زیست شناسی میکروارگانیسم ها

سنجش زیستی و غربال‌گری مولکولی آنزیم پکتیناز در باکتری‌های نمک‌دوست جداشده از دریاچه‌های نمکی ایران

زهره نصرالله زاده؛ انسیه صالح قمری؛ محمد طهماسب؛ محمد علی آزموزگار

دوره 7، شماره 26 ، تیر 1397، ، صفحه 115-122

https://doi.org/10.22108/bjm.2017.77717.0

چکیده

مقدمه: پکتیناز یا آنزیم‌های پکتینولاتیکی، کمپلکس آنزیمی شامل سه آنزیم پکتین‌متیل‌استراز (EC.3.1.1.11)، پکتین‌لیاز (EC.4.2.2.2) و پلی‌گالاکتوروناز (EC.3.2.1.15) هستند که باعث تجزیه پکتین موجود در دیواره سلول‌های ... بیشتر مقدمه: پکتیناز یا آنزیم‌های پکتینولاتیکی، کمپلکس آنزیمی شامل سه آنزیم پکتین‌متیل‌استراز (EC.3.1.1.11)، پکتین‌لیاز (EC.4.2.2.2) و پلی‌گالاکتوروناز (EC.3.2.1.15) هستند که باعث تجزیه پکتین موجود در دیواره سلول‌های گیاهی می‌شوند. این آنزیم‌ها مصرف‌های صنعتی بسیاری دارند که تعدادی از آنها در شرایط حاد از نظر دما، اسیدیته و غظت نمک فعال هستند. در پژوهش حاضر، به بررسی و شناسایی باکتری‌هایی پرداخته شد که آنزیم پکتیناز را در شرایط حاد غلظت نمک تولید می‌کنند و سپس ژن مولد این آنزیم در باکتری‌ها بررسی و شناسایی شد. مواد و روش‏‏ها: سویه‌های جمع‌آوری‌شده از دریاچه‌های ارومیه، گمیشان و اینچه‎برون‎ روی محیط حاوی پیش‌ماده پکتین کشت داده شدند و سویه‌های مثبت با معرف یدید/یدیدپتاسیم و با توجه به هاله‌های شفاف ایجادشده انتخاب شدند و سنجش کمی فعالیت آنزیم روی هر سه آنزیم مجموعه پکتینازی به روش اسپکتروفوتومتری انجام شد. برای غربال مولکولی ژن پکتیناز، پرایمرهای مربوطه طراحی شدند و ژن مدنظر تکثیر شد. نتایج: از بین 130 سویه بررسی‌شده، 17 سویه برای این آنزیم مثبت بودند که 10 سویه از دریاچه گمیشان (59 درصد)، 6 سویه از دریاچه اینچه‌برون (35 درصد) و 1 سویه از دریاچه ارومیه (6 درصد) جداسازی شده بود. با توجه به قطر هاله فعالیت آنزیم در آزمون کیفی، میزان فعالیت هر سه آنزیم پکتینازی در سویه R2S25 از دریاچه اینچه‌برون اندازه‌گیری و منحنی رشد ترسیم شد. در بررسی مولکولی، تمام سویه‌ها حاوی قطعه ژنی مدنظر بودند. بحث و نتیجه‏گیری: بررسی‌های کمی نشان دادند در سویه R2S25، تولید و فعالیت آنزیم‌های پکتینازی هم‌زمان با افزایش رشد سویه منتخب در فاز لگاریتمی انجام می‌شود. بررسی‌های مولکولی، حضور ژن این آنزیم را در جنس‌‌های مارتللا، آئروموکروبیوم، پلنوکوکوس، مارینوباکتر، ویرجی‌باسیلوس، کوکوریا و میکروکوکوس تأیید می‌کنند.

ارزیابی تجزیه زیستی آفت‌کش‌های ارگانوفسفاته توسط باکتری‌های نمک‌دوست

شکوفه رفیعیان؛ محمدعلی آموزگار؛ محمود شوندی؛ حجت الله کاظمی؛ مهدی بامروت

دوره 7، شماره 25 ، فروردین 1397، ، صفحه 1-17

https://doi.org/10.22108/bjm.2018.21739

چکیده

مقدمه: آفت‌کش‌های ارگانوفسفاته به‌شکل گسترده در کشاورزی استفاده و درصد زیادی از آنها به محیط‌زیست رها می‌شوند و آثار مضری بر سلامت اکوسیستم‌ها، حیات وحش و انسان‌ها می‌گذارند. با توجه به روند افزایش ... بیشتر مقدمه: آفت‌کش‌های ارگانوفسفاته به‌شکل گسترده در کشاورزی استفاده و درصد زیادی از آنها به محیط‌زیست رها می‌شوند و آثار مضری بر سلامت اکوسیستم‌ها، حیات وحش و انسان‌ها می‌گذارند. با توجه به روند افزایش شوری در بخش کشاورزی به‌ویژه شوری زه‌آب‌ها و نیاز به پاکسازی و استفاده دوباره این آب‌ها به دلیل مشکل کم‌آبی، تقاضا برای روش‌های تیمار جدید رو به افزایش است. پاکسازی زیستی روشی کارآمد و سازگار با محیط‌زیست است که برای حذف این آلاینده‌ها استفاده می‌شود. مواد و روش‏‏ها: روش غنی‌سازی هدفمند برای جداسازی باکتری‌های نمک‌دوست با قابلیت تجزیه آفت‌کش ارگانوفسفاته کلرپیریفوس استفاده و سویه برتر با توجه به بیشترین رشد و تحمل‌پذیری در حضور آفت‌کش انتخاب شد. توانایی سویه منتخب در تجزیه آفت‌کش با تحلیل کروماتوگرافی گازی-اسپکترومتری جرمی سنجیده و شناسایی سویه به روش مولکولی انجام شد. شرایط بهینه رشدی که شرایط تجزیه بهتر را نشان دهد، با بررسی اثر فاکتورهای دما، اسیدیته، درصد نمک و غلظت کلرپیریفوس بر رشد در حضور آفت‌کش (تنها منبع کربن) بررسی شد. نتایج: سویه منتخب با کد CDB5 در محیط پایه معدنی و بدون محرک رشد، 23/25 درصد کلرپیریفوس را طی 10 روز تجزیه کرد. با شناسایی مولکولی مشخص شد که این سویه نمک‌دوست به جنس Halomonas sp. تعلق دارد. بررسی اثر فاکتورها در حضور کلرپیریفوس (تنها منبع کربن) نشان داد که سویه منتخب، بیشترین رشد را در دمای 35 درجه سانتی‌گراد، اسیدیته 7، نمک 10 درصد و غلظت 600 میلی‌گرم در لیتر کلرپیریفوس دارد. بحث و نتیجه‏گیری: باکتری‌های نمک‌دوست به علت سازگاری با شرایط نمکی، گزینه مناسبی برای حذف آفت‌کش‌های ارگانوفسفاته در محیط‌های آلوده شور هستند.

ارزیابی رنگ‌زدایی زیستی ترکیبات رنگی آزو توسط آرکی‌های نمک‌دوست

معصومه سلسله حسن کیادهی؛ محمدعلی آموزگار؛ صدیقه اسد

دوره 6، شماره 23 ، مهر 1396، ، صفحه 1-17

https://doi.org/10.22108/bjm.2017.21693

چکیده

مقدمه: رنگ‌های آزو بزرگ‌ترین گروه رنگی را تشکیل می‌دهند که وجود پیوندهای N = N متصل به گروه‌های آروماتیک، از ویژگی‌های بارز این رنگ‌ها است. تاکنون مطالعات زیادی در رنگبری زیستی توسط میکروارگانیسم‌ها ... بیشتر مقدمه: رنگ‌های آزو بزرگ‌ترین گروه رنگی را تشکیل می‌دهند که وجود پیوندهای N = N متصل به گروه‌های آروماتیک، از ویژگی‌های بارز این رنگ‌ها است. تاکنون مطالعات زیادی در رنگبری زیستی توسط میکروارگانیسم‌ها صورت گرفته است؛ اما مطالعۀ رنگبری توسط آرکی‌های نمک‌دوست برای اولین بار گزارش شده است.‏‏ مواد و روش‏‏ها: از میان 15 سویۀ جداشده از غارنمکی قشم ایران و7 سویۀ تایپ نگهداری‌شده در مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران، 2 سویه توانایی بالایی در رنگبری از رنگ‌های آزو را از خود نشان دادند. اثر فاکتورهای مختلف شامل ) pH9-5 (، دمای) 50-30)، غلظت نمک (30-5/12درصد)، غلظت‌های مختلف رنگ (5000-400 میلی‌گرم بر لیتر)، منابع کربن و نیتروژن و هوادهی مختلف در این دو سویۀ منتخب پس از چهار روز گرماگذاری در شرایط ایستا بررسی شد. همچنین اثر سمیت رنگ بر آرکی‌ها انجام شد. هم‌زمان با میزان رنگبری، رشد نیز سنجیده شد. از آزمون آماری آنوا به‌منظور مشخص‌کردن اختلاف معنادار استفاده شد. ‏‏ نتایج: سویۀ A با درصد شباهت 1/99 بهborinquense Halogeometricum و سویۀ B با درصد شباهت 4/99 بهHaloferax mediterranei بهترین سویه‌های رنگبر بودند. هر دوی سویه‌ها در NaCl بین 15 تا 5/17درصد، pH 7، شرایط ایستا و بهترین رنگبری را در حضور عصاره مخمر به‌عنوان منبع نیتروژن داشتند. اگرچه بررسی‌ها در دمای 45 درجه و منبع کربن ساکارز و گلوکز برای borinquense Halogeometricum بیشترین رنگبری را نشان می‌داد؛ Haloferax mediterranei بهترین رنگبری را در دمای40 درجه و منبع کربن‌پروپیونیک‌اسید داشت. هر دو سویه در غلظت‌های حدود 1000 میلی‌گرم بر لیتر قابلیت رنگبری داشتند و تا غلظت 5000 میلی‌گرم بر لیتر رنگ را تحمل می‌کردند.‏ بحث و نتیجه‏گیری: نتایج به‌دست‌آمده نشان داد که آرکی‌های نمک‌دوست توانایی زیادی در رنگبری دارند. با توجه به شوری پساب‌های نساجی، استفاده از این میکروارگانیسم‌ها مهم به نظر می‌رسد.‏‏

جداسازی و شناسایی باکتری شیمیولیتوتروف اجباری Thioalkalivibrio sp. سویۀ EMA و بهینه‌سازی حذف تیوسولفات در شرایط شور و قلیایی

سمیه مکظوم؛ محمد علی آموزگار؛ سید محمدمهدی دستغیب

دوره 6، شماره 21 ، فروردین 1396، ، صفحه 15-29

https://doi.org/10.22108/bjm.2017.21308

چکیده

مقدمه: ورود آلاینده‌های خطرناک صنایع نفت و گاز مانند سود مصرف‌شده به خاک و آب یک معضل زیست‌محیطی است و تصفیۀ زیستی می‌تواند در این زمینه راهکار مناسبی باشد. با توجه به میزان بالای ترکیبات گوگردی در ... بیشتر مقدمه: ورود آلاینده‌های خطرناک صنایع نفت و گاز مانند سود مصرف‌شده به خاک و آب یک معضل زیست‌محیطی است و تصفیۀ زیستی می‌تواند در این زمینه راهکار مناسبی باشد. با توجه به میزان بالای ترکیبات گوگردی در پساب سود مصرف‌شده، در این پژوهش جداسازی باکتری‌های شیمیولیتوتروف نمک‌قلیادوست اکسیدکنندۀ ترکیبات گوگردی از خاک تالاب میقان مورد توجه قرار گرفت. ‏‏ مواد و روش‏‏ها: برای جداسازی باکتری‌های نمک‌قلیادوست گوگردی از خاک تالاب میقان، از محیط کشت مخصوص شیمیولیتوتروفی استفاده شد که در آن تیوسولفات به‌عنوان منبع انرژی و الکترون و سدیم کربنات/بیکربنات به‌عنوان منبع کربن در نظر گرفته شد. برای تعیین اجباری یا اختیاری بودن رشد اتوتروفی جدایه‌ها، از کشت روی محیط نوترینت آگار استفاده شد و سویه‌های منتخب با تعیین توالی ژن 16S rRNA شناسایی شدند. بهینه‌سازی رشد و فعالیت سویۀ منتخب با نام EMA، در pHها و غلظت‌های مختلف نمک با کمک روش پروتئین‌سنجی و تیتراسیون تیوسولفات انجام شد. ‏‏ نتایج: براساس آنالیز مولکولی، جدایه‌ها نزدیک‌ترین شباهت را به گونه‌های جنس Thioalkalivibrio نشان دادند. با توجه به نتایج به دست آمده، بهینه رشد باکتری و حذف تیوسولفات در pH 10 و غلظت ۵درصد نمک (سدیم‌کلرید یا سدیم‌سولفات) حاصل شد. در غلظت‌های بالاتر نمک، در حضور سدیم‌سولفات در مقایسه با سدیم‌کلرید، باکتری با سرعت بیشتری تیوسولفات را حذف کرد. ‏ بحث و نتیجه‏گیری: پتانسیل بالای حذف ترکیبات گوگردی از محیط توسط جدایه‌های شیمیولیتوتروف نمک‌قلیادوست در شرایط حاد، نشان‌دهندۀ قابلیت کاربرد این باکتری‌ها برای تصفیۀ پساب سود مصرف‌شده است. ‏‏

جداسازی و شناسایی مقدماتی ریزجلبک‮ها و سیانوباکترهای بومی لاگون‮های نفتی جزیره خارک‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬

مصطفی نوروزی؛ محمد علی آموزگار؛ رضوان رحیمی؛ سید ابوالحسن شاهززاده فاضلی؛ غلامرضا بخشی خانیکی

دوره 5، شماره 20 ، بهمن 1395، ، صفحه 33-41

https://doi.org/10.22108/bjm.2017.21144

چکیده

مقدمه: جلبکها به لحاظ اکولوژیکی، تنوع زیستی، کشاورزی، پزشکی، زیست فناوری، صنعت و سایر، بسیار مهم هستند. این موجودات توانایی زیادی در تولید زیست مواد فعال، زیست پالایی و تولیدات اولیه دارند. بنابراین، ... بیشتر مقدمه: جلبکها به لحاظ اکولوژیکی، تنوع زیستی، کشاورزی، پزشکی، زیست فناوری، صنعت و سایر، بسیار مهم هستند. این موجودات توانایی زیادی در تولید زیست مواد فعال، زیست پالایی و تولیدات اولیه دارند. بنابراین، دستیابی به سویههای بومی ایران که دارای تواناییهای بیوتکنولوژیکی و اکولوژیکی دارای اهمیت است. مواد و روش‏‏ها: آب و خاک منطقه از ایستگاه‌های مختلف جزیره خارک (خلیج فارس) جمع آوری شدند. نمونه‌ها کشت و به کمک روش‌های مختلف خالص‌سازی شد. برای خالص‌سازی از 7 آنتی‌بیوتیک و سایر روش‌های فیزیکی استفاده شد. نتایج: در این پروژه 7 سویه شامل 5 سیانوباکتر و 2 ریز جلبک کشت و خالص‌سازی شده است. آنتی‌بیوتیک‌های ایمیپنم و سیکلوهگزامید به عنوان بهترین پادزی‌ها برای خالص‌سازی کشت‌ها استفاده شدند. سه سویه به دست آمده به لحاظ ریخت شناسی در عین شباهت به سویه‌های Anabaenopsis، Pseudanabaena teremula، Arthronema afaricanum، تفاوت‌هایی هم با آنها دارند که به کمک کلیدهای ریخت شناسی امکان تعیین قطعی گونه وجود ندارد (این گونه ها Kh.T.2، Kh.T.1 و Kh.C.D2 نام گذاری شده اند). بحث و نتیجه‏گیری: بر اساس نتایج بدست آمده و شواهد و صفات ریخت‌شناسی، سویه‌های جدا شده در سطح جنس شناسایی شده‌اند و دارای صفات حدواسط هستند. بنابراین، آزمون‌های تکمیلی مثل نشانگرهای ملکولی ITS و 18s rRNA و 16s rRNA و تعیین توالی ژن‌ها می‌تواند در تایید گونه‌ها مفید باشند.در صورت تایید سویه‌های جدید تبیین صفات ریخت‌شناختی برای آنها شناسایی آسان آنها ضروری است. بهترین آنتی‌بیوتیک برای خالص‌سازی جلبک‌های یوکاریوت، ایمیپنم و برای سیانوباکترها، سیکلوهگزامید است.

جداسازی کنسرسیوم‏ های میکروبی نمک‌دوست تجزیه‌کنندۀ گازوئیل به‌منظور استفاده در پاکسازی زیستی پسماند‏های حفاری

مریم رضایی صومعه؛ محمدعلی آموزگار؛ محمود شوندی؛ سید محمد مهدی دستغیب

دوره 5، شماره 19 ، آذر 1395، ، صفحه 23-40

https://doi.org/10.22108/bjm.2016.21005

چکیده

مقدمه: در عملیات حفاری، حجم بالایی از کنده‏های حفاری با آلودگی هیدروکربنی و شوری بالا به محیط رها می‏شوند که آثار زیان‌باری خواهند داشت. پاکسازی زیستییک تکنولوژی کارآمد و دوستدار محیط زیست است که ... بیشتر مقدمه: در عملیات حفاری، حجم بالایی از کنده‏های حفاری با آلودگی هیدروکربنی و شوری بالا به محیط رها می‏شوند که آثار زیان‌باری خواهند داشت. پاکسازی زیستییک تکنولوژی کارآمد و دوستدار محیط زیست است که در پاکسازی پسماندهای حفاری، کاربرد دارد. به‌دلیل شوری بالا و نبودِ فلور میکروبی فعال در کنده‏های خارج‌شده از عمق زمین، به‌کارگیری کنسرسیوم‏های میکروبی نمک‏دوست تجزیه‌کنندۀ هیدروکربن می‏تواند کارایی پاکسازی زیستی را افزایش دهد‏. ‏‏ مواد و روش ‏‏ها: برای دست‌یابی به میکروارگانیسم‏های مناسب برای فرآیند پاکسازی زیستی، از مناطق مختلف ایران چندین نمونه آب و خاک شور آلوده و غیرآلوده به نفت تهیه شد و کنسرسیوم‏های میکروبی تجزیه‌کنندۀ گازوئیل، با روش غنی‏سازی چندمرحله‏ای، از آن‏ها جداسازی شدند. سپس توانمندی کنسرسیوم‏های میکروبی از نظر رشد در حضور گازوئیل به‌عنوان تنها منبع کربن به‌روش، پروتئین‌سنجی و شمارش کلنی‌ها روی پلیت سنجیده و منحنی رشد آن‏ها بررسی شد. سویه‏های غالب کنسرسیوم‏های میکروبی منتخب نیز به‌روش مولکولی شناسایی شدند. ‏‏ نتایج: در میان کنسرسیوم‏های میکروبی تجزیه‌کنندۀ گازوئیل، حداکثر تعداد باکتری‏ها، مربوط به کنسرسیوم میکروبی جداشده از خاک آلودۀ قم، با تعداد CFU/mL1015×9/1 بر روی محیط‏ کشت مغذی و محیط پایه معدنی حاوی گازوئیل به‌عنوان تنها منبع کربن بود. بررسی منحنی‏های رشد نشان داد که کشت نمونه‏های آلوده به نفت سریع‏تر از نمونه‏های غیرآلوده به فاز لگاریتمی رسیده و مقدار کدورت نهایی آن‏ها نیز بیشتر است. تعیین توالی ژن 16S rRNA سویه‏های غالب کنسرسیوم‏های میکروبی جداشده از خاک‏های آلوده به نفت، نشان داد که این سویه‏ها متعلق به جنس‏های Dietzia، Microbacterium و Salinicola بودند. ‏ بحث و نتیجه ‏گیری: محیط‏های با سابقۀ آلودگی نفتی، به‌علت سازگاری فلور میکروبی به حضور آلاینده‏ها، در مقایسه با نمونه‏های غیرآلوده ظرفیت بالقوۀ بیشتری برای جداسازی کنسرسیوم‏های میکروبی تجزیه‌کننده دارند. ‏‏

تولید آنزیم L-آسپاراژیناز خارج‌سلولی توسط سویه نمک‌دوست، Vibrio sp.

محدیث ذوالفقار؛ محمدعلی آموزگار؛ خسرو خواجه

دوره 5، شماره 18 ، شهریور 1395، ، صفحه 41-54

https://doi.org/10.22108/bjm.2016.20382

چکیده

مقدمه: L-آسپاراژیناز داروی ضدسرطان است که در شیمی‌درمانی لوسمی لنفوسیتی استفاده می‌شود. امروزه این آنزیم از منابع باکتریایی مشتق شده و اکثراً L-آسپاراژیناز II Escherichia coli و به‌میزان کمتر L-آسپاراژیناز Erwinia ... بیشتر مقدمه: L-آسپاراژیناز داروی ضدسرطان است که در شیمی‌درمانی لوسمی لنفوسیتی استفاده می‌شود. امروزه این آنزیم از منابع باکتریایی مشتق شده و اکثراً L-آسپاراژیناز II Escherichia coli و به‌میزان کمتر L-آسپاراژیناز Erwinia sp. استفاده پزشکی دارد. به‌دلیل ایجاد واکنش‌های افزایش حساسیت، پیداکردن و استفاده از آنزیم‌های جدید L- آسپاراژیناز امروزه درخور توجه است. با توجه به شناخت کمتر باکتری‌های نمک‌دوست غربال‌گری این آنزیم در این گروه از باکتری‌ها می‌تواند نتایج مفیدی را به‌همراه داشته باشد‏. ‏‏ مواد و روش‏‏ها: در این مطالعه، آنزیم L-آسپاراژیناز در 130 باکتری نمک‌دوست و تحمل‌کننده نمک دریافت‌شده از مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران با استفاده از معرف فنل‌رد غربال شدند. سپس برای سویه منتخب منحنی رشد، سنجش آنزیمی انجام شد و نهایتاً اثر فاکتورهای مختلف بر تولید و فعالیت آنزیم‌ها بررسی شد. ‏‏ نتایج: براساس نتایج به‌دست‌آمده 40 سویه مولد این آنزیم به دست آمد. بیشترین فراوانی جنس باکتریایی تولیدکننده L-آسپاراژیناز، متعلق به جنس Halomonas و Marinobacter بودند که هریک 4/21درصد از کل را به خود اختصاص دادند. در میان سویه‌های تولیدکننده، بیشترین میزان تولید متعلق به سویه GBPx3 بود که براساس آنالیز S rRNA16 متعلق به جنس Vibrio بود. شرایط محیط کشت بهینه برای تولید آنزیم در دمای 35 درجه سانتی‌گراد (65/0 IU/ml)، pH 8 (926/0IU/ml) و 5/2درصد NaCl (903/0 IU/ml) به دست آمد و بیشترین میزان فعالیت آنزیم در دمای 35 درجه سانتی‌گراد (781/0 IU/ml)، pH 8 (82/0 IU/ml) و نبودِ NaCl (806/0 IU/ml) تعیین شد. ‏ بحث و نتیجه‏ گیری: این پروژه با هدف غربال‌گری باکتری‌های نمک‌دوست و تحمل‌کننده نمک جداشده از مناطق شور ایران که تولیدکننده آنزیم L-آسپاراژیناز هستند، انجام شده است. از میان سویه‌های مثبت به‌دست‌آمده، سویه منتخب GBPx3 از جنس Vibrio به‌عنوان سویه منتخب در تولید آنزیم انتخاب شد که ممکن است دارای L-آسپاراژیناز با اثرات جانبی کمتر برای بیماران باشد.‏‏

بررسی معدنی شدن زیستی در نهشته‏ های تراورتنی چشمه بادآب سورت، کیاسر، مازنداران

جواد خنشا؛ محمد علی آموزگار؛ محسن رنجبران

دوره 5، شماره 17 ، خرداد 1395، ، صفحه 141-158

https://doi.org/10.22108/bjm.2016.20375

چکیده

مقدمه: نهشته‏ های تراورتنی حاصل تجمع کربنات کلسیم در چشمه‌های کارستی، چشمه‌های آب‏گرم، رودخانه‌های کوچک و باتلاق‌هاست. چشمه تراورتن ساز بادآب سورت در استان مازندران واقع شده و دومین اثر طبیعی ... بیشتر مقدمه: نهشته‏ های تراورتنی حاصل تجمع کربنات کلسیم در چشمه‌های کارستی، چشمه‌های آب‏گرم، رودخانه‌های کوچک و باتلاق‌هاست. چشمه تراورتن ساز بادآب سورت در استان مازندران واقع شده و دومین اثر طبیعی ایران است. این چشمه دارای دو سرچشمه با ویژگی‏های متفاوت است و وجود رنگ‏های متنوع به علت رسوبات مختلف زیبایی منحصر به فردی به چشمه می‏دهد. تراورتن‏ها ‏مدل مناسبی برای بررسی رابطه محیط- میکروارگانیسم‏ها ‏هستند، این مطالعه تمرکز روی بررسی تاثیرگذاری میکروارگانیسم‏ها ‏در رسوب‏گذاری ‏کربنات کلسیم و جداسازی باکتری‏های دارنده پتانسیل رسوب‏گذاری ‏داشت.‏‏‏ مواد و روش ‏‏ها: برای بررسی تأثیر میکروارگانیسم‏ها بر رسوب‏گذاری ‏در این جا از روش‏های میکرسکوپی و کشت استفاده شد، از نمونه‏های سنگی تصاویر میکرسکوپی با استفاده از میکرسکوپ الکترونی و پلاریزان تهیه شد و باکتری‏ها ‏از طریق روش‏های کشت از نمونه آب جداسازی شدند. فعالیت رسوب‏گذاری ‏باکتری‏ها ‏از طریق کشت روی محیط B4 بررسی شد و تأیید رسوب‏گذاری ‏با میکرسکوپ پلاریزان انجام شد. نتایج: تصاویر میکرسکوپ الکترونی نشان می‏دهد که میکروارگانیسم‏ها ‏در رسوب‏گذاری ‏تاثیر گذار هستند؛ به شکلی که می‏توانند به عنوان هسته اولیه عمل کنند. در نهایت، 5 سویه Bss-3، Bsw-28d، Bss-11a، Bsw-1c1 و Bsw-39b جداسازی شدند که توانایی رسوب کربنات کلسیم را داشتند. در این بین، سویه Bss-3 که شباهت 6/99 با تاکسون Labrenzia aggregate IAM 12614T را داشت. این توانایی برای نخستین بار برای این جنس گزارش شده است و در بین سویه‏ها، سویه Bsw-28d با رسوب دادن 45 میلی‏گرم بر میلی‏لیتر کربنات کلسیم بهترین سویه بود. ‏‏‏بحث و نتیجه ‏گیری: میکروارگانیسم‏ها ‏در تشکیل و تکامل محیط اطرافشان اهمیت دارند؛ در نتیجه برای حفظ و احیای یک محیط باید به میکروب‏های بومی آن توجه کرد.

جداسازی و شناسایی باکتری‌های نمک- قلیادوست تجزیه کننده فنل و ارزیابی عملکرد آن‏ ها

نرگس ابویسانی؛ محمدعلی آموزگار؛ سید محمدمهدی دستغیب

دوره 4، شماره 14 ، شهریور 1394، ، صفحه 25-36

چکیده

مقدمه: ترکیبات فنلی جزو سمی‌ترین آلاینده‌های محیط زیست به شمار می‌آیند. بنابراین، وجود این ترکیبات در پساب‌های صنعتی مشکل بزرگی محسوب می‌شود. تجزیه زیستی فنل روشی است که می‌تواند جایگزین روش‌های ... بیشتر مقدمه: ترکیبات فنلی جزو سمی‌ترین آلاینده‌های محیط زیست به شمار می‌آیند. بنابراین، وجود این ترکیبات در پساب‌های صنعتی مشکل بزرگی محسوب می‌شود. تجزیه زیستی فنل روشی است که می‌تواند جایگزین روش‌های فیزیکی- شیمیایی مرسوم شود. هدف از این مطالعه جداسازی میکروارگانیسم‌های نمک- قلیادوست تجزیه کننده فنل به منظور حذف این ترکیب از پساب‌های صنعتی با شرایط شور و قلیایی است‏‏. ‏‏‏ مواد و روش‏‏ها: نمونه‏برداری از خاک و آب‌های آلوده به ترکیبات نفتی انجام شد. بعد از غنی‏سازی نمونه‌ها در محیط پایه معدنی دارای فنل به عنوان تنها منبع کربن و انرژی، کنسرسیوم میکروبی‏ به دست آمده خالص‏سازی شد. سویه‌های تجزیه کننده فنل شناسایی مولکولی شدند. بهترین سویه انتخاب و شرایط رشد آن در حضور فنل بهینه‏سازی شد. ‏‏‏ نتایج: سه سویه تجزیه‏کننده فنل متعلق به جنس‌های باکتریایی Halomonas، Janibacter و Pseudomonas از نمونه‌های آب مخزن جداسازی و شناسایی شد. در این میان سویه YF3 با 92/98 درصد شباهت به Janibacter cremeus به علت سرعت رشد بالاتر در محیط پایه معدنی دارای فنل به عنوان سویه برتر شناسایی شد. این سویه کوکوس گرم مثبت با محدوده تحمل سدیم کلراید 1 تا 10 درصد و بهینه غلظت 5 درصد است. ‏‏‏ بحث و نتیجه‏ گیری: YF3 قادر به رشد در شرایط قلیایی با اسیدتیه 5/9 و بهینه غلظت فنل 400 میلی‏گرم بر لیتر است. بیش‌ترین رشد این سویه در دمای 30 درجه سانتی‏گراد و در حضور نمک سدیم نیترات به عنوان منبع نیتروژن است. دامنه تحمل شرایط سخت برای این سویه نمک- قلیادوست از نظر اسیدیته و غلظت فنل به ترتیب 5/6 تا 5/9 و 1000 میلی‏گرم بر لیتر بود که نشان‏دهنده پتانسیل بالای این سویه اکستریموفیل، در حذف فنل است و می‌تواند به عنوان سویه‏ای کاربردی در حذف ترکیبات فنلی از پساب‌های شور و قلیایی استفاده شود. ‏‏‏

بررسی و خالص‏سازی نسبی آنزیم (های) مؤثر در احیای تلوریت از باکتری نمک دوست Salinicoccus iranensis

ثنا علوی؛ محمدعلی آموزگار؛ خسرو خواجه

دوره 3، شماره 11 ، آبان 1393، ، صفحه 1-20

چکیده

مقدمه: امروزه‏ استفاده‏ بیش‏ از حد از تلوریت، محیط را متحمل اثرات سمی ناشی از این اکسی‏آنیون کرده است. از این رو تیمار زیستی مناطق آلوده، به عنوان روشی ارزان و سازگار با محیط زیست، مطرح است. اگرچه ... بیشتر مقدمه: امروزه‏ استفاده‏ بیش‏ از حد از تلوریت، محیط را متحمل اثرات سمی ناشی از این اکسی‏آنیون کرده است. از این رو تیمار زیستی مناطق آلوده، به عنوان روشی ارزان و سازگار با محیط زیست، مطرح است. اگرچه اثرات سمی تلوریت برای بیشتر میکروارگانیسم‏ها گزارش شده ولی گونه‏های مختلفی از باکتری‏ها، از جمله باکتری نمک دوست مورد استفاده در این پروژه می‏تواند بر سمیت آن با احیای این اکسی‏آنیون‏ به شکل عنصریش غلبه کند. هدف این مطالعه، شناسایی مسیر آنزیمی به سم‏زدایی تلوریت بود‏‏. مواد و روش‏‏ها: در ابتدا به منظور بالا بردن فعالیت آنزیمی و از دست ندادن آن طی فرآیند‏ خالص‏سازی، بهینه‏سازی آزمون مناسب برای بررسی فعالیت آنزیمی و شرایط تولید آن انجام شد. بهینه‏سازی با "روش یک عامل‏ در هر زمان" انجام شد. عامل‏های مختلفی از جمله: زمان، درصدهای مختلف مایه‏تلقیح، اسیدیته‏، غلظت‏های مختلف تلوریت و نمک‏های مختلف بهینه شد. به‏منظور اطمینان در طی پژوهش میزان حذف تلوریت نیز بررسی شد. خالص‏سازی آنزیم مورد نظر با روش‏های مختلف مانند، رسوب با آمونیوم سولفات[i] و کروماتوگرافی ستونی میان‏کنش هیدروفوب[ii] با غلظت 4/1 مولار اشباع آمونیوم سولفات انجام شد. خلوص آنزیم در طی هر مرحله با SDS-PAGE بررسی شد. نتایج: شرایط بهینه‏ به‏دست آمده نشان داد که در زمان 30 ساعت، 3 درصد مایه‏تلقیح، اسیدیته‏ 5/7، بدون حضور تلوریت و در 5 درصد نمک NaCl، بالاترین میزان فعالیت آنزیم و حذف تلوریت مشاهده می‏شود. خالص‏سازی آنزیم به میزان زیادی پروتئین‏های غیرمرتبط را کاهش داد و تغلیظ یکی از باندها که زیرواحدی از آنزیم مورد هدف بود، را باعث شد. در بخش پروتئینی به طور نسبی خالص‏شده، نشان داده شد که علاوه بر فعالیت تلوریت ردوکتازی، فعالیت سلنیت و نیترات ردوکتازی نیز در این بخش وجود دارد. بحث و نتیجه‏گیری: این پژوهش، در مسیر شناسایی بیشتر فیزیولوژی میکروارگانیسم‏های‏ هالوفیل و بررسی آنزیم دخیل در احیای تلوریت گام برداشته و آنزیم مسوول را در باکتری مربوطه بهینه‏ و تا حدی خالص‏سازی کرده است.

کلونینگ و بیان ژن کد‏کننده آنزیم لاکاز از باکتری باسیلوس پومیلوس سویه GAZ23

پروین زمانی؛ محمد علی آموزگار؛ خسرو خواجه

دوره 3، شماره 9 ، خرداد 1393، ، صفحه 1-10

چکیده

مقدمه: لاکازها (بنزن دیول اکسیژن اکسیدو ردوکتاز EC 1. 10. 3. 2 ) یکی از اعضا ی خانواده مالتی کوپر اکسیدازها هستند که اکسیداسیون طیف گسترده ای از ترکیبات فنولی را با استفاده از اکسیژن مولکولی کاتالیز می‌کنند. ... بیشتر

خالص‏سازی و تعیین ویژگی‏های آمیلوپولولاناز مقاوم به حلال و نمک‏دوست خارج سلولی جدا شده از آرکی نمک‏دوست Halorubrum سویه Ha25

مریم سیروسی؛ محمد علی آموزگار؛ خسرو خواجه؛ مهران حبیبی رضایی؛ مصطفی فاضلی

دوره 2، شماره 7 ، آبان 1392، ، صفحه 1-14

چکیده

مقدمه : نمکدوستها، به ویژه هالوآرکیها یکی از مهم‏ترین گروههای میکروارگانیسمهای افراطیدوست هستند. هیدرولازها ی نمکدوست بسیار مطالعه شدهاند و برای کاربردهای صنعتی و زیست فنآوری ... بیشتر مقدمه : نمکدوستها، به ویژه هالوآرکیها یکی از مهم‏ترین گروههای میکروارگانیسمهای افراطیدوست هستند. هیدرولازها ی نمکدوست بسیار مطالعه شدهاند و برای کاربردهای صنعتی و زیست فنآوری مورد توجه هستند. با توجه به اهمیت هیدرولازهای نمکدوست، مطالعه حاضر اولین گزارش در مورد خالصسازی آنزیم آمیلوپولولاناز از یک آرکی نمکدوست است . مواد و روش ‏‏ ها: آرکی نمکدوست Halorubrum سویه Ha25 آنزیم آمیلوپولولاناز خارج سلولی نمکدوست و مقاوم به حلال را در غلظت بالای نمک سدیم کلراید تولید میکند. به منظور خالصسازی آنزیم، از رسوبدهی پروتئینها با حلال اتانول و کروماتوگرافی تعویض آنیونی استفاده شده وجرم مولکولی آنزیم بعد از تخلیص، به کمک روش SDS - PAGE تعیین شد. بعد از تخلیص آنزیم، ویژگیهای آنزیم بررسی شد. به منظور تعیین پایداری آنزیم در حضور حلالهای آلی، محلول آنزیمی به طور جداگانه در مجاورت هفت حلال آلی قرار گرفت. در انتها محصول عملکرد آنزیم روی دو سوبسترای نشاسته و پولولان به روش کروماتوگرافی لایهی نازک بررسی شد . نتایج: جرم مولکولی آنزیم به کمک روش SDS - PAGE به میزان kDa 140 تعیین شد. بیشینهی فعالیت آمیلولیتیک و پولولیتیک آنزیم در دمای 50 درجه سانتی‏گراد بود. اسیدیته بهینه برای فعالیت آمیلولیتیکی 0/7 و برای فعالیت پولولیتیکی 5/7 تعیین شد. آنزیم در محدوده وسیع غلظتی صفر تا 5/4 مولار از نمک NaCl فعال بود. اثر حلالهای آلی مختلف روی فعالیت پولولیتیک و آمیلولیتیک آنزیم آمیلوپولولاناز نشان داد که آنزیم در حضور حلالهای غیر قابل اختلاط با آب دارای پایداری بیشتری نسبت به حلالهای قابل اختلاط با آب است. تنها محصول عملکرد آنزیم روی هر دو سوبسترای نشاسته و پولولان، گلوکز تعیین شد . بحث و نتیجه ‏ گیری: آرکی نمکدوست Halorubrum سویه Ha25 ، آنزیم آمیلوپولولاناز نمکدوست و گرمادوست را تولید میکند. با توجه به فعالیت آنزیم در شرایطی نظیر دما و شوری بالا و آب فعال کم، این آنزیم گزینهای مناسب به منظور کاربردهای زیست فنآوری، نظیر تیمار پسآبهای داراری شوری بالا، حلالهای آلی و ترکیبات نشاستهای است .

بررسی ترکیب بهینه سین‏بیوتیکی بین باکتری پروبیوتیکی Pediococcus acidilactici و پربیوتیک‏های اینولین، الیگوفروکتوز و زایلوالیگوساکارید

سید حسین حسینی فر؛ علیرضا میرواقفی؛ محمد علی آموزگار؛ دانیل مریفیلد

دوره 1، شماره 3 ، آذر 1391، ، صفحه 1-12

چکیده

مقدمه:استفاده هم‏زمان گونه‌های پروبیوتیکی به همراه پربیوتیک‌های مناسب (سینبیوتیک) به عنوان سوبسترا برای افزایش غالبیت و رشد پایدار باکتری‏های پروبیوتیکی، به علت ناتوانی گونه‌های پروبیوتیکی ... بیشتر مقدمه:استفاده هم‏زمان گونه‌های پروبیوتیکی به همراه پربیوتیک‌های مناسب (سینبیوتیک) به عنوان سوبسترا برای افزایش غالبیت و رشد پایدار باکتری‏های پروبیوتیکی، به علت ناتوانی گونه‌های پروبیوتیکی برای تشکیل کلونی پایدار و حفظ غالبیت در میکروبیوتای روده‌ای آبزیان پیشنهاد شده است. هدف از این مطالعه، بررسی ترکیبهای مختلف سینبیوتیکی باکتری پروبیوتیکی Pediococcusacidilactici با پربیوتیکهای اینولین، الیگوفروکتوز، زایلوالیگوساکارید به منظور معرفی بهترین ترکیب سینبیوتیکی بود. مواد و روش‏‏ها: باکتری P. acidilactici در محیط‏های حاوی پربیوتیکهای اینولین، الیگوفروکتوز و زایلوالیگوساکارید رشد داده شد. میزان رشد باکتری‏ها و اسیدیته نهایی محیط تحت شرایط کشت بی هوازی بررسی شد. به‏علاوه تعیین کمی مقادیر اسیدهای چرب زنجیره کوتاه (بوتریک، پروپیونیک و استیک اسید) تولید شده در هریک از تیمارهای سینبیوتیکی با استفاده از دستگاه کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا انجام شد. نتایج: نتایج این مطالعه نشان داد که میزان رشد باکتری P. acidilactici در ترکیب سین‏بیوتیکی با زایلو‏الیگوساکارید به‏طور معنیداری بیشتر از سایر تیمارهای سینبیوتیکی و تیمار شاهد فاقد پربیوتیک بود (P value <0.05). سایر تیمارها تفاوت معنیداری از نظر رشد باکتری نداشتند (P value >0.05). همچنین اسیدیته نهایی محیط نیز در تیمار P.acidilactici با زایلوالیگوساکارید کاهش معنیداری در مقایسه با سایر تیمارها نشان داد (P value <0.05). بیش‏ترین و کم‏ترین اسید چرب زنجیره کوتاه تولیدی در همه تیمارهای سینبیوتیکی به ترتیب پروپیونیک و استیک اسید بودند. اگرچه مقادیر تولید شده استیک و پروپیوتیک اسید تفاوت معنیداری بین تیمارهای سینبیوتیکی نشان نداد (P value > 0.05)، بیشترین میزان بوتریک اسید تولید شده مربوط به تیمار P. acidilactici با زایلو الیگوساکارید بود که اختلاف معنیداری با سایر تیمارها داشت (P value <0.05). بحث و نتیجه‏گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که استفاده همزمان از باکتری پروبیوتیکی P. acidilactici و زایلو‏الیگوساکارید، می‏تواند به عنوان ترکیب سین بیوتیکی برای آبزیان بهینه مطرح باشد.

جداسازی و غربال‏گری اکتینومیست‏های مولد فیتوتوکسین و بررسی طیف اثر فیتوتوکسین سویه‏های منتخب

ریحان خیاط ماهر؛ محمد علی آموزگار؛ شیماسادات سیدمهدی؛ جواد حامدی؛ محمدرضا نقوی؛ فرانک فروزان فر؛ علی محمد لطیفی

دوره 1، شماره 2 ، شهریور 1391، ، صفحه 1-22

چکیده

مقدمه: در بین میکروارگانیسم‌های تولیدکننده علف‌کش‌های زیستی، اکتینومیست‌ها از مهم‏ترین میکروارگانیسم‌های مولد هستند. علف‌کش‌های میکروبی برخلاف مواد شیمیایی، مشکلات زیست محیطی ایجاد نمی‌کنند، ... بیشتر مقدمه: در بین میکروارگانیسم‌های تولیدکننده علف‌کش‌های زیستی، اکتینومیست‌ها از مهم‏ترین میکروارگانیسم‌های مولد هستند. علف‌کش‌های میکروبی برخلاف مواد شیمیایی، مشکلات زیست محیطی ایجاد نمی‌کنند، به همین دلیل امروزه به استفاده از آن‏ها توجه زیادی می‏شود. مواد و روش‏‏ها: 40 نمونه سویه‌های اکتینومیستی از ریزوسفر و فیلوسفر گیاهان جدا شدند. غربال‏گری نخستین روی محیط GAP به‏وسیله دو بذر شاهی و تربچه انجام‏ شد‏. سویه‌هایی که بالای70 درصد‏ اثر مهاری نشان دادند، انتخاب و سوپرناتانت حاصل از رشد آن‌ها در دو محیط مایع GPM وSCD سنجش زیستی شد. سپس استخراج فیتوتوکسین با حلال‌های آلی انجام شد. میزان تولید، قدرت مهارکنندگی عصاره برای 6 سویه برتر و زمان بهینه تولید و طیف اثر فیتوتوکسین سه سویه برتر از این 6 سویه، با استفاده از 10 گیاه علف هرز بررسی شد. نتایج: از بین 457 جدایه، 11 سویه مهار بالای 70 درصد‏ نشان دادند. همه این سویه‌ها به جنس Streptomyces متعلق بودند. 3 سویه PM2-2، TM14-5 وKB2-2 برای بررسی طیف اثر فیتوتوکسین انتخاب شدند. سویه PM2-2 از لحاظ زمان تولید، قدرت مهارکنندگی و طیف اثر نسبت به سایر سویه‌ها برتری داشت. بحث و نتیجه‏گیری: اعضای جنس Streptomyces، تولیدکننده‌های بسیار مناسبی برای تولید فیتوتوکسین‌ها به-شمار می‌روند. تنها فیتوتوکسین‌هایی که به‌طور مستقیم به مرحله تجاری شدن رسیده‌اند توسط اعضای این جنس تولید می‏شوند. مهار رشد بیشتر بذرهای گیاهان مورد آزمون توسط سویه‌های جدا شده در این پژوهش، نشان از توانمندی بسیار بالای فیتوتوکسین آن‌ها دارد. فیتوتوکسین برخی از سویه‌های این پژوهش مانند بیشتر فیتوتوکسین-های تجاری قدرت مهارکنندگی بالا و طیف اثر وسیعی دارند که باعث می‌شود استفاده از آن‌ها از لحاظ اقتصادی مقرون به صرفه باشد.

تنوع زیستی باکتری های نمک دوست و تحمل کننده نمک سواحل غربی دریاچه ارومیه

ملیحه مهرشاد؛ محمد علی آموزگار؛ باقر یخچالی؛ ابوالحسن شهزاده فاضلی

دوره 1، شماره 2 ، شهریور 1391، ، صفحه 49-70

چکیده

مقدمه: دریاچه ارومیه واقع در شمال ‌غربی ایران بزرگ‏ترین دریاچه دائمی ایران و یکی از سه دریاچه شور دائمی در سطح جهان است. از چهار منطقه غربی این دریاچه نمونه‌برداری انجام شد و تنوع میکروارگانیسم‌ها ... بیشتر مقدمه: دریاچه ارومیه واقع در شمال ‌غربی ایران بزرگ‏ترین دریاچه دائمی ایران و یکی از سه دریاچه شور دائمی در سطح جهان است. از چهار منطقه غربی این دریاچه نمونه‌برداری انجام شد و تنوع میکروارگانیسم‌ها با روش‌های مبتنی بر کشت و مستقل از کشت بررسی شد. مواد و روش‏‏ها: در روش مبتنی بر کشت، باکتری‏های هالوفیل و هالوتالرنت در شرایط هوازی در چهار محیط کشت‌ MH، SWN، SWNLN و MHLN جداسازی شدند. جدایه‌ها بر اساس تفاوت‌های کلونی، واکنش گرم، رنگ‌آمیزی اسپور و ویژگی‌های بیوشیمیایی اولیه تفکیک شدند. محتوای ژنومی نمونه‌های محیطی آب و خاک برای بررسی‌های مستقل از کشت استخراج شد. با استفاده از تکثیر S rRNA16 و کلونینگ کتابخانه ژن S rRNA16 تهیه و 20 درصد کلون‌های نوترکیب حاصل تعیین ترادف شدند. نتایج: از بین 217 جدایه حاصل در روش مبتنی بر کشت ژن S rRNA16 برای 52 سویه ترادف‌یابی شد که از نظر فیلوژنتیک در جنس‌های Halobacillus، Halomonas، Planococcus، Gracilibacillus، Bacillus، Pontibacillus، Paracoccus، Marinobacter، Providencia، Staphylococcus، Alkalibacterium، Sanguibacter، Lysobacter، Kocuria، Pontibacter، Salicola، Micrococcus، Oceanobacillus، Brevundimonas، Thalassobacillus، Microbacterium و Piscibacillus قرارگرفتند. در روش مستقل از کشت کلون‌های بررسی شده در جنس‌های Salinibacter، Adhaeribacter و Cesiribacter قرار‌گرفتند. بحث و نتیجه‏گیری: در روش مبتنی بر کشت بین جدایه های تعیین توالی شده 18 جدایه شباهت کمتر از 7/98 درصد با سویه استاندارد نشان دادند که محدوده مرزی برای ارائه گونه جدید میکروبی بومی است. در روش مستقل از کشت کلون‌های بررسی شده در گروه Bacteroidetes قرار‌گرفتند. که مشابه با سایر گزارش‌های موجود در مورد محیط‌های پر شور بررسی شده است.

دوره 12 (1402)

دوره 11 (1401)

دوره 10 (1400)

دوره 9 (1399)

دوره 8 (1398)

دوره 7 (1397)

دوره 6 (1396)

دوره 5 (1395)

دوره 4 (1394)

دوره 3 (1393)

دوره 2 (1392)

دوره 1 (1391)

نویسنده = محمد علی آموزگار

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده