پژوهش‌های گسترده‌ای طی سال‌های اخیر با محوریت نانوفناوری انجام شده است. هدف پژوهش حاضر، بررسی آثار سینرژیستی نانوذرات نقرة متصل به نایسین روی ژنوم باکتری اشریشیا کلی (مدلی از باکتری‌های گرم منفی) است. مواد و روش‏‏ها: پس‌از کشت باکتری در محیط مایع NutrientBroth، تیمار با غلظت‌های50، 75 ،100 و 125 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نانو‌ذرات نقره، غلظت‌های 25، 50، 75، 100، 150 و 200 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نایسین و غلظت‌های 30،50 و 75 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نانوذرات نقرة متصل به نایسین انجام شد. پس‌از خواندن جذب نوری در طول موج 600 نانومتر، DNA نمونه‌های شاهد و تیمارشده با غلظت‌های 50 و 75 میکروگرم‌بر‌میلی‌لیتر نانوذرات نقره، نایسین، نانوذرات نقرة متصل به نایسین استخراج و از RAPD-PCR برای بررسی اثر ژنومی استفاده شد. نتایج RAPD-PCR با نرم‌افزار NTSYS-PC بر مبنای ضریب Dice برای محاسبة ماتریکس تشابه و UPGMA تجزیه‌و‌تحلیل شد. نتایج: نتایجنشان دادند اثر مهارکنندگی رشد نانوذرات نقرة متصل به نایسین بیشتر از کاربرد انفرادی نایسین و نانوذرات نقره و اثر ژنومی اتصالات یادشده نسبت به نایسین و نانوذرات نقره به‌ترتیب بیشتر و کمتر است؛ بنابراین نانوذرات یادشده و نایسین به‌طور متصل باهم اثر سینرژیستی روی ژنوم باکتری ندارند. بحث و نتیجه‏گیری: امکان استفاده از نانوذرات نقره در حالت متصل به نایسین به‌عنوان مادة ضدباکتری مناسب و قوی با کمترین اثر ژنومی و جهش‌زایی وجود دارد.

زیست شناسی میکروارگانیسم ها

مقالات آماده انتشار

شماره جاری

دوره 12 (1402)

دوره 11 (1401)

دوره 10 (1400)

دوره 9 (1399)

دوره 8 (1398)

دوره 7 (1397)

دوره 6 (1396)

دوره 5 (1395)

دوره 4 (1394)

دوره 3 (1393)

دوره 2 (1392)

دوره 1 (1391)

کلیدواژه‌ها = RAPD-PCR

ژنوتایپینگ جدایه های استرپتوکوکوس پیوژنز با استفاده از پروتکل بهینه RAPD-PCR

چکیده

بررسی آثار سینرژیستی نانوذرات نقره و نایسین روی ژنوم باکتری اشریشیا کلی

چکیده